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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7F63 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7F63 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 30769 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.530 ? 41853 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.751 ? 4425 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 4929 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 5300 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7F63 _struct.title ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with a neutralizing antibody chAb-45 (Focused refinement of S-RBD and chAb-45 region) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7F63 _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, Spike protein, Neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 337 ? PHE A 342 ? PRO A 337 PHE A 342 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 365 ? SER A 371 ? TYR A 365 SER A 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 383 ? LEU A 387 ? SER A 383 LEU A 387 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG A 403 ? ILE A 410 ? ARG A 403 ILE A 410 5 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 416 ? ASN A 422 ? GLY A 416 ASN A 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 439 ? ASP A 442 ? ASN A 439 ASP A 442 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 336 SG ? ? ? 1_555 A CYS 361 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 379 SG ? ? ? 1_555 A CYS 432 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 391 SG ? ? ? 1_555 A CYS 525 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 480 SG ? ? ? 1_555 A CYS 488 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 23 SG ? ? ? 1_555 C CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 354 ? ILE A 358 ? ASN A 354 ILE A 358 AA1 2 THR A 393 ? ILE A 402 ? THR A 393 ILE A 402 AA1 3 TYR A 508 ? GLU A 516 ? TYR A 508 GLU A 516 AA1 4 CYS A 432 ? ASN A 437 ? CYS A 432 ASN A 437 AA1 5 THR A 376 ? LYS A 378 ? THR A 376 LYS A 378 AA2 1 TYR A 453 ? ARG A 454 ? TYR A 453 ARG A 454 AA2 2 LEU A 492 ? GLN A 493 ? LEU A 492 GLN A 493 AA3 1 TYR A 473 ? GLN A 474 ? TYR A 473 GLN A 474 AA3 2 CYS A 488 ? TYR A 489 ? CYS A 488 TYR A 489 AA4 1 GLN B 3 ? GLN B 6 ? GLN H 3 GLN H 6 AA4 2 SER B 17 ? SER B 25 ? SER H 17 SER H 25 AA4 3 THR B 78 ? ARG B 84 ? THR H 78 ARG H 84 AA4 4 LEU B 70 ? ASP B 73 ? LEU H 70 ASP H 73 AA5 1 GLU B 10 ? VAL B 12 ? GLU H 10 VAL H 12 AA5 2 THR B 114 ? VAL B 118 ? THR H 114 VAL H 118 AA5 3 ALA B 92 ? ARG B 98 ? ALA H 92 ARG H 98 AA5 4 ILE B 34 ? GLN B 39 ? ILE H 34 GLN H 39 AA5 5 GLU B 46 ? ASN B 51 ? GLU H 46 ASN H 51 AA5 6 THR B 58 ? TYR B 60 ? THR H 58 TYR H 60 AA6 1 PHE C 10 ? SER C 12 ? PHE L 10 SER L 12 AA6 2 THR C 102 ? GLU C 105 ? THR L 102 GLU L 105 AA6 3 GLU C 85 ? GLN C 90 ? GLU L 85 GLN L 90 AA6 4 VAL C 33 ? GLN C 38 ? VAL L 33 GLN L 38 AA6 5 LYS C 45 ? TYR C 49 ? LYS L 45 TYR L 49 AA7 1 VAL C 19 ? THR C 22 ? VAL L 19 THR L 22 AA7 2 THR C 72 ? ILE C 75 ? THR L 72 ILE L 75 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 358 ? N ILE A 358 O VAL A 395 ? O VAL A 395 AA1 2 3 N TYR A 396 ? N TYR A 396 O SER A 514 ? O SER A 514 AA1 3 4 O LEU A 513 ? O LEU A 513 N CYS A 432 ? N CYS A 432 AA1 4 5 O ALA A 435 ? O ALA A 435 N THR A 376 ? N THR A 376 AA2 1 2 N TYR A 453 ? N TYR A 453 O GLN A 493 ? O GLN A 493 AA3 1 2 N TYR A 473 ? N TYR A 473 O TYR A 489 ? O TYR A 489 AA4 1 2 N GLN B 5 ? N GLN H 5 O LYS B 23 ? O LYS H 23 AA4 2 3 N ILE B 20 ? N ILE H 20 O MET B 81 ? O MET H 81 AA4 3 4 O TYR B 80 ? O TYR H 80 N THR B 71 ? N THR H 71 AA5 1 2 N VAL B 12 ? N VAL H 12 O THR B 117 ? O THR H 117 AA5 2 3 O VAL B 116 ? O VAL H 116 N ALA B 92 ? N ALA H 92 AA5 3 4 O TYR B 95 ? O TYR H 95 N VAL B 37 ? N VAL H 37 AA5 4 5 N TRP B 36 ? N TRP H 36 O GLY B 49 ? O GLY H 49 AA5 5 6 N GLY B 50 ? N GLY H 50 O THR B 59 ? O THR H 59 AA6 1 2 N MET C 11 ? N MET L 11 O LYS C 103 ? O LYS L 103 AA6 2 3 O THR C 102 ? O THR L 102 N TYR C 86 ? N TYR L 86 AA6 3 4 O GLU C 85 ? O GLU L 85 N GLN C 38 ? N GLN L 38 AA6 4 5 N GLN C 37 ? N GLN L 37 O LYS C 45 ? O LYS L 45 AA7 1 2 N VAL C 19 ? N VAL L 19 O ILE C 75 ? O ILE L 75 # _atom_sites.entry_id 7F63 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? A . n A 1 2 PHE 2 2 ? ? ? A . n A 1 3 VAL 3 3 ? ? ? A . n A 1 4 PHE 4 4 ? ? ? A . n A 1 5 LEU 5 5 ? ? ? A . n A 1 6 VAL 6 6 ? ? ? A . n A 1 7 LEU 7 7 ? ? ? A . n A 1 8 LEU 8 8 ? ? ? A . n A 1 9 PRO 9 9 ? ? ? A . n A 1 10 LEU 10 10 ? ? ? A . n A 1 11 VAL 11 11 ? ? ? A . n A 1 12 SER 12 12 ? ? ? A . n A 1 13 SER 13 13 ? ? ? A . n A 1 14 GLN 14 14 ? ? ? A . n A 1 15 CYS 15 15 ? ? ? A . n A 1 16 VAL 16 16 ? ? ? A . n A 1 17 ASN 17 17 ? ? ? A . n A 1 18 LEU 18 18 ? ? ? A . n A 1 19 THR 19 19 ? ? ? A . n A 1 20 THR 20 20 ? ? ? A . n A 1 21 ARG 21 21 ? ? ? A . n A 1 22 THR 22 22 ? ? ? A . n A 1 23 GLN 23 23 ? ? ? A . n A 1 24 LEU 24 24 ? ? ? A . n A 1 25 PRO 25 25 ? ? ? A . n A 1 26 PRO 26 26 ? ? ? A . n A 1 27 ALA 27 27 ? ? ? A . n A 1 28 TYR 28 28 ? ? ? A . n A 1 29 THR 29 29 ? ? ? A . n A 1 30 ASN 30 30 ? ? ? A . n A 1 31 SER 31 31 ? ? ? A . n A 1 32 PHE 32 32 ? ? ? A . n A 1 33 THR 33 33 ? ? ? A . n A 1 34 ARG 34 34 ? ? ? A . n A 1 35 GLY 35 35 ? ? ? A . n A 1 36 VAL 36 36 ? ? ? 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