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'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7N8N _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7N8N _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 11812 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.810 ? 16997 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 32.588 ? 3388 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 1964 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1276 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7N8N _struct.title 'Melbournevirus nucleosome like particle' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7N8N _struct_keywords.text 'nucleosome, Virus, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 56 ? GLY A 68 ? PRO A 34 GLY A 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 76 ? ALA A 102 ? THR A 54 ALA A 80 1 ? 27 HELX_P HELX_P3 AA3 MET A 108 ? MET A 119 ? MET A 86 MET A 97 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 139 ? GLN A 143 ? LEU A 117 GLN A 121 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN A 158 ? LYS A 165 ? GLN A 136 LYS A 143 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO A 172 ? GLU A 187 ? 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ASP D 205 GLY D 213 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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J -60 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 E DT 10 1_555 F DA 138 1_555 E DC 11 1_555 F DG 137 1_555 0.482 -0.215 3.362 -0.470 -0.960 37.398 -0.205 -0.815 3.360 -1.497 0.733 37.413 1 II_DT-64DC-63:DG63DA64_JJ I -64 ? J 64 ? I -63 ? J 63 ? 1 E DC 11 1_555 F DG 137 1_555 E DC 12 1_555 F DG 136 1_555 0.113 -0.112 3.641 0.390 -1.047 38.469 -0.025 -0.118 3.644 -1.588 -0.592 38.485 2 II_DC-63DC-62:DG62DG63_JJ I -63 ? J 63 ? I -62 ? J 62 ? 1 E DC 12 1_555 F DG 136 1_555 E DG 13 1_555 F DC 135 1_555 0.882 0.295 3.461 1.399 -1.913 37.675 0.718 -1.172 3.472 -2.958 -2.164 37.747 3 II_DC-62DG-61:DC61DG62_JJ I -62 ? J 62 ? I -61 ? J 61 ? 1 E DG 13 1_555 F DC 135 1_555 E DG 14 1_555 F DC 134 1_555 -1.097 -0.337 3.603 1.302 -0.882 34.955 -0.414 2.040 3.568 -1.467 -2.167 34.989 4 II_DG-61DG-60:DC60DC61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 E DG 14 1_555 F DC 134 1_555 E DT 15 1_555 F DA 133 1_555 0.047 -0.848 3.097 2.648 -0.408 37.220 -1.275 0.258 3.102 -0.638 -4.142 37.312 5 II_DG-60DT-59:DA59DC60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 E DT 15 1_555 F DA 133 1_555 E DG 16 1_555 F DC 132 1_555 0.917 0.190 3.423 7.003 14.526 33.354 -1.839 -0.416 3.342 23.665 -11.410 36.948 6 II_DT-59DG-58:DC58DA59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 E DG 16 1_555 F DC 132 1_555 E DC 17 1_555 F DG 131 1_555 -0.781 0.475 3.189 -1.289 0.413 35.597 0.717 1.094 3.220 0.675 2.107 35.622 7 II_DG-58DC-57:DG57DC58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 E DC 17 1_555 F DG 131 1_555 E DC 18 1_555 F DG 130 1_555 0.338 2.205 3.573 -1.170 -5.410 42.096 3.623 -0.592 3.268 -7.492 1.621 42.442 8 II_DC-57DC-56:DG56DG57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 E DA 20 1_555 F DT 128 1_555 E DG 21 1_555 F DC 127 1_555 -0.440 0.546 3.443 -5.668 2.355 39.037 0.512 -0.062 3.496 3.498 8.419 39.498 9 II_DA-54DG-53:DC53DT54_JJ I -54 ? J 54 ? I -53 ? J 53 ? 1 E DG 21 1_555 F DC 127 1_555 E DG 22 1_555 F DC 126 1_555 -0.172 -0.004 3.215 -4.097 3.375 35.765 -0.475 -0.292 3.201 5.458 6.626 36.144 10 II_DG-53DG-52:DC52DC53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 E DG 22 1_555 F DC 126 1_555 E DC 23 1_555 F DG 125 1_555 -0.074 -0.266 3.084 -3.337 5.195 34.022 -1.200 -0.359 3.005 8.788 5.645 34.562 11 II_DG-52DC-51:DG51DC52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 E DC 23 1_555 F DG 125 1_555 E DC 24 1_555 F DG 124 1_555 -0.197 -0.166 3.061 -1.608 5.362 32.950 -1.117 0.094 3.004 9.369 2.810 33.409 12 II_DC-51DC-50:DG50DG51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? J 50 ? 