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_citation_author.identifier_ORCID primary 'van Schooten, J.' 1 0000-0002-5202-355X primary 'Schorcht, A.' 2 ? primary 'Farokhi, E.' 3 ? primary 'Umotoy, J.C.' 4 ? primary 'Gao, H.' 5 ? primary 'van den Kerkhof, T.L.G.M.' 6 ? primary 'Dorning, J.' 7 ? primary 'Rijkhold Meesters, T.G.' 8 ? primary 'van der Woude, P.' 9 ? primary 'Burger, J.A.' 10 ? primary 'Bijl, T.' 11 ? primary 'Ghalaiyini, R.' 12 ? primary 'Torrents de la Pena, A.' 13 ? primary 'Turner, H.L.' 14 ? primary 'Labranche, C.C.' 15 ? primary 'Stanfield, R.L.' 16 ? primary 'Sok, D.' 17 ? primary 'Schuitemaker, H.' 18 ? primary 'Montefiori, D.C.' 19 ? primary 'Burton, D.R.' 20 ? primary 'Ozorowski, G.' 21 ? primary 'Seaman, M.S.' 22 ? primary 'Wilson, I.A.' 23 ? primary 'Sanders, R.W.' 24 ? primary 'Ward, A.B.' 25 ? primary 'van Gils, M.J.' 26 0000-0003-3422-8161 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7ZLK 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'polypeptide(L)' no no ;AVGAIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAPECQQHMLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQ QLLGIWGCSGKLICCTAVPWNNSWSNRSLDMIWNNMTWIEWEREIDNYTGLIYNLLEESQNQQEKNEQELLELD ; ;AVGAIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAPECQQHMLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQ QLLGIWGCSGKLICCTAVPWNNSWSNRSLDMIWNNMTWIEWEREIDNYTGLIYNLLEESQNQQEKNEQELLELD ; B,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QVQLQQWGGGLLKPSQTLSLTCAVYRWTFNDHYWSWVRQSPGKGLEWIGEISWGGATNYNPSLKSRVTMSVDTSMSHVSL KMTSVTAADTGVYYCVRVGPGPHMAALDYWGHGSRVLVSS ; ;QVQLQQWGGGLLKPSQTLSLTCAVYRWTFNDHYWSWVRQSPGKGLEWIGEISWGGATNYNPSLKSRVTMSVDTSMSHVSL KMTSVTAADTGVYYCVRVGPGPHMAALDYWGHGSRVLVSS ; H,O,Q ? 4 'polypeptide(L)' no no ;DIVMTQTPLSSPVTLGQPASISCGSSQSLVHSDGNTYLSWLQQRPGQPPRLLIYKISNRISGLPDRFSGSGAETNFTLKI SRVEAEDVGLYYCVQGTQFPWTSGQGTKVEIK ; ;DIVMTQTPLSSPVTLGQPASISCGSSQSLVHSDGNTYLSWLQQRPGQPPRLLIYKISNRISGLPDRFSGSGAETNFTLKI SRVEAEDVGLYYCVQGTQFPWTSGQGTKVEIK ; L,P,R ? 5 'polypeptide(L)' no no 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GLY n 1 125 THR n 1 126 VAL n 1 127 GLU n 1 128 ARG n 1 129 GLY n 1 130 GLU n 1 131 ILE n 1 132 LYS n 1 133 ASN n 1 134 CYS n 1 135 SER n 1 136 PHE n 1 137 ASN n 1 138 ILE n 1 139 THR n 1 140 THR n 1 141 SER n 1 142 ILE n 1 143 ARG n 1 144 ASP n 1 145 LYS n 1 146 VAL n 1 147 GLN n 1 148 LYS n 1 149 GLU n 1 150 TYR n 1 151 ALA n 1 152 LEU n 1 153 PHE n 1 154 TYR n 1 155 LYS n 1 156 LEU n 1 157 ASP n 1 158 ILE n 1 159 VAL n 1 160 PRO n 1 161 ILE n 1 162 ASP n 1 163 ASN n 1 164 ASP n 1 165 ASN n 1 166 THR n 1 167 ASN n 1 168 ASN n 1 169 SER n 1 170 TYR n 1 171 ARG n 1 172 LEU n 1 173 ILE n 1 174 ASN n 1 175 CYS n 1 176 ASN n 1 177 THR n 1 178 SER n 1 179 VAL n 1 180 ILE n 1 181 LYS n 1 182 GLN n 1 183 ALA n 1 184 CYS n 1 185 PRO n 1 186 LYS n 1 187 VAL n 1 188 SER n 1 189 PHE n 1 190 GLU n 1 191 PRO n 1 192 ILE n 1 193 PRO n 1 194 ILE n 1 195 HIS n 1 196 TYR n 1 197 CYS n 1 198 ALA n 1 199 PRO n 1 200 ALA n 1 201 GLY n 1 202 PHE n 1 203 ALA n 1 204 ILE n 1 205 LEU n 1 206 LYS n 1 207 CYS 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Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7ZLK 7ZLK ? 1 ? 1 2 PDB 7ZLK 7ZLK ? 2 ? 1 3 PDB 7ZLK 7ZLK ? 3 ? 1 4 PDB 7ZLK 7ZLK ? 4 ? 1 5 PDB 7ZLK 7ZLK ? 5 ? 1 6 PDB 7ZLK 7ZLK ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ZLK A 1 ? 482 ? 7ZLK 29 ? 507 ? 29 507 2 2 7ZLK B 1 ? 154 ? 7ZLK 511 ? 664 ? 511 664 3 1 7ZLK C 1 ? 482 ? 7ZLK 29 ? 507 ? 29 507 4 2 7ZLK E 1 ? 154 ? 7ZLK 511 ? 664 ? 511 664 5 1 7ZLK D 1 ? 482 ? 7ZLK 29 ? 507 ? 29 507 6 2 7ZLK F 1 ? 154 ? 7ZLK 511 ? 664 ? 511 664 7 3 7ZLK H 1 ? 120 ? 7ZLK 1 ? 113 ? 1 113 8 4 7ZLK L 1 ? 112 ? 7ZLK 1 ? 107 ? 1 107 9 5 7ZLK M 1 ? 124 ? 7ZLK 1 ? 113 ? 1 113 10 6 7ZLK N 1 ? 108 ? 7ZLK 0 ? 107 ? 0 107 11 3 7ZLK O 1 ? 120 ? 7ZLK 1 ? 113 ? 1 113 12 4 7ZLK P 1 ? 112 ? 7ZLK 1 ? 107 ? 1 107 13 3 7ZLK Q 1 ? 120 ? 7ZLK 1 ? 113 ? 1 113 14 4 7ZLK R 1 ? 112 ? 7ZLK 1 ? 107 ? 1 107 15 5 7ZLK S 1 ? 124 ? 7ZLK 1 ? 113 ? 1 113 16 6 7ZLK T 1 ? 108 ? 7ZLK 0 ? 107 ? 0 107 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 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'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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A CYS 476 SG ? ? ? 1_555 B CYS 95 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 88 SG ? ? ? 1_555 B CYS 94 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 26 SG ? ? ? 1_555 C CYS 46 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 91 SG ? ? ? 1_555 C CYS 184 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 98 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 103 SG ? ? ? 1_555 C CYS 134 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 197 SG ? ? ? 1_555 C CYS 226 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 207 SG ? ? ? 1_555 C CYS 218 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 275 SG ? ? ? 1_555 C CYS 309 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 355 SG ? ? ? 1_555 C CYS 417 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 362 SG ? ? ? 1_555 C CYS 390 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 476 SG ? ? ? 1_555 D CYS 95 SG ? ? C CYS 501 E CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 88 SG ? ? ? 1_555 D CYS 94 SG ? ? E CYS 598 E CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 26 SG ? ? ? 1_555 E CYS 46 SG ? ? D CYS 54 D CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 91 SG ? ? ? 1_555 E CYS 184 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? ? disulf25 disulf ? ? E CYS 98 SG ? ? ? 1_555 E CYS 175 SG ? ? D CYS 126 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf26 disulf ? ? E CYS 103 SG ? ? ? 1_555 E CYS 134 SG ? ? D CYS 131 D CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf27 disulf ? ? E CYS 197 SG ? ? ? 1_555 E CYS 226 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf28 disulf ? ? 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C ASN 268 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 289 C NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.526 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 274 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 295 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.486 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 280 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 301 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 310 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 332 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 339 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 362 C NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 363 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 386 C NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 420 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 448 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 60 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? D ASN 88 D NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 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D ASN 301 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? E ASN 310 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 332 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? E ASN 339 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? D ASN 362 D NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? E ASN 363 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? D ASN 386 D NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? E ASN 420 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? D ASN 448 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale38 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? ? covale39 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? ? covale40 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? ? covale41 covale both ? R BMA . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.529 ? ? covale42 covale both ? R BMA . O6 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.494 ? ? covale43 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? ? covale44 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale45 covale both ? S BMA . O6 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? ? covale46 covale both ? S BMA . O3 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? ? covale47 covale both ? S MAN . O3 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? J MAN 4 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.532 ? ? covale48 covale both ? S MAN . O6 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? J MAN 4 J MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.490 ? ? covale49 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? ? covale50 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? ? covale51 covale both ? T BMA . O6 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? ? covale52 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.529 ? ? covale53 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? ? covale54 covale both ? U BMA . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? ? covale55 covale both ? U BMA . O6 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? ? covale56 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? ? covale57 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? ? covale58 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? ? covale59 covale both ? W BMA . O3 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? ? covale60 covale both ? W BMA . O6 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? ? covale61 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? ? covale62 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X BMA . C1 ? ? X NAG 2 X BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? ? covale63 covale both ? X BMA . O6 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X BMA 3 X MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? ? covale64 covale both ? X BMA . O3 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X BMA 3 X MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? ? covale65 covale both ? X MAN . O3 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 4 X MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? ? covale66 covale both ? X MAN . O6 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 4 X MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? ? covale67 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? ? covale68 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y BMA . C1 ? ? Y NAG 2 Y BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? ? covale69 covale both ? Y BMA . O3 ? ? ? 1_555 Y MAN . C1 ? ? Y BMA 3 Y MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? ? covale70 covale both ? Y BMA . O6 ? ? ? 1_555 Y MAN . C1 ? ? Y BMA 3 Y MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? ? covale71 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? ? covale72 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z BMA . C1 ? ? Z NAG 2 Z BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? ? covale73 covale both ? Z BMA . O3 ? ? ? 1_555 Z MAN . C1 ? ? Z BMA 3 Z MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.536 ? ? covale74 covale both ? Z BMA . O6 ? ? ? 1_555 Z MAN . C1 ? ? Z BMA 3 Z MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? ? covale75 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? ? covale76 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale77 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.486 ? ? covale78 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA BMA . C1 ? ? b NAG 2 b BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? ? covale79 covale both ? BA BMA . O3 ? ? ? 1_555 BA MAN . C1 ? ? b BMA 3 b MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.532 ? ? covale80 covale both ? BA BMA . O6 ? ? ? 1_555 BA MAN . C1 ? ? b BMA 3 b MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? ? covale81 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? ? covale82 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA BMA . C1 ? ? c NAG 2 c BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale83 covale both ? CA BMA . O6 ? ? ? 1_555 CA MAN . C1 ? ? c BMA 3 c MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? ? covale84 covale both ? CA BMA . O3 ? ? ? 1_555 CA MAN . C1 ? ? c BMA 3 c MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? ? covale85 covale both ? CA MAN . O3 ? ? ? 1_555 CA MAN . C1 ? ? c MAN 4 c MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.532 ? ? covale86 covale both ? CA MAN . O6 ? ? ? 1_555 CA MAN . C1 ? ? c MAN 4 c MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? ? covale87 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale88 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.506 ? ? covale89 covale both ? DA BMA . O3 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? ? covale90 covale both ? DA BMA . O6 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? ? covale91 covale both ? DA MAN . O2 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d MAN 4 d MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? ? covale92 covale both ? DA MAN . O3 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d MAN 6 d MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? ? covale93 covale both ? DA MAN . O6 ? ? ? 1_555 DA MAN . C1 ? ? d MAN 6 d MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? ? covale94 covale both ? EA NAG . O4 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? ? covale95 covale both ? FA NAG . O4 ? ? ? 1_555 FA NAG . 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D ASN 146 150 1 Y 1 E GLU 657 ? D GLU 147 151 1 Y 1 E GLN 658 ? D GLN 148 152 1 Y 1 E GLU 659 ? D GLU 149 153 1 Y 1 E LEU 660 ? D LEU 150 154 1 Y 1 E LEU 661 ? D LEU 151 155 1 Y 1 E GLU 662 ? D GLU 152 156 1 Y 1 E LEU 663 ? D LEU 153 157 1 Y 1 E ASP 664 ? D ASP 154 158 1 Y 1 D ALA 29 ? E ALA 1 159 1 Y 1 D ARG 30 ? E ARG 2 160 1 Y 1 D ALA 31 ? E ALA 3 161 1 Y 1 D ASP 32 ? E ASP 4 162 1 Y 1 D LYS 33 ? E LYS 5 163 1 Y 1 D LEU 34 ? E LEU 6 164 1 Y 1 D VAL 134 A E VAL 107 165 1 Y 1 D GLY 134 B E GLY 108 166 1 Y 1 D ASN 134 C E ASN 109 167 1 Y 1 D ALA 134 D E ALA 110 168 1 Y 1 D THR 134 E E THR 111 169 1 Y 1 D ASN 134 F E ASN 112 170 1 Y 1 D ALA 134 G E ALA 113 171 1 Y 1 D SER 134 H E SER 114 172 1 Y 1 D THR 134 I E THR 115 173 1 Y 1 D THR 134 J E THR 116 174 1 Y 1 D ASN 134 K E ASN 117 175 1 Y 1 D ALA 134 L E ALA 118 176 1 Y 1 D THR 134 M E THR 119 177 1 Y 1 D GLY 134 N E GLY 120 178 1 Y 1 D GLY 134 O E GLY 121 179 1 Y 1 D ILE 134 P E ILE 122 180 1 Y 1 D GLY 134 Q E GLY 123 181 1 Y 1 D GLY 134 R E GLY 124 182 1 Y 1 D THR 134 S E THR 125 183 1 Y 1 D VAL 134 T E VAL 126 184 1 Y 1 D ASP 184 A E ASP 162 185 1 Y 1 D ASN 184 B E ASN 163 186 1 Y 1 D ASP 184 C E ASP 164 187 1 Y 1 D ASN 184 D E ASN 165 188 1 Y 1 D THR 184 E E THR 166 189 1 Y 1 D THR 403 ? E THR 375 190 1 Y 1 D GLU 404 ? E GLU 376 191 1 Y 1 D VAL 405 ? E VAL 377 192 1 Y 1 D SER 406 ? E SER 378 193 1 Y 1 D ASN 407 ? E ASN 379 194 1 Y 1 D TYR 408 ? 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J SER 1 227 1 Y 1 S VAL 109 ? O VAL 120 228 1 Y 1 S THR 110 ? O THR 121 229 1 Y 1 S VAL 111 ? O VAL 122 230 1 Y 1 S SER 112 ? O SER 123 231 1 Y 1 S SER 113 ? O SER 124 232 1 Y 1 T SER 0 ? P SER 1 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO ? ? 1 2 NO ? ? 1 3 NO KILODALTONS/NANOMETER 17 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 11676 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Human immunodeficiency virus 1' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 49.3 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 3 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1115782 1 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' INV-002916 2 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI110657 3 # 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loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide 11 oligosaccharide 12 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 7 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 7 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 7 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 8 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 8 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 8 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 9 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 9 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 9 ;[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 10 10 DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 10 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 10 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 11 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 11 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 11 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 16 12 'DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 17 12 'WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 18 12 ;[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 8 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 6 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 9 9 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 10 9 6 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 11 9 7 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 12 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 13 10 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 14 10 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 15 11 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 16 11 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 17 12 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 18 12 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 19 12 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 20 12 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 21 12 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 22 12 7 MAN C1 O1 6 MAN O3 HO3 sing ? 23 12 8 MAN C1 O1 6 MAN O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n 9 MAN 5 n 9 MAN 6 n 9 MAN 7 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 10 BMA 3 n 10 MAN 4 n 11 NAG 1 n 11 NAG 2 n 11 BMA 3 n 12 NAG 1 n 12 NAG 2 n 12 BMA 3 n 12 MAN 4 n 12 MAN 5 n 12 MAN 6 n 12 MAN 7 n 12 MAN 8 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 13 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #