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'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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N-Glycosylation covale14 covale one ? E ASN 99 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? B ASN 99 B NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? E ASN 109 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 109 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? E ASN 119 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 119 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? E ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 167 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? E ASN 224 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? B ASN 224 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? F ASN 365 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? b ASN 365 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? F ASN 373 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? b ASN 373 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? F ASN 390 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b ASN 390 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? F ASN 395 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? b ASN 395 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? I ASN 79 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 79 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? I ASN 89 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 89 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? I ASN 99 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 99 C NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? I ASN 109 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 109 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? I ASN 119 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 119 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? I ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 167 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? I ASN 224 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 224 C NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? J ASN 365 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? c ASN 365 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? J ASN 373 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? c ASN 373 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? J ASN 390 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? c ASN 390 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? J ASN 395 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? c ASN 395 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale34 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale35 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? covale36 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? ? covale37 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? ? covale38 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? ? covale39 covale both ? O BMA . O3 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? ? covale40 covale both ? O BMA . O6 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? ? covale41 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? ? covale42 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale43 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale44 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? ? covale45 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale46 covale both ? S NAG . O6 ? ? ? 1_555 S FUC . C1 ? ? P NAG 1 P FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? ? covale47 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? covale48 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale49 covale both ? T NAG . O6 ? ? ? 1_555 T FUC . C1 ? ? Q NAG 1 Q FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale50 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? ? covale51 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? ? covale52 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale53 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? covale54 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? ? covale55 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? covale56 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? ? covale57 covale both ? X BMA . O3 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? ? covale58 covale both ? X BMA . O6 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? ? covale59 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? covale60 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale61 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? ? covale62 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? ? covale63 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale64 covale both ? BA NAG . O6 ? ? ? 1_555 BA FUC . C1 ? ? Y NAG 1 Y FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? ? covale65 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA BMA . C1 ? ? Y NAG 2 Y BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? covale66 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale67 covale both ? CA NAG . O6 ? ? ? 1_555 CA FUC . C1 ? ? Z NAG 1 Z FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale68 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? ? covale69 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? ? covale70 covale both ? EA NAG . O4 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale71 covale both ? EA NAG . O4 ? ? ? 