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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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J GLN 191 ? ? ? ? ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 ens_1 d_5 d_1 4 ens_1 d_6 d_1 5 ens_1 d_7 d_1 6 ens_1 d_8 d_1 7 ens_1 d_9 d_1 8 ens_1 d_10 d_1 9 # _struct.entry_id 7UB2 _struct.title 'Structure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in complex with 83-mer annealed duplex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7UB2 _struct_keywords.text 'DNA Recombination, DNA Annealing, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? 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K DA 31 N6 ? ? ? 1_555 L DT 19 O4 ? ? Y DA 52 Z DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? K DA 32 N1 ? ? ? 1_555 L DT 18 N3 ? ? Y DA 53 Z DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? K DA 32 N6 ? ? ? 1_555 L DT 18 O4 ? ? Y DA 53 Z DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? K DA 33 N1 ? ? ? 1_555 L DT 17 N3 ? ? Y DA 54 Z DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? K DA 33 N6 ? ? ? 1_555 L DT 17 O4 ? ? Y DA 54 Z DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? K DA 34 N1 ? ? ? 1_555 L DT 16 N3 ? ? Y DA 55 Z DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? K DA 34 N6 ? ? ? 1_555 L DT 16 O4 ? ? Y DA 55 Z DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? K DA 35 N6 ? ? ? 1_555 L DT 15 O4 ? ? Y DA 56 Z DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? K DA 36 N1 ? ? ? 1_555 L DT 14 N3 ? ? Y DA 57 Z DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? 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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-12-07 2 'Structure model' 1 1 2023-01-11 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # loop_ _software.citation_id _software.classification _software.compiler_name _software.compiler_version _software.contact_author _software.contact_author_email _software.date _software.description _software.dependencies _software.hardware _software.language _software.location _software.mods _software.name _software.os _software.os_version _software.type _software.version _software.pdbx_ordinal ? refinement ? ? 'Pavel Afonine' pafonine@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? phenix.real_space_refine ? ? program 1.20.1_4487 1 ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? PHENIX ? ? program 1.20.1_4487 2 # _pdbx_entry_details.entry_id 7UB2 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;The sample sequence for chain Y was modeled as dA49 because the actual sequence could not be fit to the density, and only the central portion of it was modeled. The actual sample sequence is a naturally occurring 83-mer sequence from M13 DNA (5'-TTGATAAGAGGTCATTTTTGCGGATGGCTTAGAGCTTAATTGCTGAATCTGGTGCTGTAGCTCAACATGTTTTAAATATGCAA-3'). The sequence for chain Z was modeled as dT49 because the density was not clear enough to read the sequence, and only the central portion was modeled. The true sample sequence is an 83-mer naturally occurring sequence from M13 DNA (5'-TTGATAAGAGGTCATTTTTGCGGATGGCTTAGAGCTTAATTGCTGAATCTGGTGCTGTAGCTCAACATGTTTTAAATATGCAA-3') ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.entry_id 7UB2 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Phenix Real Space Refinement included secondary restraints and 10-fold NCS constraints.' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7UB2 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details 'Tight Mask FSC resolution was 3.4; No mask FSC resolution was 4.3' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 390000 _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ;The LiRecT protein was mixed at 37C with two oligonucleotides added sequentially, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta-maltoside (Anatrace) was added (0.5 CMC). ; _em_buffer.pH 6.