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A CYS 743 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 480 SG ? ? ? 1_555 C CYS 488 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? covale1 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 717 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 801 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 1098 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 1134 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 331 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 801 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 1098 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 1134 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? C ASN 122 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? 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C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 1098 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 1134 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale39 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale40 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? ? covale41 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale42 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale43 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale44 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? ? covale45 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale46 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale47 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? ? covale48 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? ? covale49 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale50 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 7 ? 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C . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code P 3 NAG 1 1301 1301 NAG NAG A . Q 3 NAG 1 1302 1302 NAG NAG A . R 3 NAG 1 1303 1303 NAG NAG A . S 3 NAG 1 1304 1304 NAG NAG A . T 3 NAG 1 1305 1305 NAG NAG A . U 3 NAG 1 1306 1306 NAG NAG A . V 3 NAG 1 1307 1307 NAG NAG A . W 3 NAG 1 1308 1308 NAG NAG A . X 3 NAG 1 1301 1301 NAG NAG B . Y 3 NAG 1 1302 1302 NAG NAG B . Z 3 NAG 1 1303 1303 NAG NAG B . AA 3 NAG 1 1304 1304 NAG NAG B . BA 3 NAG 1 1305 1305 NAG NAG B . CA 3 NAG 1 1306 1306 NAG NAG B . DA 3 NAG 1 1307 1307 NAG NAG B . EA 3 NAG 1 1308 1308 NAG NAG B . FA 3 NAG 1 1309 1309 NAG NAG B . GA 3 NAG 1 1301 1301 NAG NAG C . HA 3 NAG 1 1302 1302 NAG NAG C . IA 3 NAG 1 1303 1303 NAG NAG C . JA 3 NAG 1 1304 1304 NAG NAG C . KA 3 NAG 1 1305 1305 NAG NAG C . LA 3 NAG 1 1306 1306 NAG NAG C . MA 3 NAG 1 1307 1307 NAG NAG C . NA 3 NAG 1 1308 1308 NAG NAG C . OA 3 NAG 1 1309 1309 NAG NAG C . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-03-31 2 'Structure model' 1 1 2021-04-07 3 'Structure model' 2 0 2021-06-30 4 'Structure model' 2 1 2021-07-07 5 'Structure model' 2 2 2021-08-18 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 3 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Polymer geometry' ;We reformed the missing disulfide bonds and redid a real space refinement to adjust the B-factors values. The name of this entry has also been changed to reflect the changes that the reviewers requested during the review of the associated (accepted) manuscript. The entry title is now: Triple mutant (K417N-E484K-N501Y) SARS-CoV-2 spike protein in the 1-RBD-up conformation (S-GSAS-D614G-K417N-E484K-N501Y) ; # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' Advisory 3 3 'Structure model' 'Atomic model' 4 3 'Structure model' 'Data collection' 5 3 'Structure model' 'Database references' 6 3 'Structure model' 'Derived calculations' 7 3 'Structure model' 'Refinement description' 8 3 'Structure model' 'Structure summary' 9 4 'Structure model' 'Database references' 10 5 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' atom_site 4 3 'Structure model' citation 5 3 'Structure model' citation_author 6 3 'Structure model' em_entity_assembly 7 3 'Structure model' em_software 8 3 'Structure model' pdbx_branch_scheme 9 3 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 10 3 'Structure model' pdbx_struct_sheet_hbond 11 3 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms 12 3 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 13 3 'Structure model' pdbx_validate_planes 14 3 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_angle 15 3 'Structure model' pdbx_validate_torsion 16 3 'Structure model' refine_ls_restr 17 3 'Structure model' software 18 3 'Structure model' struct 19 3 'Structure model' struct_conf 20 3 'Structure model' struct_conn 21 3 'Structure model' struct_conn_type 22 3 'Structure model' struct_sheet 23 3 'Structure model' struct_sheet_order 24 3 'Structure model' struct_sheet_range 25 4 'Structure model' citation 26 4 'Structure model' citation_author 27 5 'Structure model' citation 28 5 'Structure model' citation_author 29 5 'Structure model' database_2 # 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