data_7Z47 # _entry.id 7Z47 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.361 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7Z47 pdb_00007z47 10.2210/pdb7z47/pdb WWPDB D_1292121341 ? ? EMDB EMD-14486 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Portal of bacteriophage SU10' EMD-14486 'associated EM volume' EMDB 'Portal of bacteriophage SU10' EMD-14483 'other EM volume' EMDB 'Top part (C5) of bacteriophage SU10 capsid' EMD-14485 'other EM volume' EMDB 'Central part (C10) of bacteriophage SU10 capsid' EMD-14484 'other EM volume' EMDB 'Bottom part (C5) of bacteriophage SU10 capsid' EMD-14487 'other EM volume' EMDB 'Capsid of bacteriophage SU10' EMD-14488 'other EM volume' EMDB 'Bacteriophage SU10 tail C1' EMD-14489 'other EM volume' EMDB 'Phage SU10 nozzle, genome release intermediate' EMD-14495 'other EM volume' EMDB 'Assymetric reconstruction of bacteriophage SU10 genome release intermediate capsid cap' EMD-14491 'other EM volume' EMDB 'Capsid of bacteriophage SU10 genome release intermediate, C5 symmetrised' EMD-14490 'other EM volume' EMDB 'Bacteriophage SU10 virion (C1)' EMD-14492 'other EM volume' PDB 'Portal of bacteriophage SU10' 7Z44 unspecified PDB 'Top part (C5) of bacteriophage SU10 capsid' 7Z46 unspecified PDB 'Central part (C10) of bacteriophage SU10 capsid' 7Z45 unspecified PDB 'Bottom part (C5) of bacteriophage SU10 capsid' 7Z48 unspecified PDB 'Capsid of bacteriophage SU10' 7Z49 unspecified PDB 'Bacteriophage SU10 tail C1' 7Z4A unspecified PDB 'Phage SU10 nozzle, genome release intermediate' 7Z4F unspecified PDB 'Bacteriophage SU10 virion (C1)' 7Z4B unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Z47 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-03-03 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Siborova, M.' 1 0000-0002-6879-5247 'Fuzik, T.' 2 0000-0002-1190-0210 'Prochazkova, M.' 3 0000-0002-4229-9202 'Novacek, J.' 4 0000-0003-4013-3898 'Plevka, P.' 5 0000-0003-4215-3315 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 13 _citation.language ? _citation.page_first 5622 _citation.page_last 5622 _citation.title 'Tail proteins of phage SU10 reorganize into the nozzle for genome delivery.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-022-33305-w _citation.pdbx_database_id_PubMed 36153309 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Siborova, M.' 1 0000-0002-6879-5247 primary 'Fuzik, T.' 2 0000-0002-1190-0210 primary 'Prochazkova, M.' 3 0000-0002-4229-9202 primary 'Novacek, J.' 4 ? primary 'Benesik, M.' 5 ? primary 'Nilsson, A.S.' 6 0000-0003-0115-4151 primary 'Plevka, P.' 7 0000-0003-4215-3315 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7Z47 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7Z47 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Adaptor protein' 28836.395 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Surface protein' 110352.617 1 ? ? ? 