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EMD-15997 'other EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (HexaPro variant) in complex with nanobody W25 (map 3, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; EMD-16010 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8BEV _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lauer, S.' 1 0000-0003-3518-5116 'Spahn, C.M.T.' 2 0000-0002-2939-9487 'Schwefel, D.' 3 0000-0002-2945-0908 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? 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'expression tag' 1267 136 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8BEV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8BEV _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 4600 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.638 ? 6246 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.897 ? 676 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 706 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 786 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8BEV _struct.title ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (HexaPro variant) in complex with nanobody W25 (map 3, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8BEV _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, spike, S protein, HexaPro, nanobody, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 337 ? ASN A 343 ? PRO A 337 ASN A 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 365 ? ASN A 370 ? TYR A 365 ASN A 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 383 ? LEU A 390 ? SER A 383 LEU A 390 5 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 405 ? ARG A 408 ? ASP A 405 ARG A 408 5 ? 4 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 416 ? ASN A 422 ? GLY A 416 ASN A 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 438 ? SER A 443 ? SER A 438 SER A 443 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS B 108 ? THR B 112 ? LYS B 88 THR B 92 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 336 SG ? ? ? 1_555 A CYS 361 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 379 SG ? ? ? 1_555 A CYS 432 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 480 SG ? ? ? 1_555 A CYS 488 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 44 SG ? ? ? 1_555 B CYS 117 SG ? ? B CYS 24 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 15 SG ? ? ? 1_555 C CYS 136 SG ? ? C CYS 15 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? covale1 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 343 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C ASN 122 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? C ASN 165 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? C ASN 282 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale6 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale7 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale8 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale9 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale10 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.483 ? ? covale11 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale12 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA6 6 7 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 354 ? 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N LYS A 356 O ALA A 397 ? O ALA A 397 AA1 2 3 N ILE A 402 ? N ILE A 402 O TYR A 508 ? O TYR A 508 AA1 3 4 O ARG A 509 ? O ARG A 509 N TRP A 436 ? N TRP A 436 AA2 1 2 N TYR A 453 ? N TYR A 453 O GLN A 493 ? O GLN A 493 AA3 1 2 N SER B 29 ? N SER B 9 O SER B 43 ? O SER B 23 AA3 2 3 N LEU B 40 ? N LEU B 20 O MET B 104 ? O MET B 84 AA3 3 4 O TYR B 101 ? O TYR B 81 N SER B 92 ? N SER B 72 AA4 1 2 N ALA B 55 ? N ALA B 35 O LEU B 120 ? O LEU B 100 AA4 2 3 N ALA B 119 ? N ALA B 99 O TYR B 130 ? O TYR B 110 AA5 1 2 O ASN B 80 ? O ASN B 60 N GLY B 72 ? N GLY B 52 AA5 2 3 O THR B 70 ? O THR B 50 N TRP B 58 ? N TRP B 38 AA5 3 4 N MET B 61 ? N MET B 41 O VAL B 114 ? O VAL B 94 AA5 4 5 N TYR B 115 ? N TYR B 95 O THR B 135 ? O THR B 115 AA6 1 2 N VAL C 36 ? N VAL C 36 O LEU C 223 ? O LEU C 223 AA6 2 3 O LEU C 226 ? O LEU C 226 N ILE C 203 ? N ILE C 203 AA6 3 4 O TYR C 204 ? O TYR C 204 N VAL C 193 ? N VAL C 193 AA6 4 5 O PHE C 192 ? O PHE C 192 N PHE C 92 ? N PHE C 92 AA6 5 6 N TYR C 91 ? N TYR C 91 O GLY C 268 ? O GLY C 268 AA6 6 7 O TYR C 265 ? O TYR C 265 N PHE C 65 ? N PHE C 65 AA7 1 2 N PHE C 55 ? N PHE C 55 O GLN C 271 ? O GLN C 271 AA7 2 3 N LEU C 276 ? N LEU C 276 O VAL C 289 ? O VAL C 289 AA8 1 2 N LEU C 84 ? N LEU C 84 O PHE C 238 ? O PHE C 238 AA8 2 3 O GLN C 239 ? O GLN C 239 N ILE C 105 ? N ILE C 105 AA8 3 4 N PHE C 106 ? N PHE C 106 O LEU C 117 ? O LEU C 117 AA8 4 5 N LEU C 118 ? N LEU C 118 O LYS C 129 ? O LYS C 129 AA8 5 6 N GLN C 134 ? N GLN C 134 O SER C 162 ? O SER C 162 AA9 1 2 N LEU C 141 ? N LEU C 141 O LEU C 242 ? O LEU C 242 AA9 2 3 O GLN C 239 ? O GLN C 239 N ILE C 105 ? N ILE C 105 AA9 3 4 N PHE C 106 ? N PHE C 106 O LEU C 117 ? O LEU C 117 AA9 4 5 N LEU C 118 ? N LEU C 118 O LYS C 129 ? O LYS C 129 AA9 5 6 N VAL C 130 ? N VAL C 130 O PHE C 168 ? 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