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;The protein was purified by Nickel affinity and anion exchange chromatography. The DNA was chemically synthesized and HPLC purified. ; _em_entity_assembly.name ;RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two complementary strands of ssDNA that were added to the protein sequentially ; _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7UB2 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4000 _em_image_scans.dimension_width 6000 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7UB2 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 3500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '20 mA with Pelco easiGlow' _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '1.5 second blot time. Ted Pella 595 filter paper.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7UB2 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7UB2 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7UB2 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NE2 N GLN 107 ? ? 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A GLU 148 OE2 5 1 Y 1 F GLU 145 ? CG ? B GLU 148 CG 6 1 Y 1 F GLU 145 ? CD ? B GLU 148 CD 7 1 Y 1 F GLU 145 ? OE1 ? B GLU 148 OE1 8 1 Y 1 F GLU 145 ? OE2 ? B GLU 148 OE2 9 1 Y 1 G GLU 145 ? CG ? C GLU 148 CG 10 1 Y 1 G GLU 145 ? CD ? C GLU 148 CD 11 1 Y 1 G GLU 145 ? OE1 ? C GLU 148 OE1 12 1 Y 1 G GLU 145 ? OE2 ? C GLU 148 OE2 13 1 Y 1 H GLU 145 ? CG ? D GLU 148 CG 14 1 Y 1 H GLU 145 ? CD ? D GLU 148 CD 15 1 Y 1 H GLU 145 ? OE1 ? D GLU 148 OE1 16 1 Y 1 H GLU 145 ? OE2 ? D GLU 148 OE2 17 1 Y 1 I GLU 145 ? CG ? E GLU 148 CG 18 1 Y 1 I GLU 145 ? CD ? E GLU 148 CD 19 1 Y 1 I GLU 145 ? OE1 ? E GLU 148 OE1 20 1 Y 1 I GLU 145 ? OE2 ? E GLU 148 OE2 21 1 Y 1 J GLU 145 ? CG ? F GLU 148 CG 22 1 Y 1 J GLU 145 ? CD ? F GLU 148 CD 23 1 Y 1 J GLU 145 ? OE1 ? F GLU 148 OE1 24 1 Y 1 J GLU 145 ? OE2 ? F GLU 148 OE2 25 1 Y 1 K GLU 145 ? CG ? G GLU 148 CG 26 1 Y 1 K GLU 145 ? CD ? G GLU 148 CD 27 1 Y 1 K GLU 145 ? OE1 ? G GLU 148 OE1 28 1 Y 1 K GLU 145 ? OE2 ? G GLU 148 OE2 29 1 Y 1 L GLU 145 ? CG ? 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A GLU 36 37 1 Y 1 E THR 225 ? A THR 228 38 1 Y 1 E ALA 226 ? A ALA 229 39 1 Y 1 E VAL 227 ? A VAL 230 40 1 Y 1 E THR 228 ? A THR 231 41 1 Y 1 E GLU 229 ? A GLU 232 42 1 Y 1 E ASP 230 ? A ASP 233 43 1 Y 1 E GLU 231 ? A GLU 234 44 1 Y 1 E ALA 232 ? A ALA 235 45 1 Y 1 E GLU 233 ? A GLU 236 46 1 Y 1 E PRO 234 ? A PRO 237 47 1 Y 1 E ARG 235 ? A ARG 238 48 1 Y 1 E GLU 236 ? A GLU 239 49 1 Y 1 E ARG 237 ? A ARG 240 50 1 Y 1 E LYS 238 ? A LYS 241 51 1 Y 1 E ASP 239 ? A ASP 242 52 1 Y 1 E VAL 240 ? A VAL 243 53 1 Y 1 E THR 241 ? A THR 244 54 1 Y 1 E ASP 242 ? A ASP 245 55 1 Y 1 E ASP 243 ? A ASP 246 56 1 Y 1 E GLU 244 ? A GLU 247 57 1 Y 1 E SER 245 ? A SER 248 58 1 Y 1 E ILE 246 ? A ILE 249 59 1 Y 1 E PRO 247 ? A PRO 250 60 1 Y 1 E ASP 248 ? A ASP 251 61 1 Y 1 E ILE 249 ? A ILE 252 62 1 Y 1 E ILE 250 ? A ILE 253 63 1 Y 1 E ASP 251 ? A ASP 254 64 1 Y 1 E ALA 252 ? A ALA 255 65 1 Y 1 E PRO 253 ? A PRO 256 66 1 Y 1 E VAL 254 ? A VAL 257 67 1 Y 1 E THR 255 ? A THR 258 68 1 Y 1 E PRO 256 ? 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I GLU 264 738 1 Y 1 M ALA 262 ? I ALA 265 739 1 Y 1 M GLY 263 ? I GLY 266 740 1 Y 1 M SER 264 ? I SER 267 741 1 Y 1 M VAL 265 ? I VAL 268 742 1 Y 1 M VAL 266 ? I VAL 269 743 1 Y 1 M GLN 267 ? I GLN 270 744 1 Y 1 M GLY 268 ? I GLY 271 745 1 Y 1 M SER 269 ? I SER 272 746 1 Y 1 M MET 270 ? I MET 273 747 1 Y 1 M ILE 271 ? I ILE 274 748 1 Y 1 N GLY -2 ? J GLY 1 749 1 Y 1 N SER -1 ? J SER 2 750 1 Y 1 N HIS 0 ? J HIS 3 751 1 Y 1 N MET 1 ? J MET 4 752 1 Y 1 N ALA 2 ? J ALA 5 753 1 Y 1 N THR 3 ? J THR 6 754 1 Y 1 N ASN 4 ? J ASN 7 755 1 Y 1 N ASP 5 ? J ASP 8 756 1 Y 1 N GLU 6 ? J GLU 9 757 1 Y 1 N LEU 7 ? J LEU 10 758 1 Y 1 N LYS 8 ? J LYS 11 759 1 Y 1 N ASN 9 ? J ASN 12 760 1 Y 1 N GLN 10 ? J GLN 13 761 1 Y 1 N LEU 11 ? J LEU 14 762 1 Y 1 N ALA 12 ? J ALA 15 763 1 Y 1 N ASN 13 ? J ASN 16 764 1 Y 1 N LYS 14 ? J LYS 17 765 1 Y 1 N GLN 15 ? J GLN 18 766 1 Y 1 N ASN 16 ? J ASN 19 767 1 Y 1 N GLY 17 ? J GLY 20 768 1 Y 1 N GLY 18 ? J GLY 21 769 1 Y 1 N GLN 19 ? J GLN 22 770 1 Y 1 N VAL 20 ? 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