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'C-terminus of MceG is tagged (3C-eGFP-4xGly-Tev-Flag-His6)' 8 polymer nat 'Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a' 27674.619 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'ABC-transporter integral membrane protein' 30809.025 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'UNKNOWN LIGAND' ? 31 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTEPPAPTAPLNKPKTPPYKLAGLILGLVGVLVLALTWMQFRGQFEDKVQLTVLSGRAGLSMDPGSKVTFNGVPIGRLAS IDVVEVDDNPEARLTLDVDPKYLDLIPENANVELRATTVFGNKYISFLSPKNPSAERLSASTPIRAQGVTTEFNTLFETI TAISEQVDPIKLNETLTAAAQALDGLGDKFGRSIVDGNAILADVNPRMPQIRRDITGLANLGEVYADASPDLFDGLDNAV TTARTLNEQRGNLDQALVAAVGFGNTGGDIFERGGPYLVRGAQDLLPTSALLDEYSPALFCTIRNYHDAAPKLAGALGGN GYSLLTNSLVVGVGNPYVYPDNLPRVNAKGGPEGRPGCWQPITRDLWPFPYLVMDTGASIAPYNHFELGQPMFAEYVWGR QVGENTINP ; 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'Mycolicibacterium smegmatis MC2 155' 246196 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0QNR2_MYCS2 A0QNR2 ? 1 ;MTEPPAPTAPLNKPKTPPYKLAGLILGLVGVLVLALTWMQFRGQFEDKVQLTVLSGRAGLSMDPGSKVTFNGVPIGRLAS IDVVEVDDNPEARLTLDVDPKYLDLIPENANVELRATTVFGNKYISFLSPKNPSAERLSASTPIRAQGVTTEFNTLFETI TAISEQVDPIKLNETLTAAAQALDGLGDKFGRSIVDGNAILADVNPRMPQIRRDITGLANLGEVYADASPDLFDGLDNAV TTARTLNEQRGNLDQALVAAVGFGNTGGDIFERGGPYLVRGAQDLLPTSALLDEYSPALFCTIRNYHDAAPKLAGALGGN GYSLLTNSLVVGVGNPYVYPDNLPRVNAKGGPEGRPGCWQPITRDLWPFPYLVMDTGASIAPYNHFELGQPMFAEYVWGR QVGENTINP ; 1 2 UNP A0QNR3_MYCS2 A0QNR3 ? 2 ;MSIKGTLFKLGIFSLVLLTFTALIFVVFGQIRFNRTTEYSAIFKNVSGLRDGQFVRAAGVEVGKVKSVDLINGGEQAEVK FTVERSLPLFQETTAAIRYQDLIGNRYLELKRGDSDQILPPGSTIPVERTEPALDLDALVGGFRPLFRSLEPEKVNTIAT SLITIFQGQGGTINDILDQTAQLTASLADRDQAIGEVIKNLNTVLDTTVRHQKQFDETLVNFETLITGLKNRADPIATSV ADISDAAGSLADLLSDNRPLLKDTIGYLDVIQAPLVEQKQEVSDILVQMPQALKIIGRAGGIYGDFFNFYACDLTLKLNG LQPGGPVRTVRITTQPSGRCTPK ; 1 3 UNP I7G2J2_MYCS2 I7G2J2 ? 3 ;MRTLQGSDRFRKGLMGVIVVALIIGVGSTLTSVPMLFAVPTYYGQFADTGGLNIGDKVRIAGMDVGNVKSMEIDGDKVVI GYTLGGRTIGTESRAAIRTDTILGRKNIEIEPRGSETLKPRGVLPVGQTSAPYQIYDAFLDVTRNAAGWDTQAVRQSLNV LSETVDQTSPHLSAALDGVARFSETIGKRDEDVKKLLASANKVATVLGDRSTQVNQLLVNAQTLLAAVNERGRSVSLLLE RVSSVSRQVEGFVDENPNLNHVLEQLRTVSDVLNERKQDLADILTVAGKFITSLAEALASGPYFKVMLVNLIPPTILQPF VDAAFKKRGIDPEEFWRNAGLPAFRFPDPNGERHENGAPPAAPTPLEGTPEHPGPAVPPGSPCSYTPPADGIPSPGNPLP CAHLSQGPYGPVPGGYPPPNVATSAPNPDGIAHSPGVPSAAIPGQMPPEQPGAPVEIAPGPPGARTVPVSPIPGAPDFTP GIAPPPPAITGPPPPPGPGPQLAPVGEAPLPGNPPFLPPGSQSR ; 1 4 UNP A0QNR5_MYCS2 A0QNR5 ? 4 ;MSTIFNIRNIQLPRLSRAAVIIGALVVAAALVAGYFGMNAYRKLTNTTVTAYFPEVLALYPGDKVLIMGVRVGSIDSIET AGDKMKVVFHFNNKYKVPENATASILNPSLVASRVIQLSPPYTGGPTLRDGAVLDVDRTQVPIEYDEVRNQVTRLLADLG PTPEQPKGPFGDIIESFADGFAGKGEQLNRTLRGLSDALTALNEGRGDFFAVVKSLALFVNALHRSDQQFVALNNDLAQF TNSFTNTDQELANALQDLNRVLKTTREFLDRNGGVLTHDIDNLEQVTTAILQPEPRDGLETGLHAYPNLAANVLNINSPN QGGIIGLPVLPGVTNFSNPLQFVCSSIQAGSRLGYQESAELCAQYLAPIMDAIKFNYLPFGMNLASTAMTLPKQIAYSEK RLQPPPGYKDTTVPGIWSRDTLFSHGNHEPGWIVAPGMQGVQVQPATANMLTPESLAELLGGPDIVPPPAPPAFGTTRGG NLPGPPNAFDENNPLPPPWYPQPGPPPAPAPGVIPGDPLSAVAPAAPAAPAAPAPAGPPLPAEAGAG ; 1 5 UNP A0QNR6_MYCS2 A0QNR6 ? 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GLY J 247 TYR J 279 1 ? 