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EMDB EMD-33591 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Molecular architecture of the chikungunya virus replication complex' EMD-33591 'associated EM volume' EMDB 'Structural insights into viral RNA capping and plasma membrane targeting by Chikungunya virus nonstructural protein 1' EMD-30796 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Y38 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-10 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tan, Y.B.' 1 0000-0002-1491-2516 'Luo, D.' 2 0000-0001-7637-7275 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eadd2536 _citation.page_last eadd2536 _citation.title 'Molecular architecture of the Chikungunya virus replication complex.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.add2536 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36449616 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Tan, Y.B.' 1 0000-0002-1491-2516 primary 'Chmielewski, D.' 2 0000-0002-4498-7949 primary 'Law, M.C.Y.' 3 0000-0002-7185-5802 primary 'Zhang, K.' 4 0000-0003-2875-2581 primary 'He, Y.' 5 0000-0003-3992-0966 primary 'Chen, M.' 6 0000-0003-1311-7868 primary 'Jin, J.' 7 0000-0003-3994-8600 primary 'Luo, D.' 8 0000-0001-7637-7275 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7Y38 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7Y38 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'mRNA-capping enzyme nsP1,affinity-tag (strepII-3XFLAG)' 64328.938 12 2.1.1.-,2.7.7.-,2.1.1.-,2.7.7.- H37A ? ;1. affinity-tag (strepII-3XFLAG) insertion in between residue number 517-552; 2. replaced the last residue A535 with short peptide-tag NGL (corresponding to position 571-573) ; 2 polymer man 'RNA-directed RNA polymerase nsP4' 68373.281 1 2.7.7.19,2.7.7.48 ? ? 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VAL Y 452 GLY Y 460 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB4 6 7 ? anti-parallel AB4 7 8 ? anti-parallel AB4 8 9 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB8 6 7 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? parallel AB9 5 6 ? anti-parallel AB9 6 7 ? anti-parallel AB9 7 8 ? anti-parallel AB9 8 9 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC1 6 7 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC5 3 4 ? parallel AC5 4 5 ? parallel AC5 5 6 ? anti-parallel AC5 6 7 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? parallel AC6 4 5 ? parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC6 6 7 ? anti-parallel AC6 7 8 ? anti-parallel AC6 8 9 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC7 6 7 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? parallel AD2 3 4 ? parallel AD2 4 5 ? parallel AD2 5 6 ? anti-parallel AD2 6 7 ? anti-parallel AD2 7 8 ? anti-parallel AD2 8 9 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? parallel AD7 3 4 ? parallel AD7 4 5 ? parallel AD7 5 6 ? anti-parallel AD7 6 7 ? anti-parallel AD7 7 8 ? anti-parallel AD7 8 9 ? parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD8 6 7 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? 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N ALA 796 1580 1 Y 1 Y GLY 797 ? N GLY 797 1581 1 Y 1 Y CYS 798 ? 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