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W N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP HOLA_ECOLI P28630 ? 1 ;MIRLYPEQLRAQLNEGLRAAYLLLGNDPLLLQESQDAVRQVAAAQGFEEHHTFSIDPNTDWNAIFSLCQAMSLFASRQTL LLLLPENGPNAAINEQLLTLTGLLHDDLLLIVRGNKLSKAQENAAWFTALANRSVQVTCQTPEQAQLPRWVAARAKQLNL ELDDAANQVLCYCYEGNLLALAQALERLSLLWPDGKLTLPRVEQAVNDAAHFTPFHWVDALLMGKSKRALHILQQLRLEG SEPVILLRTLQRELLLLVNLKRQSAHTPLRALFDKHRVWQNRRGMMGEALNRLSQTQLRQAVQLLTRTELTLKQDYGQSV WAELEGLSLLLCHKPLADVFIDG ; 1 2 UNP DPO3X_ECOLI P06710 ? 2 ;MSYQVLARKWRPQTFADVVGQEHVLTALANGLSLGRIHHAYLFSGTRGVGKTSIARLLAKGLNCETGITATPCGVCDNCR EIEQGRFVDLIEIDAASRTKVEDTRDLLDNVQYAPARGRFKVYLIDEVHMLSRHSFNALLKTLEEPPEHVKFLLATTDPQ KLPVTILSRCLQFHLKALDVEQIRHQLEHILNEEHIAHEPRALQLLARAAEGSLRDALSLTDQAIASGDGQVSTQAVSAM LGTLDDDQALSLVEAMVEANGERVMALINEAAARGIEWEALLVEMLGLLHRIAMVQLSPAALGNDMAAIELRMRELARTI PPTDIQLYYQTLLIGRKELPYAPDRRMGVEMTLLRALAFHPRMPLPEPEVPRQSFAPVAPTAVMTPTQVPPQPQSAPQQA PTVPLPETTSQVLAARQQLQRVQGATKAKKSEPAAATRARPVNNAALERLASVTDRVQARPVPSALEKAPAKKEAYRWKA TTPVMQQKEVVATPKALKKALEHEKTPELAAKLAAEAIERDPWAAQVSQLSLPKLVEQVALNAWKEESDNAVCLHLRSSQ RHLNNRGAQQKLAEALSMLKGSTVELTIVEDDNPAVRTPLEWRQAIYEEKLAQARESIIADNNIQTLRRFFDAELDEESI RPI ; 1 3 UNP HOLB_ECOLI P28631 ? 3 ;MRWYPWLRPDFEKLVASYQAGRGHHALLIQALPGMGDDALIYALSRYLLCQQPQGHKSCGHCRGCQLMQAGTHPDYYTLA PEKGKNTLGVDAVREVTEKLNEHARLGGAKVVWVTDAALLTDAAANALLKTLEEPPAETWFFLATREPERLLATLRSRCR LHYLAPPPEQYAVTWLSREVTMSQDALLAALRLSAGSPGAALALFQGDNWQARETLCQALAYSVPSGDWYSLLAALNHEQ APARLHWLATLLMDALKRHHGAAQVTNVDVPGLVAELANHLSPSRLQAILGDVCHIREQLMSVTGINRELLITDLLLRIE HYLQPGVVLPVPHL ; 1 4 UNP HOLD_ECOLI P28632 ? 4 ;MTSRRDWQLQQLGITQWSLRRPGALQGEIAIAIPAHVRLVMVANDLPALTDPLVSDVLRALTVSPDQVLQLTPEKIAMLP QGSHCNSWRLGTDEPLSLEGAQVASPALTDLRANPTARAALWQQICTYEHDFFPRND ; 1 5 UNP DPO3B_ECOLI P0A988 ? 5 ;MKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICR GLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLF ETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGR FPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAILSNEKFRGVRLYVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFN VSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRL ; 1 6 PDB 8GJ1 8GJ1 ? 6 ? 1 7 PDB 8GJ1 8GJ1 ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8GJ1 A 1 ? 343 ? 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ALA A 265 THR A 267 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 PRO A 268 ? ARG A 277 ? PRO A 268 ARG A 277 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 TRP A 279 ? LEU A 293 ? TRP A 279 LEU A 293 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG A 299 ? GLN A 314 ? ARG A 299 GLN A 314 1 ? 16 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 319 ? CYS A 332 ? SER A 319 CYS A 332 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 VAL B 5 ? TRP B 10 ? VAL B 5 TRP B 10 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN B 21 ? GLY B 35 ? GLN B 21 GLY B 35 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY B 50 ? ASN B 63 ? GLY B 50 ASN B 63 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 CYS B 76 ? GLY B 85 ? CYS B 76 GLY B 85 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS B 100 ? ASN B 110 ? LYS B 100 ASN B 110 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 AC7 VAL B 111 ? TYR B 113 ? VAL B 111 TYR B 113 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 VAL B 128 ? LEU B 131 ? VAL B 128 LEU B 131 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 AC9 SER B 132 ? GLU B 144 ? SER B 132 GLU B 144 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP B 158 ? LEU B 162 ? ASP B 158 LEU B 162 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO B 163 ? ARG B 169 ? PRO B 163 ARG B 169 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 179 ? HIS B 195 ? ASP B 179 HIS B 195 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 AD4 GLU B 199 ? GLU B 211 ? GLU B 199 GLU B 211 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER B 213 ? GLY B 228 ? SER B 213 GLY B 228 1 ? 16 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 233 ? ASP B 245 ? SER B 233 ASP B 245 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP B 247 ? GLU B 258 ? ASP B 247 GLU B 258 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY B 261 ? ARG B 274 ? GLY B 261 ARG B 274 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 GLU B 277 ? SER B 298 ? GLU B 277 SER B 298 1 ? 22 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO B 299 ? LEU B 302 ? PRO B 299 LEU B 302 5 ? 4 HELX_P HELX_P38 AE2 ILE B 309 ? ILE B 320 ? ILE B 309 ILE B 320 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO B 321 ? LEU B 339 ? PRO B 321 LEU B 339 1 ? 19 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO B 340 ? ALA B 342 ? PRO B 340 ALA B 342 5 ? 3 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP B 344 ? PHE B 359 ? ASP B 344 PHE B 359 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 VAL C 5 ? TRP C 10 ? VAL C 5 TRP C 10 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 GLN C 21 ? GLY C 35 ? 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N N 314 GLU OE2 HE2 sing N N 315 GLU OXT HXT sing N N 316 GLY N CA sing N N 317 GLY N H sing N N 318 GLY N H2 sing N N 319 GLY CA C sing N N 320 GLY CA HA2 sing N N 321 GLY CA HA3 sing N N 322 GLY C O doub N N 323 GLY C OXT sing N N 324 GLY OXT HXT sing N N 325 HIS N CA sing N N 326 HIS N H sing N N 327 HIS N H2 sing N N 328 HIS CA C sing N N 329 HIS CA CB sing N N 330 HIS CA HA sing N N 331 HIS C O doub N N 332 HIS C OXT sing N N 333 HIS CB CG sing N N 334 HIS CB HB2 sing N N 335 HIS CB HB3 sing N N 336 HIS CG ND1 sing Y N 337 HIS CG CD2 doub Y N 338 HIS ND1 CE1 doub Y N 339 HIS ND1 HD1 sing N N 340 HIS CD2 NE2 sing Y N 341 HIS CD2 HD2 sing N N 342 HIS CE1 NE2 sing Y N 343 HIS CE1 HE1 sing N N 344 HIS NE2 HE2 sing N N 345 HIS OXT HXT sing N N 346 ILE N CA sing N N 347 ILE N H sing N N 348 ILE N H2 sing N N 349 ILE CA C sing N N 350 ILE CA CB sing N N 351 ILE CA HA sing N N 352 ILE C O doub N N 353 ILE C OXT sing N N 354 ILE CB CG1 sing N N 355 ILE CB CG2 sing N N 356 ILE CB HB sing N 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sing N N 569 VAL OXT HXT sing N N 570 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 30 mM ? 1 tris-HCl 1 3 mM MgCl2 2 'Magnesium Chloride' 1 2 mM ? 3 dithiothreitol 1 0.25 mM ? 4 EDTA 1 2 % ? 5 glycerol 1 2 mM ? 6 'Adenosine disphosphate' 1 0.5 mM AlCl3 7 'Aluminium Chloride' 1 5 mM NaF 8 'Sodium Fluoride' # _em_ctf_correction.details 'CTF refinement per-particle was performed in RELION before final 3D reconstruction.' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.419 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain K-12 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain BL21 # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 6 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;30 microL of 6.0 microM delta/tau3/delta' complex was mixed with chi/psi complex, beta, and p/t DNA (annealed DNA oligonucleotides) at a molar ratio of 1:1.3 and dialysed at 4 degrees C against 250 mL of 30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8GJ1 'double helix' 8GJ1 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DG 1 1_555 J DC 68 1_555 0.350 -0.170 -0.227 1.928 -1.890 1.525 1 X_DG1:DC68_Y X 1 ? 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