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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 25 'synthetic construct' ? 32630 ? 4 1 sample 1 38 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PCNA_HUMAN P12004 ? 1 ;MFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILK CAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVI SCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYK IADMGHLKYYLAPKIEDEEGS ; 1 2 UNP POLK_HUMAN Q9UBT6 ? 2 ;MDSTKEKCDSYKDDLLLRMGLNDNKAGMEGLDKEKINKIIMEATKGSRFYGNELKKEKQVNQRIENMMQQKAQITSQQLR KAQLQVDRFAMELEQSRNLSNTIVHIDMDAFYAAVEMRDNPELKDKPIAVGSMSMLSTSNYHARRFGVRAAMPGFIAKRL CPQLIIVPPNFDKYRAVSKEVKEILADYDPNFMAMSLDEAYLNITKHLEERQNWPEDKRRYFIKMGSSVENDNPGKEVNK LSEHERSISPLLFEESPSDVQPPGDPFQVNFEEQNNPQILQNSVVFGTSAQEVVKEIRFRIEQKTTLTASAGIAPNTMLA KVCSDKNKPNGQYQILPNRQAVMDFIKDLPIRKVSGIGKVTEKMLKALGIITCTELYQQRALLSLLFSETSWHYFLHISL GLGSTHLTRDGERKSMSVERTFSEINKAEEQYSLCQELCSELAQDLQKERLKGRTVTIKLKNVNFEVKTRASTVSSVVST AEEIFAIAKELLKTEIDADFPHPLRLRLMGVRISSFPNEEDRKHQQRSIIGFLQAGNQALSATECTLEKTDKDKFVKPLE MSHKKSFFDKKRSERKWSHQDTFKCEAVNKQSFQTSQPFQVLKKKMNENLEISENSDDCQILTCPVCFRAQGCISLEALN KHVDECLDGPSISENFKMFSCSHVSATKVNKKENVPASSLCEKQDYEAHPKIKEISSVDCIALVDTIDNSSKAESIDALS NKHSKEECSSLPSKSFNIEHCHQNSSSTVSLENEDVGSFRQEYRQPYLCEVKTGQALVCPVCNVEQKTSDLTLFNVHVDV CLNKSFIQELRKDKFNPVNQPKESSRSTGSSSGVQKAVTRTKRPGLMTKYSTSKKIKPNNPKHTLDIFFK ; 1 3 PDB 7NV1 7NV1 ? 3 ? 1 4 PDB 7NV1 7NV1 ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7NV1 B 4 ? 264 ? P12004 1 ? 261 ? 1 261 2 1 7NV1 C 4 ? 264 ? P12004 1 ? 261 ? 1 261 3 1 7NV1 D 4 ? 264 ? P12004 1 ? 261 ? 1 261 4 2 7NV1 A 1 ? 870 ? Q9UBT6 1 ? 870 ? 1 870 5 3 7NV1 P 1 ? 25 ? 7NV1 1 ? 25 ? 1 25 6 4 7NV1 T 1 ? 38 ? 7NV1 -12 ? 25 ? -12 25 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7NV1 GLY B 1 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' -2 1 1 7NV1 PRO B 2 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' -1 2 1 7NV1 HIS B 3 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' 0 3 2 7NV1 GLY C 1 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' -2 4 2 7NV1 PRO C 2 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' -1 5 2 7NV1 HIS C 3 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' 0 6 3 7NV1 GLY D 1 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' -2 7 3 7NV1 PRO D 2 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' -1 8 3 7NV1 HIS D 3 ? UNP P12004 ? ? 'expression tag' 0 9 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DOC 'DNA linking' n "2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O6 P' 291.198 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TTP non-polymer . "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H17 N2 O14 P3' 482.168 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7NV1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7NV1 _struct.title 'Human Pol Kappa holoenzyme with Ub-PCNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NV1 _struct_keywords.text 'Translesion synthesis, TLS, REPLICATION' _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 12 ? LYS A 23 ? GLY B 9 LYS B 20 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU A 75 ? LEU A 82 ? LEU B 72 LEU B 79 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 144 ? HIS A 156 ? SER B 141 HIS B 153 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 212 ? THR A 219 ? LEU B 209 THR B 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 LYS A 220 ? THR A 222 ? LYS B 217 THR B 219 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 ILE B 14 ? LEU B 19 ? 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LEU A 208 GLN A 212 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 SER D 289 ? THR D 306 ? SER A 289 THR A 306 1 ? 18 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN D 316 ? SER D 324 ? ASN A 316 SER A 324 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL D 342 ? LYS D 347 ? VAL A 342 LYS A 347 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS D 359 ? ALA D 367 ? LYS A 359 ALA A 367 1 ? 9 HELX_P HELX_P25 AC7 THR D 372 ? GLN D 378 ? THR A 372 GLN A 378 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 GLN D 379 ? PHE D 387 ? GLN A 379 PHE A 387 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 SER D 388 ? LEU D 400 ? SER A 388 LEU A 400 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA D 428 ? LYS D 448 ? ALA A 428 LYS A 448 1 ? 21 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE D 484 ? ASP D 497 ? ILE A 484 ASP A 497 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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E DG 19 N2 ? ? ? 1_555 F DC 20 O2 ? ? P DG 19 T DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? E DG 19 O6 ? ? ? 1_555 F DC 20 N4 ? ? P DG 19 T DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? E DA 20 N1 ? ? ? 1_555 F DT 19 N3 ? ? P DA 20 T DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? E DA 20 N6 ? ? ? 1_555 F DT 19 O4 ? ? P DA 20 T DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? E DA 21 N1 ? ? ? 1_555 F DT 18 N3 ? ? P DA 21 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? E DA 21 N6 ? ? ? 1_555 F DT 18 O4 ? ? P DA 21 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? E DT 22 N3 ? ? ? 1_555 F DA 17 N1 ? ? P DT 22 T DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? E DT 22 O4 ? ? ? 1_555 F DA 17 N6 ? ? P DT 22 T DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? E DT 23 N3 ? ? ? 1_555 F DA 16 N1 ? ? P DT 23 T DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? 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D ARG 811 424 1 Y 1 A LYS 812 ? D LYS 812 425 1 Y 1 A ASP 813 ? D ASP 813 426 1 Y 1 A LYS 814 ? D LYS 814 427 1 Y 1 A PHE 815 ? D PHE 815 428 1 Y 1 A ASN 816 ? D ASN 816 429 1 Y 1 A PRO 817 ? D PRO 817 430 1 Y 1 A VAL 818 ? D VAL 818 431 1 Y 1 A ASN 819 ? D ASN 819 432 1 Y 1 A GLN 820 ? D GLN 820 433 1 Y 1 A PRO 821 ? D PRO 821 434 1 Y 1 A LYS 822 ? D LYS 822 435 1 Y 1 A GLU 823 ? D GLU 823 436 1 Y 1 A SER 824 ? D SER 824 437 1 Y 1 A SER 825 ? D SER 825 438 1 Y 1 A ARG 826 ? D ARG 826 439 1 Y 1 A SER 827 ? D SER 827 440 1 Y 1 A THR 828 ? D THR 828 441 1 Y 1 A GLY 829 ? D GLY 829 442 1 Y 1 A SER 830 ? D SER 830 443 1 Y 1 A SER 831 ? D SER 831 444 1 Y 1 A SER 832 ? D SER 832 445 1 Y 1 A GLY 833 ? D GLY 833 446 1 Y 1 A VAL 834 ? D VAL 834 447 1 Y 1 A GLN 835 ? D GLN 835 448 1 Y 1 A LYS 836 ? D LYS 836 449 1 Y 1 A ALA 837 ? D ALA 837 450 1 Y 1 A VAL 838 ? D VAL 838 451 1 Y 1 A THR 839 ? D THR 839 452 1 Y 1 A ARG 840 ? D ARG 840 453 1 Y 1 A THR 841 ? D THR 841 454 1 Y 1 A LYS 842 ? 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F DG 3 486 1 Y 1 T DC -9 ? F DC 4 487 1 Y 1 T DA -8 ? F DA 5 488 1 Y 1 T DC -7 ? F DC 6 489 1 Y 1 T DG -6 ? F DG 7 490 1 Y 1 T DA -5 ? F DA 8 491 1 Y 1 T DA -4 ? F DA 9 492 1 Y 1 T DT -3 ? F DT 10 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 25 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 100 mM CH3COOK 'Potassium acetate' 1 3 10 mM CaCl2 'Calcium chloride' 1 4 0.02 % 'H(C2H4O)nO(C6H4)C9H19' NP-40 1 5 0.5 mM C9H15O6P 'tris(2-carboxyethyl)phosphine' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.232 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 9606 ? ? 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RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7NV1 'double helix' 7NV1 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 E DA 1 1_555 F DT 38 1_555 1.292 -0.663 1.767 22.696 -0.863 0.753 1 P_DA1:DT25_T P 1 ? 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