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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8ETT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-17 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Class2 of the INO80-Hexasome complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-28598 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email Yifan.Cheng@ucsf.edu _pdbx_contact_author.name_first Yifan _pdbx_contact_author.name_last Cheng _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9535-0369 # 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Wu, H.' 1 0000-0002-1070-0292 primary 'Munoz, E.N.' 2 0000-0003-4341-8119 primary 'Hsieh, L.J.' 3 0000-0002-7615-6226 primary 'Chio, U.S.' 4 0000-0002-5295-2690 primary 'Gourdet, M.A.' 5 0000-0001-8007-092X primary 'Narlikar, G.J.' 6 0000-0002-1920-0147 primary 'Cheng, Y.' 7 0000-0001-9535-0369 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15403.062 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 14109.436 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13655.948 1 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (110-MER)' 69840.398 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (110-MER)' 70347.750 1 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 4 _entity_name_com.name H2B1.1 # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage 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PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA) ; ;CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAAC AGCGACCTTGCCGGTGCCAGTCGGATAGTGTTCCGAGCTCCCACTCTAGAGGATCCCCGGGTACCGA ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) ; ;TCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGTGGGAGCTCGGAACACTATCCGACTGGCACCGGCAAGGTCGCTGTTCAATACATGC ACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 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UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 30 3 5 8ETT ALA E 111 ? UNP A0A310TTQ1 CYS 111 conflict 111 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 64 ? 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ALA F 84 GLY F 95 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? G DC 18 O2 ? ? ? 1_555 H DG 210 N2 ? ? I DC -56 J DG 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? G DG 19 N1 ? ? ? 1_555 H DC 209 N3 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? G DG 19 N2 ? ? ? 1_555 H DC 209 O2 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? G DG 19 O6 ? ? ? 1_555 H DC 209 N4 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? G DA 20 N1 ? ? ? 1_555 H DT 208 N3 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? G DA 20 N6 ? ? ? 1_555 H DT 208 O4 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? G DG 21 N1 ? ? ? 1_555 H DC 207 N3 ? ? I DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? G DG 21 N2 ? ? ? 1_555 H DC 207 O2 ? ? I DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? G DG 21 O6 ? ? ? 1_555 H DC 207 N4 ? ? 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J -37 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 G DT 2 1_555 H DA 226 1_555 G DG 3 1_555 H DC 225 1_555 -2.483 4.431 4.213 -12.067 -5.925 53.756 5.228 1.752 4.167 -6.440 13.115 55.289 1 II_DT-72DG-71:DC71DA72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 G DG 3 1_555 H DC 225 1_555 G DG 4 1_555 H DC 224 1_555 -0.824 2.509 3.098 -9.444 5.467 31.819 3.404 -0.195 3.563 9.625 16.626 33.593 2 II_DG-71DG-70:DC70DC71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 G DG 4 1_555 H DC 224 1_555 G DA 5 1_555 H DT 223 1_555 -0.701 1.971 3.254 -6.735 14.607 37.496 1.010 0.167 3.803 21.550 9.937 40.686 3 II_DG-70DA-69:DT69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 G DA 5 1_555 H DT 223 1_555 G DG 6 1_555 H DC 222 1_555 0.534 -0.528 3.083 -7.149 7.325 25.297 -2.769 -2.742 2.587 15.920 15.537 27.258 4 II_DA-69DG-68:DC68DT69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 G DG 6 1_555 H DC 222 1_555 G DA 7 1_555 H DT 221 1_555 1.102 0.165 3.279 1.487 8.148 39.182 -0.706 -1.437 3.285 11.988 -2.188 40.014 5 II_DG-68DA-67:DT67DC68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 G DA 7 1_555 H DT 221 1_555 G DA 8 1_555 H DT 220 1_555 -0.656 -0.169 3.294 -3.842 3.437 36.273 -0.748 0.508 3.315 5.487 6.132 36.625 6 II_DA-67DA-66:DT66DT67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? J 66 ? 1 G DA 8 1_555 H DT 220 1_555 G DT 9 1_555 H DA 219 1_555 -0.017 -1.099 3.323 -0.054 -0.343 32.946 -1.879 0.021 3.334 -0.605 0.095 32.948 7 II_DA-66DT-65:DA65DT66_JJ I -66 ? J 66 ? I -65 ? J 65 ? 1 G DT 9 1_555 H DA 219 1_555 G DC 10 1_555 H DG 218 1_555 0.587 0.279 3.157 3.609 4.287 42.435 -0.036 -0.452 3.207 5.892 -4.960 42.787 8 II_DT-65DC-64:DG64DA65_JJ I -65 ? J 65 ? I -64 ? J 64 ? 1 G DC 10 1_555 H DG 218 1_555 G DC 11 1_555 H DG 217 1_555 0.430 1.142 3.253 1.282 2.380 34.351 1.555 -0.524 3.335 4.022 -2.167 34.454 9 II_DC-64DC-63:DG63DG64_JJ I -64 ? J 64 ? I -63 ? J 63 ? 1 G DC 11 1_555 H DG 217 1_555 G DC 12 1_555 H DG 216 1_555 0.063 1.033 3.416 -1.837 2.967 31.927 1.303 -0.462 3.486 5.374 3.327 32.112 10 II_DC-63DC-62:DG62DG63_JJ I -63 ? J 63 ? I -62 ? J 62 ? 1 G DC 12 1_555 H DG 216 1_555 G DG 13 1_555 H DC 215 1_555 -1.226 -0.170 3.179 -7.057 16.941 31.423 -2.659 0.976 2.921 28.447 11.850 36.272 11 II_DC-62DG-61:DC61DG62_JJ I -62 ? J 62 ? I -61 ? 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