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ALA n 4 697 ALA n 4 698 ASP n 4 699 TYR n 4 700 ASN n 4 701 TYR n 4 702 GLY n 4 703 GLN n 4 704 ASN n 4 705 MET n 4 706 GLY n 4 707 ASN n 4 708 LEU n 4 709 ALA n 4 710 ARG n 4 711 GLN n 4 712 ALA n 4 713 GLU n 4 714 GLU n 4 715 TYR n 4 716 ASN n 4 717 GLN n 4 718 GLN n 4 719 LEU n 4 720 ARG n 4 721 GLU n 4 722 ARG n 4 723 VAL n 4 724 GLU n 4 725 ALA n 4 726 PHE n 4 727 ASN n 4 728 ARG n 4 729 GLY n 4 730 THR n 4 731 ASN n 4 732 MET n 4 733 PHE n 4 734 ASN n 4 735 THR n 4 736 GLU n 4 737 THR n 4 738 GLY n 4 739 LEU n 4 740 LYS n 4 741 ALA n 4 742 SER n 4 743 MET n 4 744 PHE n 4 745 ASN n 4 746 ALA n 4 747 GLU n 4 748 SER n 4 749 ARG n 4 750 ASN n 4 751 ALA n 4 752 ALA n 4 753 LYS n 4 754 ARG n 4 755 ALA n 4 756 ARG n 4 757 LEU n 4 758 GLY n 4 759 GLN n 4 760 ALA n 4 761 THR n 4 762 THR n 4 763 VAL n 4 764 ALA n 4 765 GLN n 4 766 LEU n 4 767 ARG n 4 768 GLN n 4 769 GLY n 4 770 ILE n 4 771 LYS n 4 772 ASP n 4 773 GLN n 4 774 ASP n 4 775 ALA n 4 776 ALA n 4 777 ARG n 4 778 ARG n 4 779 SER n 4 780 ALA n 4 781 ASN n 4 782 ILE n 4 783 THR n 4 784 ASN n 4 785 PHE n 4 786 LEU n 4 787 GLN n 4 788 GLY n 4 789 LEU n 4 790 GLY n 4 791 ASP n 4 792 MET n 4 793 GLY n 4 794 TRP n 4 795 GLU n 4 796 ASN n 4 797 GLU n 4 798 GLN n 4 799 ALA n 4 800 ASN n 4 801 TRP n 4 802 LEU n 4 803 ASP n 4 804 THR n 4 805 LEU n 4 806 ALA n 4 807 LYS n 4 808 SER n 4 809 GLY n 4 810 VAL n 4 811 LEU n 4 812 LYS n 4 813 MET n 4 814 ASN n 4 815 THR n 4 816 LYS n 4 817 GLY n 4 818 GLU n 4 819 TYR n 4 820 THR n 4 821 GLY n 4 822 GLY n 4 823 THR n 4 824 LYS n 4 825 LYS n 4 826 ALA n 4 827 LYS n 4 828 GLY n 4 829 GLY n 4 830 LYS n 4 831 VAL n 4 832 ARG n 4 833 THR n 4 834 LYS n 4 835 LYS n 4 836 LYS n 4 837 LYS n 4 838 GLY n 4 839 LEU n 4 840 THR n 4 841 TYR n 4 842 GLY n # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 806 ? 'Bacteroides phage crAss001' 2301731 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 236 ? 'Bacteroides phage crAss001' 2301731 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 225 ? 'Bacteroides phage crAss001' 2301731 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 842 ? 'Bacteroides phage crAss001' 2301731 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A385DT68_9CAUD A0A385DT68 ? 1 ;MADFLNFPRQMLPFSKKTKQWRKDCLLWANQKTFFNYSLVRKSVIHKKINYDLLNGRLHMSDLELVLNPDGIKAAYIPDR LQHYPIMNSKLNVLRGEESKRVFDFKVVVTNPNAISEIEDNKKNELLQRLQEMITDTSISEDEYNIKLEKLNDYYTYEWQ DIREVRANELLNHYIKEYDIPLIFNNGFMDAMTCGEEIYQCDIVGGEPVIERVNPLKIRIFKSGYSNKVEDADMIILEDY WSPGRVIDTYYDVLSPKDIKYIETMPDYIGQGAVDQMDNIDERYGFVNQNMIGDEITVRDGTYFFDPANLFTEGIANSLL PYDLAGNLRVLRLYWKSKRKILKVKSYDPETGEEEWNFYPENYVVNKEAGEEVQSFWVNEAWEGTMIGNEIFVNMRPRLI QYNRLNNPSRCHFGIVGSIYNLNDSRPFSLVDMMKPYNYLYDAIHDRLNKAIASNWGSILELDLSKVPKGWDVGKWMYYA RVNHIAVIDSFKEGTIGASTGKLAGALNNAGKGMIETNIGNYIQQQINLLEFIKMEMADVAGISKQREGQISQRETVGGV ERATLQSSHITEWLFTIHDDVKKRALECFLETAKVALKGRNKKFQYILSDTSTRVMEIDGDEFAEADYGLVVDNSNGTQE LQQKLDTLAQAALQTQTLSFSTITKLYTSSSLAEKQRLIEKDEKQIRERQAQAQKEQLEAQQQIAAMQQQQKEAELLQKE EANIRDNQTKIIIAQIQSEGGPDEEDGIMIDDYSPEAKANLAEKIREFDEKLKLDKDKLKLDKKKAETDASIKRQALRKK SSTTNK ; 1 2 UNP A0A385DT91_9CAUD A0A385DT91 ? 