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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.506 ? 40178 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.985 ? 4264 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 4697 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 5136 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7N0G _struct.title 'CryoEm structure of SARS-CoV-2 spike protein (S-6P, 1-up) in complex with sybodies (Sb45)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7N0G _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, Spike Protein, S-6P (HexaPro), nanobody, sybody, Sb45, neutralization, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? 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ASP C 985 CYS C 1032 1 ? 48 HELX_P HELX_P63 AG9 PRO C 1140 ? ASP C 1146 ? PRO C 1140 ASP C 1146 1 ? 7 HELX_P HELX_P64 AH1 LYS D 87 ? THR D 91 ? LYS X 87 THR X 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P65 AH2 LYS E 87 ? THR E 91 ? LYS Y 87 THR Y 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P66 AH3 LYS F 87 ? THR F 91 ? 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A CYS 738 SG ? ? ? 1_555 A CYS 760 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 743 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 15 SG ? ? ? 1_555 B CYS 136 SG ? ? B CYS 15 B CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 15 SG ? ? ? 1_555 C CYS 136 SG ? ? C CYS 15 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 480 SG ? ? ? 1_555 C CYS 488 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf38 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf39 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf40 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? X CYS 22 X CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf41 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? Y CYS 22 Y CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf42 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? Z CYS 22 Z CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 17 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 122 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 149 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 149 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 234 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? A ASN 282 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 331 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 343 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 717 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 801 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 1074 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 1098 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 17 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 61 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 149 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 149 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? B ASN 801 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? B ASN 1074 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? B ASN 1098 B NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? B ASN 1134 B NAG 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? VA NAG . C1 ? ? ? 1_555 C ASN 282 ND2 ? ? B NAG 1315 C ASN 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 17 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 122 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? C ASN 149 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? C ASN 149 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 234 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? C ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 331 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? C ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? C ASN 343 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? C ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? C ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 717 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? C ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 801 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 1074 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? C ASN 1098 C NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? C ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? C ASN 1134 C NAG 1312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale55 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale56 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale57 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale58 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale59 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale60 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale61 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale62 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale63 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale64 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale65 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale66 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale67 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale68 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale69 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale70 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale71 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale72 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale73 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 7 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 8 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 6 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 3 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 6 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 6 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 4 ? AG6 ? 6 ? 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The RBD domain (334-528) and Sb45 are taken from 7KGJ which was superimposed onto the S-6P model in PyMol. The NTD domain (14-289) is taken from 7B32 with full sequence and replace that of 6XKL. We have rebuilt and added more glycans (NAGs). We used the real-space refinement in PHENIX including rigid-body refinement. RBD and NTD are subjected to rigid-body refinement. Simulate annealing (SA) runs once at the initial micro-step, local grid search and ADP refinements were included, using the secondary structure restraints. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 157 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Correlation Coefficient' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? A 529-1146 6XKL 1 2 ? B 529-1146 6XKL 1 3 ? C 529-1146 6XKL 1 4 ? A 334-528 7KGJ 1 5 ? B 1-121 7KGJ 1 6 ? A 14-289 7B32 # _em_3d_reconstruction.entry_id 7N0G _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT)' _em_3d_reconstruction.details ;A series of "Ab-initio 3D reconstruction" dividing 2 or 4 subclasses to identify two forms of configurations of S-6P, i.e. one RBD up or two RBD up. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 18 _em_3d_reconstruction.num_particles 214171 _em_3d_reconstruction.resolution 3.02 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Synthetic nanobody Sb45 was mixed with freshly purified S-6P in the mole ratio of 3:1, incubated, and subjected to Negative stain and frozen grids for cryoEM data collection. ; _em_entity_assembly.name 'Spike protein (S-6P) in complex with Synthetic nanobody (Sb45)' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7N0G _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5.001 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7N0G _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure BASIC _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.calibrated_defocus_max 2431 _em_imaging.calibrated_defocus_min 535 _em_imaging.calibrated_magnification 47529 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum 80 _em_imaging.recording_temperature_minimum 78 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7N0G _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7N0G _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7N0G _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NZ C LYS 558 ? ? 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O5 D NAG 1 ? ? 2.12 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 THR A 19 ? ? -126.58 -169.53 2 1 PHE A 32 ? ? 56.70 -134.40 3 1 ASN A 87 ? ? 57.89 -127.55 4 1 ASN A 122 ? ? -98.03 36.20 5 1 ALA A 123 ? ? 69.32 -3.63 6 1 ASP A 215 ? ? 63.76 -174.04 7 1 ASP A 428 ? ? -98.52 35.06 8 1 LEU A 518 ? ? -129.50 -166.37 9 1 GLN A 580 ? ? 69.79 -8.42 10 1 ASP A 614 ? ? -141.22 47.66 11 1 ILE A 666 ? ? -124.41 -52.71 12 1 ASP A 745 ? ? -98.72 59.52 13 1 LEU A 945 ? ? -94.54 33.57 14 1 ALA A 1070 ? ? -116.66 -167.11 15 1 GLN A 1071 ? ? -38.37 128.08 16 1 SER A 1123 ? ? -160.50 115.58 17 1 PHE B 32 ? ? 57.61 -135.74 18 1 ASN B 87 ? ? 58.84 -124.30 19 1 ASN B 122 ? ? -98.55 35.83 20 1 ALA B 123 ? ? 69.88 -3.18 21 1 ASP B 198 ? ? 33.33 57.99 22 1 ASP B 215 ? ? 64.00 -169.15 23 1 ALA B 372 ? ? 59.33 19.77 24 1 ASP B 428 ? ? -99.35 35.81 25 1 LYS B 528 ? ? 45.16 -146.56 26 1 LYS B 529 ? ? -170.70 141.47 27 1 PRO B 561 ? ? -53.18 -6.68 28 1 GLN B 580 ? ? 71.72 -6.09 29 1 LYS B 795 ? ? -100.76 76.96 30 1 SER B 813 ? ? 73.33 -3.43 31 1 LEU B 945 ? ? -99.47 35.54 32 1 THR C 19 ? ? -129.40 -168.81 33 1 PHE C 32 ? ? 60.09 -134.97 34 1 ASN C 87 ? ? 57.11 -123.81 35 1 ASN C 99 ? ? 60.52 60.52 36 1 ASN C 122 ? ? -97.10 37.34 37 1 ASN C 165 ? ? 36.41 58.14 38 1 ASP C 215 ? ? 64.09 -174.32 39 1 ILE C 231 ? ? -97.69 -62.04 40 1 SER C 247 ? ? -161.06 -169.51 41 1 ASN C 343 ? ? -89.89 49.16 42 1 ALA C 372 ? ? 59.29 17.67 43 1 LYS C 528 ? ? 45.29 -141.96 44 1 GLN C 580 ? ? 67.25 -3.28 45 1 ASN C 710 ? ? -140.38 30.70 46 1 TYR C 741 ? ? -90.70 -60.67 47 1 ASP C 745 ? ? 37.53 42.22 48 1 LEU C 945 ? ? -99.19 36.40 49 1 ASP C 1084 ? ? 39.90 50.48 50 1 ALA X 92 ? ? -170.32 -176.41 51 1 VAL Y 48 ? ? -120.65 -60.95 52 1 ASN Y 77 ? ? 61.93 62.36 53 1 VAL Z 48 ? ? -107.35 -61.24 54 1 HIS Z 104 ? ? -104.68 40.76 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 ASN B 616 ? ? 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A LYS 529 NZ 9 1 Y 1 B ILE 332 ? CG1 ? B ILE 332 CG1 10 1 Y 1 B ILE 332 ? CG2 ? B ILE 332 CG2 11 1 Y 1 B ILE 332 ? CD1 ? B ILE 332 CD1 12 1 Y 1 B THR 333 ? OG1 ? B THR 333 OG1 13 1 Y 1 B THR 333 ? CG2 ? B THR 333 CG2 14 1 Y 1 B LYS 528 ? CG ? B LYS 528 CG 15 1 Y 1 B LYS 528 ? CD ? B LYS 528 CD 16 1 Y 1 B LYS 528 ? CE ? B LYS 528 CE 17 1 Y 1 B LYS 528 ? NZ ? B LYS 528 NZ 18 1 Y 1 C ILE 332 ? CG1 ? C ILE 332 CG1 19 1 Y 1 C ILE 332 ? CG2 ? C ILE 332 CG2 20 1 Y 1 C ILE 332 ? CD1 ? C ILE 332 CD1 21 1 Y 1 C THR 333 ? OG1 ? C THR 333 OG1 22 1 Y 1 C THR 333 ? CG2 ? C THR 333 CG2 23 1 Y 1 C LYS 528 ? CG ? C LYS 528 CG 24 1 Y 1 C LYS 528 ? CD ? C LYS 528 CD 25 1 Y 1 C LYS 528 ? CE ? C LYS 528 CE 26 1 Y 1 C LYS 528 ? NZ ? C LYS 528 NZ 27 1 Y 1 C LYS 529 ? CG ? C LYS 529 CG 28 1 Y 1 C LYS 529 ? CD ? C LYS 529 CD 29 1 Y 1 C LYS 529 ? CE ? C LYS 529 CE 30 1 Y 1 C LYS 529 ? NZ ? C LYS 529 NZ 31 1 Y 1 X GLN 1 ? CG ? D GLN 1 CG 32 1 Y 1 X GLN 1 ? CD ? D GLN 1 CD 33 1 Y 1 X GLN 1 ? OE1 ? 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C GLU 1229 577 1 Y 1 C TRP 1230 ? C TRP 1230 578 1 Y 1 C VAL 1231 ? C VAL 1231 579 1 Y 1 C LEU 1232 ? C LEU 1232 580 1 Y 1 C LEU 1233 ? C LEU 1233 581 1 Y 1 C SER 1234 ? C SER 1234 582 1 Y 1 C THR 1235 ? C THR 1235 583 1 Y 1 C PHE 1236 ? C PHE 1236 584 1 Y 1 C LEU 1237 ? C LEU 1237 585 1 Y 1 C GLY 1238 ? C GLY 1238 586 1 Y 1 C ARG 1239 ? C ARG 1239 587 1 Y 1 C SER 1240 ? C SER 1240 588 1 Y 1 C LEU 1241 ? C LEU 1241 589 1 Y 1 C GLU 1242 ? C GLU 1242 590 1 Y 1 C VAL 1243 ? C VAL 1243 591 1 Y 1 C LEU 1244 ? C LEU 1244 592 1 Y 1 C PHE 1245 ? C PHE 1245 593 1 Y 1 C GLN 1246 ? C GLN 1246 594 1 Y 1 C GLY 1247 ? C GLY 1247 595 1 Y 1 C PRO 1248 ? C PRO 1248 596 1 Y 1 C GLY 1249 ? C GLY 1249 597 1 Y 1 C HIS 1250 ? C HIS 1250 598 1 Y 1 C HIS 1251 ? C HIS 1251 599 1 Y 1 C HIS 1252 ? C HIS 1252 600 1 Y 1 C HIS 1253 ? C HIS 1253 601 1 Y 1 C HIS 1254 ? C HIS 1254 602 1 Y 1 C HIS 1255 ? C HIS 1255 603 1 Y 1 C HIS 1256 ? C HIS 1256 604 1 Y 1 C HIS 1257 ? C HIS 1257 605 1 Y 1 C SER 1258 ? C SER 1258 606 1 Y 1 C ALA 1259 ? C ALA 1259 607 1 Y 1 C TRP 1260 ? C TRP 1260 608 1 Y 1 C SER 1261 ? C SER 1261 609 1 Y 1 C HIS 1262 ? C HIS 1262 610 1 Y 1 C PRO 1263 ? C PRO 1263 611 1 Y 1 C GLN 1264 ? C GLN 1264 612 1 Y 1 C PHE 1265 ? C PHE 1265 613 1 Y 1 C GLU 1266 ? C GLU 1266 614 1 Y 1 C LYS 1267 ? C LYS 1267 615 1 Y 1 C GLY 1268 ? C GLY 1268 616 1 Y 1 C GLY 1269 ? C GLY 1269 617 1 Y 1 C GLY 1270 ? C GLY 1270 618 1 Y 1 C SER 1271 ? C SER 1271 619 1 Y 1 C GLY 1272 ? C GLY 1272 620 1 Y 1 C GLY 1273 ? C GLY 1273 621 1 Y 1 C GLY 1274 ? C GLY 1274 622 1 Y 1 C GLY 1275 ? C GLY 1275 623 1 Y 1 C SER 1276 ? C SER 1276 624 1 Y 1 C GLY 1277 ? C GLY 1277 625 1 Y 1 C GLY 1278 ? C GLY 1278 626 1 Y 1 C SER 1279 ? C SER 1279 627 1 Y 1 C ALA 1280 ? C ALA 1280 628 1 Y 1 C TRP 1281 ? C TRP 1281 629 1 Y 1 C SER 1282 ? C SER 1282 630 1 Y 1 C HIS 1283 ? C HIS 1283 631 1 Y 1 C PRO 1284 ? C PRO 1284 632 1 Y 1 C GLN 1285 ? C GLN 1285 633 1 Y 1 C PHE 1286 ? C PHE 1286 634 1 Y 1 C GLU 1287 ? C GLU 1287 635 1 Y 1 C LYS 1288 ? C LYS 1288 # _em_buffer_component.buffer_id 1 _em_buffer_component.id 1 _em_buffer_component.concentration 0.25 _em_buffer_component.concentration_units mg/mL _em_buffer_component.formula ? _em_buffer_component.name TBS # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details 'patch CTF estimation' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.6 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? 3 1 ? ? 2697049 ? ? 'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 1 ? 1211845 'Escherichia coli MC1061' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 56 _em_image_recording.average_exposure_time 8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 9725 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;A total of 9,725 micrographs were imported into cryoSPARC. Following patch Motion correction, patch CTF estimation, and curation, the number of micrographs was reduced to 9,237. The blob picker with the particle diameter between 128 and 256 angstroms was used for picking up particles. We used the box size of 400 pixels and extracted 1,433,963 particles initially. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1433963 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC v3.2.0 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.8.0 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC v3.2.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 2021 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? cryoSPARC 3.2.0 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC V3.2.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.6 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 3 NAG 1 D NAG 1 D NAG 1 n G 3 NAG 2 D NAG 2 D NAG 2 n H 3 NAG 1 E NAG 1 E NAG 1 n H 3 NAG 2 E NAG 2 E NAG 2 n I 3 NAG 1 F NAG 1 F NAG 1 n I 3 NAG 2 F NAG 2 F NAG 2 n J 3 NAG 1 G NAG 1 G NAG 1 n J 3 NAG 2 G NAG 2 G NAG 2 n K 3 NAG 1 H NAG 1 H NAG 1 n K 3 NAG 2 H NAG 2 H NAG 2 n L 3 NAG 1 I NAG 1 I NAG 1 n L 3 NAG 2 I NAG 2 I NAG 2 n M 3 NAG 1 J NAG 1 J NAG 1 n M 3 NAG 2 J NAG 2 J NAG 2 n N 3 NAG 1 K NAG 1 K NAG 1 n N 3 NAG 2 K NAG 2 K NAG 2 n O 3 NAG 1 L NAG 1 L NAG 1 n O 3 NAG 2 L NAG 2 L NAG 2 n P 3 NAG 1 M NAG 1 M NAG 1 n P 3 NAG 2 M NAG 2 M NAG 2 n Q 3 NAG 1 N NAG 1 N NAG 1 n Q 3 NAG 2 N NAG 2 N NAG 2 n R 3 NAG 1 O NAG 1 O NAG 1 n R 3 NAG 2 O NAG 2 O NAG 2 n S 3 NAG 1 P NAG 1 P NAG 1 n S 3 NAG 2 P NAG 2 P NAG 2 n T 3 NAG 1 Q NAG 1 Q NAG 1 n T 3 NAG 2 Q NAG 2 Q NAG 2 n U 3 NAG 1 R NAG 1 R NAG 1 n U 3 NAG 2 R NAG 2 R NAG 2 n V 3 NAG 1 S NAG 1 S NAG 1 n V 3 NAG 2 S NAG 2 S NAG 2 n W 3 NAG 1 U NAG 1 U NAG 1 n W 3 NAG 2 U NAG 2 U NAG 2 n X 3 NAG 1 V NAG 1 V NAG 1 n X 3 NAG 2 V NAG 2 V NAG 2 n Y 3 NAG 1 W NAG 1 W NAG 1 n Y 3 NAG 2 W NAG 2 W NAG 2 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 3 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 3 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 3 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 3 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id NAG _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id NAG _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 4 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #