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'Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell' 2021 ? 10.1101/2021.12.18.473270 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Xue, L.' 1 0000-0003-4368-2526 primary 'Lenz, S.' 2 0000-0002-8839-5371 primary 'Zimmermann-Kogadeeva, M.' 3 0000-0001-6021-1246 primary 'Tegunov, D.' 4 ? primary 'Cramer, P.' 5 0000-0001-5454-7755 primary 'Bork, P.' 6 0000-0002-2627-833X primary 'Rappsilber, J.' 7 0000-0001-5999-1310 primary 'Mahamid, J.' 8 0000-0001-6968-041X 1 'Xue, L.' 9 0000-0003-4368-2526 1 'Lenz, S.' 10 0000-0002-8839-5371 1 'Zimmermann-Kogadeeva, M.' 11 0000-0001-6021-1246 1 'Tegunov, D.' 12 ? 1 'Cramer, P.' 13 0000-0001-5454-7755 1 'Bork, P.' 14 0000-0002-2627-833X 1 'Rappsilber, J.' 15 0000-0001-5999-1310 1 'Mahamid, J.' 16 0000-0001-6968-041X 2 'Xue, L.' 17 ? 2 'Lenz, S.' 18 ? 2 'Zimmermann-Kogadeeva, M.' 19 ? 2 'Tegunov, D.' 20 ? 2 'Cramer, P.' 21 ? 2 'Bork, P.' 22 ? 2 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'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 94 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 139 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 1 61 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 1 108 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 1 124 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample 1 86 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 15 1 sample 1 87 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 16 1 sample 1 60 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 17 1 sample 1 142 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 18 1 sample 1 104 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 19 1 sample 1 215 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 20 1 sample 1 85 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 21 1 sample 1 1520 ? 'Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129)' 272634 ? ? 'ATCC 29342 / M129' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RS3_MYCPN P41205 ? 1 ;MGQKVNSNGLRFGINKNWISRWTANSHAQTAKWLIEDEKIRNLFFVNYRNAQVSNVEIERTQATVDVFVYAAQPAFLIGS ENKNIQKITKQIKQIIGRTTNLDLTINEIGSPMLSARIIARDLANAIEARVPLRTAMRQSLIKVLKAGANGIKVLVSGRL NGAEIARDKMYIEGNMPLSTLRADIDYALEKAQTTYGVIGVKVWINRGMIYTKGLNRTPAHILHPQKKQPNRQNQQPRHF NQGQVLSANKLTGSDVETSSIQALTKPNKEDKQ ; 1 2 UNP RS5_MYCPN Q50301 ? 2 ;MTDQNQKANQGNGLQTTNLQAHAQRKHNLRPSSEGIKKAVSKKEGGGHNRNNQNRRFQKPAFKSEFEERIVKLKRISKTT KGGRNMRFSVLVVVGNRKGKIGYGIAKALEVPNAIKKAIKAAHNSLHTIEIHKGSIYHEVIGRSGASRVLLKPAPQGTGI IAGGAIRAIIELAGYSDIYTKNLGRNTPINMIHATMDGILKQLSPRRVAILRNKNLNEL ; 1 3 UNP RS7_MYCPN P75545 ? 3 ;MRKNRAPKRTVLPDPVFNNTLVTRIINVIMEDGKKGLAQRILYGAFDLIEQRTKEKPLTVFERAVGNVMPRLELRVRRIA GSNYQVPTEVPQDRKIALALRWIAMFARKRHEKTMLEKIANEIIDASNNTGAAIKKKDDTHKMAEANKAFAHMRW ; 1 4 UNP RS2_MYCPN P75560 ? 4 ;MSELITTPVETTAKAELVSLAKLGEMRTHVGMVKRYWNPKMGFFIEPERKHNNDHFVLELQRQSLQTAYNYVKEVAQNNG QILFVGTKNDYVKKLVNNIAKRVDVAFITQRWLGGTLTNFKTLSISINKLNKLVEKQAENAADLTKKENLMLSREIERLE KFFGGVKSLKRLPNLLIVDDPVYEKNAVAEANILRIPVVALCNTNTNPELVDFIIPANNHQPQSTCLLMNLLADAVAEAK AMPTMFAYKPDEEIQIEIPQKQEAPRQVVNRANSKQITSQRLNITRNPEVLTRE ; 1 5 UNP RS9_MYCPN P75179 ? 5 ;MEKQSYYGLGRRKSSSAKVYLTPTQDKGKITVNRRDPSEYFPNKLVIQDMEQPLDLTDLKKNFDINVVVKGGGFTGQAGA IRLGIVRALLQFNPELKKILKSKKLTTRDKRVKERKKFGLYGARRAPQFTKR ; 1 6 UNP RS11_MYCPN Q50296 ? 6 ;MAKKKKINVSSGIIHVSCSPNNTIVSASDPGGNVLCWASSGTMGFKGSRKKTPYSAGIAADKVAKTVKEMGMATVKLFVK GTGRGKDTAIRSFANAGLSITEINEKTPIPHNGCKPPKRPR ; 1 7 UNP RS4_MYCPN P46775 ? 