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Q6QGE2 1 ? 464 ? 1 464 24 1 7QG9 P 1 ? 140 ? Q7Y5D9 1 ? 140 ? 1 140 25 1 7QG9 T 1 ? 140 ? Q7Y5D9 1 ? 140 ? 1 140 26 3 7QG9 V 1 ? 204 ? Q6QGE8 1 ? 204 ? 1 204 27 3 7QG9 Z 1 ? 204 ? Q6QGE8 1 ? 204 ? 1 204 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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O N N 1 ? P N N 1 ? Q N N 2 ? R N N 3 ? S N N 1 ? T N N 1 ? U N N 4 ? V N N 4 ? W N N 4 ? X N N 1 ? Y N N 1 ? Z N N 3 ? AA N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 3 ? VAL A 7 ? THR R 3 VAL R 7 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 81 ? ALA A 92 ? PRO R 81 ALA R 92 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU B 73 ? GLU B 75 ? LEU I 73 GLU I 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 SER B 76 ? GLY B 83 ? 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ILE Z . n AA 3 151 SER 151 151 151 SER SER Z . n AA 3 152 LEU 152 152 152 LEU LEU Z . n AA 3 153 TYR 153 153 153 TYR TYR Z . n AA 3 154 PRO 154 154 154 PRO PRO Z . n AA 3 155 ASP 155 155 155 ASP ASP Z . n AA 3 156 LEU 156 156 156 LEU LEU Z . n AA 3 157 PHE 157 157 157 PHE PHE Z . n AA 3 158 ILE 158 158 158 ILE ILE Z . n AA 3 159 THR 159 159 159 THR THR Z . n AA 3 160 THR 160 160 160 THR THR Z . n AA 3 161 THR 161 161 161 THR THR Z . n AA 3 162 GLY 162 162 162 GLY GLY Z . n AA 3 163 SER 163 163 163 SER SER Z . n AA 3 164 GLU 164 164 164 GLU GLU Z . n AA 3 165 LYS 165 165 165 LYS LYS Z . n AA 3 166 PRO 166 166 166 PRO PRO Z . n AA 3 167 VAL 167 167 167 VAL VAL Z . n AA 3 168 PHE 168 168 168 PHE PHE Z . n AA 3 169 ASN 169 169 169 ASN ASN Z . n AA 3 170 GLY 170 170 170 GLY GLY Z . n AA 3 171 ILE 171 171 171 ILE ILE Z . n AA 3 172 LEU 172 172 172 LEU LEU Z . n AA 3 173 PHE 173 173 173 PHE PHE Z . n AA 3 174 ARG 174 174 174 ARG ARG Z . n AA 3 175 THR 175 175 175 THR THR Z . n AA 3 176 LYS 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AA 3 202 GLU 202 202 202 GLU GLU Z . n AA 3 203 SER 203 203 203 SER SER Z . n AA 3 204 LEU 204 204 204 LEU LEU Z . n # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email cecile.breyton@ibs.fr _pdbx_contact_author.name_first Cecile _pdbx_contact_author.name_last BREYTON _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4382-0434 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 27-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 27 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-12-21 2 'Structure model' 1 1 2023-02-08 3 'Structure model' 1 2 2023-07-05 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 2 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' em_entity_assembly_naturalsource 2 2 'Structure model' entity_src_nat 3 3 'Structure model' citation 4 3 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id' 2 2 'Structure model' '_entity_src_nat.common_name' 3 2 'Structure model' '_entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id' 4 2 'Structure model' '_entity_src_nat.pdbx_organism_scientific' 5 3 'Structure model' '_citation.country' 6 3 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 7 3 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 8 3 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 9 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 10 3 'Structure model' '_citation.page_first' 11 3 'Structure model' '_citation.page_last' 12 3 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 13 3 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 14 3 'Structure model' '_citation.title' 15 3 'Structure model' '_citation.year' 16 3 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 17 3 'Structure model' '_citation_author.name' # _em_3d_fitting.entry_id 7QG9 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Atomic protein models were built into the different cryo-EM maps using the Coot software by tracing the protein sequence into the densities and were then iteratively refined alternating Coot manual refinement and PHENIX real space refine tool until convergence. p140, p132, BHPpb3 and TMPpb2 C-ter models were built ab initio. For TTPpb6 and DTPpb9 models, already existing X-ray models (PDB codes 5NGJ / 4JMQ) were used as a starting point and were refined into the EM maps. Molprobity was used for model quality assessment. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 112 _em_3d_fitting.ref_protocol 'BACKBONE TRACE' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7QG9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 29639 _em_3d_reconstruction.resolution 3.45 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d, incubated or not with the bacterial receptor FhuA ; _em_entity_assembly.name 'Escherichia virus T5' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7QG9 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7QG9 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'intensity 25 mA' _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 293.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;3 uL of T5 tails sample (with or without FhuA-ND) were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent humidity, 20 Celsius degrees, 5 s blotting time, blot force 0) ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7QG9 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7QG9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7QG9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA R 72 ? ? 68.16 -2.77 2 1 ALA R 121 ? ? -126.78 -169.11 3 1 ASN I 175 ? ? 54.45 -98.97 4 1 ALA I 181 ? ? 60.20 61.51 5 1 ILE a 43 ? ? -125.61 -54.39 6 1 ASP a 77 ? ? -79.61 -165.07 7 1 ASN a 179 ? ? 47.65 22.65 8 1 SER Q 34 ? ? 60.98 60.38 9 1 LYS Q 91 ? ? -94.42 53.63 10 1 ARG Q 115 ? ? -94.78 52.33 11 1 THR S 3 ? ? 54.59 -130.70 12 1 SER S 53 ? ? 65.02 162.46 13 1 ASP F 91 ? ? -95.20 56.23 14 1 ASP F 141 ? ? 57.55 -95.64 15 1 ASP F 327 ? ? -126.71 -168.98 16 1 ALA N 72 ? ? 68.09 -2.91 17 1 ALA N 121 ? ? -126.74 -168.97 18 1 ASN H 175 ? ? 54.44 -98.98 19 1 ALA H 181 ? ? 60.24 61.44 20 1 ILE X 43 ? ? -125.22 -54.72 21 1 ASP X 77 ? ? -79.14 -169.44 22 1 TYR Y 12 ? ? -113.15 79.99 23 1 ILE Y 43 ? ? -125.56 -54.23 24 1 ASP Y 77 ? ? -79.67 -165.15 25 1 ASN Y 179 ? ? 47.53 22.67 26 1 SER M 34 ? ? 60.86 60.43 27 1 LYS M 91 ? ? -94.60 53.65 28 1 ARG M 115 ? ? -94.66 52.28 29 1 THR O 3 ? ? 54.67 -130.59 30 1 SER O 53 ? ? 65.47 162.43 31 1 ASP E 91 ? ? -95.26 56.25 32 1 ASP E 141 ? ? 57.46 -95.59 33 1 ASN E 219 ? ? 60.01 60.08 34 1 ASP E 327 ? ? -126.89 -169.00 35 1 ASP C 91 ? ? -101.13 64.36 36 1 ASP C 141 ? ? 55.27 -98.32 37 1 GLU C 162 ? ? 69.29 -6.01 38 1 ALA J 72 ? ? 68.31 -2.86 39 1 ALA J 121 ? ? -126.75 -169.09 40 1 TYR L 99 ? ? 73.55 -9.48 41 1 ASN L 100 ? ? -169.32 81.94 42 1 PHE L 125 ? ? -161.45 117.16 43 1 ASN G 175 ? ? 54.49 -98.97 44 1 ALA G 181 ? ? 60.05 61.70 45 1 ILE W 43 ? ? -125.61 -54.29 46 1 ASP W 77 ? ? -79.64 -165.01 47 1 ASN W 179 ? ? 47.56 22.67 48 1 SER U 34 ? ? 60.95 60.37 49 1 LYS U 91 ? ? -94.60 53.76 50 1 ARG U 115 ? ? -94.78 52.34 51 1 THR K 3 ? ? 54.77 -130.75 52 1 SER K 53 ? ? 65.14 162.48 53 1 ASP D 91 ? ? -95.27 56.28 54 1 ASP D 141 ? ? 57.54 -95.40 55 1 ASP D 327 ? ? -126.92 -168.97 56 1 ASP A 91 ? ? -101.12 64.30 57 1 ASP A 141 ? ? 55.12 -98.22 58 1 GLU A 162 ? ? 69.30 -6.15 59 1 ASP B 91 ? ? -101.13 64.21 60 1 ASP B 141 ? ? 55.15 -98.24 61 1 GLU B 162 ? ? 69.43 -6.21 62 1 TYR P 99 ? ? 73.55 -9.46 63 1 ASN P 100 ? ? -169.32 82.08 64 1 PHE P 125 ? ? -161.34 117.24 65 1 TYR T 99 ? ? 73.64 -9.46 66 1 ASN T 100 ? ? -169.41 81.96 67 1 PHE T 125 ? ? -161.37 117.24 68 1 ILE V 43 ? ? -125.16 -54.64 69 1 ASP V 77 ? ? -78.98 -169.41 70 1 ILE Z 43 ? ? -125.20 -54.66 71 1 ASP Z 77 ? ? -79.09 -169.39 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 R MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 S MET 1 ? E MET 1 3 1 Y 1 N MET 1 ? G MET 1 4 1 Y 1 O MET 1 ? L MET 1 5 1 Y 1 J MET 1 ? O MET 1 6 1 Y 1 K MET 1 ? T MET 1 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM C4H11NO3 Tris 1 2 100 mM NaCl 'sodium chloride' 1 3 1 mM MgCl2 'magnesium chloride' 1 4 1 mM CaCl2 'calcium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 2695836 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia virus T5' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'manual particle picking was performed using EMAN2/e2helixboxer' EMAN2 ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0/3.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0/3.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0/3.1 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 20 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d, incubated or not with the bacterial receptor FhuA ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 562 _em_virus_natural_host.organism 'Escherichia coli' _em_virus_natural_host.strain F # _em_virus_synthetic.id 1 _em_virus_synthetic.entity_assembly_id 1 _em_virus_synthetic.ncbi_tax_id ? _em_virus_synthetic.organism ? _em_virus_synthetic.strain F # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)' France ANR-16-CE11-0027 1 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)' France ANR-21-CE11-0023 2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #