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ASP A 368 THR A 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 ARG E 476 ? TYR E 484 ? ARG A 476 TYR A 484 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 AD9 THR F 529 ? SER F 534 ? THR B 529 SER B 534 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 MET F 535 ? LEU F 537 ? MET B 535 LEU B 537 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 AE2 THR F 538 ? ASN F 543 ? THR B 538 ASN B 543 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 LEU F 545 ? GLN F 550 ? LEU B 545 GLN B 550 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 THR F 569 ? TRP F 596 ? THR B 569 TRP B 596 1 ? 28 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN F 618 ? ASN F 625 ? ASN B 618 ASN B 625 1 ? 8 HELX_P HELX_P42 AE6 THR F 627 ? SER F 636 ? THR B 627 SER B 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 TYR F 638 ? LEU F 660 ? TYR B 638 LEU B 660 1 ? 23 HELX_P HELX_P44 AE8 UNK G 28 ? UNK G 31 ? UNK H 28 UNK H 31 5 ? 4 HELX_P HELX_P45 AE9 UNK G 61 ? UNK G 65 ? UNK H 61 UNK H 65 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 UNK G 74 ? UNK G 76 ? UNK H 74 UNK H 76 5 ? 3 HELX_P HELX_P47 AF2 UNK G 87 ? UNK G 90 ? UNK H 87 UNK H 90 5 ? 4 HELX_P HELX_P48 AF3 UNK H 79 ? UNK H 83 ? UNK L 79 UNK L 83 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A CYS 501 SG ? ? ? 1_555 B CYS 605 SG ? ? C CYS 501 D CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 598 SG ? ? ? 1_555 B CYS 604 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 56 SG ? ? ? 1_555 C CYS 75 SG ? ? E CYS 54 E CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 121 SG ? ? ? 1_555 C CYS 207 SG ? ? E CYS 119 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 128 SG ? ? ? 1_555 C CYS 198 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 133 SG ? ? ? 1_555 C CYS 151 SG ? ? E CYS 131 E CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 220 SG ? ? ? 1_555 C CYS 249 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 230 SG ? ? ? 1_555 C CYS 241 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 332 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 445 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 386 SG ? ? ? 1_555 C CYS 418 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 501 SG ? ? ? 1_555 D CYS 605 SG ? ? E CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 598 SG ? ? ? 1_555 D CYS 604 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 56 SG ? ? ? 1_555 E CYS 75 SG ? ? A CYS 54 A CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 121 SG ? ? ? 1_555 E CYS 207 SG ? ? A CYS 119 A CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf25 disulf ? ? E CYS 128 SG ? ? ? 1_555 E CYS 198 SG ? ? A CYS 126 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf26 disulf ? ? E CYS 133 SG ? ? ? 1_555 E CYS 151 SG ? ? A CYS 131 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf27 disulf ? ? E CYS 220 SG ? ? ? 1_555 E CYS 249 SG ? ? A CYS 218 A CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 230 SG ? ? ? 1_555 E CYS 241 SG ? ? A CYS 228 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 298 SG ? ? ? 1_555 E CYS 332 SG ? ? A CYS 296 A CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 379 SG ? ? ? 1_555 E CYS 445 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 386 SG ? ? ? 1_555 E CYS 418 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 501 SG ? ? ? 1_555 F CYS 605 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? F CYS 598 SG ? ? ? 1_555 F CYS 604 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 133 C NAG 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? 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C ASN 289 C NAG 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 332 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 363 C NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 386 C NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 448 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 611 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? D ASN 611 D NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 618 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? D ASN 618 D NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 637 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? D ASN 637 D NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? E ASN 88 E NAG 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? E ASN 133 E NAG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 150 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? E ASN 156 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? E ASN 197 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? E ASN 234 E NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 243 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? E ASN 241 E NAG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 262 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? E ASN 276 E NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.538 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? E ASN 289 E NAG 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? E ASN 295 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? E ASN 332 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 356 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? E ASN 355 E NAG 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.526 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? E ASN 363 E NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? E ASN 386 E NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? E ASN 392 E NAG 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 448 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? E ASN 448 E NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.526 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? D ASN 611 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? F ASN 611 F NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? 