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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.7932 ? 52992 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0507 ? 5620 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0043 ? 6860 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.6487 ? 5140 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 0.000705156596324 ? ? 1 'NCS constraints' ? . ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ? ? 0.000706146254275 ? ? 2 'NCS constraints' ? . ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ? ? 0.000705685865871 ? ? 3 'NCS constraints' ? . ? ? ? ens_1 # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given -0.999999999802 -0.000013943597465 -0.0000141711530355 -0.0000139413008959 0.999999986773 -0.000162046617959 0.0000141734123609 -0.000162046420363 -0.99999998677 166.403630754 0.0117457769982 135.210096671 ? 2 given 0.999999999739 0.0000163022703359 0.0000159913533248 0.0000162996573275 -0.999999986519 0.000163387853961 0.0000159940167022 -0.000163387593265 -0.999999986524 -0.00402547952744 141.42792085 135.21006773 ? 3 given -0.99999997551 0.0000950705145044 -0.000199852652478 -0.0000951149472286 -0.999999970761 0.000222329671678 -0.000199831509638 0.000222348675207 0.999999955314 166.415226073 141.438896393 -0.00175645367725 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "C" ; ens_1 d_2 ;chain "B" ; ens_1 d_3 ;chain "D" ; ens_1 d_4 ;chain "A" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 . F GLY 1 . F ALA 1078 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_1 2 . G ZN . . G LYS 1181 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_2 1 . D GLY 1 . D ALA 1078 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_2 2 . E ZN . . E LYS 1181 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_3 1 . H GLY 1 . H ALA 1078 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_3 2 . I ZN . . I LYS 1181 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_4 1 . A GLY 1 . A ALA 1078 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_4 2 . B ZN . . B ZN . ? ? ? ? ? ? ens_1 d_4 3 . C LEU 1 . C LYS 102 ? ? ? ? ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 # _struct.entry_id 7VQO _struct.title 'Cryo-EM structure of Ams1 bound to the FW domain of Nbr1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7VQO _struct_keywords.text 'glycoside hydrolase, signaling protein, HYDROLASE, autophagy' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 28 ? ALA A 37 ? ILE A 28 ALA A 37 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 GLN A 38 ? TYR A 40 ? GLN A 38 TYR A 40 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 49 ? MET A 54 ? ASN A 49 MET A 54 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 79 ? VAL A 84 ? SER A 79 VAL A 84 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 113 ? GLN A 117 ? PRO A 113 GLN A 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 207 ? PHE A 227 ? ASP A 207 PHE A 227 1 ? 21 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 231 ? ALA A 247 ? SER A 231 ALA A 247 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG A 253 ? GLY A 268 ? ARG A 253 GLY A 268 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 273 ? SER A 279 ? SER A 273 SER A 279 5 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO A 300 ? TYR A 322 ? PRO A 300 TYR A 322 1 ? 23 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN A 331 ? TYR A 342 ? GLN A 331 TYR A 342 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 TYR A 342 ? GLU A 355 ? TYR A 342 GLU A 355 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 AB4 SER A 374 ? PHE A 393 ? SER A 374 PHE A 393 1 ? 20 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN A 411 ? ALA A 419 ? GLN A 411 ALA A 419 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 GLN A 427 ? ASN A 432 ? GLN A 427 ASN A 432 5 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 HIS A 467 ? GLN A 477 ? HIS A 467 GLN A 477 1 ? 11 HELX_P HELX_P17 AB8 THR A 501 ? VAL A 518 ? THR A 501 VAL A 518 1 ? 18 HELX_P HELX_P18 AB9 SER A 529 ? ARG A 539 ? SER A 529 ARG A 539 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS A 540 ? PHE A 544 ? LYS A 540 PHE A 544 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 HIS A 556 ? THR A 561 ? 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SER B 231 ALA B 247 1 ? 17 HELX_P HELX_P35 AD8 ARG B 253 ? GLY B 268 ? ARG B 253 GLY B 268 1 ? 16 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 273 ? SER B 279 ? SER B 273 SER B 279 5 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO B 300 ? TYR B 322 ? PRO B 300 TYR B 322 1 ? 23 HELX_P HELX_P38 AE2 GLN B 331 ? TYR B 342 ? GLN B 331 TYR B 342 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 AE3 TYR B 342 ? GLU B 355 ? TYR B 342 GLU B 355 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 SER B 374 ? PHE B 393 ? SER B 374 PHE B 393 1 ? 20 HELX_P HELX_P41 AE5 GLN B 411 ? ALA B 419 ? GLN B 411 ALA B 419 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 GLN B 427 ? ASN B 432 ? GLN B 427 ASN B 432 5 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 HIS B 467 ? GLN B 477 ? HIS B 467 GLN B 477 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 AE8 THR B 501 ? VAL B 518 ? THR B 501 VAL B 518 1 ? 18 HELX_P HELX_P45 AE9 SER B 529 ? ARG B 539 ? SER B 529 ARG B 539 1 ? 11 HELX_P HELX_P46 AF1 LYS B 540 ? PHE B 544 ? LYS B 540 PHE B 544 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 HIS B 556 ? THR B 561 ? HIS B 556 THR B 561 5 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 GLN B 563 ? ASP B 591 ? 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'Escherichia coli K-12' K-12 ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 1 ? 284812 'Schizosaccharomyces pombe 972h-' ? ? 2 1 ? 284812 'Schizosaccharomyces pombe 972h-' ? ? 3 1 ? 284812 'Schizosaccharomyces pombe 972h-' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 2925 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Tridiem 4K' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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