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It was resampled so that the current entry PDB entry fits the density. ; EMD-12237 'other EM volume' EMDB 'This is a sample bin4 tomogram from which some subtomograms for this entry were extracted. This sample is not ctf corrected' EMD-12238 'other EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tremel, S.' 1 ? 'Morado, D.R.' 2 ? 'Kovtun, O.' 3 ? 'Williams, R.L.' 4 ? 'Briggs, J.A.G.' 5 ? 'Munro, S.' 6 ? 'Ohashi, Y.' 7 ? 'Bertram, J.' 8 0000-0002-3389-4632 'Perisic, O.' 9 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 1564 _citation.page_last 1564 _citation.title 'Structural basis for VPS34 kinase activation by Rab1 and Rab5 on membranes.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-21695-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33692360 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal 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'ELECTRON MICROSCOPY' 43.118 234.630 127 . 0 127 100.0000 . 0.355 . . . 0.355 . . . . . 0.355 . 20 . 0.969 . # _struct.entry_id 7BL1 _struct.title 'human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7BL1 _struct_keywords.text 'Rab GTPase, Phosphatidylinositol 3-kinase, ENDOCYTOSIS' _struct_keywords.pdbx_keywords ENDOCYTOSIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? 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ASN CCC 457 ASP CCC 474 1 ? 18 HELX_P HELX_P67 AH4 THR C 476 ? ASN C 506 ? THR CCC 476 ASN CCC 506 1 ? 31 HELX_P HELX_P68 AH5 ASP C 527 ? GLU C 558 ? ASP CCC 527 GLU CCC 558 1 ? 32 HELX_P HELX_P69 AH6 GLY C 569 ? GLN C 571 ? GLY CCC 569 GLN CCC 571 5 ? 3 HELX_P HELX_P70 AH7 LYS C 572 ? HIS C 580 ? LYS CCC 572 HIS CCC 580 1 ? 9 HELX_P HELX_P71 AH8 HIS C 580 ? LYS C 588 ? HIS CCC 580 LYS CCC 588 1 ? 9 HELX_P HELX_P72 AH9 ASP C 590 ? GLY C 609 ? ASP CCC 590 GLY CCC 609 1 ? 20 HELX_P HELX_P73 AI1 GLN C 611 ? GLN C 622 ? GLN CCC 611 GLN CCC 622 5 ? 12 HELX_P HELX_P74 AI2 ASP C 626 ? LEU C 639 ? ASP CCC 626 LEU CCC 639 1 ? 14 HELX_P HELX_P75 AI3 LEU C 648 ? ALA C 661 ? LEU CCC 648 ALA CCC 661 1 ? 14 HELX_P HELX_P76 AI4 LEU C 664 ? THR C 680 ? LEU CCC 664 THR CCC 680 1 ? 17 HELX_P HELX_P77 AI5 ALA C 683 ? GLN C 685 ? ALA CCC 683 GLN CCC 685 5 ? 3 HELX_P HELX_P78 AI6 ILE C 686 ? LYS C 694 ? ILE CCC 686 LYS CCC 694 1 ? 9 HELX_P HELX_P79 AI7 LYS C 694 ? LEU C 699 ? 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? -144.46 -57.66 137 1 GLU CCC 966 ? ? -143.76 -10.49 138 1 LEU CCC 989 ? ? -171.85 -172.87 139 1 SER CCC 1006 ? ? 35.72 46.03 140 1 THR CCC 1029 ? ? 68.12 -0.56 141 1 PRO CCC 1077 ? ? -39.45 119.88 142 1 SER CCC 1079 ? ? -149.49 44.27 143 1 HIS CCC 1083 ? ? -163.71 114.33 144 1 SER CCC 1106 ? ? 59.96 -99.83 145 1 SER CCC 1177 ? ? -175.10 -176.72 146 1 LEU CCC 1195 ? ? 71.73 54.21 147 1 ALA CCC 1203 ? ? -153.88 81.25 148 1 GLN CCC 1205 ? ? 70.33 170.60 149 1 SER CCC 1211 ? ? -117.89 58.50 150 1 ARG CCC 1220 ? ? -63.61 78.34 151 1 GLU CCC 1234 ? ? -76.15 48.64 152 1 PRO CCC 1249 ? ? -54.47 3.20 153 1 SER CCC 1276 ? ? -68.50 80.99 154 1 SER CCC 1284 ? ? -83.04 -70.58 155 1 TYR CCC 1290 ? ? -76.39 27.25 156 1 PRO CCC 1312 ? ? -63.90 5.55 157 1 ASP CCC 1315 ? ? -91.34 36.67 158 1 ARG CCC 1318 ? ? -137.65 -73.91 159 1 SER CCC 1323 ? ? -106.23 42.85 160 1 GLN CCC 1339 ? ? -150.43 42.26 161 1 THR CCC 1341 ? ? -135.68 -81.17 162 1 GLU EEE 167 ? ? -64.96 4.88 163 1 GLN EEE 181 ? ? 68.84 -26.35 164 1 ASN EEE 252 ? ? -156.04 -33.34 165 1 ASN EEE 271 ? ? -157.74 -5.58 166 1 THR EEE 273 ? ? -93.87 -78.78 167 1 ASN EEE 287 ? ? 80.86 -34.02 168 1 PRO EEE 297 ? ? -54.55 90.91 169 1 TYR EEE 333 ? ? -140.38 49.40 170 1 CYS EEE 353 ? ? -105.21 -60.54 171 1 THR EEE 388 ? ? -68.62 -158.87 172 1 ARG EEE 389 ? ? -68.70 81.49 173 1 LEU EEE 392 ? ? -110.95 61.95 174 1 PRO EEE 393 ? ? -55.30 -5.03 175 1 MET EEE 396 ? ? -169.10 117.83 176 1 GLN EEE 418 ? ? 67.11 -50.02 177 1 PHE EEE 419 ? ? -134.47 -91.29 178 1 GLU EEE 422 ? ? -146.09 -129.96 179 1 TRP EEE 425 ? ? 72.46 -65.64 180 1 LEU DDD 137 ? ? -99.31 41.63 181 1 SER DDD 167 ? ? 94.92 2.38 # _pdbx_entry_details.entry_id 7BL1 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N # _em_3d_fitting.entry_id 7BL1 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;An initial model was build with SWISSMODEL. using 5DFZ, 4DDP and 3IHY. This was then fit manually to density while running restrained MD with ISOLDE. The model was refined in REFMAC with self-restraints (4.3) and restraints to 3MJH, 4DDP and 3IHY. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 320 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria correlation _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? ? 5DFZ 1 ? ? PDB 'experimental model' 5DFZ 1 2 ? A ? 3MJH 2 ? ? PDB 'experimental model' 3MJH 1 3 ? A ? 4DDP 3 ? ? PDB 'experimental model' 4DDP 1 4 ? A ? 3IHY 4 ? ? PDB 'experimental model' 3IHY # _em_3d_reconstruction.entry_id 7BL1 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 26979 _em_3d_reconstruction.resolution 9.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;The subunits were expressed using transient transfection in HEK293T cells. Cells were transfected with three plasmids: pYO1025 (encoding VPS34 and VPS15 in a pCAG backbone), pYO1124 (encoding UVGRAG 1-464 fused to the BATS of ATG14, residues 413-492 in pVAG) and pYO1006 (Beclin1 in pCAG) ; 'human VPS34 complex II (VPS34-VPS15-Beclin1-UVRAG) bound to human Rab5a' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6' ? ? 2 1 ? 'human VPS34 complex II (VPS34-VPS15-Beclin1-UVRAG)' RECOMBINANT COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5' ? ? 3 1 ? 'Ras-related protein Rab-5A' RECOMBINANT COMPLEX 6 ? ? # _em_image_scans.entry_id 7BL1 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4000 _em_image_scans.dimension_width 6000 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7BL1 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.nominal_defocus_min 2000 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Quorum SC7620' _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 316 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Blot force 20, blot time 6 s' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK I' _em_vitrification.entry_id 7BL1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7BL1 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state '3D ARRAY' _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7BL1 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 AAA MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 AAA SER 2 ? A SER 2 3 1 Y 1 AAA ALA 3 ? A ALA 3 4 1 Y 1 AAA SER 4 ? A SER 4 5 1 Y 1 AAA ALA 5 ? A ALA 5 6 1 Y 1 AAA SER 6 ? A SER 6 7 1 Y 1 AAA VAL 7 ? A VAL 7 8 1 Y 1 AAA GLY 8 ? A GLY 8 9 1 Y 1 AAA GLY 9 ? A GLY 9 10 1 Y 1 AAA PRO 10 ? A PRO 10 11 1 Y 1 AAA VAL 11 ? A VAL 11 12 1 Y 1 AAA PRO 12 ? A PRO 12 13 1 Y 1 AAA GLN 13 ? A GLN 13 14 1 Y 1 AAA PRO 14 ? A PRO 14 15 1 Y 1 AAA PRO 15 ? A PRO 15 16 1 Y 1 AAA PRO 16 ? A PRO 16 17 1 Y 1 AAA GLY 17 ? A GLY 17 18 1 Y 1 AAA PRO 18 ? A PRO 18 19 1 Y 1 AAA ALA 19 ? A ALA 19 20 1 Y 1 AAA ALA 20 ? A ALA 20 21 1 Y 1 AAA ALA 21 ? A ALA 21 22 1 Y 1 AAA LEU 22 ? A LEU 22 23 1 Y 1 AAA PRO 23 ? A PRO 23 24 1 Y 1 AAA PRO 24 ? A PRO 24 25 1 Y 1 AAA GLY 25 ? A GLY 25 26 1 Y 1 AAA SER 26 ? A SER 26 27 1 Y 1 AAA ALA 27 ? A ALA 27 28 1 Y 1 AAA ALA 28 ? A ALA 28 29 1 Y 1 AAA ARG 29 ? A ARG 29 30 1 Y 1 AAA ALA 30 ? A ALA 30 31 1 Y 1 AAA LEU 31 ? A LEU 31 32 1 Y 1 AAA HIS 32 ? A HIS 32 33 1 Y 1 AAA VAL 33 ? A VAL 33 34 1 Y 1 AAA GLU 34 ? A GLU 34 35 1 Y 1 AAA LEU 35 ? A LEU 35 36 1 Y 1 AAA PRO 36 ? A PRO 36 37 1 Y 1 AAA SER 37 ? A SER 37 38 1 Y 1 AAA GLN 38 ? A GLN 38 39 1 Y 1 AAA GLN 39 ? A GLN 39 40 1 Y 1 AAA ARG 40 ? A ARG 40 41 1 Y 1 AAA ARG 41 ? A ARG 41 42 1 Y 1 AAA LEU 42 ? A LEU 42 43 1 Y 1 AAA ARG 43 ? A ARG 43 44 1 Y 1 AAA HIS 44 ? A HIS 44 45 1 Y 1 AAA LEU 45 ? A LEU 45 46 1 Y 1 AAA ARG 46 ? A ARG 46 47 1 Y 1 AAA ASN 47 ? A ASN 47 48 1 Y 1 AAA ILE 48 ? A ILE 48 49 1 Y 1 AAA ALA 49 ? A ALA 49 50 1 Y 1 AAA ALA 50 ? A ALA 50 51 1 Y 1 AAA ARG 51 ? A ARG 51 52 1 Y 1 AAA ASN 52 ? A ASN 52 53 1 Y 1 AAA ALA 164 ? A ALA 164 54 1 Y 1 AAA PRO 165 ? A PRO 165 55 1 Y 1 AAA PHE 166 ? A PHE 166 56 1 Y 1 AAA GLU 167 ? A GLU 167 57 1 Y 1 AAA HIS 168 ? A HIS 168 58 1 Y 1 AAA LYS 169 ? A LYS 169 59 1 Y 1 AAA GLY 170 ? A GLY 170 60 1 Y 1 AAA TYR 171 ? A TYR 171 61 1 Y 1 AAA SER 172 ? A SER 172 62 1 Y 1 AAA LEU 442 ? A LEU 442 63 1 Y 1 AAA GLY 443 ? A GLY 443 64 1 Y 1 AAA THR 444 ? A THR 444 65 1 Y 1 AAA PRO 445 ? 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N 217 ILE CD1 HD12 sing N N 218 ILE CD1 HD13 sing N N 219 ILE OXT HXT sing N N 220 LEU N CA sing N N 221 LEU N H sing N N 222 LEU N H2 sing N N 223 LEU CA C sing N N 224 LEU CA CB sing N N 225 LEU CA HA sing N N 226 LEU C O doub N N 227 LEU C OXT sing N N 228 LEU CB CG sing N N 229 LEU CB HB2 sing N N 230 LEU CB HB3 sing N N 231 LEU CG CD1 sing N N 232 LEU CG CD2 sing N N 233 LEU CG HG sing N N 234 LEU CD1 HD11 sing N N 235 LEU CD1 HD12 sing N N 236 LEU CD1 HD13 sing N N 237 LEU CD2 HD21 sing N N 238 LEU CD2 HD22 sing N N 239 LEU CD2 HD23 sing N N 240 LEU OXT HXT sing N N 241 LYS N CA sing N N 242 LYS N H sing N N 243 LYS N H2 sing N N 244 LYS CA C sing N N 245 LYS CA CB sing N N 246 LYS CA HA sing N N 247 LYS C O doub N N 248 LYS C OXT sing N N 249 LYS CB CG sing N N 250 LYS CB HB2 sing N N 251 LYS CB HB3 sing N N 252 LYS CG CD sing N N 253 LYS CG HG2 sing N N 254 LYS CG HG3 sing N N 255 LYS CD CE sing N N 256 LYS CD HD2 sing N N 257 LYS CD HD3 sing N N 258 LYS CE NZ sing N N 259 LYS CE HE2 sing N N 260 LYS CE HE3 sing N N 261 LYS NZ HZ1 sing N N 262 LYS NZ HZ2 sing N N 263 LYS NZ HZ3 sing N N 264 LYS OXT HXT sing N N 265 MET N CA sing N N 266 MET N H sing N N 267 MET N H2 sing N N 268 MET CA C sing N N 269 MET CA CB sing N N 270 MET CA HA sing N N 271 MET C O doub N N 272 MET C OXT sing N N 273 MET CB CG sing N N 274 MET CB HB2 sing N N 275 MET CB HB3 sing N N 276 MET CG SD sing N N 277 MET CG HG2 sing N N 278 MET CG HG3 sing N N 279 MET SD CE sing N N 280 MET CE HE1 sing N N 281 MET CE HE2 sing N N 282 MET CE HE3 sing N N 283 MET OXT HXT sing N N 284 PHE N CA sing N N 285 PHE N H sing N N 286 PHE N H2 sing N N 287 PHE CA C sing N N 288 PHE CA CB sing N N 289 PHE CA HA sing N N 290 PHE C O doub N N 291 PHE C OXT sing N N 292 PHE CB CG sing N N 293 PHE CB HB2 sing N N 294 PHE CB HB3 sing N N 295 PHE CG CD1 doub Y N 296 PHE CG CD2 sing Y N 297 PHE CD1 CE1 sing Y N 298 PHE CD1 HD1 sing N N 299 PHE CD2 CE2 doub Y N 300 PHE CD2 HD2 sing N N 301 PHE CE1 CZ doub Y N 302 PHE CE1 HE1 sing N N 303 PHE CE2 CZ sing Y N 304 PHE CE2 HE2 sing N N 305 PHE CZ HZ sing N N 306 PHE OXT HXT sing N N 307 PRO N CA sing N N 308 PRO N CD sing N N 309 PRO N H sing N N 310 PRO CA C sing N N 311 PRO CA CB sing N N 312 PRO CA HA sing N N 313 PRO C O doub N N 314 PRO C OXT sing N N 315 PRO CB CG sing N N 316 PRO CB HB2 sing N N 317 PRO CB HB3 sing N N 318 PRO CG CD sing N N 319 PRO CG HG2 sing N N 320 PRO CG HG3 sing N N 321 PRO CD HD2 sing N N 322 PRO CD HD3 sing N N 323 PRO OXT HXT sing N N 324 SER N CA sing N N 325 SER N H sing N N 326 SER N H2 sing N N 327 SER CA C sing N N 328 SER CA CB sing N N 329 SER CA HA sing N N 330 SER C O doub N N 331 SER C OXT sing N N 332 SER CB OG sing N N 333 SER CB HB2 sing N N 334 SER CB HB3 sing N N 335 SER OG HG sing N N 336 SER OXT HXT sing N N 337 THR N CA sing N N 338 THR N H sing N N 339 THR N H2 sing N N 340 THR CA C sing N N 341 THR CA CB sing N N 342 THR CA HA sing N N 343 THR C O doub N N 344 THR C OXT sing N N 345 THR CB OG1 sing N N 346 THR CB CG2 sing N N 347 THR CB HB sing N N 348 THR OG1 HG1 sing N N 349 THR CG2 HG21 sing N N 350 THR CG2 HG22 sing N N 351 THR CG2 HG23 sing N N 352 THR OXT HXT sing N N 353 TRP N CA sing N N 354 TRP N H sing N N 355 TRP N H2 sing N N 356 TRP CA C sing N N 357 TRP CA CB sing N N 358 TRP CA HA sing N N 359 TRP C O doub N N 360 TRP C OXT sing N N 361 TRP CB CG sing N N 362 TRP CB HB2 sing N N 363 TRP CB HB3 sing N N 364 TRP CG CD1 doub Y N 365 TRP CG CD2 sing Y N 366 TRP CD1 NE1 sing Y N 367 TRP CD1 HD1 sing N N 368 TRP CD2 CE2 doub Y N 369 TRP CD2 CE3 sing Y N 370 TRP NE1 CE2 sing Y N 371 TRP NE1 HE1 sing N N 372 TRP CE2 CZ2 sing Y N 373 TRP CE3 CZ3 doub Y N 374 TRP CE3 HE3 sing N N 375 TRP CZ2 CH2 doub Y N 376 TRP CZ2 HZ2 sing N N 377 TRP CZ3 CH2 sing Y N 378 TRP CZ3 HZ3 sing N N 379 TRP CH2 HH2 sing N N 380 TRP OXT HXT sing N N 381 TYR N CA sing N N 382 TYR N H sing N N 383 TYR N H2 sing N N 384 TYR CA C sing N N 385 TYR CA CB sing N N 386 TYR CA HA sing N N 387 TYR C O doub N N 388 TYR C OXT sing N N 389 TYR CB CG sing N N 390 TYR CB HB2 sing N N 391 TYR CB HB3 sing N N 392 TYR CG CD1 doub Y N 393 TYR CG CD2 sing Y N 394 TYR CD1 CE1 sing Y N 395 TYR CD1 HD1 sing N N 396 TYR CD2 CE2 doub Y N 397 TYR CD2 HD2 sing N N 398 TYR CE1 CZ doub Y N 399 TYR CE1 HE1 sing N N 400 TYR CE2 CZ sing Y N 401 TYR CE2 HE2 sing N N 402 TYR CZ OH sing N N 403 TYR OH HH sing N N 404 TYR OXT HXT sing N N 405 VAL N CA sing N N 406 VAL N H sing N N 407 VAL N H2 sing N N 408 VAL CA C sing N N 409 VAL CA CB sing N N 410 VAL CA HA sing N N 411 VAL C O doub N N 412 VAL C OXT sing N N 413 VAL CB CG1 sing N N 414 VAL CB CG2 sing N N 415 VAL CB HB sing N N 416 VAL CG1 HG11 sing N N 417 VAL CG1 HG12 sing N N 418 VAL CG1 HG13 sing N N 419 VAL CG2 HG21 sing N N 420 VAL CG2 HG22 sing N N 421 VAL CG2 HG23 sing N N 422 VAL OXT HXT sing N N 423 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM HEPES HEPES 1 2 200 mM NaCl NaCl 1 3 0.5 mM TCEP TCEP # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units KILODALTONS/NANOMETER _em_entity_assembly_molwt.value 392615 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? ? ? 3 2 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 2 1 9606 'Homo sapiens' ? ? ? 3 2 316385 'Escherichia coli str. K-12 substr. 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NOVACTF 1.0.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' 'Fit as rigid bodies initially and the fit manually with coot' Coot 0.9 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' 'MD Flexible fit' ISOLDE 1.1 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'locally written subTOM' MATLAB R2016b 1 ? ? 12 CLASSIFICATION 'locally written subTOM' MATLAB R2016b 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' 'used external restraints where high-resolution homologues were available' REFMAC 5.8.0272 ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' 'MD Flexible fit' ISOLDE 1.1 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 6.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ? _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 105 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 191196 _em_volume_selection.reference_model 'two Gaussian filtered elipsoids' # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105184308 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U10517878 2 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/16 3 'Cancer Research UK' ? C14801/A21211 4 'European Research Council (ERC)' 'United Kingdom' 'ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION' 5 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 'No. 103139' 6 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 'No. 203149' 7 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 5DFZ 2 'experimental model' PDB 3MJH 3 'experimental model' PDB 4DDP 4 'experimental model' PDB 3IHY # _atom_sites.entry_id 7BL1 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol _atom_type.pdbx_scat_Z _atom_type.pdbx_N_electrons _atom_type.scat_Cromer_Mann_a1 _atom_type.scat_Cromer_Mann_b1 _atom_type.scat_Cromer_Mann_a2 _atom_type.scat_Cromer_Mann_b2 _atom_type.scat_Cromer_Mann_a3 _atom_type.scat_Cromer_Mann_b3 _atom_type.scat_Cromer_Mann_a4 _atom_type.scat_Cromer_Mann_b4 _atom_type.scat_Cromer_Mann_c C 6 6 2.310 20.844 1.020 10.208 1.589 0.569 0.865 51.651 0.216 MG 12 12 5.427 2.828 2.176 79.261 1.228 0.381 2.310 7.194 0.859 N 7 7 12.222 0.006 3.135 9.893 2.014 28.997 1.167 0.583 -11.538 O 8 8 3.049 13.277 2.287 5.701 1.546 0.324 0.867 32.909 0.251 P 15 15 6.435 1.907 4.179 27.157 1.780 0.526 1.491 68.164 1.115 S 16 16 6.905 1.468 5.203 22.215 1.438 0.254 1.586 56.172 0.867 # loop_