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UNP P21010 LEU 321 'engineered mutation' 321 5 3 8APL MET C 2 ? UNP P21010 ASP 322 'engineered mutation' 322 6 4 8APL ALA D 1 ? UNP P21010 LEU 321 'engineered mutation' 321 7 4 8APL MET D 2 ? UNP P21010 ASP 322 'engineered mutation' 322 8 5 8APL ALA E 1 ? UNP P21010 LEU 321 'engineered mutation' 321 9 5 8APL MET E 2 ? UNP P21010 ASP 322 'engineered mutation' 322 10 6 8APL ALA F 1 ? UNP P21010 LEU 321 'engineered mutation' 321 11 6 8APL MET F 2 ? UNP P21010 ASP 322 'engineered mutation' 322 12 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4068 ? 30180 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0382 ? 3390 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0034 ? 3816 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.1342 ? 8448 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 4.41848150346e-13 ? ? 1 'NCS constraints' ? E ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ? ? 7.39826552633e-12 ? ? 2 'NCS constraints' ? E ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ? ? 1.4002724515e-12 ? ? 3 'NCS constraints' ? E ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ? ? 5.22764029715e-12 ? ? 4 'NCS constraints' ? E ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_6 ? ? 2.31098936225e-10 ? ? 5 'NCS constraints' ? E ? ? ? ens_1 # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "E" ; ens_1 d_2 ;chain "B" ; ens_1 d_3 ;chain "C" ; ens_1 d_4 ;chain "D" ; ens_1 d_5 ;chain "A" ; ens_1 d_6 ;chain "F" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ens_1 d_1 1 . E ALA 1 . E ILE 449 ? ? ? ? ? ? ? ? ens_1 d_2 1 . B ALA 1 . B ILE 449 ? ? ? ? ? ? ? ? ens_1 d_3 1 . C ALA 1 . C ILE 449 ? ? ? ? ? ? ? ? ens_1 d_4 1 . D ALA 1 . D ILE 449 ? ? ? ? ? ? ? ? ens_1 d_5 1 . A ALA 1 . A ILE 449 ? ? ? ? ? ? ? ? ens_1 d_6 1 . F ALA 1 . F ILE 449 ? ? ? ? ? ? ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 8APL _struct.title 'Vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 hexamer with bound DNA processed in C6' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8APL _struct_keywords.text 'DNA helicase, D5_N domain, DUF5906 domain, Pox_D5 domain, SF3 helicase, viral protein' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 4 ? THR A 16 ? ASN A 324 THR A 336 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU A 43 ? ARG A 52 ? LEU A 363 ARG A 372 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 53 ? LEU A 55 ? HIS A 373 LEU A 375 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 56 ? LEU A 64 ? PRO A 376 LEU A 384 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 CYS A 65 ? LEU A 80 ? CYS A 385 LEU A 400 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 110 ? LYS A 115 ? 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F . n # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email wim.burmeister@ibs.fr _pdbx_contact_author.name_first Wim _pdbx_contact_author.name_last Burmeister _pdbx_contact_author.name_mi P _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-0876-6118 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 19480 ? 1 MORE -52 ? 1 'SSA (A^2)' 116300 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-11-09 2 'Structure model' 1 1 2023-08-09 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Structure summary' # _pdbx_audit_revision_category.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_category.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_category.category struct # _pdbx_audit_revision_item.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_item.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_item.item '_struct.title' # loop_ _software.citation_id _software.classification _software.compiler_name _software.compiler_version _software.contact_author _software.contact_author_email _software.date _software.description _software.dependencies _software.hardware _software.language _software.location _software.mods _software.name _software.os _software.os_version _software.type _software.version _software.pdbx_ordinal ? refinement ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? phenix.real_space_refine ? ? ? 1.20.1_4487 1 ? refinement ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 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