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GLN K 2 LYS K 6 AB2 3 THR K 70 ? LEU K 73 ? THR K 66 LEU K 69 AB2 4 LEU K 47 ? PHE K 49 ? LEU K 43 PHE K 45 AB2 5 LYS K 52 ? GLN K 53 ? 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N ARG A 83 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 120 ? N ILE A 119 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N TYR B 99 ? N TYR B 98 O THR G 102 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 43 ? N ARG C 42 O ILE D 87 ? O ILE D 86 AA5 1 2 N ILE C 79 ? N ILE C 78 O GLY D 51 ? O GLY D 50 AA6 1 2 N THR C 102 ? N THR C 101 O TYR F 99 ? O TYR F 98 AA7 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 83 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA8 1 2 N ILE E 120 ? N ILE E 119 O ARG F 46 ? O ARG F 45 AA9 1 2 N ARG G 43 ? N ARG G 42 O ILE H 87 ? O ILE H 86 AB1 1 2 N ILE G 79 ? N ILE G 78 O GLY H 51 ? O GLY H 50 AB2 1 2 O LEU K 19 ? O LEU K 15 N ILE K 7 ? N ILE K 3 AB2 2 3 N LYS K 10 ? N LYS K 6 O LEU K 71 ? O LEU K 67 AB2 3 4 O HIS K 72 ? O HIS K 68 N ILE K 48 ? N ILE K 44 AB2 4 5 N PHE K 49 ? N PHE K 45 O LYS K 52 ? 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LYS 'modified residue' # _pdbx_entry_details.entry_id 8G6G _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8G6G _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8G6G _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.93 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 818874 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' # _em_imaging.entry_id 8G6G _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 750 _em_imaging.nominal_defocus_max 1750 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 8G6G _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 8G6G _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? 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J 78 ? I -77 ? J 77 ? 1 I DC 16 1_555 J DG 170 1_555 I DG 17 1_555 J DC 169 1_555 -0.511 1.272 3.863 -0.915 -1.123 37.627 2.142 0.652 3.836 -1.740 1.417 37.654 2 II_DC-77DG-76:DC76DG77_JJ I -77 ? J 77 ? I -76 ? J 76 ? 1 I DG 17 1_555 J DC 169 1_555 I DC 18 1_555 J DG 168 1_555 -0.222 -0.044 3.206 -0.822 -0.709 37.213 0.024 0.240 3.210 -1.111 1.288 37.229 3 II_DG-76DC-75:DG75DC76_JJ I -76 ? J 76 ? I -75 ? J 75 ? 1 I DC 18 1_555 J DG 168 1_555 I DC 19 1_555 J DG 167 1_555 -0.006 -0.069 3.357 -0.343 -0.595 35.949 -0.024 -0.041 3.357 -0.964 0.556 35.956 4 II_DC-75DC-74:DG74DG75_JJ I -75 ? J 75 ? I -74 ? J 74 ? 1 I DC 19 1_555 J DG 167 1_555 I DC 20 1_555 J DG 166 1_555 -0.185 -1.009 3.282 -0.874 0.817 31.644 -1.999 0.177 3.259 1.497 1.602 31.666 5 II_DC-74DC-73:DG73DG74_JJ I -74 ? J 74 ? I -73 ? J 73 ? 1 I DC 20 1_555 J DG 166 1_555 I DA 21 1_555 J DT 165 1_555 -0.458 -0.046 3.291 -1.872 1.667 38.073 -0.283 0.462 3.304 2.551 2.865 38.152 6 II_DC-73DA-72:DT72DG73_JJ I -73 ? J 73 ? I -72 ? 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J 62 ? 1 I DC 31 1_555 J DG 155 1_555 I DG 32 1_555 J DC 154 1_555 -0.011 -0.241 3.159 -3.324 12.702 31.622 -2.329 -0.483 2.843 22.153 5.797 34.175 17 II_DC-62DG-61:DC61DG62_JJ I -62 ? J 62 ? I -61 ? J 61 ? 