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'Hill, C.' 8 0000-0002-8527-1445 'Antson, A.A.' 9 0000-0002-4533-3816 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 617 ? 409 416 'Structural atlas of a human gut crassvirus.' 2023 ? 10.1038/s41586-023-06019-2 37138077 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 'Res Sq' ? ? 2693-5015 ? ? ? ? ? ? 'Structural atlas of the most abundant human gut virus' 2023 ? 10.21203/rs.3.rs-1898492/v1 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Bayfield, O.W.' 1 ? primary 'Shkoporov, A.N.' 2 ? primary 'Yutin, N.' 3 ? primary 'Khokhlova, E.V.' 4 ? primary 'Smith, J.L.R.' 5 ? primary 'Hawkins, D.E.D.P.' 6 ? primary 'Koonin, E.V.' 7 ? primary 'Hill, C.' 8 ? primary 'Antson, A.A.' 9 ? 1 'Antson, A.' 10 ? 1 'Bayfield, O.' 11 ? 1 'Shkoporov, A.' 12 ? 1 'Yutin, N.' 13 ? 1 'Khokhlova, E.' 14 ? 1 'Smith, J.' 15 ? 1 'Hawkins, D.' 16 ? 1 'Koonin, E.' 17 ? 1 'Hill, C.' 18 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7QOH _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? 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;MAGKLGKFQMLGFQHWKGLTSDNHLGAIFQQAPQKATNLMVQLLAFYRGKSLDTFLNSFPTREFEDDNEYYWDVIGSSRR NIPLVEARDENGVVVAANAANVGVGTSPFYLVFPEDWFADGEVIVGNLNQVYPFRILGDARMEGTNAVYKVELMGGNTQG VPAERLQQGERFSIEFAPVEKELSRKVGDVRFTSPVSMRNEWTTIRIQHKVAGNKLNKKLAMGIPMVRNLESGKQVKDTA NMWMHYVDWEVELQFDEYKNNAMAWGTSNRNLNGEYMNFGKSGNAIKTGAGIFEQTEVANTMYYNTFSLKLLEDALYELS ASKLAMDDRLFVIKTGERGAIQFHKEVLKTVSGWTTFVLDNNSTRVVEKVQSRLHSNALSAGFQFVEYKAPNGVRVRLDV DPFYDDPVRNKILHPMGGVAFSYRYDIWYIGTMDQPNIFKCKIKGDNEYRGYQWGIRNPFTGQKGNPYMSFDEDSAVIHR MATLGVCVLDPTRTMSLIPAILQG ; A,B,C,D,E,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MVISINQVRQLYVAKALKANTAALTTAGDIVPKADTAKTTLYFQSMSPAGIVASDKINLKHVLYAKATPSEALAHKLVRY SVTLDADVSATPVAGQNYILRLAFRQYIGLSEEDQYFKYGEVIARSGMTASDFYKKMAISLAKNLENKTESTPLVNIYLI SAAAASTDVPVTSATKESDLTATDYNQIIIEETEQPWVLGMMPQAFIPFTPQFLTITVDGEDRLWGVATVVTPTKTVPDG HLIADLEYFCMGARGDIYRGMGYPNIIKTTYLVDPGAVYDVLDIHYFYTGSNESVQKSEKTITLVAVDDGSHTAMNALIG AINTASGLTIATL ; ;MVISINQVRQLYVAKALKANTAALTTAGDIVPKADTAKTTLYFQSMSPAGIVASDKINLKHVLYAKATPSEALAHKLVRY 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'Bacteroides phage crAss001' 2301731 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A385DVU6_9CAUD A0A385DVU6 ? 1 ;MAGKLGKFQMLGFQHWKGLTSDNHLGAIFQQAPQKATNLMVQLLAFYRGKSLDTFLNSFPTREFEDDNEYYWDVIGSSRR NIPLVEARDENGVVVAANAANVGVGTSPFYLVFPEDWFADGEVIVGNLNQVYPFRILGDARMEGTNAVYKVELMGGNTQG VPAERLQQGERFSIEFAPVEKELSRKVGDVRFTSPVSMRNEWTTIRIQHKVAGNKLNKKLAMGIPMVRNLESGKQVKDTA NMWMHYVDWEVELQFDEYKNNAMAWGTSNRNLNGEYMNFGKSGNAIKTGAGIFEQTEVANTMYYNTFSLKLLEDALYELS ASKLAMDDRLFVIKTGERGAIQFHKEVLKTVSGWTTFVLDNNSTRVVEKVQSRLHSNALSAGFQFVEYKAPNGVRVRLDV DPFYDDPVRNKILHPMGGVAFSYRYDIWYIGTMDQPNIFKCKIKGDNEYRGYQWGIRNPFTGQKGNPYMSFDEDSAVIHR MATLGVCVLDPTRTMSLIPAILQG ; 1 2 UNP A0A385DVS7_9CAUD A0A385DVS7 ? 2 ;MVISINQVRQLYVAKALKANTAALTTAGDIVPKADTAKTTLYFQSMSPAGIVASDKINLKHVLYAKATPSEALAHKLVRY SVTLDADVSATPVAGQNYILRLAFRQYIGLSEEDQYFKYGEVIARSGMTASDFYKKMAISLAKNLENKTESTPLVNIYLI SAAAASTDVPVTSATKESDLTATDYNQIIIEETEQPWVLGMMPQAFIPFTPQFLTITVDGEDRLWGVATVVTPTKTVPDG HLIADLEYFCMGARGDIYRGMGYPNIIKTTYLVDPGAVYDVLDIHYFYTGSNESVQKSEKTITLVAVDDGSHTAMNALIG AINTASGLTIATL ; 1 3 UNP A0A385DTA3_9CAUD A0A385DTA3 ? 3 ;MAGQQGIYCAPDNIVPNRDRVDVGCAPDGAMQLWVMEYEVTGIGKGCAMCKAINPQQAEMLLKSNGIYNGSSYLYKVTRI EQVIVPPCNGLMAEQVVTYKDVVS ; 1 4 UNP A0A385DTC5_9CAUD A0A385DTC5 ? 4 ;MKTLRTLKISPNAPDINSVWLYKGTMKYFNNGEWETIGGESEPYVLPAATTSTIGGVKKATNVGNLATGAELATVVTKVN AILSALKVADIMVEDAN ; 1 5 UNP A0A385DT68_9CAUD A0A385DT68 ? 5 ;MADFLNFPRQMLPFSKKTKQWRKDCLLWANQKTFFNYSLVRKSVIHKKINYDLLNGRLHMSDLELVLNPDGIKAAYIPDR LQHYPIMNSKLNVLRGEESKRVFDFKVVVTNPNAISEIEDNKKNELLQRLQEMITDTSISEDEYNIKLEKLNDYYTYEWQ DIREVRANELLNHYIKEYDIPLIFNNGFMDAMTCGEEIYQCDIVGGEPVIERVNPLKIRIFKSGYSNKVEDADMIILEDY WSPGRVIDTYYDVLSPKDIKYIETMPDYIGQGAVDQMDNIDERYGFVNQNMIGDEITVRDGTYFFDPANLFTEGIANSLL PYDLAGNLRVLRLYWKSKRKILKVKSYDPETGEEEWNFYPENYVVNKEAGEEVQSFWVNEAWEGTMIGNEIFVNMRPRLI QYNRLNNPSRCHFGIVGSIYNLNDSRPFSLVDMMKPYNYLYDAIHDRLNKAIASNWGSILELDLSKVPKGWDVGKWMYYA RVNHIAVIDSFKEGTIGASTGKLAGALNNAGKGMIETNIGNYIQQQINLLEFIKMEMADVAGISKQREGQISQRETVGGV ERATLQSSHITEWLFTIHDDVKKRALECFLETAKVALKGRNKKFQYILSDTSTRVMEIDGDEFAEADYGLVVDNSNGTQE LQQKLDTLAQAALQTQTLSFSTITKLYTSSSLAEKQRLIEKDEKQIRERQAQAQKEQLEAQQQIAAMQQQQKEAELLQKE EANIRDNQTKIIIAQIQSEGGPDEEDGIMIDDYSPEAKANLAEKIREFDEKLKLDKDKLKLDKKKAETDASIKRQALRKK SSTTNK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7QOH A 1 ? 504 ? 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A0A385DT68 1 ? 806 ? 1 806 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7QOH _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7QOH _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 37887 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.790 ? 51384 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.842 ? 13818 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.054 ? 5675 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 6639 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7QOH _struct.title 'Unique vertex of the phicrAss001 virion with C5 symmetry imposed' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7QOH _struct_keywords.text 'crAssphage, bacteriophage, virus, DNA virus, portal, vertex, capsid, connector' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 4 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 6 ? U N N 6 ? V N N 6 ? W N N 6 ? X N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 21 ? ILE A 28 ? SER A 21 ILE A 28 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 50 ? ASN A 57 ? LYS A 50 ASN A 57 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU A 128 ? VAL A 131 ? LEU A 128 VAL A 131 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 162 ? LEU A 166 ? PRO A 162 LEU A 166 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 214 ? LEU A 216 ? ASN A 214 LEU A 216 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 TRP A 243 ? TRP A 265 ? TRP A 243 TRP A 265 1 ? 23 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 291 ? GLU A 297 ? GLY A 291 GLU A 297 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 308 ? LYS A 323 ? SER A 308 LYS A 323 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 336 ? SER A 352 ? GLY A 336 SER A 352 1 ? 17 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP A 360 ? ARG A 365 ? ASP A 360 ARG A 365 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 VAL A 419 ? ARG A 424 ? VAL A 419 ARG A 424 5 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 490 ? THR A 494 ? ASP A 490 THR A 494 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN B 23 ? ILE B 28 ? ASN B 23 ILE B 28 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 LYS B 50 ? ASN B 57 ? LYS B 50 ASN B 57 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 AB6 PRO B 162 ? LEU B 166 ? PRO B 162 LEU B 166 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN B 214 ? LEU B 216 ? ASN B 214 LEU B 216 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 TRP B 243 ? TRP B 265 ? TRP B 243 TRP B 265 1 ? 23 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY B 291 ? GLU B 297 ? GLY B 291 GLU B 297 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 AC1 SER B 308 ? LEU B 324 ? 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