33 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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'principal investigator/group leader' 0000-0002-2570-0404 3 Gira.Bhabha@nyulangone.org Gira Bhabha ? 'principal investigator/group leader' 0000-0003-0624-6178 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 10 UNL 1 501 1 UNL UNL A . L 10 UNL 1 502 11 UNL UNL A . M 10 UNL 1 503 28 UNL UNL A . N 10 UNL 1 401 10 UNL UNL B . O 10 UNL 1 402 12 UNL UNL B . P 10 UNL 1 403 14 UNL UNL B . Q 10 UNL 1 404 19 UNL UNL B . R 10 UNL 1 405 21 UNL UNL B . S 10 UNL 1 406 24 UNL UNL B . T 10 UNL 1 601 2 UNL UNL C . U 10 UNL 1 602 20 UNL UNL C . V 10 UNL 1 603 23 UNL UNL C . W 10 UNL 1 604 25 UNL UNL C . X 10 UNL 1 601 6 UNL UNL D . Y 10 UNL 1 602 8 UNL UNL D . Z 10 UNL 1 603 13 UNL UNL D . AA 10 UNL 1 604 22 UNL UNL D . 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OA 10 UNL 1 605 18 UNL UNL F . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-02-22 2 'Structure model' 1 1 2023-08-02 3 'Structure model' 1 2 2023-08-09 4 'Structure model' 1 3 2023-08-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 3 'Structure model' citation 3 3 'Structure model' citation_author 4 4 'Structure model' chem_comp_atom 5 4 'Structure model' chem_comp_bond 6 4 'Structure model' citation # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 7 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 8 3 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 9 3 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 10 3 'Structure model' '_citation_author.name' 11 4 'Structure model' '_citation.journal_volume' 12 4 'Structure model' '_citation.page_first' 13 4 'Structure model' '_citation.page_last' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.20.1_4487: _software.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_entry_details.entry_id 8FEF _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8FEF _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ;Model was initial fitted into the map using Chimera follow-by rigid body refinement in PHENIX. Models were further refined using PHENIX real-space refinement and then manually inspected in Coot. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_reconstruction.entry_id 8FEF _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Final reconstruction performed with consensus set of particles using a mask excluding LucB in the inner membrane region.' _em_3d_reconstruction.resolution 2.71 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 305172 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM MgSO4, 150 mM NaCl, 1 mM DDM, 1 mM DTT' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)' _em_entity_assembly.details ;Complex was isolated directly from Mycobacterium smegmatis by pulling down MceG-GFP using GFP-affinity purification and size exclusion chromatography. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9 # _em_image_scans.entry_id 8FEF _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 8184 _em_image_scans.dimension_width 11520 _em_image_scans.frames_per_image ? 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