1 I DG 32 1_555 J DC 154 1_555 I DG 33 1_555 J DC 153 1_555 -0.323 -0.359 3.254 -2.074 2.969 33.445 -1.102 0.221 3.225 5.140 3.591 33.635 18 II_DG-61DG-60:DC60DC61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 I DG 33 1_555 J DC 153 1_555 I DT 34 1_555 J DA 152 1_555 -0.259 -1.222 3.395 1.054 2.268 34.181 -2.439 0.609 3.300 3.853 -1.790 34.270 19 II_DG-60DT-59:DA59DC60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DT 34 1_555 J DA 152 1_555 I DG 35 1_555 J DC 151 1_555 0.694 0.108 3.395 4.720 4.483 34.175 -0.542 -0.401 3.443 7.543 -7.943 34.771 20 II_DT-59DG-58:DC58DA59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DG 35 1_555 J DC 151 1_555 I DC 36 1_555 J DG 150 1_555 -0.622 0.397 3.424 -2.298 0.417 35.806 0.581 0.663 3.460 0.677 3.734 35.879 21 II_DG-58DC-57:DG57DC58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DC 36 1_555 J DG 150 1_555 I DC 37 1_555 J DG 149 1_555 0.266 2.246 3.496 0.133 -8.039 44.291 3.669 -0.336 3.065 -10.559 -0.175 44.979 22 II_DC-57DC-56:DG56DG57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 I DC 37 1_555 J DG 149 1_555 I DG 38 1_555 J DC 148 1_555 -0.173 1.999 3.681 -1.189 -0.809 40.485 2.989 0.101 3.645 -1.169 1.717 40.510 23 II_DC-56DG-55:DC55DG56_JJ I -56 ? J 56 ? I -55 ? J 55 ? 1 I DG 38 1_555 J DC 148 1_555 I DA 39 1_555 J DT 147 1_555 -0.833 1.525 3.588 -3.500 -0.650 39.418 2.337 0.778 3.621 -0.961 5.175 39.572 24 II_DG-55DA-54:DT54DC55_JJ I -55 ? J 55 ? I -54 ? J 54 ? 1 I DA 39 1_555 J DT 147 1_555 I DG 40 1_555 J DC 146 1_555 -0.091 0.686 3.444 -3.778 3.315 34.054 0.610 -0.473 3.483 5.622 6.407 34.412 25 II_DA-54DG-53:DC53DT54_JJ I -54 ? J 54 ? I -53 ? J 53 ? 1 I DG 40 1_555 J DC 146 1_555 I DG 41 1_555 J DC 145 1_555 -0.208 0.032 3.347 -5.779 5.122 33.911 -0.752 -0.562 3.306 8.642 9.752 34.754 26 II_DG-53DG-52:DC52DC53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 I DG 41 1_555 J DC 145 1_555 I DC 42 1_555 J DG 144 1_555 -0.221 -0.396 3.341 -4.629 4.982 37.060 -1.271 -0.270 3.266 7.757 7.208 37.658 27 II_DG-52DC-51:DG51DC52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 I DC 42 1_555 J DG 144 1_555 I DC 43 1_555 J DG 143 1_555 -0.208 -0.564 3.409 -0.148 6.063 33.171 -1.985 0.334 3.259 10.510 0.256 33.705 28 II_DC-51DC-50:DG50DG51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? J 50 ? 1 I DC 43 1_555 J DG 143 1_555 I DG 44 1_555 J DC 142 1_555 -0.107 0.248 3.297 0.406 4.403 34.998 -0.252 0.238 3.301 7.285 -0.672 35.268 29 II_DC-50DG-49:DC49DG50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DG 44 1_555 J DC 142 1_555 I DC 45 1_555 J DG 141 1_555 0.394 0.249 3.438 4.850 2.084 37.287 0.099 0.057 3.469 3.239 -7.539 37.646 30 II_DG-49DC-48:DG48DC49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 45 1_555 J DG 141 1_555 I DT 46 1_555 J DA 140 1_555 -0.347 0.913 3.454 1.441 0.422 34.238 1.479 0.828 3.448 0.717 -2.446 34.270 31 II_DC-48DT-47:DA47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DT 46 1_555 J DA 140 1_555 I DC 47 1_555 J DG 139 1_555 0.508 1.946 3.589 1.291 -4.999 45.537 2.964 -0.533 3.381 -6.434 -1.662 45.813 32 II_DT-47DC-46:DG46DA47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DC 47 1_555 J DG 139 1_555 I DA 48 1_555 J DT 138 1_555 -0.148 1.996 3.774 -0.791 -2.490 40.229 3.215 0.113 3.652 -3.615 1.149 40.310 33 II_DC-46DA-45:DT45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DA 48 1_555 J DT 138 1_555 I DA 49 1_555 J DT 137 1_555 -0.929 0.755 3.413 -5.503 1.085 35.887 1.050 0.669 3.533 1.747 8.864 36.308 34 II_DA-45DA-44:DT44DT45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DA 49 1_555 J DT 137 1_555 I DT 50 1_555 J DA 136 1_555 -0.428 -0.329 3.359 -6.447 1.617 34.749 -0.789 -0.281 3.364 2.677 10.674 35.360 35 II_DA-44DT-43:DA43DT44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DT 50 1_555 J DA 136 1_555 I DT 51 1_555 J DA 135 1_555 0.203 -0.041 3.431 -2.909 5.791 34.975 -0.951 -0.777 3.355 9.535 4.789 35.552 36 II_DT-43DT-42:DA42DA43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? 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J 32 ? 1 I DC 61 1_555 J DG 125 1_555 I DA 62 1_555 J DT 124 1_555 0.058 0.160 3.220 -1.232 6.169 34.843 -0.635 -0.274 3.197 10.199 2.037 35.389 47 II_DC-32DA-31:DT31DG32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 62 1_555 J DT 124 1_555 I DG 63 1_555 J DC 123 1_555 0.229 -0.706 3.337 -1.579 4.805 30.789 -2.229 -0.727 3.178 8.973 2.949 31.192 48 II_DA-31DG-30:DC30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DG 63 1_555 J DC 123 1_555 I DC 64 1_555 J DG 122 1_555 -0.052 -0.438 3.442 1.922 4.631 35.818 -1.386 0.366 3.354 7.484 -3.107 36.156 49 II_DG-30DC-29:DG29DC30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DC 64 1_555 J DG 122 1_555 I DT 65 1_555 J DA 121 1_555 -0.276 -0.349 3.391 2.132 3.055 32.491 -1.163 0.870 3.321 5.437 -3.794 32.698 50 II_DC-29DT-28:DA28DG29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DT 65 1_555 J DA 121 1_555 I DC 66 1_555 J DG 120 1_555 0.719 1.066 3.506 5.060 1.828 37.751 1.379 -0.400 3.615 2.808 -7.772 38.118 51 II_DT-28DC-27:DG27DA28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 66 1_555 J DG 120 1_555 I DT 67 1_555 J DA 119 1_555 -0.873 0.617 3.489 -2.411 -5.556 35.731 1.821 1.045 3.408 -8.975 3.895 36.225 52 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 119 1_555 I DA 68 1_555 J DT 118 1_555 0.408 1.670 3.664 0.185 -1.111 41.791 2.470 -0.550 3.622 -1.557 -0.259 41.805 53 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 68 1_555 J DT 118 1_555 I DG 69 1_555 J DC 117 1_555 -0.587 0.889 3.443 -4.218 -0.067 35.845 1.445 0.314 3.485 -0.108 6.824 36.084 54 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 69 1_555 J DC 117 1_555 I DC 70 1_555 J DG 116 1_555 -0.302 -0.186 3.313 -6.316 1.860 34.832 -0.584 -0.450 3.302 3.073 10.435 35.430 55 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 70 1_555 J DG 116 1_555 I DA 71 1_555 J DT 115 1_555 -0.279 -0.555 3.329 -4.023 7.972 29.003 -2.671 -0.279 3.082 15.461 7.803 30.318 56 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 71 1_555 J DT 115 1_555 I DC 72 1_555 J DG 114 1_555 0.056 -1.096 3.435 -3.588 5.354 32.255 -2.874 -0.727 3.192 9.518 6.378 32.876 57 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 72 1_555 J DG 114 1_555 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 -0.455 -0.832 3.304 -0.438 5.083 28.623 -2.762 0.811 3.119 10.180 0.877 29.065 58 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 -0.300 -0.504 3.161 0.479 8.209 30.610 -2.358 0.634 2.926 15.207 -0.887 31.670 59 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 I DC 75 1_555 J DG 111 1_555 -0.067 -0.374 3.516 3.159 5.380 34.342 -1.493 0.622 3.401 9.019 -5.296 34.888 60 II_DG-19DC-18:DG18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DC 75 1_555 J DG 111 1_555 I DT 76 1_555 J DA 110 1_555 -0.423 -0.028 3.284 4.419 3.198 34.429 -0.531 1.376 3.191 5.360 -7.408 34.846 61 II_DC-18DT-17:DA17DG18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 76 1_555 J DA 110 1_555 I DT 77 1_555 J DA 109 1_555 1.341 0.966 3.816 9.601 -1.452 33.471 1.883 -0.460 3.994 -2.457 -16.251 34.812 62 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DT 77 1_555 J DA 109 1_555 I DA 78 1_555 J DT 108 1_555 -0.771 1.962 3.275 -5.659 -2.117 40.306 3.053 0.480 3.247 -3.052 8.157 40.738 63 II_DT-16DA-15:DT15DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? J 15 ? 1 I DA 78 1_555 J DT 108 1_555 I DA 79 1_555 J DT 107 1_555 -0.120 0.440 3.459 -4.523 -1.544 37.375 0.893 -0.434 3.429 -2.397 7.023 37.669 64 II_DA-15DA-14:DT14DT15_JJ I -15 ? J 15 ? I -14 ? J 14 ? 1 I DA 79 1_555 J DT 107 1_555 I DA 80 1_555 J DT 106 1_555 -0.311 0.106 3.495 -4.805 -0.589 38.272 0.239 -0.167 3.505 -0.894 7.294 38.565 65 II_DA-14DA-13:DT13DT14_JJ I -14 ? J 14 ? I -13 ? J 13 ? 1 I DA 80 1_555 J DT 106 1_555 I DC 81 1_555 J DG 105 1_555 -0.103 -0.290 3.337 -7.018 0.113 36.540 -0.471 -0.794 3.299 0.178 11.067 37.185 66 II_DA-13DC-12:DG12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DC 81 1_555 J DG 105 1_555 I DG 82 1_555 J DC 104 1_555 -0.141 0.276 3.383 -2.656 3.887 33.946 -0.167 -0.196 3.394 6.618 4.523 34.261 67 II_DC-12DG-11:DC11DG12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DG 82 1_555 J DC 104 1_555 I DC 83 1_555 J DG 103 1_555 0.060 -0.494 3.408 -2.002 4.871 34.664 -1.576 -0.410 3.302 8.117 3.337 35.049 68 II_DG-11DC-10:DG10DC11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DC 83 1_555 J DG 103 1_555 I DA 84 1_555 J DT 102 1_555 -0.479 -0.384 3.234 -0.960 6.846 31.032 -1.931 0.703 3.094 12.600 1.768 31.774 69 II_DC-10DA-9:DT9DG10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DA 84 1_555 J DT 102 1_555 I DC 85 1_555 J DG 101 1_555 0.368 -0.312 3.515 1.157 3.220 33.263 -1.112 -0.435 3.481 5.606 -2.014 33.433 70 II_DA-9DC-8:DG8DT9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DC 85 1_555 J DG 101 1_555 I DG 86 1_555 J DC 100 1_555 0.485 0.359 3.428 4.221 5.557 34.147 -0.302 -0.125 3.475 9.343 -7.096 34.832 71 II_DC-8DG-7:DC7DG8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? 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