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ASP C 985 VAL C 1033 1 ? 49 HELX_P HELX_P63 AG9 PRO C 1140 ? GLU C 1151 ? PRO C 1140 GLU C 1151 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 122 A NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 343 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 717 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 801 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 1098 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 1134 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? B ASN 343 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 717 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 801 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 1098 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 1134 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? C ASN 122 C NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 282 C NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 331 C NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 343 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? C ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? C ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 717 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? C ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 801 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 1098 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? C ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 1134 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale49 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale50 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale51 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale52 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale53 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale54 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale55 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale56 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale57 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale58 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? ? covale59 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale60 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale61 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale62 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale63 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? 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C LEU 1224 735 1 Y 1 C ILE 1225 ? C ILE 1225 736 1 Y 1 C ALA 1226 ? C ALA 1226 737 1 Y 1 C ILE 1227 ? C ILE 1227 738 1 Y 1 C VAL 1228 ? C VAL 1228 739 1 Y 1 C MET 1229 ? C MET 1229 740 1 Y 1 C VAL 1230 ? C VAL 1230 741 1 Y 1 C THR 1231 ? C THR 1231 742 1 Y 1 C ILE 1232 ? C ILE 1232 743 1 Y 1 C MET 1233 ? C MET 1233 744 1 Y 1 C LEU 1234 ? C LEU 1234 745 1 Y 1 C CYS 1235 ? C CYS 1235 746 1 Y 1 C CYS 1236 ? C CYS 1236 747 1 Y 1 C MET 1237 ? C MET 1237 748 1 Y 1 C THR 1238 ? C THR 1238 749 1 Y 1 C SER 1239 ? C SER 1239 750 1 Y 1 C CYS 1240 ? C CYS 1240 751 1 Y 1 C CYS 1241 ? C CYS 1241 752 1 Y 1 C SER 1242 ? C SER 1242 753 1 Y 1 C CYS 1243 ? C CYS 1243 754 1 Y 1 C LEU 1244 ? C LEU 1244 755 1 Y 1 C LYS 1245 ? C LYS 1245 756 1 Y 1 C GLY 1246 ? C GLY 1246 757 1 Y 1 C CYS 1247 ? C CYS 1247 758 1 Y 1 C CYS 1248 ? C CYS 1248 759 1 Y 1 C SER 1249 ? C SER 1249 760 1 Y 1 C CYS 1250 ? C CYS 1250 761 1 Y 1 C GLY 1251 ? C GLY 1251 762 1 Y 1 C SER 1252 ? C SER 1252 763 1 Y 1 C CYS 1253 ? C CYS 1253 764 1 Y 1 C CYS 1254 ? C CYS 1254 765 1 Y 1 C LYS 1255 ? C LYS 1255 766 1 Y 1 C PHE 1256 ? C PHE 1256 767 1 Y 1 C ASP 1257 ? C ASP 1257 768 1 Y 1 C GLU 1258 ? C GLU 1258 769 1 Y 1 C ASP 1259 ? C ASP 1259 770 1 Y 1 C ASP 1260 ? C ASP 1260 771 1 Y 1 C SER 1261 ? C SER 1261 772 1 Y 1 C GLU 1262 ? C GLU 1262 773 1 Y 1 C PRO 1263 ? C PRO 1263 774 1 Y 1 C VAL 1264 ? C VAL 1264 775 1 Y 1 C LEU 1265 ? C LEU 1265 776 1 Y 1 C LYS 1266 ? C LYS 1266 777 1 Y 1 C GLY 1267 ? C GLY 1267 778 1 Y 1 C VAL 1268 ? C VAL 1268 779 1 Y 1 C LYS 1269 ? C LYS 1269 780 1 Y 1 C LEU 1270 ? C LEU 1270 781 1 Y 1 C HIS 1271 ? C HIS 1271 782 1 Y 1 C TYR 1272 ? C TYR 1272 783 1 Y 1 C THR 1273 ? C THR 1273 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 8.0 g/L NaCl 'sodium chloride' 1 2 0.2 g/L KCl 'potassium chloride' 1 3 1.44 g/L Na2HPO4 'sodium hydrogen phosphate' 1 4 0.24 g/L KH2PO4 'potassium dihydrogen phosphate' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTFs are applied to the projections of the map during 3D classification and 3D refinement.' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 2697049 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 25851 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Initial micrographs were deconvolved using Warp, and 7,950 spikes were manually picked from 474 micrographs for training Topaz neural network. The trained Topaz neural network was used to automatically pick the spikes. 674,792 particles were auto-picked by Topaz. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 674792 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.6 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20.1 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 9606 _em_virus_natural_host.organism 'Homo sapiens' _em_virus_natural_host.strain ? # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' _pdbx_audit_support.country China _pdbx_audit_support.grant_number 32171195 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero D 2 NAG 1 D NAG 1 A NAG 1163 n D 2 NAG 2 D NAG 2 A NAG 1174 n E 2 NAG 1 E NAG 1 A NAG 1164 n E 2 NAG 2 E NAG 2 A NAG 1175 n F 2 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1166 n F 2 NAG 2 F NAG 2 A NAG 1176 n G 2 NAG 1 G NAG 1 A NAG 1167 n G 2 NAG 2 G NAG 2 A NAG 1177 n H 2 NAG 1 H NAG 1 A NAG 1179 n H 2 NAG 2 H NAG 2 A NAG 1180 n I 2 NAG 1 I NAG 1 B NAG 1163 n I 2 NAG 2 I NAG 2 B NAG 1174 n J 2 NAG 1 J NAG 1 B NAG 1164 n J 2 NAG 2 J NAG 2 B NAG 1175 n K 2 NAG 1 K NAG 1 B NAG 1166 n K 2 NAG 2 K NAG 2 B NAG 1176 n L 2 NAG 1 L NAG 1 B NAG 1167 n L 2 NAG 2 L NAG 2 B NAG 1177 n M 2 NAG 1 M NAG 1 B NAG 1179 n M 2 NAG 2 M NAG 2 B NAG 1180 n N 2 NAG 1 N NAG 1 C NAG 1163 n N 2 NAG 2 N NAG 2 C NAG 1174 n O 2 NAG 1 O NAG 1 C NAG 1164 n O 2 NAG 2 O NAG 2 C NAG 1175 n P 2 NAG 1 P NAG 1 C NAG 1166 n P 2 NAG 2 P NAG 2 C NAG 1176 n Q 2 NAG 1 Q NAG 1 C NAG 1167 n Q 2 NAG 2 Q NAG 2 C NAG 1177 n R 2 NAG 1 R NAG 1 C NAG 1179 n R 2 NAG 2 R NAG 2 C NAG 1180 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 2 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 2 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 2 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 2 NAG 1 n 2 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 3 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 7SBK 2 'experimental model' PDB 6XR8 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #