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_entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 747 ? ? 15 ? ? ? ? ? ? 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L LEU 1301 7106 1 Y 1 L VAL 1302 ? L VAL 1302 7107 1 Y 1 L LEU 1303 ? L LEU 1303 7108 1 Y 1 L LYS 1304 ? L LYS 1304 7109 1 Y 1 L ILE 1305 ? L ILE 1305 7110 1 Y 1 L TYR 1306 ? L TYR 1306 7111 1 Y 1 L GLU 1307 ? L GLU 1307 7112 1 Y 1 L ALA 1308 ? L ALA 1308 7113 1 Y 1 L ASN 1309 ? L ASN 1309 7114 1 Y 1 L GLY 1310 ? L GLY 1310 7115 1 Y 1 L VAL 1311 ? L VAL 1311 7116 1 Y 1 L ASN 1312 ? L ASN 1312 7117 1 Y 1 L LEU 1313 ? L LEU 1313 7118 1 Y 1 L ARG 1314 ? L ARG 1314 7119 1 Y 1 L GLU 1315 ? L GLU 1315 7120 1 Y 1 L ARG 1316 ? L ARG 1316 7121 1 Y 1 L ARG 1317 ? L ARG 1317 7122 1 Y 1 L LYS 1318 ? L LYS 1318 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM Tris/HCl 'Tris buffer' 1 2 10 mM MgCl2 'magnesium chloride' 1 3 100 mM Na3C6H5O7 'sodium citrate' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag ? _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.59 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 10760 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia phage T7' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time 3.4 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 8601 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Manually picked 2000 particles using Relion GUI, followed by 2D-Classification to select templates, then Relion auto-picking was used. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 4700000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'Manual and Auto-picking were completed with Relion' RELION 3.0-b 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Latitude S ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.0-b 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0-b 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0-b 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.0-b 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0-b 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.17 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2.2 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse, but high concentration. Some preferred orientation.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number GM100888 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name water _pdbx_entity_nonpoly.comp_id HOH # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ? 2 1 'equilibrium centrifugation' ? #