1 E DC 24 1_555 F DG 124 1_555 E DG 25 1_555 F DC 123 1_555 0.923 0.551 3.374 9.900 13.233 35.452 -0.939 -0.062 3.485 20.419 -15.276 39.002 13 II_DC-50DG-49:DC49DG50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 E DG 25 1_555 F DC 123 1_555 E DC 26 1_555 F DG 122 1_555 -0.590 0.763 2.930 -2.345 1.079 35.172 1.115 0.659 2.984 1.783 3.874 35.264 14 II_DG-49DC-48:DG48DC49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 E DC 26 1_555 F DG 122 1_555 E DT 27 1_555 F DA 121 1_555 0.247 0.536 3.677 1.524 0.199 27.995 1.053 -0.104 3.689 0.410 -3.148 28.036 15 II_DC-48DT-47:DA47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 E DT 27 1_555 F DA 121 1_555 E DC 28 1_555 F DG 120 1_555 1.778 1.832 3.892 3.812 -19.620 43.136 4.044 -1.872 2.977 -25.140 -4.885 47.340 16 II_DT-47DC-46:DG46DA47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 E DC 28 1_555 F DG 120 1_555 E DA 29 1_555 F DT 119 1_555 -0.764 1.386 3.229 -1.071 -0.151 42.561 1.924 0.945 3.241 -0.208 1.475 42.574 17 II_DC-46DA-45:DT45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 E DA 29 1_555 F DT 119 1_555 E DA 30 1_555 F DT 118 1_555 0.218 -0.186 3.181 -0.895 -0.809 34.864 -0.191 -0.495 3.177 -1.349 1.493 34.885 18 II_DA-45DA-44:DT44DT45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 E DA 30 1_555 F DT 118 1_555 E DT 31 1_555 F DA 117 1_555 0.431 -1.062 3.471 1.002 -4.385 32.860 -1.062 -0.573 3.589 -7.706 -1.761 33.158 19 II_DA-44DT-43:DA43DT44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 E DT 31 1_555 F DA 117 1_555 E DT 32 1_555 F DA 116 1_555 0.058 -0.453 3.492 3.906 2.835 36.330 -1.135 0.478 3.436 4.522 -6.230 36.638 20 II_DT-43DT-42:DA42DA43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 E DT 32 1_555 F DA 116 1_555 E DG 33 1_555 F DC 115 1_555 0.016 -0.175 3.294 0.160 5.548 27.541 -1.669 0.005 3.197 11.505 -0.332 28.084 21 II_DT-42DG-41:DC41DA42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? 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J 26 ? 1 E DT 48 1_555 F DA 100 1_555 E DA 49 1_555 F DT 99 1_555 1.340 1.180 3.908 9.735 -17.850 38.039 3.695 -0.694 3.299 -25.303 -13.800 42.954 37 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 E DA 49 1_555 F DT 99 1_555 E DG 50 1_555 F DC 98 1_555 -0.429 0.602 2.990 -4.563 0.641 32.075 0.974 0.025 3.032 1.152 8.204 32.396 38 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 E DG 50 1_555 F DC 98 1_555 E DC 51 1_555 F DG 97 1_555 0.698 -0.258 3.177 -4.480 3.086 39.537 -0.718 -1.517 3.055 4.535 6.585 39.895 39 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 E DC 51 1_555 F DG 97 1_555 E DA 52 1_555 F DT 96 1_555 -0.482 -0.487 2.932 -1.661 4.842 32.708 -1.582 0.596 2.853 8.532 2.927 33.095 40 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 E DA 52 1_555 F DT 96 1_555 E DC 53 1_555 F DG 95 1_555 0.510 -0.898 3.162 -0.551 3.400 32.007 -2.197 -1.014 3.043 6.145 0.995 32.187 41 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? 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J 6 ? 1 E DT 68 1_555 F DA 80 1_555 E DA 69 1_555 F DT 79 1_555 -0.547 1.961 4.541 7.102 -11.165 44.592 3.726 1.481 3.844 -14.344 -9.124 46.417 57 II_DT-6DA-5:DT5DA6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 E DA 69 1_555 F DT 79 1_555 E DC 70 1_555 F DG 78 1_555 -0.908 0.206 2.965 -9.628 3.303 27.199 -0.287 -0.221 3.103 6.731 19.622 29.007 58 II_DA-5DC-4:DG4DT5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 E DC 70 1_555 F DG 78 1_555 E DG 71 1_555 F DC 77 1_555 -0.915 0.097 2.927 -8.064 8.081 31.812 -1.058 0.353 2.999 14.185 14.155 33.748 59 II_DC-4DG-3:DC3DG4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 E DG 71 1_555 F DC 77 1_555 E DC 72 1_555 F DG 76 1_555 0.976 -0.199 3.279 2.620 1.768 34.418 -0.612 -1.234 3.328 2.981 -4.416 34.559 60 II_DG-3DC-2:DG2DC3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 E DC 72 1_555 F DG 76 1_555 E DG 73 1_555 F DC 75 1_555 -0.625 0.467 3.940 -5.990 -1.211 33.575 1.030 -0.093 3.971 -2.075 10.264 34.110 61 II_DC-2DG-1:DC1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? 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