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EMD-30455 'other EM volume' PDB . 7CRO unspecified PDB . 7CRP unspecified EMDB 'NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode)' EMD-30456 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7CRQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-08-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Li, W.' 1 ? 'Tian, W.' 2 ? 'Yuan, G.' 3 ? 'Deng, P.' 4 ? 'Gozani, O.' 5 ? 'Patel, D.' 6 ? 'Wang, Z.' 7 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 590 _citation.language ? _citation.page_first 498 _citation.page_last 503 _citation.title 'Molecular basis of nucleosomal H3K36 methylation by NSD methyltransferases.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-020-03069-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33361816 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Li, W.' 1 ? primary 'Tian, W.' 2 ? primary 'Yuan, G.' 3 ? primary 'Deng, P.' 4 ? primary 'Sengupta, D.' 5 ? primary 'Cheng, Z.' 6 ? primary 'Cao, Y.' 7 ? primary 'Ren, J.' 8 ? primary 'Qin, Y.' 9 ? primary 'Zhou, Y.' 10 ? primary 'Jia, Y.' 11 ? primary 'Gozani, O.' 12 ? primary 'Patel, D.J.' 13 ? primary 'Wang, Z.' 14 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7CRQ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7CRQ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15223.779 2 ? 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;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGGTGATGCCCGATCCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAA ACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATAC ATCCTGTTCCAGTGCCGGTGTCGCGAT ; A ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGCGACACCGGCACTGGAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAA AACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGAT TCTCCAGGGGATCGGGCATCACCCGAT ; K ? 7 'polypeptide(L)' no no ;VSDVQSMDSSLSRRGTGMSKKDTVCQICESSGDSLIPCEGECCKHFHLECLGLASLPDSKFICMECKTGQHPCFSCKVSG KDVKRCSVGACGKFYHEACVRKFPTAIFESKGFRCPQHCCSACSMEKDIHKASKGRMMRCLRCPVAYHSGDACIAAGSML VSSYILICSNHSKRSSNSSAVNVGFCFVCARGLIVQDHSDPMFSSYAYKSHYLLNESNRAELMKLPMIPSSSASKKKCEK GGRLLCCESCPASFHPECLSIEMPEGCWNCNDCKAGKKLHYKQIVWVKLGNYRWWPAEICNPRSVPLNIQGLKHDLGDFP VFFFGSHDYYWVHQGRVFPYVEGDKSFAEGQTSINKTFKKALEEAAKRFQELKAQRESKEALEIEKNSRKPPPYKHIKAN KVIGKVQIQVADLSEIPRCNCKPADENPCGLESECLNRMLQYECHPQVCPAGDRCQNQCFTKRLYPDAEIIKTERRGWGL RTKRSIKKGEFVNEYVGELIDKEECRLRIKRAHENSVTNFYMLTVTKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCNPNCEAQKWTVNG DVRVGLFALCDIPAGMELTFNYNLDCLGNGRTECHCGADNCSGFLGVRPKSACASTNEEKAKNAKLKQKRRKIKTEPKQM HEDYCFQCGDGGELVMCDKKDCPKAYHLLCLNLTQPPYGKWECPWHQCDECSSAAVSFCEFCPHSFCKDHEKGALVPSAL EGRLCCSEHDPMAPVSPEYWSKIKCKWESQDHGEEVKE ; ;VSDVQSMDSSLSRRGTGMSKKDTVCQICESSGDSLIPCEGECCKHFHLECLGLASLPDSKFICMECKTGQHPCFSCKVSG KDVKRCSVGACGKFYHEACVRKFPTAIFESKGFRCPQHCCSACSMEKDIHKASKGRMMRCLRCPVAYHSGDACIAAGSML VSSYILICSNHSKRSSNSSAVNVGFCFVCARGLIVQDHSDPMFSSYAYKSHYLLNESNRAELMKLPMIPSSSASKKKCEK GGRLLCCESCPASFHPECLSIEMPEGCWNCNDCKAGKKLHYKQIVWVKLGNYRWWPAEICNPRSVPLNIQGLKHDLGDFP VFFFGSHDYYWVHQGRVFPYVEGDKSFAEGQTSINKTFKKALEEAAKRFQELKAQRESKEALEIEKNSRKPPPYKHIKAN KVIGKVQIQVADLSEIPRCNCKPADENPCGLESECLNRMLQYECHPQVCPAGDRCQNQCFTKRLYPDAEIIKTERRGWGL RTKRSIKKGEFVNEYVGELIDKEECRLRIKRAHENSVTNFYMLTVTKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCNPNCEAQKWTVNG DVRVGLFALCDIPAGMELTFNYNLDCLGNGRTECHCGADNCSGFLGVRPKSACASTNEEKAKNAKLKQKRRKIKTEPKQM HEDYCFQCGDGGELVMCDKKDCPKAYHLLCLNLTQPPYGKWECPWHQCDECSSAAVSFCEFCPHSFCKDHEKGALVPSAL EGRLCCSEHDPMAPVSPEYWSKIKCKWESQDHGEEVKE ; I,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 NLE n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 NLE n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 GLY n 1 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_entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 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'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 758 Human ? 'NSD3, WHSC1L1, DC28' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NLE 'L-peptide linking' n NORLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAM non-polymer . S-ADENOSYLMETHIONINE ? 'C15 H22 N6 O5 S' 398.437 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7CRQ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7CRQ _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 17612 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.654 ? 25235 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.320 ? 10368 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2838 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2056 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7CRQ _struct.title 'NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode)' _struct.pdbx_descriptor 'Histone H3, Histone H4, Histone H2A, Histone H2B, Histone-lysine N-methyltransferase NSD3/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7CRQ _struct_keywords.text 'nucleosome complex, histone methyltransferase, DNA, Gene reguration, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? 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GLY A 132 ? NLE M 120 GLY M 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 5 ASP B 24 ? GLY B 42 ? ASP B 24 GLY B 42 1 ? 19 HELX_P HELX_P6 6 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P7 7 THR B 82 ? GLN B 93 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 8 THR C 16 ? ALA C 21 ? THR C 16 ALA C 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 9 PRO C 26 ? LYS C 36 ? PRO C 26 LYS C 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 ALA C 45 ? ASN C 73 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P11 11 ILE C 79 ? LEU C 97 ? ILE C 79 LEU C 97 1 ? 19 HELX_P HELX_P12 12 GLN C 112 ? LEU C 116 ? GLN C 112 LEU C 116 1 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 TYR D 34 ? HIS D 46 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 14 SER D 52 ? ASN D 81 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P15 15 THR D 87 ? SER D 120 ? THR D 87 SER D 120 1 ? 34 HELX_P HELX_P16 16 GLY E 44 ? SER E 57 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 17 ARG E 63 ? ASP E 77 ? ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 18 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P19 19 NLE E 120 ? GLY E 132 ? NLE E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 20 ASP F 24 ? GLY F 41 ? ASP F 24 GLY F 41 1 ? 18 HELX_P HELX_P21 21 LEU F 49 ? ALA F 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P22 22 THR F 82 ? GLN F 93 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 23 THR G 16 ? ALA G 21 ? THR G 16 ALA G 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 PRO G 26 ? LYS G 36 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 25 ALA G 45 ? ASP G 72 ? ALA G 45 ASP G 72 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 26 ILE G 79 ? LEU G 97 ? ILE G 79 LEU G 97 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 27 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN G 112 LEU G 116 1 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 TYR H 34 ? HIS H 46 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P29 29 SER H 52 ? ASN H 81 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P30 30 THR H 87 ? ALA H 121 ? THR H 87 ALA H 121 1 ? 35 HELX_P HELX_P31 31 ASP K 412 ? ILE K 416 ? ASP I 1091 ILE I 1095 1 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 CYS K 435 ? LEU K 440 ? CYS I 1114 LEU I 1119 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 33 GLN K 458 ? ARG K 463 ? 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E NLE 90 C ? ? ? 1_555 E ALA 91 N ? ? E NLE 90 E ALA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale11 covale both ? E ILE 119 C ? ? ? 1_555 E NLE 120 N ? ? E ILE 119 E NLE 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? ? covale12 covale both ? E NLE 120 C ? ? ? 1_555 E PRO 121 N ? ? E NLE 120 E PRO 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? ? metalc1 metalc ? ? K CYS 419 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? I CYS 1098 I ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? ? metalc2 metalc ? ? K CYS 421 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? I CYS 1100 I ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? ? metalc3 metalc ? ? K CYS 429 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? I CYS 1108 I ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? ? metalc4 metalc ? ? K CYS 435 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? I CYS 1114 I ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? ? metalc5 metalc ? ? K CYS 444 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? I CYS 1123 I ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.940 ? ? metalc6 metalc ? ? K CYS 449 SG ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? I CYS 1128 I ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? ? metalc7 metalc ? ? K CYS 594 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? I CYS 1273 I ZN 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? ? metalc8 metalc ? ? L CYS 419 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? L CYS 1098 L ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? ? metalc9 metalc ? ? L CYS 421 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? L CYS 1100 L ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? ? metalc10 metalc ? ? L CYS 429 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? L CYS 1108 L ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? ? metalc11 metalc ? ? L CYS 429 SG ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? L CYS 1108 L ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? ? metalc12 metalc ? ? L CYS 435 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? L CYS 1114 L ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? ? metalc13 metalc ? ? L CYS 449 SG ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? L CYS 1128 L ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? ? metalc14 metalc ? ? L CYS 594 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? L CYS 1273 L ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? ? metalc15 metalc ? ? L CYS 601 O ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? L CYS 1280 L ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? I DG 24 N2 ? ? ? 1_555 J DC 164 O2 ? ? A DG 24 K DC 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? I DG 24 O6 ? ? ? 1_555 J DC 164 N4 ? ? A DG 24 K DC 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? I DA 25 N1 ? ? ? 1_555 J DT 163 N3 ? ? A DA 25 K DT 163 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? I DA 25 N6 ? ? ? 1_555 J DT 163 O4 ? ? A DA 25 K DT 163 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? I DG 26 N1 ? ? ? 1_555 J DC 162 N3 ? ? A DG 26 K DC 162 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? I DG 26 N2 ? ? ? 1_555 J DC 162 O2 ? ? A DG 26 K DC 162 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? I DG 26 O6 ? ? ? 1_555 J DC 162 N4 ? ? A DG 26 K DC 162 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? I DA 27 N1 ? ? ? 1_555 J DT 161 N3 ? ? A DA 27 K DT 161 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? I DA 27 N6 ? ? ? 1_555 J DT 161 O4 ? ? 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L GLU 758 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.3 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 2 3 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 3 4 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 2 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 4 ? 136645 'Baculovirus transfer vector pFASTBAC1' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details 'The sample was monodisperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7CRQ 'double helix' 7CRQ 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DG 11 1_555 J DC 177 1_555 -0.194 -0.198 0.661 1.323 1.532 0.520 1 A_DG11:DC177_K A 11 ? 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