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EMDB EMD-12897 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6' _pdbx_database_related.db_id EMD-12897 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7OH9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-05-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wang, H.' 1 0000-0003-2416-9153 'Cramer, P.' 2 0000-0001-5454-7755 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 118 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structures and implications of TBP-nucleosome complexes.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2108859118 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34301908 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wang, H.' 1 ? primary 'Xiong, L.' 2 ? primary 'Cramer, P.' 3 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7OH9 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7OH9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A' 13978.241 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (145-MER)' 44520.383 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (145-MER)' 44991.660 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'TATA-binding protein' 27042.275 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Transcription initiation factor IIA large subunit' 19432.029 1 ? ? ? 'yeast Toa1 protein with the disorder region from residue 96 to 209 removed.' 9 polymer man 'Transcription initiation factor IIA subunit 2' 13473.070 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 4 H2B1.1 8 'TFIIA large subunit,TFIIA 32 kDa subunit' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPDENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYT FQKAQVEAEWV ; ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPDENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYT FQKAQVEAEWV ; L ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 ARG n 3 12 ALA n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 LYS n 3 16 THR n 3 17 ARG n 3 18 SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 ALA n 3 22 GLY n 3 23 LEU n 3 24 GLN n 3 25 PHE n 3 26 PRO n 3 27 VAL n 3 28 GLY n 3 29 ARG n 3 30 VAL n 3 31 HIS n 3 32 ARG n 3 33 LEU n 3 34 LEU n 3 35 ARG n 3 36 LYS n 3 37 GLY n 3 38 ASN n 3 39 TYR n 3 40 ALA n 3 41 GLU n 3 42 ARG n 3 43 VAL n 3 44 GLY n 3 45 ALA n 3 46 GLY n 3 47 ALA n 3 48 PRO n 3 49 VAL n 3 50 TYR n 3 51 LEU n 3 52 ALA n 3 53 ALA n 3 54 VAL n 3 55 LEU n 3 56 GLU n 3 57 TYR n 3 58 LEU n 3 59 THR n 3 60 ALA n 3 61 GLU n 3 62 ILE n 3 63 LEU n 3 64 GLU n 3 65 LEU n 3 66 ALA n 3 67 GLY n 3 68 ASN n 3 69 ALA n 3 70 ALA n 3 71 ARG n 3 72 ASP n 3 73 ASN n 3 74 LYS n 3 75 LYS n 3 76 THR n 3 77 ARG n 3 78 ILE n 3 79 ILE n 3 80 PRO n 3 81 ARG n 3 82 HIS n 3 83 LEU n 3 84 GLN n 3 85 LEU n 3 86 ALA n 3 87 VAL n 3 88 ARG n 3 89 ASN n 3 90 ASP n 3 91 GLU n 3 92 GLU n 3 93 LEU n 3 94 ASN n 3 95 LYS n 3 96 LEU n 3 97 LEU n 3 98 GLY n 3 99 ARG n 3 100 VAL n 3 101 THR n 3 102 ILE n 3 103 ALA n 3 104 GLN n 3 105 GLY n 3 106 GLY n 3 107 VAL n 3 108 LEU n 3 109 PRO n 3 110 ASN n 3 111 ILE n 3 112 GLN n 3 113 SER n 3 114 VAL n 3 115 LEU n 3 116 LEU n 3 117 PRO n 3 118 LYS n 3 119 LYS n 3 120 THR n 3 121 GLU n 3 122 SER n 3 123 SER n 3 124 LYS n 3 125 SER n 3 126 ALA n 3 127 LYS n 3 128 SER n 3 129 LYS n 4 1 ALA n 4 2 LYS n 4 3 SER n 4 4 ALA n 4 5 PRO n 4 6 ALA n 4 7 PRO n 4 8 LYS n 4 9 LYS n 4 10 GLY n 4 11 SER n 4 12 LYS n 4 13 LYS n 4 14 ALA n 4 15 VAL n 4 16 THR n 4 17 LYS n 4 18 THR n 4 19 GLN n 4 20 LYS n 4 21 LYS n 4 22 ASP n 4 23 GLY n 4 24 LYS n 4 25 LYS n 4 26 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 240 ;Baker's yeast ; ? SPT15 ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 171 ;baker's yeast ; ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 122 ;Baker's yeast ; ? ;PACBIOSEQ_LOCUS3356, PACBIOSEQ_LOCUS3547, PACBIOSEQ_LOCUS3591, PACBIOSEQ_LOCUS3602, PACBIOSEQ_LOCUS3607, PACBIOSEQ_LOCUS3639, PACBIOSEQ_LOCUS3680, PACBIOSEQ_LOCUS3892, PACBIOSEQ_LOCUS3963 ; ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 7OH9 7OH9 ? 5 ? 1 6 PDB 7OH9 7OH9 ? 6 ? 1 7 UNP G4XSG8_YEASX G4XSG8 ? 7 ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; 1 8 UNP TOA1_YEAST P32773 ? 8 ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGNEGLILPNINSNNNIPHSGETNINTNTVEATNNSGATLNTNTSGNTNADVTSQPKIEVKPEIELTI NNANITTVENIDDESEKKDDEEKEEDVEKTRKEKEQIEQVKLQAKKEKRSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPD ENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYTFQKAQVEAEWV ; 1 9 UNP A0A6A5PRZ0_YEASX A0A6A5PRZ0 ? 9 ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7OH9 A 1 ? 135 ? 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M GLU 122 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.23 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? ? ? 3 2 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? ? ? 4 3 4932 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' ? ? ? ? 5 4 4932 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 2 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 2 562 'Escherichia coli' ? ? ? 4 3 562 'Escherichia coli' ? ? ? 5 4 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 41.2 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.12 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7OH9 'double helix' 7OH9 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 0.091 -0.309 -1.161 -8.521 -5.211 3.648 1 I_DA-72:DT72_J I -72 ? 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