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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CAPSD_LAMBD P03713 ? 1 ;MSMYTTAQLLAANEQKFKFDPLFLRLFFRESYPFTTEKVYLSQIPGLVNMALYVSPIVSGEVIRSRGGSTSEFTPGYVKP KHEVNPQMTLRRLPDEDPQNLADPAYRRRRIIMQNMRDEELAIAQVEEMQAVSAVLKGKYTMTGEAFDPVEVDMGRSEEN NITQSGGTEWSKRDKSTYDPTDDIEAYALNASGVVNIIVFDPKGWALFRSFKAVKEKLDTRRGSNSELETAVKDLGKAVS YKGMYGDVAIVVYSGQYVENGVKKNFLPDNTMVLGNTQARGLRTYGCIQDADAQREGINASARYPKNWVTTGDPAREFTM IQSAPLMLLADPDEFVSVQLA ; 1 2 UNP DECO_LAMBD P03712 ? 2 ;MTSKETFTHYQPQGNSDPAHTATAPGGLSAKAPAMTPLMLDTSSRKLVAWDGTTDGAAVGILAVAADQTSTTLTFYKSGT FRYEDVLWPEAASDETKKRTAFAGTAISIV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7VIK A 1 ? 341 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7VIK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7VIK _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 24843 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.687 ? 33705 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.080 ? 3423 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 3759 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 4410 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7VIK _struct.title 'Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7VIK _struct_keywords.text ;bacteriophage lambda; capsid; procapsid; capsid maturation; virus structure; cryo-EM; auxiliary protein; conformational expansion; cementing protein; DNA packaging, VIRUS ; _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 103 ? GLY A 138 ? ASP A 103 GLY A 138 1 ? 36 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 157 ? ASN A 161 ? SER A 157 ASN A 161 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 180 ? ALA A 188 ? PRO A 180 ALA A 188 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 AA4 TRP A 205 ? PHE A 211 ? TRP A 205 PHE A 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 PHE A 211 ? ASP A 219 ? PHE A 211 ASP A 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 290 ? GLU A 296 ? ASP A 290 GLU A 296 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 331 ? PHE A 335 ? ASP A 331 PHE A 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN B 85 ? THR B 89 ? ASN B 85 THR B 89 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 ALA B 105 ? GLY B 138 ? ALA B 105 GLY B 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO B 180 ? ASN B 190 ? PRO B 180 ASN B 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 PHE B 211 ? ASP B 219 ? PHE B 211 ASP B 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP B 292 ? GLU B 296 ? ASP B 292 GLU B 296 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP B 331 ? PHE B 335 ? ASP B 331 PHE B 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 LEU C 22 ? PHE C 27 ? LEU C 22 PHE C 27 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN C 85 ? LEU C 90 ? ASN C 85 LEU C 90 5 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA C 105 ? GLY C 138 ? ALA C 105 GLY C 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P17 AB8 SER C 157 ? ASN C 161 ? SER C 157 ASN C 161 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO C 180 ? LEU C 189 ? PRO C 180 LEU C 189 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN C 190 ? SER C 192 ? ASN C 190 SER C 192 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 TRP C 205 ? PHE C 211 ? TRP C 205 PHE C 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P21 AC3 PHE C 211 ? ASP C 219 ? PHE C 211 ASP C 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP C 292 ? GLY C 297 ? ASP C 292 GLY C 297 5 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP C 331 ? PHE C 335 ? ASP C 331 PHE C 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU D 22 ? PHE D 27 ? LEU D 22 PHE D 27 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN D 87 ? ARG D 91 ? GLN D 87 ARG D 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA D 105 ? GLY D 138 ? ALA D 105 GLY D 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P27 AC9 SER D 157 ? ASN D 161 ? SER D 157 ASN D 161 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO D 180 ? ASN D 190 ? PRO D 180 ASN D 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 TRP D 205 ? PHE D 211 ? TRP D 205 PHE D 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 PHE D 211 ? ASP D 219 ? PHE D 211 ASP D 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP D 292 ? GLU D 296 ? ASP D 292 GLU D 296 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP D 331 ? PHE D 335 ? ASP D 331 PHE D 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA E 105 ? GLY E 138 ? ALA E 105 GLY E 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P34 AD7 SER E 157 ? ASN E 161 ? SER E 157 ASN E 161 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO E 180 ? ASN E 190 ? PRO E 180 ASN E 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P36 AD9 TRP E 205 ? PHE E 211 ? TRP E 205 PHE E 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 PHE E 211 ? ASP E 219 ? PHE E 211 ASP E 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP E 292 ? GLY E 297 ? ASP E 292 GLY E 297 5 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP E 331 ? PHE E 335 ? ASP E 331 PHE E 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN F 85 ? LEU F 90 ? ASN F 85 LEU F 90 5 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 ALA F 105 ? GLY F 138 ? ALA F 105 GLY F 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P42 AE6 SER F 157 ? ASN F 161 ? SER F 157 ASN F 161 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO F 180 ? LEU F 189 ? PRO F 180 LEU F 189 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 AE8 TRP F 205 ? PHE F 211 ? TRP F 205 PHE F 211 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 PHE F 211 ? LEU F 218 ? PHE F 211 LEU F 218 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP F 292 ? GLY F 297 ? ASP F 292 GLY F 297 5 ? 6 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP F 331 ? PHE F 335 ? ASP F 331 PHE F 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ALA G 105 ? GLY G 138 ? ALA G 105 GLY G 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P49 AF4 SER G 157 ? ASN G 161 ? SER G 157 ASN G 161 5 ? 5 HELX_P HELX_P50 AF5 PRO G 180 ? ASN G 190 ? PRO G 180 ASN G 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P51 AF6 LYS G 203 ? PHE G 211 ? LYS G 203 PHE G 211 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 AF7 LYS G 212 ? LYS G 215 ? LYS G 212 LYS G 215 5 ? 4 HELX_P HELX_P53 AF8 ASN G 225 ? ASP G 234 ? ASN G 225 ASP G 234 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 ASP G 290 ? GLU G 296 ? ASP G 290 GLU G 296 1 ? 7 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP G 331 ? PHE G 335 ? ASP G 331 PHE G 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP H 94 ? THR H 100 ? ASP H 94 THR H 100 1 ? 7 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP I 94 ? THR I 100 ? ASP I 94 THR I 100 1 ? 7 HELX_P HELX_P58 AG4 ASP J 94 ? ALA J 101 ? ASP J 94 ALA J 101 1 ? 8 HELX_P HELX_P59 AG5 ASP K 94 ? THR K 100 ? ASP K 94 THR K 100 1 ? 7 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP L 94 ? THR L 100 ? ASP L 94 THR L 100 1 ? 7 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP M 94 ? THR M 100 ? 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