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CZ ? E ARG 225 CZ 3930 1 Y 1 E ARG 225 ? NH1 ? E ARG 225 NH1 3931 1 Y 1 E ARG 225 ? NH2 ? E ARG 225 NH2 3932 1 Y 1 E GLN 226 ? CB ? E GLN 226 CB 3933 1 Y 1 E GLN 226 ? CG ? E GLN 226 CG 3934 1 Y 1 E GLN 226 ? CD ? E GLN 226 CD 3935 1 Y 1 E GLN 226 ? OE1 ? E GLN 226 OE1 3936 1 Y 1 E GLN 226 ? NE2 ? E GLN 226 NE2 3937 1 Y 1 E LYS 227 ? CB ? E LYS 227 CB 3938 1 Y 1 E LYS 227 ? CG ? E LYS 227 CG 3939 1 Y 1 E LYS 227 ? CD ? E LYS 227 CD 3940 1 Y 1 E LYS 227 ? CE ? E LYS 227 CE 3941 1 Y 1 E LYS 227 ? NZ ? E LYS 227 NZ 3942 1 Y 1 E THR 228 ? CB ? E THR 228 CB 3943 1 Y 1 E THR 228 ? OG1 ? E THR 228 OG1 3944 1 Y 1 E THR 228 ? CG2 ? E THR 228 CG2 3945 1 Y 1 E ALA 229 ? CB ? 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GLU D 15 GLY D 30 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 AE8 SER D 33 ? MET D 44 ? SER D 33 MET D 44 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 AE9 LEU D 49 ? LEU D 61 ? LEU D 49 LEU D 61 1 ? 13 HELX_P HELX_P46 AF1 GLY D 62 ? ARG D 86 ? GLY D 62 ARG D 86 1 ? 25 HELX_P HELX_P47 AF2 GLY D 96 ? ARG D 100 ? GLY D 96 ARG D 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ASN D 102 ? LYS D 107 ? ASN D 102 LYS D 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN D 116 ? LEU D 124 ? ASN D 116 LEU D 124 1 ? 9 HELX_P HELX_P50 AF5 ARG D 125 ? GLU D 148 ? ARG D 125 GLU D 148 1 ? 24 HELX_P HELX_P51 AF6 PRO D 152 ? ILE D 156 ? PRO D 152 ILE D 156 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 SER D 163 ? GLY D 177 ? SER D 163 GLY D 177 1 ? 15 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO D 181 ? SER D 183 ? PRO D 181 SER D 183 5 ? 3 HELX_P HELX_P54 AF9 ALA D 184 ? LYS D 196 ? ALA D 184 LYS D 196 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 GLN D 198 ? THR D 207 ? GLN D 198 THR D 207 1 ? 10 HELX_P HELX_P56 AG2 THR D 214 ? GLN D 226 ? THR D 214 GLN D 226 1 ? 13 HELX_P HELX_P57 AG3 GLU E 15 ? GLY E 30 ? GLU E 15 GLY E 30 1 ? 16 HELX_P HELX_P58 AG4 SER E 33 ? MET E 44 ? SER E 33 MET E 44 1 ? 12 HELX_P HELX_P59 AG5 LEU E 49 ? LEU E 61 ? LEU E 49 LEU E 61 1 ? 13 HELX_P HELX_P60 AG6 GLY E 62 ? ARG E 86 ? GLY E 62 ARG E 86 1 ? 25 HELX_P HELX_P61 AG7 GLY E 96 ? ARG E 100 ? GLY E 96 ARG E 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 AG8 ASN E 102 ? LYS E 107 ? ASN E 102 LYS E 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P63 AG9 ASN E 116 ? LEU E 124 ? ASN E 116 LEU E 124 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 AH1 ARG E 125 ? GLU E 148 ? ARG E 125 GLU E 148 1 ? 24 HELX_P HELX_P65 AH2 PRO E 152 ? ILE E 156 ? PRO E 152 ILE E 156 5 ? 5 HELX_P HELX_P66 AH3 SER E 163 ? GLY E 177 ? SER E 163 GLY E 177 1 ? 15 HELX_P HELX_P67 AH4 PRO E 181 ? SER E 183 ? PRO E 181 SER E 183 5 ? 3 HELX_P HELX_P68 AH5 ALA E 184 ? LYS E 196 ? ALA E 184 LYS E 196 1 ? 13 HELX_P HELX_P69 AH6 GLN E 198 ? THR E 207 ? GLN E 198 THR E 207 1 ? 10 HELX_P HELX_P70 AH7 THR E 214 ? GLN E 226 ? THR E 214 GLN E 226 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER A 197 ? ? 64.57 79.05 2 1 GLN A 198 ? ? -35.01 149.31 3 1 SER B 197 ? ? 64.51 79.09 4 1 GLN B 198 ? ? -35.01 149.24 5 1 SER C 197 ? ? 