data_7OUH # _entry.id 7OUH # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.350 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7OUH pdb_00007ouh 10.2210/pdb7ouh/pdb WWPDB D_1292114050 ? ? EMDB EMD-13077 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir' _pdbx_database_related.db_id EMD-13077 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7OUH _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-06-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Barski, M.S.' 1 0000-0002-4663-6915 'Ballandras-Colas, A.' 2 0000-0003-4735-4984 'Cronin, N.B.' 3 0000-0002-4249-7313 'Pye, V.E.' 4 0000-0001-9616-2992 'Cherepanov, P.' 5 0000-0002-0634-538X 'Maertens, G.N.' 6 0000-0002-1963-8026 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 4996 _citation.page_last 4996 _citation.title 'Structural basis for the inhibition of HTLV-1 integration inferred from cryo-EM deltaretroviral intasome structures.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-25284-1 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34404793 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Barski, M.S.' 1 0000-0002-4663-6915 primary 'Vanzo, T.' 2 0000-0001-9923-4138 primary 'Zhao, X.Z.' 3 0000-0003-1006-6364 primary 'Smith, S.J.' 4 0000-0001-9207-1671 primary 'Ballandras-Colas, A.' 5 0000-0003-4735-4984 primary 'Cronin, N.B.' 6 ? primary 'Pye, V.E.' 7 0000-0001-9616-2992 primary 'Hughes, S.H.' 8 0000-0002-9176-4377 primary 'Burke Jr., T.R.' 9 0000-0001-9925-8586 primary 'Cherepanov, P.' 10 0000-0002-0634-538X primary 'Maertens, G.N.' 11 0000-0002-1963-8026 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7OUH _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7OUH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Integrase 33943.539 4 ? 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;SMTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNE GLWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVET EEAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQK EEDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQE EQMETEFMVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHN RNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKF VLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEH KIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKI MEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT ; ;SMTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNE GLWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVET EEAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQK EEDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQE EQMETEFMVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHN RNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKF VLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEH KIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKI MEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT ; F,C ? 3 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) ; ACTGTGTTTGGCGCTTCTCTCCCGGAGAGA I,K ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) ; TCTCTCCGGGAGAGAAGCGCCAAACACA J,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 GLU n 1 4 PHE n 1 5 GLN 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'LOBSTR(RIL)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 30 'Simian T-lymphotropic virus 1' ? 33747 ? 4 1 sample 1 28 'Simian T-lymphotropic virus 1' ? 33747 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q4QY51_9STL1 Q4QY51 ? 1 ;QLSPAKLHSFTHCGQAALTLHGATTTEALNILHSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLYRLHV WVDTFSGSVSATHKKRETSSEAISSLLHAIAHLGRPSHINTDNGPAYASQEFQHACTSLAIRHTTHIPYNPTSSGLVERT NGILKTLLYKYFSDNPNLPMDNALSVALWTINHLNVLTHCQKTRWQLHHSPRLPPIPEAKPVTTSKTHWYYFKIPGLNSR QWKGPQRALQEAAGAALIPVSDTAAQWIPWKLLKRAVCPRLAGDTADPKERDHQHHG ; 600 2 PDB 7OUH 7OUH ? 2 ? 1 3 PDB 7OUH 7OUH ? 3 ? 1 4 PDB 7OUH 7OUH ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7OUH D 5 ? 301 ? 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'expression tag' -2 2 1 7OUH GLU D 3 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -1 3 1 7OUH PHE D 4 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' 0 4 1 7OUH GLU D 223 ? UNP Q4QY51 ALA 818 'engineered mutation' 219 5 2 7OUH GLY E 1 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -3 6 2 7OUH PRO E 2 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -2 7 2 7OUH GLU E 3 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -1 8 2 7OUH PHE E 4 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' 0 9 2 7OUH GLU E 223 ? UNP Q4QY51 ALA 818 'engineered mutation' 219 10 6 7OUH GLY A 1 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -3 11 6 7OUH PRO A 2 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -2 12 6 7OUH GLU A 3 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -1 13 6 7OUH PHE A 4 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' 0 14 6 7OUH GLU A 223 ? UNP Q4QY51 ALA 818 'engineered mutation' 219 15 7 7OUH GLY B 1 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -3 16 7 7OUH PRO B 2 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -2 17 7 7OUH GLU B 3 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' -1 18 7 7OUH PHE B 4 ? UNP Q4QY51 ? ? 'expression tag' 0 19 7 7OUH GLU B 223 ? UNP Q4QY51 ALA 818 'engineered mutation' 219 20 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 KLQ non-polymer . Bictegravir ? 'C21 H18 F3 N3 O5' 449.380 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7OUH _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7OUH _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 15676 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.516 ? 21688 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.371 ? 2582 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.038 ? 2412 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2464 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7OUH _struct.title 'Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7OUH _struct_keywords.text 'integrase, intasome, HTLV, STLV, integration, strand-transfer inhibitors, INSTI, bictegravir, BIC, drug, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 5 ? 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ILE C 154 TYR C 158 5 ? 5 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP H 477 ? GLU H 486 ? ASP C 160 GLU C 169 1 ? 10 HELX_P HELX_P62 AG8 LEU H 487 ? SER H 490 ? LEU C 170 SER C 173 5 ? 4 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP H 492 ? PHE H 510 ? ASP C 175 PHE C 193 1 ? 19 HELX_P HELX_P64 AH1 LEU H 513 ? GLU H 531 ? LEU C 196 GLU C 214 1 ? 19 HELX_P HELX_P65 AH2 GLY H 537 ? ASN H 550 ? GLY C 220 ASN C 233 1 ? 14 HELX_P HELX_P66 AH3 LYS H 557 ? LEU H 568 ? LYS C 240 LEU C 251 1 ? 12 HELX_P HELX_P67 AH4 LEU H 569 ? VAL H 574 ? LEU C 252 VAL C 257 5 ? 6 HELX_P HELX_P68 AH5 SER H 576 ? VAL H 579 ? SER C 259 VAL C 262 5 ? 4 HELX_P HELX_P69 AH6 TYR H 580 ? LEU H 592 ? TYR C 263 LEU C 275 1 ? 13 HELX_P HELX_P70 AH7 LEU H 598 ? TYR H 609 ? LEU C 281 TYR C 292 1 ? 12 HELX_P HELX_P71 AH8 LYS H 617 ? GLU H 633 ? LYS C 300 GLU C 316 1 ? 17 HELX_P HELX_P72 AH9 ILE H 640 ? LYS H 650 ? 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B MG 303 B KLQ 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? ? metalc38 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 X HOH . O ? ? B MG 303 L HOH 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? ? hydrog1 hydrog ? ? D DG 4 N2 ? ? ? 1_555 E DC 27 O2 ? ? I DG 4 J DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? D DT 5 N3 ? ? ? 1_555 E DA 26 N1 ? ? I DT 5 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? D DT 5 O4 ? ? ? 1_555 E DA 26 N6 ? ? I DT 5 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? D DG 6 N1 ? ? ? 1_555 E DC 25 N3 ? ? I DG 6 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? D DG 6 N2 ? ? ? 1_555 E DC 25 O2 ? ? I DG 6 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? D DG 6 O6 ? ? ? 1_555 E DC 25 N4 ? ? I DG 6 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? D DT 7 N3 ? ? ? 1_555 E DA 24 N1 ? ? I DT 7 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? D DT 7 O4 ? ? ? 1_555 E DA 24 N6 ? ? I DT 7 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? D DT 8 N3 ? ? ? 1_555 E DA 23 N1 ? ? I DT 8 J DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? D DT 9 N3 ? ? ? 1_555 E DA 22 N1 ? ? I DT 9 J DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? D DG 10 N1 ? ? ? 1_555 E DC 21 N3 ? ? I DG 10 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? D DG 10 N2 ? ? ? 1_555 E DC 21 O2 ? ? I DG 10 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? D DG 10 O6 ? ? ? 1_555 E DC 21 N4 ? ? I DG 10 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? D DG 11 N1 ? ? ? 1_555 E DC 20 N3 ? ? I DG 11 J DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? D DG 11 N2 ? ? ? 1_555 E DC 20 O2 ? ? I DG 11 J DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? D DG 11 O6 ? ? ? 1_555 E DC 20 N4 ? ? I DG 11 J DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? D DC 12 O2 ? ? ? 1_555 E DG 19 N2 ? ? I DC 12 J DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? I DT 20 O4 ? ? ? 1_555 J DA 11 N6 ? ? K DT 20 L DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? I DC 21 O2 ? ? ? 1_555 J DG 10 N2 ? ? K DC 21 L DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 248 B . ? GLY 244 E PRO 249 B ? PRO 245 E 1 -1.24 2 LEU 554 C . ? LEU 237 F PRO 555 C ? PRO 238 F 1 -2.07 3 GLY 248 G . ? GLY 244 B PRO 249 G ? PRO 245 B 1 -1.25 4 LEU 554 H . ? 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'Simian T-lymphotropic virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 2 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 2 562 'Escherichia coli' ? ? ? 4 3 32630 'Synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1714199 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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