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N-Glycosylation covale49 covale one ? E ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 262 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? E ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? A ASN 276 A NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.529 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? E ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? A ASN 289 A NAG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? E ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 295 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? E ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 301 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? E ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 332 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? E ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.534 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? E ASN 356 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? 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See the Methods section in the manuscript for details.' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 66171 _em_3d_reconstruction.resolution 3.66 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'TBS buffer prepared from a 10X stock' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Polyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification. Map and model were reconstructed from the immune complex dataset using the focused classification approach. ; 'BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3' ? ? 2 1 ? 'Envelope glycoprotein gp160' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 ? 'Rh.33172 pAbC-2 Heavy Chain, Rh.33172 pAbC-2 Light Chain' NATURAL COMPLEX '2, 3' ? ? # _em_image_scans.entry_id 7L8F _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 36 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-36 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7L8F _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 1600 _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_magnification 29000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model OTHER _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 283 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Blotting time varied between 3 and 7 seconds.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7L8F _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7L8F _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7L8F _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # _pdbx_validate_rmsd_bond.id 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 CG _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 TYR _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 191 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 CD1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 A _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 TYR _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 191 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value 1.304 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value 1.387 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation -0.083 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation 0.013 _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 NE C ARG 178 ? ? 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F ASP 664 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM Tris-HCl Tris-HCl 1 2 150 mM NaCl 'Sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? ? ? 3 2 9544 ? ? 'Macaca mulatta' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 2 _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.7 _em_image_recording.average_exposure_time 9.0 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 4 _em_image_recording.num_real_images 4521 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Particles picked using template picker' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1121581 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? RosettaEM ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 6 _em_specimen.details ;Polyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'International AIDS Vaccine Initiative' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number OPP1196345 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero I 4 NAG 1 G NAG 1 C NAG 601 n I 4 NAG 2 G NAG 2 C NAG 602 n I 4 BMA 3 G BMA 3 C BMA 603 n I 4 MAN 4 G MAN 4 C MAN 637 n I 4 MAN 5 G MAN 5 C MAN 604 n J 5 NAG 1 I NAG 1 C NAG 623 n J 5 NAG 2 I NAG 2 C NAG 624 n K 5 NAG 1 J NAG 1 C NAG 639 n K 5 NAG 2 J NAG 2 C NAG 640 n L 4 NAG 1 K NAG 1 E NAG 601 n L 4 NAG 2 K NAG 2 E NAG 602 n L 4 BMA 3 K BMA 3 E BMA 603 n L 4 MAN 4 K MAN 4 E MAN 637 n L 4 MAN 5 K MAN 5 E MAN 604 n M 5 NAG 1 M NAG 1 E NAG 612 n M 5 NAG 2 M NAG 2 E NAG 613 n N 5 NAG 1 N NAG 1 E NAG 619 n N 5 NAG 2 N NAG 2 E NAG 620 n O 5 NAG 1 O NAG 1 E NAG 623 n O 5 NAG 2 O NAG 2 E NAG 624 n P 5 NAG 1 P NAG 1 E NAG 639 n P 5 NAG 2 P NAG 2 E NAG 640 n Q 4 NAG 1 Q NAG 1 A NAG 601 n Q 4 NAG 2 Q NAG 2 A NAG 602 n Q 4 BMA 3 Q BMA 3 A BMA 603 n Q 4 MAN 4 Q MAN 4 A MAN 637 n Q 4 MAN 5 Q MAN 5 A MAN 604 n R 5 NAG 1 R NAG 1 A NAG 608 n R 5 NAG 2 R NAG 2 A NAG 609 n S 5 NAG 1 S NAG 1 A NAG 612 n S 5 NAG 2 S NAG 2 A NAG 613 n T 5 NAG 1 T NAG 1 A NAG 623 n T 5 NAG 2 T NAG 2 A NAG 624 n U 5 NAG 1 U NAG 1 A NAG 628 n U 5 NAG 2 U NAG 2 A NAG 629 n V 5 NAG 1 V NAG 1 A NAG 639 n V 5 NAG 2 V NAG 2 A NAG 640 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 4 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 4 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 4 MAN 5 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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