2 ;MVNNINWVKLPVILDRLLRHPLLTDLNLETAIQYTLDFISAMGLPNVYVDKIETIDIKEYRGELPCDLISINQVRLHKNG IALRAMTDNFNAYPTHDHKEGDWYERGEPSFKTQGRVIFTSIKHEKVDISYKAIMLDDEGLPLIPDNPIFLKTLELYIKK EWFTILFDMGKISPAVLNNTQQEYAFKAGQCNNEFVIPSVSEMEAITNMWNQLIPRVTEFRRGFKNLGDKEYIRVH ; 1 3 UNP A0A385DT87_9CAUD A0A385DT87 ? 3 ;MTYNELIYMVLDELKLSSDDSYYTPDHVIFLLVKYRSFLLKQRYSDIKKQIPDSDYQSICLDLIEVPAISGEPCEGSSYL RSKNKVPTTMMIGNPRVYPMDFYQGEITYISRDRMRYVGYNKFLRNIIYCSKAPDGYLYFKSWNPQFLHLEKVSFNAIFE DAKEASEMACPEENGTICKLEDKEFPIEDALVPPLIELVVKELRGPEYSPKDEDNNAKDDLPDAR ; 1 4 UNP A0A385DV85_9CAUD A0A385DV85 ? 4 ;MAKKKIKRRGKMPPNIFDTGGQSWGQQSSGQFSNAFKGENLGNSIGSIGGAVGGIAQAGISNAQIADTSGIEAQNKAQKN MVVGASSNDDLMSEWGSWNKVKDDYSWKDVRGGSTGQRVTNTIGAAGQGAAAGASVGGPIGAIVGGVVGLGSAIGGWLGG NRKAKRKAKKLNKEAKEANERALTSFETRADNIDTQNDFNMLANFSAYGGPLEFGSGAIGYEFDNRYLNNQEMSAVAKQR LTSLPNSFQALPEMNTYNAFAEGGGLSREKNYGSKKKPYPSVPSGDFAGPHRSYPIPTKADARDALRLAGLHGNESVRRK VLAKYPSLKAFGGSLFDSVVGNNFNQSFTQGIQGMFQQEPEQTVQAANIAKDGGDIKIKEKNKGKFTAYCGGKVTEACIR KGKNSSNPTTRKRATFAQNARNWNAFGGWLNTQGGDFTNGVTFINEGGSHEENPYQGIQIGVDPEGAPNLVEQGEVVYDD YVFSDRMEIPDDIRKEYKLRGKTFAKAAKSAQRESEERPNDPLSTKGLQAAMERIATAQEEARQRKEAHREGNEYPSMFA YGGDTNPYGLALEDPMSVEELEALMVQSGETGEIAPEGNNGNRQTWTRYAPIIGSGLASLSDLFSKPDYDSADLISGVDL GAEAVGYAPIGNYLSYRPLDRDFYINKMNQQAAATRRGLMNTSGGNRLNAQAGILAADYNYGQNMGNLARQAEEYNQQLR ERVEAFNRGTNMFNTETGLKASMFNAESRNAAKRARLGQATTVAQLRQGIKDQDAARRSANITNFLQGLGDMGWENEQAN WLDTLAKSGVLKMNTKGEYTGGTKKAKGGKVRTKKKKGLTYG ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7QOG A 1 ? 806 ? A0A385DT68 1 ? 806 ? 1 806 2 2 7QOG B 1 ? 236 ? A0A385DT91 1 ? 236 ? 1 236 3 3 7QOG C 1 ? 225 ? A0A385DT87 1 ? 225 ? 1 225 4 4 7QOG M 1 ? 842 ? A0A385DV85 1 ? 842 ? 1 842 5 4 7QOG N 1 ? 842 ? A0A385DV85 1 ? 842 ? 1 842 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7QOG _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7QOG _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 10493 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.881 ? 14167 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.210 ? 6403 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.056 ? 1531 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 1844 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7QOG _struct.title 'Portal protein assembly of the phicrAss001 virion with C12 symmetry imposed' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7QOG _struct_keywords.text 'crAssphage, bacteriophage, virus, DNA virus, portal, connector' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? 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