64.42 79.21 6 1 GLN C 198 ? ? -35.05 149.31 7 1 SER D 197 ? ? 64.48 79.10 8 1 GLN D 198 ? ? -35.04 149.30 9 1 SER E 197 ? ? 64.53 79.16 10 1 GLN E 198 ? ? -35.10 149.35 # _em_3d_fitting.entry_id 7NO3 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7NO0 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7NO0 # _em_3d_reconstruction.entry_id 7NO3 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 16910 _em_3d_reconstruction.resolution 5.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 6.2 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Rous sarcoma virus - Prague C' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7NO3 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3838 _em_image_scans.dimension_width 3708 _em_image_scans.frames_per_image 10 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-10 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7NO3 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'ZEMLIN TABLEAU' _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ;Areas of interest for high-resolution data collection were identified in low magnification montages. Prior to tomogram acquisition, gain references were acquired and the filter was fully tuned. Microscope tuning was performed using the FEI AutoCTF software. The ilumination mode used during acquisition was nanoprobe. ; _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 4000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type C-flat-2/2 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty YES _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate OTHER _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '2.5 seconds blotting time' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7NO3 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7NO3 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7NO3 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C5 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A PRO 1 ? 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E GLY 151 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN H2 H N N 51 ASN HA H N N 52 ASN HB2 H N N 53 ASN HB3 H N N 54 ASN HD21 H N N 55 ASN HD22 H N N 56 ASN HXT H N N 57 ASP N N N N 58 ASP CA C N S 59 ASP C C N N 60 ASP O O N N 61 ASP CB C N N 62 ASP CG C N N 63 ASP OD1 O N N 64 ASP OD2 O N N 65 ASP OXT O N N 66 ASP H H N N 67 ASP H2 H N N 68 ASP HA H N N 69 ASP HB2 H N N 70 ASP HB3 H N N 71 ASP HD2 H N N 72 ASP HXT H N N 73 CYS N N N N 74 CYS CA C N R 75 CYS C C N N 76 CYS O O N N 77 CYS CB C N N 78 CYS SG S N N 79 CYS OXT O N N 80 CYS H H N N 81 CYS H2 H N N 82 CYS HA H N N 83 CYS HB2 H N N 84 CYS HB3 H N N 85 CYS HG H N N 86 CYS HXT H N N 87 GLN N N N N 88 GLN CA C N S 89 GLN C C N N 90 GLN O O N N 91 GLN CB C N N 92 GLN CG C N N 93 GLN CD C N N 94 GLN OE1 O N N 95 GLN NE2 N N N 96 GLN OXT O N N 97 GLN H H N N 98 GLN H2 H N N 99 GLN HA H N N 100 GLN HB2 H N N 101 GLN HB3 H N N 102 GLN HG2 H N N 103 GLN HG3 H N N 104 GLN HE21 H N N 105 GLN HE22 H N N 106 GLN HXT H N N 107 GLU N N N N 108 GLU CA C N S 109 GLU C C N N 110 GLU O O N N 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