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EMD-16028 'other EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25 (map 5, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; EMD-16030 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8BGG _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-27 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Modhiran, N.' 1 0000-0003-3205-4970 'Lauer, S.' 2 0000-0003-3518-5116 'Spahn, C.M.T.' 3 0000-0002-2939-9487 'Watterson, D.' 4 0000-0001-5957-2853 'Schwefel, D.' 5 0000-0002-2945-0908 # 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'expression tag' 1208 100 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8BGG _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8BGG _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 4811 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.695 ? 6533 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.593 ? 1742 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.047 ? 741 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 822 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8BGG _struct.title ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike (Omicron BA.1 variant) in complex with nanobody W25 (map 5, focus refinement on RBD, W25 and adjacent NTD) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8BGG _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, spike, Omicron, BA.1, nanobody, W25, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 5 ? I N N 5 ? J N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE B 335 ? ASN B 340 ? PHE C 338 ASN C 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR B 362 ? LEU B 368 ? TYR C 365 LEU C 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU B 403 ? ALA B 408 ? GLU C 406 ALA C 411 5 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY B 413 ? ASN B 419 ? GLY C 416 ASN C 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 LYS C 108 ? THR C 112 ? 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A CYS 15 SG ? ? ? 1_555 A CYS 134 SG ? ? B CYS 15 B CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 129 SG ? ? ? 1_555 A CYS 161 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 333 SG ? ? ? 1_555 B CYS 358 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 376 SG ? ? ? 1_555 B CYS 429 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 388 SG ? ? ? 1_555 B CYS 522 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 477 SG ? ? ? 1_555 B CYS 485 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf7 disulf ? ? C CYS 44 SG ? ? ? 1_555 C CYS 117 SG ? ? Y CYS 24 Y CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? covale1 covale one ? A ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? B ASN 17 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 120 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B ASN 122 A NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 160 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 231 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 236 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 279 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? B ASN 282 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 343 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A NAG 1 A NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale9 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? A NAG 2 A BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale10 covale both ? D BMA . O3 ? ? ? 1_555 D MAN . C1 ? ? A BMA 3 A MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale11 covale both ? D BMA . O6 ? ? ? 1_555 D MAN . C1 ? ? A BMA 3 A MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale12 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale13 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 27 ? 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SER B 116 ASN B 121 AA4 5 VAL A 124 ? CYS A 129 ? VAL B 126 CYS B 131 AA4 6 PHE A 163 ? SER A 167 ? PHE B 168 SER B 172 AA5 1 ASN B 351 ? ILE B 355 ? ASN C 354 ILE C 358 AA5 2 VAL B 392 ? ARG B 400 ? VAL C 395 ARG C 403 AA5 3 PRO B 504 ? SER B 511 ? PRO C 507 SER C 514 AA5 4 GLY B 428 ? ASN B 434 ? GLY C 431 ASN C 437 AA5 5 THR B 373 ? CYS B 376 ? THR C 376 CYS C 379 AA6 1 LEU B 449 ? ARG B 451 ? LEU C 452 ARG C 454 AA6 2 LEU B 489 ? SER B 491 ? LEU C 492 SER C 494 AA7 1 TYR B 470 ? GLN B 471 ? TYR C 473 GLN C 474 AA7 2 CYS B 485 ? TYR B 486 ? CYS C 488 TYR C 489 AA8 1 GLN C 25 ? SER C 29 ? GLN Y 5 SER Y 9 AA8 2 LEU C 40 ? SER C 47 ? LEU Y 20 SER Y 27 AA8 3 TYR C 101 ? MET C 104 ? TYR Y 81 MET Y 84 AA8 4 PHE C 89 ? SER C 92 ? PHE Y 69 SER Y 72 AA9 1 THR C 79 ? ASN C 80 ? THR Y 59 ASN Y 60 AA9 2 GLU C 68 ? PHE C 73 ? GLU Y 48 PHE Y 53 AA9 3 VAL C 56 ? ARG C 60 ? VAL Y 36 ARG Y 40 AA9 4 TYR C 116 ? ILE C 121 ? TYR Y 96 ILE Y 101 AA9 5 LEU C 128 ? TRP C 131 ? LEU Y 108 TRP Y 111 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ALA A 27 ? 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