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PRO E 192 LEU E 196 5 ? 5 HELX_P HELX_P91 AK1 SER E 227 ? LYS E 241 ? SER E 207 LYS E 221 1 ? 15 HELX_P HELX_P92 AK2 MET E 252 ? HIS E 255 ? MET E 232 HIS E 235 5 ? 4 HELX_P HELX_P93 AK3 ASN E 280 ? ARG E 291 ? ASN E 260 ARG E 271 1 ? 12 HELX_P HELX_P94 AK4 PRO E 311 ? LEU E 319 ? PRO E 291 LEU E 299 1 ? 9 HELX_P HELX_P95 AK5 ASN E 335 ? GLU E 345 ? ASN E 315 GLU E 325 1 ? 11 HELX_P HELX_P96 AK6 VAL E 346 ? GLY E 354 ? VAL E 326 GLY E 334 1 ? 9 HELX_P HELX_P97 AK7 ASP E 373 ? GLN E 387 ? ASP E 353 GLN E 367 1 ? 15 HELX_P HELX_P98 AK8 GLY E 403 ? TYR E 407 ? GLY E 383 TYR E 387 5 ? 5 HELX_P HELX_P99 AK9 SER E 418 ? ALA E 432 ? SER E 398 ALA E 412 1 ? 15 HELX_P HELX_P100 AL1 SER E 433 ? GLY E 436 ? SER E 413 GLY E 416 5 ? 4 HELX_P HELX_P101 AL2 ASP E 453 ? PHE E 466 ? ASP E 433 PHE E 446 1 ? 14 HELX_P HELX_P102 AL3 GLU E 483 ? PHE E 487 ? GLU E 463 PHE E 467 5 ? 5 HELX_P HELX_P103 AL4 ASP E 488 ? LEU E 505 ? ASP E 468 LEU E 485 1 ? 18 HELX_P HELX_P104 AL5 LEU E 505 ? GLU E 519 ? 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GLU F 711 THR F 721 1 ? 11 HELX_P HELX_P132 AO6 ASN F 744 ? GLY F 758 ? ASN F 724 GLY F 738 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 408 A . ? PRO 388 A LEU 409 A ? LEU 389 A 1 0.07 2 PRO 408 B . ? PRO 388 B LEU 409 B ? LEU 389 B 1 0.00 3 PRO 408 C . ? PRO 388 C LEU 409 C ? LEU 389 C 1 0.12 4 PRO 408 D . ? PRO 388 D LEU 409 D ? LEU 389 D 1 0.09 5 PRO 408 E . ? PRO 388 E LEU 409 E ? LEU 389 E 1 0.09 6 PRO 408 F . ? PRO 388 F LEU 409 F ? LEU 389 F 1 0.17 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 5 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 4 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 5 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 6 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 5 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 5 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 6 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 4 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? parallel AD5 3 4 ? parallel AD5 4 5 ? parallel AD6 1 2 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD7 5 6 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE5 1 2 ? parallel AE5 2 3 ? parallel AE5 3 4 ? parallel AE5 4 5 ? parallel AE6 1 2 ? parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE7 5 6 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF3 4 5 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? parallel AF5 3 4 ? parallel AF5 4 5 ? parallel AF6 1 2 ? parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF7 4 5 ? anti-parallel AF7 5 6 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 34 ? 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F ASN 31 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 300 mM NaCl 'sodium chloride' 1 2 20 mM NaH2PO4 'sodium dihydrogen phosphate' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.516 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 416870 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pET28a _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.00 _em_image_recording.average_exposure_time 65.95 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 995 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 267294 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'The general model for cryo images (neural network denoised with JANNI) is used for fully automatic particle picking' crYOLO 1.7.6 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' GCTF_v1.18_sm30-7a5_cu10.1 Gctf 1.18 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.2 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.2 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.1.2 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.58 _em_specimen.details 'This sample was mono-disperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan JP21am0101071 1 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan 19K15748 2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #