data_7KH1 # _entry.id 7KH1 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.358 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7KH1 pdb_00007kh1 10.2210/pdb7kh1/pdb WWPDB D_1000250109 ? ? EMDB EMD-22873 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Baseplate Complex for Myoviridae Phage XM1' _pdbx_database_related.db_id EMD-22873 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7KH1 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-10-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wang, Z.' 1 ? 'Klose, T.' 2 ? 'Jiang, W.' 3 ? 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;MSLVNGMVESLNNTKSETEIGIGGYRLFARVRETVNYRNIVPTDTLEDGSSSTDDIINEPITVSIEGVVSNLFVEERQYP QLVSRDFSAVGEITALLPAKSQQQIQRISQIDSQIRDAVLAAERAERLAGKPYEFFGNSGNSAKTEQEKFIDFMEALYFS RRPTEVSVNFRDYKNMALVSFIPVRDNNTKDTRFTADFQQINYSTLVYTPVSSPSKSVSGKVSDASNKGGQNPESNETGE RSLLSSLVGG ; ;MSLVNGMVESLNNTKSETEIGIGGYRLFARVRETVNYRNIVPTDTLEDGSSSTDDIINEPITVSIEGVVSNLFVEERQYP QLVSRDFSAVGEITALLPAKSQQQIQRISQIDSQIRDAVLAAERAERLAGKPYEFFGNSGNSAKTEQEKFIDFMEALYFS RRPTEVSVNFRDYKNMALVSFIPVRDNNTKDTRFTADFQQINYSTLVYTPVSSPSKSVSGKVSDASNKGGQNPESNETGE RSLLSSLVGG ; A3,B3,C3,D3,E3,F3 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MNLIENITSEYIQTHALEFSRGFAVLTLIYEQAVQMWKMNVVYTRAGDEEPQPPIYGVKLALSTTHIKHRNWPFDFTVID TTNNGMDPYRADDFETGRCQLYFITPEEMIQVRGVDVQ ; ;MNLIENITSEYIQTHALEFSRGFAVLTLIYEQAVQMWKMNVVYTRAGDEEPQPPIYGVKLALSTTHIKHRNWPFDFTVID TTNNGMDPYRADDFETGRCQLYFITPEEMIQVRGVDVQ ; A4,B4,C4,D4,E4,F4 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSLTFNENGVQTNTFSELRALLEAGYREIYGTDIVTDQESPDGQRINLETLLRFDIESAFSWLYSNLDPDLNTGDMQQII 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'Vibrio phage XM1' 2748688 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7KH1 7KH1 ? 1 ? 1 2 PDB 7KH1 7KH1 ? 2 ? 1 3 PDB 7KH1 7KH1 ? 3 ? 1 4 PDB 7KH1 7KH1 ? 4 ? 1 5 PDB 7KH1 7KH1 ? 5 ? 1 6 PDB 7KH1 7KH1 ? 6 ? 1 7 PDB 7KH1 7KH1 ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7KH1 A1 1 ? 143 ? 7KH1 1 ? 143 ? 1 143 2 1 7KH1 B1 1 ? 143 ? 7KH1 1 ? 143 ? 1 143 3 1 7KH1 C1 1 ? 143 ? 7KH1 1 ? 143 ? 1 143 4 1 7KH1 D1 1 ? 143 ? 7KH1 1 ? 143 ? 1 143 5 1 7KH1 E1 1 ? 143 ? 7KH1 1 ? 143 ? 1 143 6 1 7KH1 F1 1 ? 143 ? 7KH1 1 ? 143 ? 1 143 7 2 7KH1 A2 1 ? 242 ? 7KH1 1 ? 242 ? 1 242 8 2 7KH1 B2 1 ? 242 ? 7KH1 1 ? 242 ? 1 242 9 2 7KH1 C2 1 ? 242 ? 7KH1 1 ? 242 ? 1 242 10 2 7KH1 D2 1 ? 242 ? 7KH1 1 ? 242 ? 1 242 11 2 7KH1 E2 1 ? 242 ? 7KH1 1 ? 242 ? 1 242 12 2 7KH1 F2 1 ? 242 ? 7KH1 1 ? 242 ? 1 242 13 3 7KH1 A3 1 ? 250 ? 7KH1 1 ? 250 ? 1 250 14 3 7KH1 B3 1 ? 250 ? 7KH1 1 ? 250 ? 1 250 15 3 7KH1 C3 1 ? 250 ? 7KH1 1 ? 250 ? 1 250 16 3 7KH1 D3 1 ? 250 ? 7KH1 1 ? 250 ? 1 250 17 3 7KH1 E3 1 ? 250 ? 7KH1 1 ? 250 ? 1 250 18 3 7KH1 F3 1 ? 250 ? 7KH1 1 ? 250 ? 1 250 19 4 7KH1 A4 1 ? 118 ? 7KH1 1 ? 118 ? 1 118 20 4 7KH1 B4 1 ? 118 ? 7KH1 1 ? 118 ? 1 118 21 4 7KH1 C4 1 ? 118 ? 7KH1 1 ? 118 ? 1 118 22 4 7KH1 D4 1 ? 118 ? 7KH1 1 ? 118 ? 1 118 23 4 7KH1 E4 1 ? 118 ? 7KH1 1 ? 118 ? 1 118 24 4 7KH1 F4 1 ? 118 ? 7KH1 1 ? 118 ? 1 118 25 5 7KH1 A5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 26 5 7KH1 B5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 27 5 7KH1 C5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 28 5 7KH1 D5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 29 5 7KH1 E5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 30 5 7KH1 F5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 31 5 7KH1 G5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 32 5 7KH1 H5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 33 5 7KH1 I5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 34 5 7KH1 J5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 35 5 7KH1 K5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 36 5 7KH1 L5 1 ? 404 ? 7KH1 1 ? 404 ? 1 404 37 6 7KH1 A6 1 ? 497 ? 7KH1 1 ? 497 ? 1 497 38 6 7KH1 B6 1 ? 497 ? 7KH1 1 ? 497 ? 1 497 39 6 7KH1 C6 1 ? 497 ? 7KH1 1 ? 497 ? 1 497 40 6 7KH1 D6 1 ? 497 ? 7KH1 1 ? 497 ? 1 497 41 6 7KH1 E6 1 ? 497 ? 7KH1 1 ? 497 ? 1 497 42 6 7KH1 F6 1 ? 497 ? 7KH1 1 ? 497 ? 1 497 43 7 7KH1 A7 1 ? 117 ? 7KH1 1 ? 117 ? 1 117 44 7 7KH1 B7 1 ? 117 ? 7KH1 1 ? 117 ? 1 117 45 7 7KH1 C7 1 ? 117 ? 7KH1 1 ? 117 ? 1 117 46 7 7KH1 D7 1 ? 117 ? 7KH1 1 ? 117 ? 1 117 47 7 7KH1 E7 1 ? 117 ? 7KH1 1 ? 117 ? 1 117 48 7 7KH1 F7 1 ? 117 ? 7KH1 1 ? 117 ? 1 117 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.9347 ? 134508 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0540 ? 15750 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0055 ? 17598 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.7690 ? 13506 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 0.000694393022894 ? ? 1 'NCS constraints' ? B1 ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ? ? 0.0006911169827 ? ? 2 'NCS constraints' ? 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V GLN 118 ? ? ? ? ? ? ens_4 d_5 1 . X MET 1 . X GLN 118 ? ? ? ? ? ? ens_4 d_6 1 . W MET 1 . W GLN 118 ? ? ? ? ? ? ens_5 d_1 1 . KA MET 1 . KA LEU 497 ? ? ? ? ? ? ens_5 d_2 1 . LA MET 1 . LA LEU 497 ? ? ? ? ? ? ens_5 d_3 1 . MA MET 1 . MA LEU 497 ? ? ? ? ? ? ens_5 d_4 1 . NA MET 1 . NA LEU 497 ? ? ? ? ? ? ens_5 d_5 1 . OA MET 1 . OA LEU 497 ? ? ? ? ? ? ens_5 d_6 1 . PA MET 1 . PA LEU 497 ? ? ? ? ? ? ens_6 d_1 1 . RA MET 1 . RA GLU 110 ? ? ? ? ? ? ens_6 d_2 1 . UA MET 1 . UA GLU 110 ? ? ? ? ? ? ens_6 d_3 1 . SA MET 1 . SA GLU 110 ? ? ? ? ? ? ens_6 d_4 1 . QA MET 1 . QA GLU 110 ? ? ? ? ? ? ens_6 d_5 1 . TA MET 1 . TA GLU 110 ? ? ? ? ? ? ens_6 d_6 1 . VA MET 1 . 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