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_refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 13288 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.582 ? 19192 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.234 ? 3828 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.033 ? 2193 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1426 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8G6S _struct.title 'H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G6S _struct_keywords.text 'nucleosome, ubiquitin, histone, chromatin, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 1 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 8G6S 8G6S ? 5 ? 1 6 PDB 8G6S 8G6S ? 6 ? 1 7 UNP UBB_HUMAN P0CG47 ? 7 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8G6S A 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 2 2 8G6S B 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 3 3 8G6S C 1 ? 130 ? Q6AZJ8 1 ? 130 ? 0 129 4 4 8G6S D 2 ? 123 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 5 1 8G6S E 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 6 2 8G6S F 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 7 3 8G6S G 1 ? 130 ? Q6AZJ8 1 ? 130 ? 0 129 8 4 8G6S H 2 ? 123 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 9 5 8G6S I 1 ? 145 ? 8G6S -72 ? 72 ? -72 72 10 6 8G6S J 1 ? 145 ? 8G6S -72 ? 72 ? -72 72 11 7 8G6S K 5 ? 80 ? P0CG47 1 ? 76 ? 1 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8G6S ALA A 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 1 3 8G6S CYS C 120 ? UNP Q6AZJ8 LYS 120 'engineered mutation' 119 2 4 8G6S MET D 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 3 4 8G6S THR D 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 4 5 8G6S ALA E 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 5 7 8G6S CYS G 120 ? UNP Q6AZJ8 LYS 120 'engineered mutation' 119 6 8 8G6S MET H 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 7 8 8G6S THR H 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 8 11 8G6S GLY K 1 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -3 9 11 8G6S SER K 2 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -2 10 11 8G6S HIS K 3 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -1 11 11 8G6S MET K 4 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' 0 12 11 8G6S CYS K 80 ? UNP P0CG47 GLY 76 'engineered mutation' 76 13 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'native gel electrophoresis' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 65 ? LYS A 80 ? LYS A 64 LYS A 79 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 26 ? ILE B 30 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 43 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 ARG C 18 ? GLY C 23 ? ARG C 17 GLY C 22 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 VAL C 28 ? GLY C 38 ? VAL C 27 GLY C 37 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY C 47 ? ASN C 74 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 80 ? ASP C 91 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 91 ? LEU C 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 35 ? HIS D 47 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 53 ? ASN D 82 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 88 ? LEU D 100 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO D 101 ? ALA D 122 ? PRO D 100 ALA D 121 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 THR E 46 ? SER E 58 ? THR E 45 SER E 57 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 64 ? LYS E 80 ? ARG E 63 LYS E 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 31 ? GLY F 43 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 50 ? LYS F 78 ? LEU F 49 LYS F 77 1 ? 29 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 17 ? GLY G 23 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO G 27 ? GLY G 38 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY G 47 ? ASN G 74 ? GLY G 46 ASN G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 80 ? ASP G 91 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 35 ? HIS H 47 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 53 ? ASN H 82 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 88 ? LEU H 100 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO H 101 ? ALA H 122 ? PRO H 100 ALA H 121 1 ? 22 HELX_P HELX_P35 AD8 THR K 26 ? GLY K 39 ? THR K 22 GLY K 35 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO K 41 ? ASP K 43 ? PRO K 37 ASP K 39 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 THR K 59 ? ASN K 64 ? THR K 55 ASN K 60 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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