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J DG 26 N1 ? ? ? 1_555 M DC 21 N3 ? ? j DG 26 m DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog256 hydrog ? ? J DG 26 N2 ? ? ? 1_555 M DC 21 O2 ? ? j DG 26 m DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog257 hydrog ? ? J DG 26 O6 ? ? ? 1_555 M DC 21 N4 ? ? j DG 26 m DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog258 hydrog ? ? J DC 27 N3 ? ? ? 1_555 K DG 16 N1 ? ? j DC 27 k DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog259 hydrog ? ? J DC 27 N4 ? ? ? 1_555 K DG 16 O6 ? ? j DC 27 k DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog260 hydrog ? ? J DC 27 O2 ? ? ? 1_555 K DG 16 N2 ? ? j DC 27 k DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog261 hydrog ? ? J DT 28 N3 ? ? ? 1_555 K DA 15 N1 ? ? j DT 28 k DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog262 hydrog ? ? J DT 28 O4 ? ? ? 1_555 K DA 15 N6 ? ? j DT 28 k DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog263 hydrog ? ? J DA 29 N1 ? ? ? 1_555 K DG 13 N1 ? ? j DA 29 k DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? 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M DT 31 N3 ? ? ? 1_555 N DA 12 N1 ? ? m DT 31 n DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog362 hydrog ? ? M DT 31 O4 ? ? ? 1_555 N DA 12 N6 ? ? m DT 31 n DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog363 hydrog ? ? M DT 32 N3 ? ? ? 1_555 N DA 11 N1 ? ? m DT 32 n DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog364 hydrog ? ? M DT 32 O4 ? ? ? 1_555 N DA 11 N6 ? ? m DT 32 n DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog365 hydrog ? ? M DC 33 N3 ? ? ? 1_555 N DG 10 N1 ? ? m DC 33 n DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog366 hydrog ? ? M DC 33 N4 ? ? ? 1_555 N DG 10 O6 ? ? m DC 33 n DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog367 hydrog ? ? M DC 33 O2 ? ? ? 1_555 N DG 10 N2 ? ? m DC 33 n DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog368 hydrog ? ? M DC 34 N3 ? ? ? 1_555 N DG 9 N1 ? ? m DC 34 n DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog369 hydrog ? ? M DC 34 N4 ? ? ? 1_555 N DG 9 O6 ? ? m DC 34 n DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog370 hydrog ? ? M DC 34 O2 ? ? ? 1_555 N DG 9 N2 ? ? m DC 34 n DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog371 hydrog ? ? M DC 35 N3 ? ? ? 1_555 N DG 8 N1 ? ? m DC 35 n DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog372 hydrog ? ? M DC 35 N4 ? ? ? 1_555 N DG 8 O6 ? ? m DC 35 n DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog373 hydrog ? ? M DC 35 O2 ? ? ? 1_555 N DG 8 N2 ? ? m DC 35 n DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog374 hydrog ? ? M DT 36 O4 ? ? ? 1_555 N DC 6 N4 ? ? m DT 36 n DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DC MISPAIR' ? ? ? hydrog375 hydrog ? ? M DT 36 N3 ? ? ? 