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'expression tag' 359 25 5 7F4F ARG B 365 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 360 26 5 7F4F LEU B 366 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 361 27 5 7F4F PHE B 367 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 362 28 5 7F4F LYS B 368 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 363 29 5 7F4F LYS B 369 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 364 30 5 7F4F ILE B 370 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 365 31 5 7F4F SER B 371 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 366 32 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DPN 'D-peptide linking' . D-PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NLE 'L-peptide linking' n NORLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7F4F _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7F4F _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.010 ? 9061 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.096 ? 12280 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.574 ? 3242 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.064 ? 1407 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.012 ? 1556 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7F4F _struct.title 'Cryo-EM structure of afamelanotide-bound melanocortin-1 receptor in complex with Gs protein and scFv16' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7F4F _struct_keywords.text 'G protein-coupled receptors, MC1R, melanocyte, clacium ion, activation, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 65 ? PHE A 69 ? ALA S 28 PHE S 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 90 ? GLY A 93 ? SER S 53 GLY S 56 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG A 124 ? THR A 128 ? ARG S 87 THR S 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU A 258 ? VAL A 262 ? GLU S 220 VAL S 224 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 172 ? ASN B 197 ? SER R 41 ASN R 66 1 ? 26 HELX_P HELX_P6 AA6 SER B 202 ? ALA B 234 ? SER R 71 ALA R 103 1 ? 33 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG B 240 ? TYR B 279 ? ARG R 109 TYR R 148 1 ? 40 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG B 282 ? VAL B 287 ? ARG R 151 VAL R 156 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 THR B 288 ? TYR B 313 ? THR R 157 TYR R 182 1 ? 26 HELX_P HELX_P10 AB1 HIS B 316 ? LYS B 357 ? HIS R 185 LYS R 226 1 ? 42 HELX_P HELX_P11 AB2 LYS B 369 ? CYS B 398 ? LYS R 238 CYS R 267 1 ? 30 HELX_P HELX_P12 AB3 HIS B 401 ? LYS B 409 ? HIS R 270 LYS R 278 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 410 ? ALA B 430 ? ASN R 279 ALA R 299 1 ? 21 HELX_P HELX_P14 AB5 SER B 433 ? THR B 445 ? SER R 302 THR R 314 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER C 6 ? THR C 33 ? SER A 13 THR A 40 1 ? 28 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA C 41 ? SER C 44 ? ALA A 48 SER A 51 5 ? 4 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY C 45 ? ILE C 55 ? GLY A 52 ILE A 62 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 AB9 LYS C 210 ? CYS C 214 ? LYS A 233 CYS A 237 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 229 ? ASN C 246 ? ASP A 252 ASN A 279 1 ? 18 HELX_P HELX_P20 AC2 LYS C 260 ? GLY C 271 ? LYS A 293 GLY A 304 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS C 274 ? PHE C 279 ? LYS A 307 PHE A 312 5 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO C 280 ? TYR C 285 ? PRO A 313 TYR A 318 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP C 298 ? GLY C 320 ? ASP A 331 GLY A 353 1 ? 23 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU C 337 ? TYR C 358 ? GLU A 370 TYR A 391 1 ? 22 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA D 10 ? ILE D 25 ? ALA G 10 ILE G 25 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS D 29 ? ALA D 45 ? LYS G 29 ALA G 45 1 ? 17 HELX_P HELX_P27 AC9 LEU E 9 ? ALA E 31 ? LEU B 4 ALA B 26 1 ? 23 HELX_P HELX_P28 AD1 THR E 34 ? THR E 39 ? THR B 29 THR B 34 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 197 SG ? ? ? 1_555 A CYS 267 SG ? ? S CYS 159 S CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 398 SG ? ? ? 1_555 B CYS 404 SG ? ? R CYS 267 R CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? covale1 covale both ? F SER 3 C ? ? ? 1_555 F NLE 4 N ? ? F SER 3 F NLE 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? ? covale2 covale both ? F NLE 4 C ? ? ? 1_555 F GLU 5 N ? ? F NLE 4 F GLU 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? ? covale3 covale both ? F HIS 6 C ? ? ? 1_555 F DPN 7 N ? ? F HIS 6 F DPN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? ? covale4 covale both ? F DPN 7 C ? ? ? 1_555 F ARG 8 N ? ? F DPN 7 F ARG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? metalc1 metalc ? ? B GLU 225 OE2 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? R GLU 94 R CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc2 metalc ? ? B ASP 248 OD1 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? R ASP 117 R CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? ? metalc3 metalc ? ? B ASP 252 OD1 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? R ASP 121 R CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? ? metalc4 metalc ? ? B ASP 252 OD2 ? ? ? 1_555 G CA . CA ? ? R ASP 121 R CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? ? metalc5 metalc ? ? G CA . CA ? ? ? 1_555 F GLU 5 O ? ? R CA 501 F GLU 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? ? metalc6 metalc ? ? G CA . CA ? ? ? 1_555 F DPN 7 O ? ? R CA 501 F DPN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 273 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 235 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id S _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 274 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 236 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 S _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 25.94 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? 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