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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog73 hydrog ? ? S DC 17 N4 ? ? ? 1_555 T DG 5 O6 ? ? S DC 17 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog74 hydrog ? ? S DC 17 O2 ? ? ? 1_555 T DG 5 N2 ? ? S DC 17 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog75 hydrog ? ? S DG 18 N1 ? ? ? 1_555 T DC 4 N3 ? ? S DG 18 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog76 hydrog ? ? S DG 18 N2 ? ? ? 1_555 T DC 4 O2 ? ? S DG 18 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog77 hydrog ? ? S DG 18 O6 ? ? ? 1_555 T DC 4 N4 ? ? S DG 18 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog78 hydrog ? ? S DG 19 N1 ? ? ? 1_555 T DC 3 N3 ? ? S DG 19 T DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog79 hydrog ? ? S DG 19 N2 ? ? ? 1_555 T DC 3 O2 ? ? S DG 19 T DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog80 hydrog ? ? S DG 19 O6 ? ? ? 1_555 T DC 3 N4 ? ? S DG 19 T DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog81 hydrog ? ? S DG 19 N1 ? ? ? 1_555 T DC 4 O2 ? ? S DG 19 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog82 hydrog ? ? S DG 19 N2 ? ? ? 1_555 T DC 4 N3 ? ? S DG 19 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog83 hydrog ? ? S DT 20 N3 ? ? ? 1_555 T DA 2 N1 ? ? S DT 20 T DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog84 hydrog ? ? S DG 21 N1 ? ? ? 1_555 T DC 1 N3 ? ? S DG 21 T DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog85 hydrog ? ? S DG 21 N2 ? ? ? 1_555 T DC 1 O2 ? ? S DG 21 T DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog86 hydrog ? ? S DG 21 O6 ? ? ? 1_555 T DC 1 N4 ? ? S DG 21 T DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 239 B . ? GLY 239 B PRO 240 B ? PRO 240 B 1 -1.63 2 GLY 239 C . ? GLY 239 C PRO 240 C ? PRO 240 C 1 -1.69 3 GLY 239 E . ? GLY 239 E PRO 240 E ? PRO 240 E 1 -1.83 4 GLY 239 F . ? GLY 239 F PRO 240 F ? 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AG2 ? 3 ? AG3 ? 5 ? AG4 ? 3 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 3 ? AG7 ? 2 ? 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TRP B 245 GLY B 246 AA7 2 ALA B 250 ? ASP B 255 ? ALA B 250 ASP B 255 AA7 3 ARG B 260 ? ALA B 265 ? ARG B 260 ALA B 265 AA8 1 ILE C 86 ? VAL C 91 ? ILE C 86 VAL C 91 AA8 2 LYS C 73 ? GLU C 80 ? LYS C 73 GLU C 80 AA8 3 HIS C 62 ? TYR C 70 ? HIS C 62 TYR C 70 AA8 4 SER C 114 ? SER C 117 ? SER C 114 SER C 117 AA8 5 GLU C 138 ? THR C 141 ? GLU C 138 THR C 141 AA9 1 GLN C 238 ? GLN C 242 ? GLN C 238 GLN C 242 AA9 2 PHE C 223 ? TYR C 226 ? PHE C 223 TYR C 226 AA9 3 VAL C 269 ? ILE C 272 ? VAL C 269 ILE C 272 AB1 1 ARG C 229 ? LYS C 230 ? ARG C 229 LYS C 230 AB1 2 HIS C 233 ? PRO C 234 ? HIS C 233 PRO C 234 AB2 1 TRP C 245 ? GLY C 246 ? TRP C 245 GLY C 246 AB2 2 ALA C 250 ? LYS C 254 ? ALA C 250 LYS C 254 AB2 3 TYR C 261 ? ALA C 265 ? TYR C 261 ALA C 265 AB3 1 ILE D 86 ? TYR D 87 ? ILE D 86 TYR D 87 AB3 2 ILE D 74 ? GLU D 80 ? ILE D 74 GLU D 80 AB3 3 ARG D 90 ? VAL D 91 ? ARG D 90 VAL D 91 AB4 1 ILE D 86 ? TYR D 87 ? ILE D 86 TYR D 87 AB4 2 ILE D 74 ? GLU D 80 ? ILE D 74 GLU D 80 AB4 3 HIS D 62 ? HIS D 69 ? HIS D 62 HIS D 69 AB4 4 SER D 114 ? GLN D 116 ? SER D 114 GLN D 116 AB5 1 THR D 241 ? GLN D 242 ? THR D 241 GLN D 242 AB5 2 PHE D 223 ? TYR D 226 ? PHE D 223 TYR D 226 AB5 3 VAL D 269 ? ILE D 272 ? VAL D 269 ILE D 272 AB6 1 TRP D 245 ? GLY D 246 ? TRP D 245 GLY D 246 AB6 2 ALA D 250 ? LYS D 254 ? ALA D 250 LYS D 254 AB6 3 TYR D 261 ? ALA D 265 ? TYR D 261 ALA D 265 AB7 1 THR E 68 ? HIS E 69 ? THR E 68 HIS E 69 AB7 2 ILE E 74 ? GLU E 80 ? ILE E 74 GLU E 80 AB7 3 ILE E 86 ? ARG E 90 ? ILE E 86 ARG E 90 AB8 1 THR E 68 ? HIS E 69 ? THR E 68 HIS E 69 AB8 2 ILE E 74 ? GLU E 80 ? ILE E 74 GLU E 80 AB8 3 HIS E 62 ? VAL E 65 ? HIS E 62 VAL E 65 AB8 4 SER E 114 ? SER E 117 ? SER E 114 SER E 117 AB8 5 GLU E 138 ? THR E 141 ? GLU E 138 THR E 141 AB9 1 GLN E 238 ? GLN E 242 ? GLN E 238 GLN E 242 AB9 2 PHE E 223 ? TYR E 226 ? PHE E 223 TYR E 226 AB9 3 PHE E 271 ? ILE E 272 ? PHE E 271 ILE E 272 AC1 1 ARG E 229 ? LYS E 230 ? 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_pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-0634-538X # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details eicosameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 20 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-05-11 2 'Structure model' 1 1 2022-06-29 3 'Structure model' 1 2 2022-10-12 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version dev_4213: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 7ZPP _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;5M0Q model was docked to new map (updated relion version and pixel size corrected) in Chimera and refined using phenix.real_space refine and interactively adjusted in coot. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 100 _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? 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N MET 48 441 1 Y 1 N PRO 49 ? N PRO 49 442 1 Y 1 N SER 50 ? N SER 50 443 1 Y 1 N THR 51 ? N THR 51 444 1 Y 1 N LEU 52 ? N LEU 52 445 1 Y 1 N ARG 53 ? N ARG 53 446 1 Y 1 N GLY 54 ? N GLY 54 447 1 Y 1 N SER 55 ? N SER 55 448 1 Y 1 N ASN 56 ? N ASN 56 449 1 Y 1 N GLU 277 ? N GLU 277 450 1 Y 1 N ILE 278 ? N ILE 278 451 1 Y 1 N GLN 279 ? N GLN 279 452 1 Y 1 N LYS 280 ? N LYS 280 453 1 Y 1 N GLU 281 ? N GLU 281 454 1 Y 1 O TRP 1 ? O TRP 1 455 1 Y 1 O ILE 2 ? O ILE 2 456 1 Y 1 O GLU 3 ? O GLU 3 457 1 Y 1 O PRO 49 ? O PRO 49 458 1 Y 1 O SER 50 ? O SER 50 459 1 Y 1 O THR 51 ? O THR 51 460 1 Y 1 O LEU 52 ? O LEU 52 461 1 Y 1 O ARG 53 ? O ARG 53 462 1 Y 1 O GLY 54 ? O GLY 54 463 1 Y 1 O SER 55 ? O SER 55 464 1 Y 1 O ASN 56 ? O ASN 56 465 1 Y 1 O LYS 57 ? O LYS 57 466 1 Y 1 O ARG 58 ? O ARG 58 467 1 Y 1 O GLY 59 ? O GLY 59 468 1 Y 1 O LYS 220 ? O LYS 220 469 1 Y 1 O ILE 221 ? O ILE 221 470 1 Y 1 O ARG 222 ? O ARG 222 471 1 Y 1 O PHE 223 ? O PHE 223 472 1 Y 1 O CYS 224 ? O CYS 224 473 1 Y 1 O TYR 225 ? O TYR 225 474 1 Y 1 O TYR 226 ? O TYR 226 475 1 Y 1 O ARG 227 ? O ARG 227 476 1 Y 1 O THR 228 ? O THR 228 477 1 Y 1 O ARG 229 ? O ARG 229 478 1 Y 1 O LYS 230 ? O LYS 230 479 1 Y 1 O ARG 231 ? O ARG 231 480 1 Y 1 O GLY 232 ? O GLY 232 481 1 Y 1 O HIS 233 ? O HIS 233 482 1 Y 1 O PRO 234 ? O PRO 234 483 1 Y 1 O GLY 235 ? O GLY 235 484 1 Y 1 O GLU 236 ? O GLU 236 485 1 Y 1 O TRP 237 ? O TRP 237 486 1 Y 1 O GLN 238 ? O GLN 238 487 1 Y 1 O GLY 239 ? O GLY 239 488 1 Y 1 O PRO 240 ? O PRO 240 489 1 Y 1 O THR 241 ? O THR 241 490 1 Y 1 O GLN 242 ? O GLN 242 491 1 Y 1 O VAL 243 ? O VAL 243 492 1 Y 1 O LEU 244 ? O LEU 244 493 1 Y 1 O TRP 245 ? O TRP 245 494 1 Y 1 O GLY 246 ? O GLY 246 495 1 Y 1 O GLY 247 ? O GLY 247 496 1 Y 1 O ASP 248 ? O ASP 248 497 1 Y 1 O GLY 249 ? O GLY 249 498 1 Y 1 O ALA 250 ? O ALA 250 499 1 Y 1 O ILE 251 ? O ILE 251 500 1 Y 1 O VAL 252 ? O VAL 252 501 1 Y 1 O VAL 253 ? O VAL 253 502 1 Y 1 O LYS 254 ? O LYS 254 503 1 Y 1 O ASP 255 ? O ASP 255 504 1 Y 1 O ARG 256 ? O ARG 256 505 1 Y 1 O GLY 257 ? O GLY 257 506 1 Y 1 O THR 258 ? O THR 258 507 1 Y 1 O ASP 259 ? O ASP 259 508 1 Y 1 O ARG 260 ? O ARG 260 509 1 Y 1 O TYR 261 ? O TYR 261 510 1 Y 1 O LEU 262 ? O LEU 262 511 1 Y 1 O VAL 263 ? O VAL 263 512 1 Y 1 O ILE 264 ? O ILE 264 513 1 Y 1 O ALA 265 ? O ALA 265 514 1 Y 1 O ASN 266 ? O ASN 266 515 1 Y 1 O LYS 267 ? O LYS 267 516 1 Y 1 O ASP 268 ? O ASP 268 517 1 Y 1 O VAL 269 ? O VAL 269 518 1 Y 1 O LYS 270 ? O LYS 270 519 1 Y 1 O PHE 271 ? O PHE 271 520 1 Y 1 O ILE 272 ? O ILE 272 521 1 Y 1 O PRO 273 ? O PRO 273 522 1 Y 1 O PRO 274 ? O PRO 274 523 1 Y 1 O PRO 275 ? O PRO 275 524 1 Y 1 O LYS 276 ? O LYS 276 525 1 Y 1 O GLU 277 ? O GLU 277 526 1 Y 1 O ILE 278 ? O ILE 278 527 1 Y 1 O GLN 279 ? O GLN 279 528 1 Y 1 O LYS 280 ? O LYS 280 529 1 Y 1 O GLU 281 ? O GLU 281 530 1 Y 1 P TRP 1 ? P TRP 1 531 1 Y 1 P ILE 2 ? P ILE 2 532 1 Y 1 P GLU 3 ? P GLU 3 533 1 Y 1 P ASN 4 ? P ASN 4 534 1 Y 1 P ILE 5 ? P ILE 5 535 1 Y 1 P PRO 6 ? P PRO 6 536 1 Y 1 P LEU 7 ? P LEU 7 537 1 Y 1 P ALA 8 ? P ALA 8 538 1 Y 1 P GLU 9 ? P GLU 9 539 1 Y 1 P GLU 10 ? P GLU 10 540 1 Y 1 P GLU 11 ? P GLU 11 541 1 Y 1 P HIS 12 ? P HIS 12 542 1 Y 1 P ASN 13 ? P ASN 13 543 1 Y 1 P LYS 14 ? P LYS 14 544 1 Y 1 P TRP 15 ? P TRP 15 545 1 Y 1 P HIS 16 ? P HIS 16 546 1 Y 1 P GLN 17 ? P GLN 17 547 1 Y 1 P ASP 18 ? P ASP 18 548 1 Y 1 P ALA 19 ? P ALA 19 549 1 Y 1 P VAL 20 ? P VAL 20 550 1 Y 1 P SER 21 ? P SER 21 551 1 Y 1 P LEU 22 ? P LEU 22 552 1 Y 1 P HIS 23 ? P HIS 23 553 1 Y 1 P LEU 24 ? P LEU 24 554 1 Y 1 P GLU 25 ? P GLU 25 555 1 Y 1 P PHE 26 ? P PHE 26 556 1 Y 1 P GLY 27 ? P GLY 27 557 1 Y 1 P ILE 28 ? P ILE 28 558 1 Y 1 P PRO 29 ? P PRO 29 559 1 Y 1 P ARG 30 ? P ARG 30 560 1 Y 1 P THR 31 ? P THR 31 561 1 Y 1 P ALA 32 ? P ALA 32 562 1 Y 1 P ALA 33 ? P ALA 33 563 1 Y 1 P GLU 34 ? P GLU 34 564 1 Y 1 P ASP 35 ? P ASP 35 565 1 Y 1 P ILE 36 ? P ILE 36 566 1 Y 1 P VAL 37 ? P VAL 37 567 1 Y 1 P GLN 38 ? P GLN 38 568 1 Y 1 P GLN 39 ? P GLN 39 569 1 Y 1 P CYS 40 ? P CYS 40 570 1 Y 1 P ASP 41 ? P ASP 41 571 1 Y 1 P VAL 42 ? P VAL 42 572 1 Y 1 P CYS 43 ? P CYS 43 573 1 Y 1 P GLN 44 ? P GLN 44 574 1 Y 1 P GLU 45 ? P GLU 45 575 1 Y 1 P ASN 46 ? P ASN 46 576 1 Y 1 P LYS 47 ? P LYS 47 577 1 Y 1 P MET 48 ? P MET 48 578 1 Y 1 P PRO 49 ? P PRO 49 579 1 Y 1 P SER 50 ? P SER 50 580 1 Y 1 P THR 51 ? P THR 51 581 1 Y 1 P LEU 52 ? P LEU 52 582 1 Y 1 P ARG 53 ? P ARG 53 583 1 Y 1 P GLY 54 ? P GLY 54 584 1 Y 1 P SER 55 ? P SER 55 585 1 Y 1 P ASN 56 ? P ASN 56 586 1 Y 1 P LYS 57 ? P LYS 57 587 1 Y 1 P ARG 58 ? P ARG 58 588 1 Y 1 P GLY 59 ? P GLY 59 589 1 Y 1 P GLU 277 ? P GLU 277 590 1 Y 1 P ILE 278 ? P ILE 278 591 1 Y 1 P GLN 279 ? P GLN 279 592 1 Y 1 P LYS 280 ? P LYS 280 593 1 Y 1 P GLU 281 ? P GLU 281 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 1 M NaCl 'Sodium Chloride' 1 2 3 mM CaCl2 'Calcium Chloride' 1 3 25 mM ? BisTris-HCl # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.54245 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 36374 ? ? 'Visna/maedi virus EV1 KV1772' ? ? 3 3 ? ? 2169971 ? ? 'Visna-maedi virus' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 253785 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? cryoSPARC 2 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ;A 4 ul drop of freshly prepared intasome in 1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 was applied onto glow-discharged lacey carbon grids coated with ultrathin carbon (product 01824, Ted Pella). The grids were incubated for 30 s under 100% humidity in a Vitrobot Mark IV (FEI) at 20 oC. To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4 ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2, and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s, followed by plunging into liquid ethane. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7ZPP 'double helix' 7ZPP 'a-form double helix' 7ZPP 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 Q DG 4 1_555 R DC 18 1_555 -1.115 0.137 -1.259 -43.877 -28.916 -17.404 1 Q_DG4:DC18_R Q 4 ? R 18 ? ? 1 1 Q DC 5 1_555 R DG 17 1_555 -1.963 0.771 0.336 -50.292 3.995 -17.640 2 Q_DC5:DG17_R Q 5 ? R 17 ? ? 1 1 Q DG 6 1_555 R DC 16 1_555 0.025 0.228 -0.385 -17.574 1.804 -8.010 3 Q_DG6:DC16_R Q 6 ? R 16 ? 19 1 1 Q DA 7 1_555 R DT 15 1_555 0.631 0.605 1.548 -4.372 10.007 -27.898 4 Q_DA7:DT15_R Q 7 ? R 15 ? ? ? 1 Q DG 8 1_555 R DC 14 1_555 0.393 -0.207 2.306 10.588 5.305 3.135 5 Q_DG8:DC14_R Q 8 ? R 14 ? 19 1 1 Q DA 9 1_555 R DT 13 1_555 -0.009 -0.032 1.100 2.826 2.956 3.011 6 Q_DA9:DT13_R Q 9 ? R 13 ? 20 1 1 Q DT 10 1_555 R DA 12 1_555 -0.892 0.489 0.618 12.965 0.081 -6.688 7 Q_DT10:DA12_R Q 10 ? R 12 ? 20 1 1 Q DC 11 1_555 R DG 11 1_555 -0.548 0.354 0.351 10.676 -9.041 -1.643 8 Q_DC11:DG11_R Q 11 ? R 11 ? 19 1 1 Q DC 12 1_555 R DG 10 1_555 0.689 0.267 0.082 17.825 -16.962 5.034 9 Q_DC12:DG10_R Q 12 ? R 10 ? 19 1 1 Q DG 13 1_555 R DC 9 1_555 0.499 -0.100 0.661 16.273 -7.117 2.646 10 Q_DG13:DC9_R Q 13 ? 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