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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.121 ? 15282 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.149 ? 1939 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 1672 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1690 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7KUI _struct.title ;Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7KUI _struct_keywords.text 'intasome, integrase-viral DNA complex, HYDROLASE-DNA-INHIBITOR complex, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? 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UNP P03354 ARG 1446 conflict 166 7 8 7KUI LYS H 166 ? UNP P03354 ARG 1446 conflict 166 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Size of the complex confirmed by gel filtration, SEC-MALS. 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PRO B 181 SER B 183 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS B 184 ? PHE B 199 ? LYS B 184 PHE B 199 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 AB8 THR B 207 ? ARG B 214 ? THR B 207 ARG B 214 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU E 2 ? HIS E 13 ? LEU E 2 HIS E 13 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 15 ? CYS E 23 ? GLY E 15 CYS E 23 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 AC2 SER E 26 ? GLN E 35 ? SER E 26 GLN E 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 CYS E 37 ? ASN E 41 ? CYS E 37 ASN E 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO E 69 ? ALA E 72 ? PRO E 69 ALA E 72 5 ? 4 HELX_P HELX_P23 AC5 THR E 97 ? GLY E 113 ? THR E 97 GLY E 113 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 AC6 SER E 128 ? GLY E 139 ? SER E 128 GLY E 139 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN E 153 ? GLY E 173 ? GLN E 153 GLY E 173 1 ? 21 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO E 181 ? SER E 183 ? PRO E 181 SER E 183 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 LYS E 184 ? HIS E 198 ? LYS E 184 HIS E 198 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 AD1 THR E 207 ? ARG E 214 ? THR E 207 ARG E 214 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO F 69 ? ALA F 72 ? 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PRO H 261 ARG H 263 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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The model represents the CIC region. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 64449 _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name ;CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC of a cleaved synaptic complex (CSC) formed with Rous sarcoma virus integrase and viral DNA in presence of HIV-1 integrase strand inhibitor MK-2048 ; _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7KUI _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7KUI _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure BASIC _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 0.01 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7KUI _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7KUI _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A THR 270 ? 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J 26 ? 20 1 1 I DG 14 1_555 J DC 5 1_555 -0.040 -0.863 1.264 12.322 -4.651 -1.392 11 I_DG14:DC25_J I 14 ? J 25 ? 19 1 1 I DC 15 1_555 J DG 4 1_555 0.504 -0.590 0.380 12.422 -5.196 -6.927 12 I_DC15:DG24_J I 15 ? J 24 ? 19 1 1 I DA 16 1_555 J DT 3 1_555 0.486 -0.531 0.043 6.783 -23.796 -9.885 13 I_DA16:DT23_J I 16 ? J 23 ? 20 1 1 I DA 17 1_555 J DT 2 1_555 0.224 -0.676 0.282 7.448 -28.936 -2.811 14 I_DA17:DT22_J I 17 ? J 22 ? 20 1 1 I DT 18 1_555 J DA 1 1_555 -0.008 -0.510 -0.408 32.690 -7.114 0.333 15 I_DT18:DA21_J I 18 ? J 21 ? 20 1 1 K DG 4 1_555 L DC 15 1_555 0.793 0.531 -1.531 -43.363 -31.466 3.694 16 K_DG4:DC35_L K 4 ? L 35 ? 19 1 1 K DT 5 1_555 L DA 14 1_555 -0.405 -0.051 -1.169 -11.349 -13.026 13.127 17 K_DT5:DA34_L K 5 ? L 34 ? 20 1 1 K DT 6 1_555 L DA 13 1_555 0.394 -0.450 0.474 -8.997 9.452 6.896 18 K_DT6:DA33_L K 6 ? L 33 ? 20 1 1 K DG 7 1_555 L DC 12 1_555 0.130 -0.551 1.258 22.044 -7.663 -8.202 19 K_DG7:DC32_L K 7 ? 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J 35 ? I 5 ? J 34 ? 1 I DT 5 1_555 J DA 14 1_555 I DT 6 1_555 J DA 13 1_555 0.173 1.995 3.504 -12.502 19.095 23.941 -0.634 -3.022 3.636 36.997 24.223 32.962 2 II_DT5DT6:DA33DA34_JJ I 5 ? J 34 ? I 6 ? J 33 ? 1 I DT 6 1_555 J DA 13 1_555 I DG 7 1_555 J DC 12 1_555 -0.870 1.067 2.953 -8.298 -15.405 35.742 3.141 0.437 2.446 -23.448 12.630 39.669 3 II_DT6DG7:DC32DA33_JJ I 6 ? J 33 ? I 7 ? J 32 ? 1 I DG 7 1_555 J DC 12 1_555 I DT 8 1_555 J DA 11 1_555 1.325 -0.402 3.406 5.785 4.762 36.454 -1.305 -1.257 3.490 7.515 -9.129 37.191 4 II_DG7DT8:DA31DC32_JJ I 7 ? J 32 ? I 8 ? J 31 ? 1 I DT 8 1_555 J DA 11 1_555 I DC 9 1_555 J DG 10 1_555 0.540 -0.924 3.803 -6.414 1.910 38.391 -1.651 -1.698 3.622 2.877 9.664 38.948 5 II_DT8DC9:DG30DA31_JJ I 8 ? J 31 ? I 9 ? J 30 ? 1 I DC 9 1_555 J DG 10 1_555 I DT 10 1_555 J DA 9 1_555 -0.532 -1.100 3.165 5.652 -8.714 33.015 -0.507 1.768 3.212 -14.882 -9.653 34.567 6 II_DC9DT10:DA29DG30_JJ I 9 ? J 30 ? I 10 ? 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