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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 215 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 1307 '2019-nCoV, SARS-CoV-2' ? 'S, 2' ? ? ? ? ? ? 'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' 2697049 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7LQW 7LQW ? 1 ? 1 2 PDB 7LQW 7LQW ? 2 ? 1 3 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 3 ;QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFA STEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGD SSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNIT NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPG QTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQ SYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTT DAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGA EHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTK TSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPS KRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAA LQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAI SSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIV NNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQ ; 14 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LQW H 1 ? 231 ? 7LQW 1 ? 220 ? 1 220 2 2 7LQW L 1 ? 215 ? 7LQW 1 ? 214 ? 1 214 3 3 7LQW B 33 ? 1227 ? 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LQW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7LQW _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 25830 ? f_bond_d ? ? 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ALA A 989 CYS A 1032 1 ? 44 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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E CYS 355 SG ? ? ? 1_555 E CYS 380 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 398 SG ? ? ? 1_555 E CYS 451 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 410 SG ? ? ? 1_555 E CYS 544 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 499 SG ? ? ? 1_555 E CYS 507 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 557 SG ? ? ? 1_555 E CYS 609 SG ? ? A CYS 538 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 636 SG ? ? ? 1_555 E CYS 668 SG ? ? A CYS 617 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 681 SG ? ? ? 1_555 E CYS 690 SG ? ? A CYS 662 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 757 SG ? ? ? 1_555 E CYS 779 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 762 SG ? ? ? 1_555 E CYS 768 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf36 disulf ? ? E CYS 859 SG ? ? ? 1_555 E CYS 870 SG ? ? A CYS 840 A CYS 851 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf37 disulf ? ? E CYS 1051 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1062 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf38 disulf ? ? E CYS 1101 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1145 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? covale1 covale one ? C ASN 622 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? C ASN 635 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 676 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? 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E ASN 728 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? E ASN 1093 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 B . ? SER 7 L PRO 8 B ? PRO 8 L 1 -2.30 2 PRO 95 B . ? PRO 95 L PRO 96 B A PRO 95 L 1 -2.22 3 GLY 280 D . ? GLY 261 C ALA 281 D ? ALA 262 C 1 -6.37 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 4 ? AE4 ? 7 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 5 ? AE9 ? 5 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 3 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 4 ? 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