1_555 N DA 7 N1 ? ? m DT 36 n DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog376 hydrog ? ? M DG 37 N1 ? ? ? 1_555 N DA 5 N1 ? ? m DG 37 n DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? ? hydrog377 hydrog ? ? M DG 37 O6 ? ? ? 1_555 N DA 5 N6 ? ? m DG 37 n DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? ? hydrog378 hydrog ? ? M DT 38 N3 ? ? ? 1_555 N DA 5 N1 ? ? m DT 38 n DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 231 A . ? GLY 231 a PRO 232 A ? PRO 232 a 1 -0.89 2 GLY 231 B . ? GLY 231 b PRO 232 B ? PRO 232 b 1 0.71 3 GLY 231 C . ? GLY 231 c PRO 232 C ? PRO 232 c 1 -2.44 4 GLY 231 D . ? 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ALA A 93 ? ALA a 91 ALA a 93 AA1 2 TYR A 77 ? ASP A 83 ? TYR a 77 ASP a 83 AA1 3 LEU A 61 ? HIS A 68 ? LEU a 61 HIS a 68 AA1 4 LYS A 118 ? THR A 121 ? LYS a 118 THR a 121 AA1 5 SER A 142 ? VAL A 144 ? SER a 142 VAL a 144 AA2 1 MET A 218 ? VAL A 219 ? MET a 218 VAL a 219 AA2 2 ASP A 233 ? ALA A 238 ? ASP a 233 ALA a 238 AA2 3 ALA A 243 ? PHE A 246 ? ALA a 243 PHE a 246 AA2 4 ILE A 254 ? VAL A 256 ? ILE a 254 VAL a 256 AA3 1 LYS A 222 ? ASP A 223 ? LYS a 222 ASP a 223 AA3 2 SER A 228 ? TRP A 229 ? SER a 228 TRP a 229 AA4 1 THR B 89 ? ARG B 94 ? THR b 89 ARG b 94 AA4 2 TYR B 77 ? ASP B 83 ? TYR b 77 ASP b 83 AA4 3 LEU B 61 ? HIS B 68 ? LEU b 61 HIS b 68 AA4 4 LYS B 118 ? LYS B 120 ? LYS b 118 LYS b 120 AA4 5 SER B 142 ? HIS B 143 ? SER b 142 HIS b 143 AA5 1 ILE B 254 ? PRO B 257 ? ILE b 254 PRO b 257 AA5 2 TYR B 242 ? PHE B 246 ? TYR b 242 PHE b 246 AA5 3 ASP B 233 ? GLY B 239 ? ASP b 233 GLY b 239 AA5 4 MET B 218 ? TRP B 221 ? MET b 218 TRP b 221 AA5 5 ILE B 261 ? PRO B 263 ? 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ILE e 261 PRO e 263 AB2 1 THR F 89 ? ARG F 94 ? THR f 89 ARG f 94 AB2 2 TYR F 77 ? ASP F 83 ? TYR f 77 ASP f 83 AB2 3 LEU F 61 ? HIS F 68 ? LEU f 61 HIS f 68 AB2 4 LYS F 118 ? LYS F 120 ? LYS f 118 LYS f 120 AB2 5 SER F 142 ? VAL F 144 ? SER f 142 VAL f 144 AB3 1 ILE F 254 ? PRO F 257 ? ILE f 254 PRO f 257 AB3 2 TYR F 242 ? PHE F 246 ? TYR f 242 PHE f 246 AB3 3 ASP F 233 ? GLY F 239 ? ASP f 233 GLY f 239 AB3 4 MET F 218 ? TRP F 221 ? MET f 218 TRP f 221 AB3 5 ILE F 261 ? ARG F 262 ? ILE f 261 ARG f 262 AB4 1 THR G 89 ? ARG G 94 ? THR g 89 ARG g 94 AB4 2 TYR G 77 ? ASP G 83 ? TYR g 77 ASP g 83 AB4 3 LEU G 61 ? HIS G 68 ? LEU g 61 HIS g 68 AB4 4 LYS G 118 ? LYS G 120 ? LYS g 118 LYS g 120 AB4 5 SER G 142 ? VAL G 144 ? SER g 142 VAL g 144 AB5 1 ILE G 254 ? PRO G 257 ? ILE g 254 PRO g 257 AB5 2 TYR G 242 ? PHE G 246 ? TYR g 242 PHE g 246 AB5 3 ASP G 233 ? GLY G 239 ? ASP g 233 GLY g 239 AB5 4 MET G 218 ? TRP G 221 ? MET g 218 TRP g 221 AB5 5 ILE G 261 ? PRO G 263 ? 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DTT 1 4 10 mM CaCl2 'Calcium chloride' 1 5 25 mM ZnCl2 'Zinc chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units KILODALTONS/NANOMETER _em_entity_assembly_molwt.value 0.6 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 11757 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Mouse mammary tumor virus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 67 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1578 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1048508 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC 2.4 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC 3.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? PHENIX dev-4213-000 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2.4 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2.4 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 3.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;MMTV STC intasomes were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and stored in liquid nitrogen for future data acquisition. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7UT1 'double helix' 7UT1 'a-form double helix' 7UT1 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DG 4 1_555 J DC 19 1_555 0.283 -0.180 -1.074 -37.230 -36.592 -1.932 1 i_DG4:DC19_j i 4 ? j 19 ? 19 1 1 I DC 5 1_555 J DG 18 1_555 -0.581 -0.142 -1.717 -18.089 -22.093 3.669 2 i_DC5:DG18_j i 5 ? j 18 ? ? 1 1 I DC 6 1_555 J DG 17 1_555 -0.164 -0.507 -0.222 -16.387 20.568 -4.498 3 i_DC6:DG17_j i 6 ? j 17 ? 19 1 1 I DG 7 1_555 J DC 16 1_555 -0.932 -0.458 -0.957 -15.084 -28.119 -7.420 4 i_DG7:DC16_j i 7 ? j 16 ? 19 1 1 I DC 8 1_555 J DG 15 1_555 -0.302 -0.131 1.470 -22.493 1.624 -4.307 5 i_DC8:DG15_j i 8 ? j 15 ? 19 1 1 I DA 9 1_555 J DT 14 1_555 -0.448 -0.415 -0.384 -23.388 -9.044 0.713 6 i_DA9:DT14_j i 9 ? j 14 ? 20 1 1 I DG 10 1_555 J DC 13 1_555 -1.586 -0.117 -0.618 -23.592 -17.596 3.966 7 i_DG10:DC13_j i 10 ? j 13 ? 19 1 1 I DT 11 1_555 J DA 12 1_555 0.369 0.287 0.164 -14.409 -10.219 9.274 8 i_DT11:DA12_j i 11 ? j 12 ? 20 1 1 I DC 12 1_555 J DG 11 1_555 0.808 -0.305 -0.371 -11.810 -20.856 -8.537 9 i_DC12:DG11_j i 12 ? j 11 ? 19 1 1 I DG 13 1_555 J DC 10 1_555 -0.772 -0.596 -0.873 -22.470 9.605 -0.696 10 i_DG13:DC10_j i 13 ? j 10 ? 19 1 1 I DG 14 1_555 J DC 9 1_555 -0.519 -0.464 0.649 1.132 -0.802 -1.104 11 i_DG14:DC9_j i 14 ? j 9 ? 19 1 1 I DC 15 1_555 J DG 8 1_555 0.948 -0.553 0.680 1.875 -5.237 -4.996 12 i_DC15:DG8_j i 15 ? j 8 ? 19 1 1 I DC 16 1_555 J DG 7 1_555 0.713 -0.636 0.392 12.465 -3.916 1.654 13 i_DC16:DG7_j i 16 ? j 7 ? 19 1 1 I DG 17 1_555 J DC 6 1_555 0.137 -0.541 0.558 24.984 -4.858 -4.730 14 i_DG17:DC6_j i 17 ? j 6 ? 19 1 1 I DA 18 1_555 J DT 5 1_555 0.383 -0.496 0.578 28.555 -13.520 -7.246 15 i_DA18:DT5_j i 18 ? j 5 ? 20 1 1 I DC 19 1_555 J DG 4 1_555 0.681 -0.557 -0.040 28.502 -18.685 1.304 16 i_DC19:DG4_j i 19 ? j 4 ? 19 1 1 I DC 20 1_555 J DG 3 1_555 0.216 -0.645 -0.636 19.821 -25.365 -3.532 17 i_DC20:DG3_j i 20 ? j 3 ? 19 1 1 I DT 21 1_555 J DA 2 1_555 0.053 -0.515 -1.251 27.576 -24.665 11.731 18 i_DT21:DA2_j i 21 ? j 2 ? 20 1 1 I DG 22 1_555 J DC 1 1_555 0.108 -1.250 1.452 -15.570 -33.972 -20.886 19 i_DG22:DC1_j i 22 ? j 1 ? 19 1 1 M DG 24 1_555 J DC 23 1_555 0.194 -0.146 -1.273 -35.345 -16.002 -12.479 20 m_DG24:DC23_j m 24 ? j 23 ? 19 1 1 M DA 25 1_555 J DT 22 1_555 0.857 -0.187 -1.406 -25.818 -18.965 -15.468 21 m_DA25:DT22_j m 25 ? j 22 ? 20 1 1 M DG 26 1_555 J DC 21 1_555 -0.917 0.025 -0.618 -9.288 14.023 3.720 22 m_DG26:DC21_j m 26 ? j 21 ? 19 1 1 M DC 27 1_555 N DG 16 1_555 -0.227 -0.533 0.233 1.409 8.146 -3.169 23 m_DC27:DG16_n m 27 ? n 16 ? 19 1 1 M DT 28 1_555 N DA 15 1_555 -0.401 -0.995 2.005 -18.790 3.726 -9.032 24 m_DT28:DA15_n m 28 ? n 15 ? 20 1 1 M DA 29 1_555 N DT 14 1_555 -0.282 -0.734 2.045 8.199 3.306 4.159 25 m_DA29:DT14_n m 29 ? n 14 ? 20 1 1 M DC 30 1_555 N DG 13 1_555 -0.121 -0.124 1.543 7.702 0.526 2.882 26 m_DC30:DG13_n m 30 ? n 13 ? 19 1 1 M DT 31 1_555 N DA 12 1_555 -0.511 -0.626 0.903 8.131 -14.393 -8.280 27 m_DT31:DA12_n m 31 ? n 12 ? 20 1 1 M DT 32 1_555 N DA 11 1_555 0.478 -0.553 0.309 7.371 -19.676 -6.339 28 m_DT32:DA11_n m 32 ? n 11 ? 20 1 1 M DC 33 1_555 N DG 10 1_555 0.435 -0.693 0.587 8.291 -6.728 -2.339 29 m_DC33:DG10_n m 33 ? n 10 ? 19 1 1 M DC 34 1_555 N DG 9 1_555 0.467 -0.570 -0.192 28.353 -14.061 0.103 30 m_DC34:DG9_n m 34 ? n 9 ? 19 1 1 M DC 35 1_555 N DG 8 1_555 0.451 -0.621 -0.717 24.440 -34.726 -3.365 31 m_DC35:DG8_n m 35 ? n 8 ? 19 1 1 M DT 36 1_555 N DA 7 1_555 0.571 0.946 -0.224 26.117 -16.922 28.168 32 m_DT36:DA7_n m 36 ? n 7 ? ? 1 1 M DG 37 1_555 N DA 5 1_555 0.096 0.916 -1.921 13.288 -22.184 -25.062 33 m_DG37:DA5_n m 37 ? n 5 ? 8 1 1 J DG 24 1_555 M DC 23 1_555 -0.673 -0.405 -0.863 -35.361 -47.785 -11.401 34 j_DG24:DC23_m j 24 ? m 23 ? 19 1 1 J DA 25 1_555 M DT 22 1_555 -0.350 -0.440 -0.801 -21.830 -18.281 -9.575 35 j_DA25:DT22_m j 25 ? m 22 ? 20 1 1 J DG 26 1_555 M DC 21 1_555 -0.977 -0.260 -0.555 3.333 23.655 11.427 36 j_DG26:DC21_m j 26 ? m 21 ? 19 1 1 J DC 27 1_555 K DG 16 1_555 0.023 0.141 0.327 2.816 -1.952 7.879 37 j_DC27:DG16_k j 27 ? k 16 ? 19 1 1 J DT 28 1_555 K DA 15 1_555 -0.962 -0.174 -0.684 5.443 -5.286 -3.143 38 j_DT28:DA15_k j 28 ? k 15 ? 20 1 1 J DA 29 1_555 K DT 14 1_555 -0.244 -0.167 0.621 -8.180 10.077 8.923 39 j_DA29:DT14_k j 29 ? k 14 ? 20 1 1 J DC 30 1_555 K DG 13 1_555 0.433 -0.312 1.321 -0.178 5.255 -0.328 40 j_DC30:DG13_k j 30 ? k 13 ? 19 1 1 J DT 31 1_555 K DA 12 1_555 -0.509 -0.868 1.457 -0.123 -8.256 -4.780 41 j_DT31:DA12_k j 31 ? 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