7 ;MKYTGSIFKRSRRLGFSLLENNKEFSKGKKRKTIPGQHGNRFRSSTMSGYAQQLQEKQRMQYMYGITDKQFRRLFRLVLK QRGNLAVNLFRVLESRLDNIVYRMGFAPTRRSARQLVNHGHVLLNDRTVDTPSIILNPGDKVRLKAKTIKIPIVKAASES GVVSPFVETNNKTFEGTYVRFPERSELPAGINESYVVEWYKRLVK ; 1 8 UNP RS20_MYCPN P75237 ? 8 ;MANIKSNEKRLRQNIKRNLNNKGQKTKLKTNVKNFHKEINLDNLGNVYSQADRLARKGIISTNRARRLKSRNVAVLNKTQ VTAVEGK ; 1 9 UNP A0A0H3DLS7_MYCPB A0A0H3DLS7 ? 9 ;MVKIRLMRMGRVHYPTYRIVAVDSRVKRDGKYIALIGHLNPALKENKCKIDEAVALEWLNKGAKPTDTVRSLFSQTGLWK KFVESKKKPVAKSK ; 1 10 UNP RS12_MYCPN P75546 ? 10 ;MATIAQLIRKPRKKKKVKSKSPALHYNLNLLNKKVTNVYSPLKRGVCTRVGTMTPKKPNSALRKYAKVRLTNGFEVLTYI PGEGHNLQEHSVTLLRGGRVKDLPGVRYHIVRGTLDTVGVEKRRQQRSAYGAKKPKAKS ; 1 11 UNP RS14Z_MYCPN Q50305 ? 11 MAKKSLKVKQTRIPKFAVRAYTRCQRCGRARAVLSHFGVCRLCFRELAYAGAIPGVKKASW 1 12 UNP RS10_MYCPN P75581 ? 12 ;MNAANAVKYPELKIKLESYDSTLLDLTTKKIVEVVKGVDVKIKGPLPLPTKKEVITIIRSPHVDKASREQFEKNRHKRLM ILVDVNQGAIDSLKRIKIPVGVTLRFSK ; 1 13 UNP RS13_MYCPN Q50297 ? 13 ;MARILGIDIPNQKRIEIALTYIFGIGLSRSQAILKQANINPDKRVKDLTEEEFVAIRNVASAYKIEGDLRREIALNIKHL SEIGAWRGLRHRKNLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVANKKIESK ; 1 14 UNP RS15_MYCPN P75173 ? 14 ;MQIDKNGIIKSAQLHDKDVGSIQVQVSLLTSQIKQLTDHLLANKKDFISKRGLYAKVSKRKRLLKYLKHNDLEAYRNLVK TLNLRG ; 1 15 UNP RS19_MYCPN P75576 ? 15 ;MSRSAKKGAFVDAHLLKKVIDMNKQEKKRPIKTWSRRSTIFPEFVGNTFAVHNGKTFINVYVTDDMVGHKLGEFSPTRNF KQHTANR ; 1 16 UNP RS21_MYCPN P57079 ? 16 MPKIEVKNDDLELALKKFKRVSLEIRRLAQRHEYHLRKGMRLREKRKIAQKKRRKFRNMV 1 17 UNP RS8_MYCPN Q50304 ? 17 ;MITTTKPIKAHFDPVADLLTKINNARKAKLMTVTTIASKLKIAILEILVKEGYLANFQVLENKSKTKRIVTFNLKYTQRR IPSINGVKQISKPGLRIYRPFEKLPLVLNGLGIAIISTSDGVMTDKVARLKKIGGEILAYVW ; 1 18 UNP RS18_MYCPN P75541 ? 18 ;MMNNEHDNFQKEVETTTETTFNREEGKRMVRPLFKRSKKYCRFCAIGQLRIDLIDDLEALKRFLSPYAKINPRRITGNCQ MHQRHVAKALKRARYLALVPFVKD ; 1 19 UNP RS6_MYCPN P75543 ? 19 ;MQYNIILLVDGSLSLEQANQVNEKQQQTLTNVEGLQTEYLGLKELAYPIKKQLSAHYYRWKFSGDNQSTKDFKRTANINK QVLRELIINLEREYGYLASINPKKQQLALQKRAKYDEIIARENNPENPDVPVTSGLASTQPRLSRTEKAQKPKEELWDVV QKMGNFDSVQANPYRPRFKRFNAEHVNQRQNQQNNNNNRFDRNRNRQHNRFKDKQ ; 1 20 UNP RS17_MYCPN Q50309 ? 20 ;MKRNQRKVLIGIVKSTKNAKTATVQVESRFKHPLYHKSVVRHKKYQAHNEGEVLAKDGDKVQIVETRPLSATKRFRIAKI IERAK ; 1 21 PDB 7OOC 7OOC ? 21 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7OOC B 1 ? 273 ? 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'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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U G 1023 333 1 Y 1 5 U 1024 ? U U 1024 334 1 Y 1 5 U 1025 ? U U 1025 335 1 Y 1 5 A 1026 ? U A 1026 336 1 Y 1 5 A 1027 ? U A 1027 337 1 Y 1 5 C 1510 ? U C 1510 338 1 Y 1 5 C 1511 ? U C 1511 339 1 Y 1 5 U 1512 ? U U 1512 340 1 Y 1 5 C 1513 ? U C 1513 341 1 Y 1 5 C 1514 ? U C 1514 342 1 Y 1 5 U 1515 ? U U 1515 343 1 Y 1 5 U 1516 ? U U 1516 344 1 Y 1 5 U 1517 ? U U 1517 345 1 Y 1 5 C 1518 ? U C 1518 346 1 Y 1 5 U 1519 ? U U 1519 347 1 Y 1 5 A 1520 ? 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Coot 0.9 ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' 'phenix real-space refine' PHENIX 1.18 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;Mycoplasma pneumoniae M129 cells grown on gold Quantifoil grids at 37 degrees Celsius before plunge freezing. Quick wash with PBS solution containing gold fiducial beads before blotting. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ? _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 65 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 17890 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7OOC 'double helix' 7OOC 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 U A 393 1_555 U U 38 1_555 0.073 1.252 -0.151 -1.740 3.374 162.875 1 5_A393:U38_5 5 393 ? 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