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'Short tail fiber' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAMPDVQYPINTYGWLKKAVALWADRDDDEFVNQIPNFINFAEKEIYRNLRIPPLEKEVYLDIKDGVAYIPPDYLEAQWM MRAKDGTIFQVTSPEEISYRRQHGTINPSHWNNQPVNFARFGSRFIFYPSIEADTPYYPDDGSPLIPAENSVILSYYADP PEFHEDTDTSTILTIAPELLLYFTLRHACLFVQDDNGVQKWSALGKAILDEMVEQNKKQEYSGSPIAIPNNMTRLQSSLP DIYGIRTSRV ; ;MAMPDVQYPINTYGWLKKAVALWADRDDDEFVNQIPNFINFAEKEIYRNLRIPPLEKEVYLDIKDGVAYIPPDYLEAQWM MRAKDGTIFQVTSPEEISYRRQHGTINPSHWNNQPVNFARFGSRFIFYPSIEADTPYYPDDGSPLIPAENSVILSYYADP PEFHEDTDTSTILTIAPELLLYFTLRHACLFVQDDNGVQKWSALGKAILDEMVEQNKKQEYSGSPIAIPNNMTRLQSSLP DIYGIRTSRV ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MALYPIKSLGAVGVIADQAPTDLAPNAFTNAINARFVEQRVFKTGGNAPLSYVDEDKDLTPLSFVSMPFDYYSAGNSFLV VGTNKKLYKLTDESLTDISRKVATVTKKASASIKIYPVVSQIVPKESTISMNFNQTKNLEVSLLPADANNTNLIWEVSNS 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;MIVYNNQAPDAVNNVGQFGATEGSIGAYKQAAEYAADSKYWALLAESKFGTIDDLIAEVERLYQQGVLMKQDIEDLKQDF KDQDARLMSLIAQTNAAVSDANNAVALINQKLIEVQNQLDVLLGMSVDVTTLPPGTPATGSFNPNTGVISLGIPEGEPGK DGSVKDLDTAPTGVPELGDLGFYVDKDDNTVHKTTLENIANLTPSVRSVSVNGGPALDGEVALTINKETVGLGNVLNVAQ YSRQEINDKFDKTTKTYQSKAEAYADAQYRQVGEKVLVWEATKYEFYTVAANKTLTPVKTEGRILTVNSRSPDSSGNIDI TIPTGNPSLYLGEMVMFPYDPSKNISYPGVLPADGRLVSKESASDLGPSLVSGQLPVVSETEWQSGAKQYFSWGKLADGI TDADSTNFINIRLPDWTGGEAIRAPDSDKDSQYNGSVQAQKPYVVTVNNQAPDEITGNVNISRSILGAASSGANSDITSL SGLTTPLSISQGGTGAKDAASARSNLGLGSVSTLDNVPIASGGTGAGDAAGARFNLGLGNSATMNTGTNSDNVLKVGDFG IGRPDGALVFDTTSQDQLLAGLDTYGLCVFRNNQQIAAPWDIWNYSSNLFFRAGDTYSMISIPFESAGKIKVFGGASGSG WKTSRTVYDTVNTTVDVNGFIKAASPIVKVFHDGSFETNEQSDGVSVKKISTGVYLISGCLGLNSDAGWGGVDGGFEIPI DRNKQPRVWLDYEVKEDGSLLIKTYHRTHSTSPAFARNELEGFSDGDPVDIPKDAFISVRVEMPSK ; ;MIVYNNQAPDAVNNVGQFGATEGSIGAYKQAAEYAADSKYWALLAESKFGTIDDLIAEVERLYQQGVLMKQDIEDLKQDF KDQDARLMSLIAQTNAAVSDANNAVALINQKLIEVQNQLDVLLGMSVDVTTLPPGTPATGSFNPNTGVISLGIPEGEPGK 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;MAIETNAVVITDLNPLYPRDRDYIYEGAAQIRLIKQTLQNTFPNVTEPVDIDSDTFKIMSEKLKFTGDAMDVGGLMIKNV TPGTGDKDVVTKGQMEAFMKNWMENKLYRIGSYYITEEDINPGDSISLGFGSWAKVTGVIMGTGVVNPDGSVPNAQRVEF QAGGTGGRVFNTIRTENVPLMTVNGSSFSLSSNTHSHNMVFGRGDASGHNSSPNWYSPGGGYSQRTDNDTHTHTISGSVS LGRDDISRQPINTLPPFRAAHIWRRIS ; I,H,C ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 MET n 1 4 PRO n 1 5 ASP n 1 6 VAL n 1 7 GLN n 1 8 TYR n 1 9 PRO n 1 10 ILE n 1 11 ASN n 1 12 THR n 1 13 TYR n 1 14 GLY n 1 15 TRP n 1 16 LEU n 1 17 LYS n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 VAL n 1 21 ALA n 1 22 LEU n 1 23 TRP n 1 24 ALA n 1 25 ASP n 1 26 ARG n 1 27 ASP n 1 28 ASP n 1 29 ASP n 1 30 GLU n 1 31 PHE n 1 32 VAL n 1 33 ASN n 1 34 GLN n 1 35 ILE n 1 36 PRO n 1 37 ASN n 1 38 PHE n 1 39 ILE n 1 40 ASN n 1 41 PHE n 1 42 ALA n 1 43 GLU n 1 44 LYS n 1 45 GLU n 1 46 ILE n 1 47 TYR n 1 48 ARG n 1 49 ASN n 1 50 LEU n 1 51 ARG n 1 52 ILE n 1 53 PRO n 1 54 PRO n 1 55 LEU n 1 56 GLU n 1 57 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'Escherichia phage vB_EcoP_SU10' 1519788 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 35329 ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A0B4N231_9CAUD A0A0B4N231 ? 1 ;MAMPDVQYPINTYGWLKKAVALWADRDDDEFVNQIPNFINFAEKEIYRNLRIPPLEKEVYLDIKDGVAYIPPDYLEAQWM MRAKDGTIFQVTSPEEISYRRQHGTINPSHWNNQPVNFARFGSRFIFYPSIEADTPYYPDDGSPLIPAENSVILSYYADP PEFHEDTDTSTILTIAPELLLYFTLRHACLFVQDDNGVQKWSALGKAILDEMVEQNKKQEYSGSPIAIPNNMTRLQSSLP DIYGIRTSRV ; 1 2 UNP A0A0B4N0C1_9CAUD A0A0B4N0C1 ? 2 ;MALYPIKSLGAVGVIADQAPTDLAPNAFTNAINARFVEQRVFKTGGNAPLSYVDEDKDLTPLSFVSMPFDYYSAGNSFLV VGTNKKLYKLTDESLTDISRKVATVTKKASASIKIYPVVSQIVPKESTISMNFNQTKNLEVSLLPADANNTNLIWEVSNS SYGSITVDPSDSKLATLTSFEKEGNLVVTISTANESVVAQIAVNIIDGDSGIFLSQDTVTIRKGGTTTLTAVTGKTPVTW SSNNASIVSVTPNANSLTAVITANGEGNVTITADNGTKTASCEIVSIPQIDSISLSQSDVTVSRGSQYILTATLSPANAP NQNITWTSSNPNIATVSGTSTQGTINALLAGFTEITATTEEGNRVAVCTVRVDLAGRTMRTSAMAFAAPVSESVETQEEE VVTPPESEETVYFAEPTSGIDTSGMYEGNNFYDYSNVNDIEGFARASLLATPLSSVTLDIVSASLDVGEEIVITATASPE GEYSYQWSVDKTGYVSTTSVTGKSIKLVALRKGEINVTCTVSQMTQKDYDAFDDYPWYHAVISNCAVATTHYETPQVKEF ESEYFVDLPGWGEQTVVDNDGNPSVKKFNWKCERVRSFNNRLFALNMREANASGVTTNYPLRLRWSNFANENKAPTLWDD FAYDRVVSSDLASNIVGQTQALENGYAGYIDLADSNGSLIDILPLKDYLFVYTEFETYIGSPTNNTYQPLMFKKLFNDSG ILAPECVVEVEGSHFVVTQNDVILHNGATKKSIASNRVKNMLINEVCLVNPLATRVHLHQDKKEVWVLYVGPGEPKESFA CTKAAVWNYEFDTWSFRTIPYAQCIGLVDPPVLERGPIWSDFQEITWDDPSIKELVWRKDATNFRQRVTIVGSFLKGFYQ VDVGALDYFYDRLNDVVIEKPLEMRLERTGIDFDNVTNEWNQKHINRFRPQTTGSGTYIFEAGGSQFSNEYGHPHTSKTY TIGVDRHVSVRLNHPYLFYNVIDNDVNSNAAINGLTIEFAVGGRR ; 1 3 UNP A0A0B4N0B9_9CAUD A0A0B4N0B9 ? 3 ;MIVYNNQAPDAVNNVGQFGATEGSIGAYKQAAEYAADSKYWALLAESKFGTIDDLIAEVERLYQQGVLMKQDIEDLKQDF KDQDARLMSLIAQTNAAVSDANNAVALINQKLIEVQNQLDVLLGMSVDVTTLPPGTPATGSFNPNTGVISLGIPEGEPGK DGSVKDLDTAPTGVPELGDLGFYVDKDDNTVHKTTLENIANLTPSVRSVSVNGGPALDGEVALTINKETVGLGNVLNVAQ YSRQEINDKFDKTTKTYQSKAEAYADAQYRQVGEKVLVWEATKYEFYTVAANKTLTPVKTEGRILTVNSRSPDSSGNIDI TIPTGNPSLYLGEMVMFPYDPSKNISYPGVLPADGRLVSKESASDLGPSLVSGQLPVVSETEWQSGAKQYFSWGKLADGI TDADSTNFINIRLPDWTGGEAIRAPDSDKDSQYNGSVQAQKPYVVTVNNQAPDEITGNVNISRSILGAASSGANSDITSL SGLTTPLSISQGGTGAKDAASARSNLGLGSVSTLDNVPIASGGTGAGDAAGARFNLGLGNSATMNTGTNSDNVLKVGDFG IGRPDGALVFDTTSQDQLLAGLDTYGLCVFRNNQQIAAPWDIWNYSSNLFFRAGDTYSMISIPFESAGKIKVFGGASGSG WKTSRTVYDTVNTTVDVNGFIKAASPIVKVFHDGSFETNEQSDGVSVKKISTGVYLISGCLGLNSDAGWGGVDGGFEIPI DRNKQPRVWLDYEVKEDGSLLIKTYHRTHSTSPAFARNELEGFSDGDPVDIPKDAFISVRVEMPSK ; 1 4 UNP A0A0B4N235_9CAUD A0A0B4N235 ? 4 ;MAIETNAVVITDLNPLYPRDRDYIYEGAAQIRLIKQTLQNTFPNVTEPVDIDSDTFKIMSEKLKFTGDAMDVGGLMIKNV TPGTGDKDVVTKGQMEAFMKNWMENKLYRIGSYYITEEDINPGDSISLGFGSWAKVTGVIMGTGVVNPDGSVPNAQRVEF QAGGTGGRVFNTIRTENVPLMTVNGSSFSLSSNTHSHNMVFGRGDASGHNSSPNWYSPGGGYSQRTDNDTHTHTISGSVS LGRDDISRQPINTLPPFRAAHIWRRIS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Z47 A 1 ? 250 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4679 ? 20620 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0471 ? 2328 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0030 ? 2688 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 31.7157 ? 2024 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 7Z47 _struct.title 'Tail of bacteriophage SU10' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Z47 _struct_keywords.text 'bacteriophage, tail, base plate, nozzle, tail fibers, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? 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PHE I 56 ? ASP C 52 PHE C 56 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ILE I 58 ? LEU I 63 ? ILE C 58 LEU C 63 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP I 86 ? ALA I 97 ? ASP C 86 ALA C 97 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLU A 56 ? 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