1_555 EA BMA . C1 ? ? e NAG 2 e BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? ? covale72 covale both ? FA NAG . O4 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? f NAG 1 f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? ? covale73 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? g NAG 1 g NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? covale74 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA BMA . C1 ? ? g NAG 2 g BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? ? covale75 covale both ? GA BMA . O3 ? ? ? 1_555 GA MAN . C1 ? ? g BMA 3 g MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? ? covale76 covale both ? GA BMA . O6 ? ? ? 1_555 GA MAN . C1 ? ? g BMA 3 g MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? ? covale77 covale both ? HA NAG . O4 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? h NAG 1 h NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? ? covale78 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? i NAG 1 i NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale79 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA BMA . C1 ? ? i NAG 2 i BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale80 covale both ? JA NAG . O4 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? j NAG 1 j NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? ? covale81 covale both ? KA NAG . O4 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? k NAG 1 k NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale82 covale both ? KA NAG . O6 ? ? ? 1_555 KA FUC . 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RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 3 _em_specimen.details ;The complex was assembled by combining chemically cross-linked GPC-I53-50A with 6-fold molar excess of LAVA01 antibody (as Fab fragment). ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Bill & Melinda Gates Foundation' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number OPP1170236 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 4 NAG 1 D NAG 1 A NAG 513 n M 4 NAG 2 D NAG 2 A NAG 514 n M 4 BMA 3 D BMA 3 A BMA 515 n N 5 NAG 1 E NAG 1 A NAG 516 n N 5 NAG 2 E NAG 2 A NAG 517 n O 6 NAG 1 F NAG 1 A NAG 524 n O 6 NAG 2 F NAG 2 A NAG 525 n O 6 BMA 3 F BMA 3 A BMA 526 n O 6 MAN 4 F MAN 4 A MAN 527 n O 6 MAN 5 F MAN 5 A MAN 528 n P 5 NAG 1 G NAG 1 A NAG 529 n P 5 NAG 2 G NAG 2 A NAG 530 n Q 4 NAG 1 I NAG 1 A NAG 532 n Q 4 NAG 2 I NAG 2 A NAG 533 n Q 4 BMA 3 I BMA 3 A BMA 534 n R 5 NAG 1 O NAG 1 a NAG 513 n R 5 NAG 2 O NAG 2 a NAG 514 n S 7 NAG 1 P NAG 1 a NAG 518 n S 7 NAG 2 P NAG 2 a NAG 519 n S 7 BMA 3 P BMA 3 a BMA 520 n S 7 FUC 4 P FUC 4 a FUC 526 n T 8 NAG 1 Q NAG 1 a NAG 521 n T 8 NAG 2 Q NAG 2 a NAG 525 n T 8 FUC 3 Q FUC 3 a FUC 527 n U 4 NAG 1 R NAG 1 a NAG 522 n U 4 NAG 2 R NAG 2 a NAG 523 n U 4 BMA 3 R BMA 3 a BMA 524 n V 4 NAG 1 S NAG 1 B NAG 513 n V 4 NAG 2 S NAG 2 B NAG 514 n V 4 BMA 3 S BMA 3 B BMA 515 n W 5 NAG 1 T NAG 1 B NAG 516 n W 5 NAG 2 T NAG 2 B NAG 517 n X 6 NAG 1 U NAG 1 B NAG 524 n X 6 NAG 2 U NAG 2 B NAG 525 n X 6 BMA 3 U BMA 3 B BMA 526 n X 6 MAN 4 U MAN 4 B MAN 527 n X 6 MAN 5 U MAN 5 B MAN 528 n Y 5 NAG 1 V NAG 1 B NAG 529 n Y 5 NAG 2 V NAG 2 B NAG 530 n Z 4 NAG 1 W NAG 1 B NAG 532 n Z 4 NAG 2 W NAG 2 B NAG 533 n Z 4 BMA 3 W BMA 3 B BMA 534 n AA 5 NAG 1 X NAG 1 b NAG 513 n AA 5 NAG 2 X NAG 2 b NAG 514 n BA 7 NAG 1 Y NAG 1 b NAG 518 n BA 7 NAG 2 Y NAG 2 b NAG 519 n BA 7 BMA 3 Y BMA 3 b BMA 520 n BA 7 FUC 4 Y FUC 4 b FUC 526 n CA 8 NAG 1 Z NAG 1 b NAG 521 n CA 8 NAG 2 Z NAG 2 b NAG 525 n CA 8 FUC 3 Z FUC 3 b FUC 527 n DA 4 NAG 1 d NAG 1 b NAG 522 n DA 4 NAG 2 d NAG 2 b NAG 523 n DA 4 BMA 3 d BMA 3 b BMA 524 n EA 4 NAG 1 e NAG 1 C NAG 513 n EA 4 NAG 2 e NAG 2 C NAG 514 n EA 4 BMA 3 e BMA 3 C BMA 515 n FA 5 NAG 1 f NAG 1 C NAG 516 n FA 5 NAG 2 f NAG 2 C NAG 517 n GA 6 NAG 1 g NAG 1 C NAG 524 n GA 6 NAG 2 g NAG 2 C NAG 525 n GA 6 BMA 3 g BMA 3 C BMA 526 n GA 6 MAN 4 g MAN 4 C MAN 527 n GA 6 MAN 5 g MAN 5 C MAN 528 n HA 5 NAG 1 h NAG 1 C NAG 529 n HA 5 NAG 2 h NAG 2 C NAG 530 n IA 4 NAG 1 i NAG 1 C NAG 532 n IA 4 NAG 2 i NAG 2 C NAG 533 n IA 4 BMA 3 i BMA 3 C BMA 534 n JA 5 NAG 1 j NAG 1 c NAG 513 n JA 5 NAG 2 j NAG 2 c NAG 514 n KA 7 NAG 1 k NAG 1 c NAG 518 n KA 7 NAG 2 k NAG 2 c NAG 519 n KA 7 BMA 3 k BMA 3 c BMA 520 n KA 7 FUC 4 k FUC 4 c FUC 526 n LA 8 NAG 1 l NAG 1 c NAG 521 n LA 8 NAG 2 l NAG 2 c NAG 525 n LA 8 FUC 3 l FUC 3 c FUC 527 n MA 4 NAG 1 m NAG 1 c NAG 522 n MA 4 NAG 2 m NAG 2 c NAG 523 n MA 4 BMA 3 m BMA 3 c BMA 524 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 6 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 6 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 7 'DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 7 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 8 'DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 8 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 4 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 7 6 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 8 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 9 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 10 7 4 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 11 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 12 8 3 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 FUC 4 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 FUC 3 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 5VK2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #