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K CYS 336 K CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf28 disulf ? ? H CYS 379 SG ? ? ? 1_555 H CYS 432 SG ? ? K CYS 379 K CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf29 disulf ? ? H CYS 391 SG ? ? ? 1_555 H CYS 525 SG ? ? K CYS 391 K CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf30 disulf ? ? H CYS 480 SG ? ? ? 1_555 H CYS 488 SG ? ? K CYS 480 K CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf31 disulf ? ? H CYS 538 SG ? ? ? 1_555 H CYS 590 SG ? ? K CYS 538 K CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf32 disulf ? ? H CYS 617 SG ? ? ? 1_555 H CYS 649 SG ? ? K CYS 617 K CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? H CYS 662 SG ? ? ? 1_555 H CYS 671 SG ? ? K CYS 662 K CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf34 disulf ? ? H CYS 738 SG ? ? ? 1_555 H CYS 760 SG ? ? K CYS 738 K CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf35 disulf ? ? H CYS 743 SG ? ? ? 1_555 H CYS 749 SG ? ? K CYS 743 K CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf36 disulf ? ? H CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 H CYS 1043 SG ? ? K CYS 1032 K CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf37 disulf ? ? H CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 H CYS 1126 SG ? ? K CYS 1082 K CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf38 disulf ? ? I CYS 131 SG ? ? ? 1_555 I CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf39 disulf ? ? I CYS 291 SG ? ? ? 1_555 I CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf40 disulf ? ? I CYS 336 SG ? ? ? 1_555 I CYS 361 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf41 disulf ? ? I CYS 379 SG ? ? ? 1_555 I CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf42 disulf ? ? I CYS 480 SG ? ? ? 1_555 I CYS 488 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf43 disulf ? ? I CYS 538 SG ? ? ? 1_555 I CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf44 disulf ? ? I CYS 617 SG ? ? ? 1_555 I CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf45 disulf ? ? I CYS 662 SG ? ? ? 1_555 I CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf46 disulf ? ? I CYS 738 SG ? ? ? 1_555 I CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf47 disulf ? ? I CYS 743 SG ? ? ? 1_555 I CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf48 disulf ? ? I CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 I CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf49 disulf ? ? I CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 I CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 152 A . ? PHE 152 A PRO 153 A ? PRO 153 A 1 -2.99 2 GLU 154 A . ? GLU 154 A PRO 155 A ? PRO 155 A 1 -3.80 3 TRP 194 A . ? TRP 194 A PRO 195 A ? 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anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB4 6 7 ? anti-parallel AB4 7 8 ? parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC2 6 7 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF6 4 5 ? anti-parallel AF6 5 6 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG2 5 6 ? anti-parallel AG2 6 7 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? anti-parallel AG4 5 6 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG7 1 2 ? parallel AG7 2 3 ? 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C . n I 2 1261 HIS 1261 1261 ? ? ? C . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 48360 ? 1 MORE -253 ? 1 'SSA (A^2)' 195340 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-12-02 2 'Structure model' 1 1 2021-01-27 3 'Structure model' 1 2 2021-03-10 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' entity 4 3 'Structure model' entity_name_com # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 6 2 'Structure model' '_citation.year' 7 3 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 8 3 'Structure model' '_entity_name_com.name' # _pdbx_entry_details.entry_id 7DCX _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;'ve received the e-mail about PDB ID 7DDN. About the the key annotations in this entry, there is no problem for 1,2,4,5. And for annotation 3, to express SARS-CoV-2 S glycoprotein ectodomain, the mammalian codon-optimized gene coding SARS-CoV-2 S glycoprotein ectodomain (residues M1-Q1208) with proline substitutions at K986 and V987 which could make S protein more stable, a 'GSAS- substitution at the furin cleavage site (R682-R685) to avoid the furin cleavage. A C-terminal T4 fibritin trimerization motif, a TEV protease cleavage site, a FLAG tag and a His tag were cloned downstream of the SARS-CoV-2 S glycoprotein ectodomain (1209-1261). ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.entry_id 7DCX _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7DCX _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 45576 _em_3d_reconstruction.resolution 5.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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