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A CYS 738 SG ? ? ? 1_555 A CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 743 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? E CYS 131 E CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? E CYS 291 E CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? E CYS 336 E CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? E CYS 379 E CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? 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C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? A CYS 291 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.010 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? A CYS 538 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? A CYS 617 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? A CYS 662 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf38 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? B CYS 22 B CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf39 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? D CYS 22 D CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf40 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? 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C ASN 1074 C NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.478 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? E ASN 61 E NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? E ASN 165 E NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? E ASN 234 E NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? E ASN 282 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? E ASN 331 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? E ASN 343 E NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? E ASN 603 E NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? E ASN 616 E NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? E ASN 657 E NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? E ASN 709 E NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? E ASN 717 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? E ASN 801 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? E ASN 1074 E NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B THR 1100 OG1 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? E THR 1100 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.477 ? O-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 717 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 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O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale36 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale37 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale38 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? R NAG 1 R BMA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale39 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale40 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale41 covale one ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C5 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? ? covale42 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? T NAG 2 T NAG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale43 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale44 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale45 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale46 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale47 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? F NAG 1 F BMA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale48 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? L NAG 1 L BMA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 6 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 7 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? 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PHENIX 1.18.2-3874-000 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.75 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)' Netherlands 722.017.001 1 'Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)' Netherlands 740.018.016 2 'Swiss National Science Foundation' Switzerland 4078P0_198314 3 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 3 NAG 1 G NAG 1 G NAG 1 n G 3 NAG 2 G NAG 2 G NAG 2 n G 3 BMA 3 G BMA 3 G BMA 3 n H 4 NAG 1 I NAG 1 I NAG 1 n H 4 NAG 2 I NAG 2 I NAG 2 n I 4 NAG 1 J NAG 1 J NAG 1 n I 4 NAG 2 J NAG 2 J NAG 2 n J 4 NAG 1 K NAG 1 K NAG 1 n J 4 NAG 2 K NAG 2 K NAG 2 n K 4 NAG 1 M NAG 1 M NAG 1 n K 4 NAG 2 M NAG 2 M NAG 2 n L 4 NAG 1 N NAG 1 N NAG 1 n L 4 NAG 2 N NAG 2 N NAG 2 n M 4 NAG 1 O NAG 1 O NAG 1 n M 4 NAG 2 O NAG 2 O NAG 2 n N 4 NAG 1 P NAG 1 P NAG 1 n N 4 NAG 2 P NAG 2 P NAG 2 n O 4 NAG 1 Q NAG 1 Q NAG 1 n O 4 NAG 2 Q NAG 2 Q NAG 2 n P 5 NAG 1 R NAG 1 R NAG 1 n P 5 BMA 2 R BMA 2 R BMA 2 n Q 3 NAG 1 S NAG 1 S NAG 1 n Q 3 NAG 2 S NAG 2 S NAG 2 n Q 3 BMA 3 S BMA 3 S BMA 3 n R 6 NAG 1 T NAG 1 E NAG 1301 n R 6 NAG 2 T NAG 2 T NAG 1 n R 6 NAG 3 T NAG 3 T NAG 2 n S 3 NAG 1 U NAG 1 U NAG 1 n S 3 NAG 2 U NAG 2 U NAG 2 n S 3 BMA 3 U BMA 3 U BMA 3 n T 3 NAG 1 V NAG 1 V NAG 1 n T 3 NAG 2 V NAG 2 V NAG 2 n T 3 BMA 3 V BMA 3 V BMA 3 n U 5 NAG 1 F NAG 1 F NAG 1 n U 5 BMA 2 F BMA 2 F BMA 2 n V 5 NAG 1 L NAG 1 L NAG 1 n V 5 BMA 2 L BMA 2 L BMA 2 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 3 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 3 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 3 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 5 DManpb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 5 'WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 5 '[]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb5-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+2)][a-L-Sorp5NAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 3 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 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