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D GLU 751 231 1 Y 1 D PRO 786 ? D PRO 752 232 1 Y 1 D THR 787 ? D THR 753 233 1 Y 1 D GLU 788 ? D GLU 754 234 1 Y 1 D THR 789 ? D THR 755 235 1 Y 1 D THR 790 ? D THR 756 236 1 Y 1 D GLU 791 ? D GLU 757 237 1 Y 1 D GLU 792 ? D GLU 758 238 1 Y 1 D PRO 793 ? D PRO 759 239 1 Y 1 D THR 794 ? D THR 760 240 1 Y 1 D GLU 795 ? D GLU 761 241 1 Y 1 D GLU 796 ? D GLU 762 242 1 Y 1 D THR 797 ? D THR 763 243 1 Y 1 D THR 798 ? D THR 764 244 1 Y 1 D THR 799 ? D THR 765 245 1 Y 1 D SER 800 ? D SER 766 246 1 Y 1 D SER 801 ? D SER 767 247 1 Y 1 D ASN 802 ? D ASN 768 248 1 Y 1 D THR 803 ? D THR 769 249 1 Y 1 D PRO 804 ? D PRO 770 250 1 Y 1 D GLY 805 ? D GLY 771 251 1 Y 1 D PHE 806 ? D PHE 772 252 1 Y 1 D GLY 807 ? D GLY 773 253 1 Y 1 D ILE 808 ? D ILE 774 254 1 Y 1 D ALA 809 ? D ALA 775 255 1 Y 1 D VAL 810 ? D VAL 776 256 1 Y 1 D ALA 811 ? D ALA 777 257 1 Y 1 D LEU 812 ? D LEU 778 258 1 Y 1 D VAL 813 ? D VAL 779 259 1 Y 1 D ALA 814 ? D ALA 780 260 1 Y 1 D LEU 815 ? D LEU 781 261 1 Y 1 D VAL 816 ? D VAL 782 262 1 Y 1 D GLY 817 ? D GLY 783 263 1 Y 1 D ALA 818 ? D ALA 784 264 1 Y 1 D ALA 819 ? D ALA 785 265 1 Y 1 D LEU 820 ? D LEU 786 266 1 Y 1 D LEU 821 ? D LEU 787 267 1 Y 1 D ALA 822 ? D ALA 788 268 1 Y 1 D LEU 823 ? D LEU 789 269 1 Y 1 D ARG 824 ? D ARG 790 270 1 Y 1 D ARG 825 ? D ARG 791 271 1 Y 1 D GLU 826 ? D GLU 792 272 1 Y 1 D ASN 827 ? D ASN 793 273 1 Y 1 E THR 760 ? E THR 726 274 1 Y 1 E THR 761 ? E THR 727 275 1 Y 1 E THR 762 ? E THR 728 276 1 Y 1 E SER 763 ? E SER 729 277 1 Y 1 E SER 764 ? E SER 730 278 1 Y 1 E ASP 765 ? E ASP 731 279 1 Y 1 E ASN 766 ? E ASN 732 280 1 Y 1 E ALA 767 ? E ALA 733 281 1 Y 1 E THR 768 ? E THR 734 282 1 Y 1 E ASP 769 ? E ASP 735 283 1 Y 1 E THR 770 ? E THR 736 284 1 Y 1 E THR 771 ? E THR 737 285 1 Y 1 E THR 772 ? E THR 738 286 1 Y 1 E THR 773 ? E THR 739 287 1 Y 1 E THR 774 ? E THR 740 288 1 Y 1 E ASP 775 ? E ASP 741 289 1 Y 1 E GLY 776 ? E GLY 742 290 1 Y 1 E PRO 777 ? E PRO 743 291 1 Y 1 E THR 778 ? E THR 744 292 1 Y 1 E GLU 779 ? E GLU 745 293 1 Y 1 E THR 780 ? E THR 746 294 1 Y 1 E THR 781 ? E THR 747 295 1 Y 1 E THR 782 ? E THR 748 296 1 Y 1 E THR 783 ? E THR 749 297 1 Y 1 E ALA 784 ? E ALA 750 298 1 Y 1 E GLU 785 ? E GLU 751 299 1 Y 1 E PRO 786 ? E PRO 752 300 1 Y 1 E THR 787 ? E THR 753 301 1 Y 1 E GLU 788 ? E GLU 754 302 1 Y 1 E THR 789 ? E THR 755 303 1 Y 1 E THR 790 ? E THR 756 304 1 Y 1 E GLU 791 ? E GLU 757 305 1 Y 1 E GLU 792 ? E GLU 758 306 1 Y 1 E PRO 793 ? E PRO 759 307 1 Y 1 E THR 794 ? E THR 760 308 1 Y 1 E GLU 795 ? E GLU 761 309 1 Y 1 E GLU 796 ? E GLU 762 310 1 Y 1 E THR 797 ? E THR 763 311 1 Y 1 E THR 798 ? E THR 764 312 1 Y 1 E THR 799 ? E THR 765 313 1 Y 1 E SER 800 ? E SER 766 314 1 Y 1 E SER 801 ? E SER 767 315 1 Y 1 E ASN 802 ? E ASN 768 316 1 Y 1 E THR 803 ? E THR 769 317 1 Y 1 E PRO 804 ? E PRO 770 318 1 Y 1 E GLY 805 ? E GLY 771 319 1 Y 1 E PHE 806 ? E PHE 772 320 1 Y 1 E GLY 807 ? E GLY 773 321 1 Y 1 E ILE 808 ? E ILE 774 322 1 Y 1 E ALA 809 ? E ALA 775 323 1 Y 1 E VAL 810 ? 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E ASN 793 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 12 mM C4H11NO3 Tris 1 2 2.4641 M NaCl 'sodium chloride' 1 3 88.5 mM MgCl2 'magnesium chloride' 1 4 85.2 mM MgSO4 'magnesium sulfate' 1 5 56.3 mM KCl 'potassium chloride' 1 6 3 mM CaCl2 'calcium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'RELION subtomogram averaging (Bharat & Scheres 2016)' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location 'Cell surface' _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 309800 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Haloferax volcanii DS2' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2.9 _em_image_recording.average_exposure_time 1 _em_image_recording.details 'Dose symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB)' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Particles were initially picking using the Laplacian-of gaussian algorithm implemented in RELION3.0 (Zivanov et al., 2018). Particles were extracted in 8x down-sampled in 50x50 pixel boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION3.0. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1773652 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? RELION 3.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'CTFFIND4 was used as implemented in RELION 3.1' CTFFIND 4.1.13 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.2-pre ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19-4092 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Haloferax volcanii vesicles' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details 'RELION subtomogram averaging' _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method RELION _em_volume_selection.num_tomograms 127 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 3495 _em_volume_selection.reference_model 'Ab initio' # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Wellcome Trust' _pdbx_audit_support.country 'United Kingdom' _pdbx_audit_support.grant_number 202231/Z/16/Z _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #