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(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) ; TGTACAGTGACAAATTATCTGTCGTCGGTGACAGATTAATGTCATTGTGAC 2 ? 10 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) ; TTACTGATGACAATAATTTGTCACAACGACATATAATTAGTCACTGTACATCTACGATACGTAGCGGCCGACGCG 4 ? 11 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) ; TGTACAGTGACTAATTATATGTCGTTGTGACAAATTATTGTCATCAGTAA 5 ? 12 polydeoxyribonucleotide no no '(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)' CGCGTCGGCCGCTACGTATC 6 ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id 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'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog212 hydrog ? ? A DC 115 O2 ? ? ? 1_555 B DG 13 N2 ? ? 1 DC 63 3 DG -3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog213 hydrog ? ? A DC 116 N3 ? ? ? 1_555 B DG 12 N1 ? ? 1 DC 64 3 DG -4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog214 hydrog ? ? A DC 116 N4 ? ? ? 1_555 B DG 12 O6 ? ? 1 DC 64 3 DG -4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? A DC 116 O2 ? ? ? 1_555 B DG 12 N2 ? ? 1 DC 64 3 DG -4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? A DA 117 N1 ? ? ? 1_555 B DT 11 N3 ? ? 1 DA 65 3 DT -5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? A DA 117 N6 ? ? ? 1_555 B DT 11 O4 ? ? 1 DA 65 3 DT -5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? A DG 118 N1 ? ? ? 1_555 B DC 10 N3 ? ? 1 DG 66 3 DC -6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? A DG 118 N2 ? ? ? 1_555 B DC 10 O2 ? ? 1 DG 66 3 DC -6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? A DG 118 O6 ? ? ? 1_555 B DC 10 N4 ? ? 1 DG 66 3 DC -6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? A DT 119 N3 ? ? ? 1_555 B DA 9 N1 ? ? 1 DT 67 3 DA -7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? A DT 119 O4 ? ? ? 1_555 B DA 9 N6 ? ? 1 DT 67 3 DA -7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog223 hydrog ? ? A DC 120 N3 ? ? ? 1_555 B DG 8 N1 ? ? 1 DC 68 3 DG -8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog224 hydrog ? ? A DC 120 N4 ? ? ? 1_555 B DG 8 O6 ? ? 1 DC 68 3 DG -8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog225 hydrog ? ? A DC 120 O2 ? ? ? 1_555 B DG 8 N2 ? ? 1 DC 68 3 DG -8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog226 hydrog ? ? A DA 121 N1 ? ? ? 1_555 B DT 7 N3 ? ? 1 DA 69 3 DT -9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog227 hydrog ? ? A DA 121 N6 ? ? ? 1_555 B DT 7 O4 ? ? 1 DA 69 3 DT -9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog228 hydrog ? ? BA DA 23 N1 ? ? ? 1_555 CA DT 28 N3 ? ? 4 DA -28 5 DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog314 hydrog ? ? BA DG 66 N2 ? ? ? 1_555 DA DC 10 O2 ? ? 4 DG 15 6 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog315 hydrog ? ? BA DG 66 O6 ? ? ? 1_555 DA DC 10 N4 ? ? 4 DG 15 6 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog316 hydrog ? ? BA DG 67 N1 ? ? ? 1_555 DA DC 9 N3 ? ? 4 DG 16 6 DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog317 hydrog ? ? BA DG 67 N2 ? ? ? 1_555 DA DC 9 O2 ? ? 4 DG 16 6 DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog318 hydrog ? ? BA DG 67 O6 ? ? ? 1_555 DA DC 9 N4 ? ? 4 DG 16 6 DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog319 hydrog ? ? BA DC 68 N3 ? ? ? 1_555 DA DG 8 N1 ? ? 4 DC 17 6 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog320 hydrog ? ? BA DC 68 N4 ? ? ? 1_555 DA DG 8 O6 ? ? 4 DC 17 6 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog321 hydrog ? ? BA DC 68 O2 ? ? ? 1_555 DA DG 8 N2 ? ? 4 DC 17 6 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog322 hydrog ? ? C A 7 N3 ? ? ? 1_555 C G 140 N2 ? ? 7 A 7 7 G 140 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog323 hydrog ? ? C A 9 N6 ? ? ? 1_555 C C 148 O2 ? ? 7 A 9 7 C 148 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog324 hydrog ? ? C G 10 N1 ? ? ? 1_555 C C 146 N3 ? ? 7 G 10 7 C 146 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog325 hydrog ? ? C G 10 N2 ? ? ? 1_555 C C 146 O2 ? ? 7 G 10 7 C 146 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog326 hydrog ? ? C G 10 O6 ? ? ? 1_555 C C 146 N4 ? ? 7 G 10 7 C 146 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog327 hydrog ? ? C C 11 N3 ? ? ? 1_555 C G 145 N1 ? ? 7 C 11 7 G 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog328 hydrog ? ? C C 11 N4 ? ? ? 1_555 C G 145 O6 ? ? 7 C 11 7 G 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog329 hydrog ? ? C C 11 O2 ? ? ? 1_555 C G 145 N2 ? ? 7 C 11 7 G 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog330 hydrog ? ? C G 12 N1 ? ? ? 1_555 C C 144 N3 ? ? 7 G 12 7 C 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog331 hydrog ? ? 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C C 91 N4 ? ? ? 1_555 C G 231 O6 ? ? 7 C 91 7 G 226 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog413 hydrog ? ? C C 91 O2 ? ? ? 1_555 C G 231 N2 ? ? 7 C 91 7 G 226 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog414 hydrog ? ? C U 92 N3 ? ? ? 1_555 C A 194 N1 ? ? 7 U 92 7 A 194 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog415 hydrog ? ? C U 92 O4 ? ? ? 1_555 C A 194 N6 ? ? 7 U 92 7 A 194 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog416 hydrog ? ? C G 93 N1 ? ? ? 1_555 C C 193 N3 ? ? 7 G 93 7 C 193 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog417 hydrog ? ? C G 93 N2 ? ? ? 1_555 C C 193 O2 ? ? 7 G 93 7 C 193 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog418 hydrog ? ? C G 93 O6 ? ? ? 1_555 C C 193 N4 ? ? 7 G 93 7 C 193 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog419 hydrog ? ? C U 98 N3 ? ? ? 1_555 C A 137 N7 ? ? 7 U 98 7 A 137 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog420 hydrog ? ? C U 98 O2 ? ? ? 1_555 C A 137 N6 ? ? 7 U 98 7 A 137 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog421 hydrog ? ? C G 99 N2 ? ? ? 1_555 C U 188 O2 ? ? 7 G 99 7 U 188 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? ? hydrog422 hydrog ? ? C G 100 N1 ? ? ? 1_555 C C 187 N3 ? ? 7 G 100 7 C 187 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog423 hydrog ? ? C G 100 N2 ? ? ? 1_555 C C 187 O2 ? ? 7 G 100 7 C 187 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog424 hydrog ? ? C G 100 O6 ? ? ? 1_555 C C 187 N4 ? ? 7 G 100 7 C 187 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog425 hydrog ? ? C A 102 N1 ? ? ? 1_555 C U 185 N3 ? ? 7 A 102 7 U 185 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog426 hydrog ? ? C G 103 N1 ? ? ? 1_555 C C 184 O2 ? ? 7 G 103 7 C 184 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog427 hydrog ? ? C C 104 N3 ? ? ? 1_555 C G 183 N1 ? ? 7 C 104 7 G 183 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog428 hydrog ? ? C C 104 N4 ? ? ? 1_555 C G 183 O6 ? ? 7 C 104 7 G 183 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog429 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 7 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 6 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 2 ? 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? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8EA3 'double helix' 8EA3 'a-form double helix' 8EA3 'b-form double helix' 8EA3 'hairpin loop' 8EA3 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DA 23 1_555 AA DT 29 1_555 0.053 -0.154 0.001 -0.599 0.077 3.078 1 1_DA-29:DT29_2 1 -29 ? 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