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'Miller, E.A.' 3 0000-0002-1033-8369 'Fromme, J.C.' 4 0000-0002-8837-0473 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Embo J.' _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.journal_id_ISSN 1460-2075 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 40 _citation.language ? _citation.page_first e107607 _citation.page_last e107607 _citation.title 'Structural basis of TRAPPIII-mediated Rab1 activation.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.15252/embj.2020107607 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34018207 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 219 ;Baker's yeast ; ? 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'expression tag' 0 19 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PLM non-polymer . 'PALMITIC ACID' ? 'C16 H32 O2' 256.424 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7KMT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7KMT _struct.title 'Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex' _struct.pdbx_descriptor ;Trafficking protein particle complex subunit 23, Trafficking protein particle complex subunit 31, Trafficking protein particle complex subunit BET5, Trafficking protein particle complex subunit BET3, Trafficking protein particle complex subunit 33, Trafficking protein particle complex subunit 20, GTP-binding protein YPT1, Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7KMT _struct_keywords.text 'GTPase, GEF, ER, Golgi, Autophagy, PROTEIN TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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GLY A 20 SER A 29 1 ? 10 HELX_P HELX_P47 AF2 ARG H 69 ? TYR H 77 ? ARG A 69 TYR A 77 1 ? 9 HELX_P HELX_P48 AF3 GLU H 94 ? ALA H 110 ? GLU A 94 ALA A 110 1 ? 17 HELX_P HELX_P49 AF4 TYR H 133 ? ASN H 143 ? TYR A 133 ASN A 143 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN H 157 ? SER H 174 ? ASN A 157 SER A 174 1 ? 18 HELX_P HELX_P51 AF6 TYR I 24 ? ASN I 29 ? TYR B 5 ASN B 10 1 ? 6 HELX_P HELX_P52 AF7 GLU I 44 ? ILE I 54 ? GLU B 25 ILE B 35 1 ? 11 HELX_P HELX_P53 AF8 LEU I 65 ? TYR I 74 ? LEU B 46 TYR B 55 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 SER I 78 ? PHE I 85 ? SER B 59 PHE B 66 1 ? 8 HELX_P HELX_P55 AG1 ASN I 173 ? THR I 192 ? ASN B 154 THR B 173 1 ? 20 HELX_P HELX_P56 AG2 LEU I 200 ? SER I 215 ? LEU B 181 SER B 196 1 ? 16 HELX_P HELX_P57 AG3 GLU I 224 ? ASN I 227 ? GLU B 205 ASN B 208 5 ? 4 HELX_P HELX_P58 AG4 VAL I 243 ? LYS I 255 ? VAL B 224 LYS B 236 1 ? 13 HELX_P HELX_P59 AG5 GLU I 287 ? LEU I 303 ? GLU B 268 LEU B 284 1 ? 17 HELX_P HELX_P60 AG6 SER I 334 ? LEU I 342 ? 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B GLY 283 143 1 Y 1 G MET 1 ? C MET 1 144 1 Y 1 G ASN 158 ? C ASN 158 145 1 Y 1 G GLN 159 ? C GLN 159 146 1 Y 1 I MET 1 ? D MET 1 147 1 Y 1 I VAL 2 ? D VAL 2 148 1 Y 1 I SER 3 ? D SER 3 149 1 Y 1 I THR 4 ? D THR 4 150 1 Y 1 I THR 5 ? D THR 5 151 1 Y 1 I GLN 6 ? D GLN 6 152 1 Y 1 I SER 7 ? D SER 7 153 1 Y 1 I ARG 8 ? D ARG 8 154 1 Y 1 I GLY 191 ? D GLY 191 155 1 Y 1 I GLU 192 ? D GLU 192 156 1 Y 1 I ASP 193 ? D ASP 193 157 1 Y 1 F MET 1 ? E MET 1 158 1 Y 1 F VAL 2 ? E VAL 2 159 1 Y 1 F SER 3 ? E SER 3 160 1 Y 1 F THR 4 ? E THR 4 161 1 Y 1 F THR 5 ? E THR 5 162 1 Y 1 F GLN 6 ? E GLN 6 163 1 Y 1 F SER 7 ? E SER 7 164 1 Y 1 F ARG 8 ? E ARG 8 165 1 Y 1 F GLY 191 ? E GLY 191 166 1 Y 1 F GLU 192 ? E GLU 192 167 1 Y 1 F ASP 193 ? E ASP 193 168 1 Y 1 E MET 1 ? F MET 1 169 1 Y 1 E SER 2 ? F SER 2 170 1 Y 1 E SER 3 ? F SER 3 171 1 Y 1 E THR 4 ? F THR 4 172 1 Y 1 E HIS 5 ? F HIS 5 173 1 Y 1 E SER 6 ? F SER 6 174 1 Y 1 E ASN 7 ? F ASN 7 175 1 Y 1 E ASN 8 ? F ASN 8 176 1 Y 1 E VAL 9 ? 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'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' ? ? ? 2 2 20 ? ? COUNTING 'FEI FALCON III (4k x 4k)' ? ? ? 3 3 50 ? ? SUPER-RESOLUTION 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' ? ? ? # loop_ _em_imaging_optics.id _em_imaging_optics.imaging_id _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector _em_imaging_optics.energyfilter_lower _em_imaging_optics.energyfilter_name _em_imaging_optics.energyfilter_upper _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width _em_imaging_optics.phase_plate _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 1 1 ? ? 'GIF Bioquantum' ? 20 ? ? 2 2 ? ? ? ? ? ? ? 3 3 ? ? 'GIF Quantum LS' ? 20 ? ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.1 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? ISOLDE ? ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 2 12 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 3 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM116942 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R35GM136258 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM097272 3 'National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)' 'United States' R01HD095296 4 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM124559 5 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM124559 6 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' DBI-1661380 7 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' DMR-1719875 8 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MRC_UP_1201/10 9 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' DGE-1650441 10 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 'PALMITIC ACID' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id PLM # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'This is a well-established complex.' #