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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.3874 ? 40558 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0465 ? 4648 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0022 ? 5225 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.1012 ? 4158 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8CXN _struct.title 'SARS-CoV-2 Spike protein in complex with a pan-sarbecovirus nanobody 2-57' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8CXN _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, Spike protein, nanobody, broad binding, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 3 ? Z N N 3 ? AA N N 3 ? BA N N 3 ? CA N N 3 ? DA N N 3 ? EA N N 3 ? FA N N 3 ? GA N N 3 ? HA N N 3 ? IA N N 3 ? 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UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TYR A 248 ? 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ASP B 294 LYS B 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 CYS B 336 ? THR B 345 ? CYS B 336 THR B 345 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 SER B 349 ? TRP B 353 ? SER B 349 TRP B 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ALA B 363 ? ASN B 370 ? ALA B 363 ASN B 370 5 ? 8 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 383 ? LEU B 390 ? SER B 383 LEU B 390 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP B 405 ? ILE B 410 ? ASP B 405 ILE B 410 5 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN B 616 ? VAL B 620 ? ASN B 616 VAL B 620 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 LEU B 629 ? THR B 638 ? LEU B 629 THR B 638 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP B 737 ? CYS B 743 ? ASP B 737 CYS B 743 1 ? 7 HELX_P HELX_P38 AE2 SER B 746 ? GLN B 755 ? SER B 746 GLN B 755 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 SER B 758 ? ALA B 783 ? SER B 758 ALA B 783 1 ? 26 HELX_P HELX_P40 AE4 SER B 816 ? THR B 827 ? SER B 816 THR B 827 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 THR B 866 ? GLY B 885 ? THR B 866 GLY B 885 1 ? 20 HELX_P HELX_P42 AE6 TRP B 886 ? ALA B 890 ? TRP B 886 ALA B 890 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO B 897 ? GLY B 910 ? 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ALA E 61 GLY E 66 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf10 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? 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C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? D CYS 22 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? F CYS 22 F CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf35 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? E CYS 22 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 122 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 331 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? 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None 'Disulfide bridge' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ILE _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 332 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ILE _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 332 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 THR _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 333 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 THR _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 333 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -4.36 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 7 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? 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