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EMDB EMD-33666 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'chicken KNL2 in complex with the CENP-A nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-33666 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Y7I _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ariyoshi, M.' 1 0000-0002-1361-2642 'Jiang, H.' 2 0000-0002-7487-9105 'Makino, F.' 3 0000-0001-9512-7087 'Fukagawa, T.' 4 0000-0001-8564-6852 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Biorxiv _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'The cryo-EM structure of the CENP-A nucleosome in complex with ggKNL2.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1101/2022.06.24.497480 _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Jiang, H.' 1 0000-0002-7487-9105 primary 'Ariyoshi, M.' 2 0000-0002-1361-2642 primary 'Watanabe, R.' 3 ? primary 'Makino, F.' 4 0000-0001-9512-7087 primary 'Namba, K.' 5 0000-0003-2911-5875 primary 'Fukagawa, T.' 6 0000-0001-8564-6852 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7Y7I _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7Y7I _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1,Histone H3-like centromeric protein A' 16372.217 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14165.551 2 ? 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'extracted from Escherichia coli as synthetic construct (plasmid) and purified' 7 polymer syn 'Myb-like domain-containing protein' 4983.576 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/l,CENP-A' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRRQPFARVVREICL LFTRGVDYRWQAMALLALQEAAEAFLVHLLEDAYLCSLHARRVTLYPKDLQLARRLRGLQGEGF ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRRQPFARVVREICL LFTRGVDYRWQAMALLALQEAAEAFLVHLLEDAYLCSLHARRVTLYPKDLQLARRLRGLQGEGF ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DG)(DA) ; ;TCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCC GCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGAGTCAGATATATACATCGA ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA) ; ;TCGATGTATATATCTGACTCGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACG TGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGA ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no SSNGIYTRSGRLVKPPLSFWCGEREFVDRELNVTIQKGGTDYLS SSNGIYTRSGRLVKPPLSFWCGEREFVDRELNVTIQKGGTDYLS K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 7 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 44 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Gallus gallus' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name chicken _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 9031 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIR 1 2 UNP CENPA_CHICK Q6XXM1 ? 1 RQPFARVVREICLLFTRGVDYRWQAMALLALQEAAEAFLVHLLEDAYLCSLHARRVTLYPKDLQLARRLRGLQGEGF 55 3 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 4 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 5 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 6 PDB 7Y7I 7Y7I ? 5 ? 1 7 PDB 7Y7I 7Y7I ? 6 ? 1 8 UNP F1NE16_CHICK F1NE16 ? 7 SSNGIYTRSGRLVKPPLSFWCGEREFVDRELNVTIQKGGTDYLS 517 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Y7I A 4 ? 67 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? I DG 19 O6 ? ? ? 1_555 J DC 125 N4 ? ? I DG 20 J DC 271 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? I DG 20 N1 ? ? ? 1_555 J DC 124 N3 ? ? I DG 21 J DC 270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? I DG 20 N2 ? ? ? 1_555 J DC 124 O2 ? ? I DG 21 J DC 270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? I DG 20 O6 ? ? ? 1_555 J DC 124 N4 ? ? I DG 21 J DC 270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? I DC 21 N3 ? ? ? 1_555 J DG 123 N1 ? ? I DC 22 J DG 269 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? I DC 21 N4 ? ? ? 1_555 J DG 123 O6 ? ? I DC 22 J DG 269 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? I DC 21 O2 ? ? ? 1_555 J DG 123 N2 ? ? I DC 22 J DG 269 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? I DC 22 N3 ? ? ? 1_555 J DG 122 N1 ? ? I DC 23 J DG 268 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? I DC 22 N4 ? ? ? 1_555 J DG 122 O6 ? ? 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PHENIX ? ? ? 1.20.1_4487 2 # _em_3d_fitting.entry_id 7Y7I _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Initial local fitting and refinement were performed using PHENIX. The complex model was iteratively modified in Coot and refined in PHENIX. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 5Z23 1 2 ? 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The CENP-A nucleosome was reconstituted in vitro using recombinant proteins, incubated with the KNL2 peptide and concentrated. ; 'the CENP-C like motif of chicken KNL2 in complex with the CENP-A nucleosome' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' ? ? 2 1 ? 'chimeric CENP-A' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 ? nucleosome RECOMBINANT COMPLEX 2,3,4 ? ? 4 1 ? DNA RECOMBINANT COMPLEX 5,6 ? ? 5 1 ? 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L SER 44 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM NaCl 'sodium chloride' 1 2 0.1 % C32H58N2O7S CHAPS 1 3 5 mM C9H15O6P TCEP 1 4 20 mM C8H18N2O4S HEPES # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.2 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 9031 ? ? 'Gallus gallus' ? ? 3 1 ? ? 9031 ? ? 'Gallus gallus' ? ? 4 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 5 3 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 1 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 5 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_entity_assembly_synthetic.id 1 _em_entity_assembly_synthetic.entity_assembly_id 4 _em_entity_assembly_synthetic.cell ? _em_entity_assembly_synthetic.cellular_location ? _em_entity_assembly_synthetic.ncbi_tax_id 9031 _em_entity_assembly_synthetic.organ ? _em_entity_assembly_synthetic.organelle ? _em_entity_assembly_synthetic.organism 'Gallus gallus' _em_entity_assembly_synthetic.strain ? _em_entity_assembly_synthetic.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40.0 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 9450 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'In-column Omega Filter' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 10331795 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.9 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 9.03 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' 'rigid body refinement' PHENIX 1.20.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' 'real space refinement' PHENIX 1.20.1 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7Y7I 'double helix' 7Y7I 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DT 1 1_555 J DA 143 1_555 -0.186 -0.804 1.896 -0.114 3.989 2.648 1 I_DT2:DA289_J I 2 ? J 289 ? 20 1 1 I DC 2 1_555 J DG 142 1_555 0.159 -0.538 1.529 -3.865 2.862 2.928 2 I_DC3:DG288_J I 3 ? J 288 ? 19 1 1 I DA 3 1_555 J DT 141 1_555 0.035 -0.803 1.708 -2.299 11.220 12.888 3 I_DA4:DT287_J I 4 ? J 287 ? 20 1 1 I DG 4 1_555 J DC 140 1_555 -0.329 -0.243 0.811 2.831 15.368 9.383 4 I_DG5:DC286_J I 5 ? J 286 ? 19 1 1 I DA 5 1_555 J DT 139 1_555 0.162 -0.465 -1.491 -8.701 -8.657 8.169 5 I_DA6:DT285_J I 6 ? J 285 ? 20 1 1 I DA 6 1_555 J DT 138 1_555 0.036 -0.469 -1.475 -12.017 -6.663 10.563 6 I_DA7:DT284_J I 7 ? J 284 ? 20 1 1 I DT 7 1_555 J DA 137 1_555 -2.739 -1.447 -1.988 -24.584 -22.790 32.548 7 I_DT8:DA283_J I 8 ? J 283 ? ? 5 1 I DC 8 1_555 J DG 136 1_555 0.142 -0.514 -1.322 -17.140 4.794 -2.226 8 I_DC9:DG282_J I 9 ? J 282 ? 19 1 1 I DC 9 1_555 J DG 135 1_555 0.178 -0.291 -0.800 -7.311 12.006 -3.205 9 I_DC10:DG281_J I 10 ? J 281 ? 19 1 1 I DC 10 1_555 J DG 134 1_555 0.169 -0.218 -0.586 -7.882 11.109 -3.343 10 I_DC11:DG280_J I 11 ? J 280 ? 19 1 1 I DG 11 1_555 J DC 133 1_555 -0.223 -0.123 -0.339 -5.547 -7.840 2.475 11 I_DG12:DC279_J I 12 ? J 279 ? 19 1 1 I DG 12 1_555 J DC 132 1_555 -0.207 -0.132 -0.514 -6.230 -2.945 1.350 12 I_DG13:DC278_J I 13 ? J 278 ? 19 1 1 I DT 13 1_555 J DA 131 1_555 -0.109 -0.138 -0.548 -0.092 -1.253 -1.532 13 I_DT14:DA277_J I 14 ? J 277 ? 20 1 1 I DG 14 1_555 J DC 130 1_555 -0.184 -0.138 -0.053 -0.110 -3.386 0.629 14 I_DG15:DC276_J I 15 ? J 276 ? 19 1 1 I DC 15 1_555 J DG 129 1_555 0.219 -0.107 -0.124 1.665 -7.211 0.196 15 I_DC16:DG275_J I 16 ? J 275 ? 19 1 1 I DC 16 1_555 J DG 128 1_555 0.159 -0.231 0.823 -0.530 -6.206 -1.275 16 I_DC17:DG274_J I 17 ? J 274 ? 19 1 1 I DG 17 1_555 J DC 127 1_555 -0.260 -0.139 0.067 -8.971 -11.400 1.163 17 I_DG18:DC273_J I 18 ? J 273 ? 19 1 1 I DA 18 1_555 J DT 126 1_555 0.121 -0.172 -0.925 -10.583 -6.242 -0.259 18 I_DA19:DT272_J I 19 ? J 272 ? 20 1 1 I DG 19 1_555 J DC 125 1_555 -0.155 -0.319 -1.238 -9.198 0.777 -0.112 19 I_DG20:DC271_J I 20 ? J 271 ? 19 1 1 I DG 20 1_555 J DC 124 1_555 -0.126 -0.294 -1.051 -4.984 3.684 -1.943 20 I_DG21:DC270_J I 21 ? J 270 ? 19 1 1 I DC 21 1_555 J DG 123 1_555 0.176 -0.178 -0.503 0.407 4.310 -0.815 21 I_DC22:DG269_J I 22 ? J 269 ? 19 1 1 I DC 22 1_555 J DG 122 1_555 0.207 -0.149 0.181 0.246 -0.346 -1.388 22 I_DC23:DG268_J I 23 ? J 268 ? 19 1 1 I DG 23 1_555 J DC 121 1_555 -0.113 -0.206 0.791 4.673 -2.332 -3.593 23 I_DG24:DC267_J I 24 ? J 267 ? 19 1 1 I DC 24 1_555 J DG 120 1_555 0.173 -0.228 0.766 1.516 -3.909 0.459 24 I_DC25:DG266_J I 25 ? J 266 ? 19 1 1 I DT 25 1_555 J DA 119 1_555 -0.171 -0.252 0.972 0.425 -7.675 -5.683 25 I_DT26:DA265_J I 26 ? J 265 ? 20 1 1 I DC 26 1_555 J DG 118 1_555 0.215 -0.110 0.058 -1.763 -15.415 1.251 26 I_DC27:DG264_J I 27 ? J 264 ? 19 1 1 I DA 27 1_555 J DT 117 1_555 0.100 -0.314 -1.167 -8.568 -13.168 6.644 27 I_DA28:DT263_J I 28 ? J 263 ? 20 1 1 I DA 28 1_555 J DT 116 1_555 0.353 -0.795 -2.218 -10.338 -8.945 -2.323 28 I_DA29:DT262_J I 29 ? 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J 147 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DT 1 1_555 J DA 143 1_555 I DC 2 1_555 J DG 142 1_555 -0.478 -0.860 3.954 0.109 1.255 44.497 -1.274 0.643 3.929 1.657 -0.144 44.514 1 II_DT2DC3:DG288DA289_JJ I 2 ? J 289 ? I 3 ? J 288 ? 1 I DC 2 1_555 J DG 142 1_555 I DA 3 1_555 J DT 141 1_555 0.447 0.229 3.256 -1.375 3.172 41.680 -0.010 -0.769 3.248 4.449 1.928 41.817 2 II_DC3DA4:DT287DG288_JJ I 3 ? J 288 ? I 4 ? J 287 ? 1 I DA 3 1_555 J DT 141 1_555 I DG 4 1_555 J DC 140 1_555 -0.690 -0.079 3.645 -0.427 5.270 34.719 -1.010 1.073 3.602 8.768 0.710 35.107 3 II_DA4DG5:DC286DT287_JJ I 4 ? J 287 ? I 5 ? J 286 ? 1 I DG 4 1_555 J DC 140 1_555 I DA 5 1_555 J DT 139 1_555 -0.293 0.610 4.232 16.306 27.346 34.133 -2.406 2.268 3.405 37.948 -22.628 46.352 4 II_DG5DA6:DT285DC286_JJ I 5 ? J 286 ? I 6 ? J 285 ? 1 I DA 5 1_555 J DT 139 1_555 I DA 6 1_555 J DT 138 1_555 -0.608 1.550 3.202 -4.194 2.777 39.636 1.948 0.405 3.343 4.076 6.155 39.941 5 II_DA6DA7:DT284DT285_JJ I 6 ? J 285 ? I 7 ? J 284 ? 1 I DA 6 1_555 J DT 138 1_555 I DT 7 1_555 J DA 137 1_555 1.793 1.914 3.750 -2.211 15.510 23.941 -0.712 -4.291 4.042 33.221 4.735 28.549 6 II_DA7DT8:DA283DT284_JJ I 7 ? J 284 ? I 8 ? J 283 ? 1 I DT 7 1_555 J DA 137 1_555 I DC 8 1_555 J DG 136 1_555 -0.970 1.936 4.371 -8.267 -0.310 54.948 2.103 0.388 4.453 -0.334 8.903 55.520 7 II_DT8DC9:DG282DA283_JJ I 8 ? J 283 ? I 9 ? J 282 ? 1 I DC 8 1_555 J DG 136 1_555 I DC 9 1_555 J DG 135 1_555 1.038 -0.168 3.117 -5.654 7.677 37.342 -1.138 -2.224 2.848 11.757 8.659 38.498 8 II_DC9DC10:DG281DG282_JJ I 9 ? J 282 ? I 10 ? J 281 ? 1 I DC 9 1_555 J DG 135 1_555 I DC 10 1_555 J DG 134 1_555 0.694 -1.097 3.208 2.506 13.468 32.497 -3.674 -0.802 2.609 22.842 -4.250 35.195 9 II_DC10DC11:DG280DG281_JJ I 10 ? J 281 ? I 11 ? J 280 ? 1 I DC 10 1_555 J DG 134 1_555 I DG 11 1_555 J DC 133 1_555 0.025 -0.582 2.943 -2.707 21.096 25.637 -4.013 -0.428 1.920 39.915 5.121 33.196 10 II_DC11DG12:DC279DG280_JJ I 11 ? J 280 ? I 12 ? J 279 ? 1 I DG 11 1_555 J DC 133 1_555 I DG 12 1_555 J DC 132 1_555 -0.160 -0.205 3.111 0.053 1.153 40.758 -0.414 0.235 3.104 1.655 -0.077 40.773 11 II_DG12DG13:DC278DC279_JJ I 12 ? J 279 ? I 13 ? 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