data_8HAM # _entry.id 8HAM # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.373 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8HAM pdb_00008ham 10.2210/pdb8ham/pdb WWPDB D_1300033161 ? ? EMDB EMD-34596 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 2' _pdbx_database_related.db_id EMD-34596 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8HAM _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Kikuchi, M.' 1 0000-0001-5651-1182 'Morita, S.' 2 ? 'Wakamori, M.' 3 ? 'Shin, S.' 4 ? 'Uchikubo-Kamo, T.' 5 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Kikuchi, M.' 1 0000-0001-5651-1182 primary 'Morita, S.' 2 ? primary 'Wakamori, M.' 3 ? primary 'Sato, S.' 4 ? primary 'Uchikubo-Kamo, T.' 5 ? primary 'Suzuki, T.' 6 ? primary 'Dohmae, N.' 7 0000-0002-5242-9410 primary 'Shirouzu, M.' 8 0000-0002-7997-2149 primary 'Umehara, T.' 9 0000-0003-3464-2960 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8HAM _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? 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;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCGTCCGTTACCGCCATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATG TTCAGCTGAATTCAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATT GATGGCGGTAACGGACGGAT ; I,J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;GSSGSSGIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKNPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDD VWLMFNNAWLYNRKTSRVYKFCSKLAEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKYEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDAAYYSYQNRYHF CEKCFTEIQGENVTLGDDPSQPQTTISKDQFEKKKNDTLDPEPFVDCKECGRKMHQICVLHYDIIWPSGFVCDNCLKKTG 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n 6 773 LYS n 6 774 LEU n 6 775 ARG n 6 776 GLN n 6 777 GLN n 6 778 GLN n 6 779 ILE n 6 780 GLN n 6 781 HIS n 6 782 ARG n 6 783 LEU n 6 784 GLN n 6 785 GLN n 6 786 ALA n 6 787 GLN n 6 788 LEU n 6 789 MET n 6 790 ARG n 6 791 ARG n 6 792 ARG n 6 793 MET n 6 794 ALA n 6 795 THR n 6 796 MET n 6 797 ASN n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 135 human ? ;H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 102 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 129 human ? 'H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 125 human ? 'H2BC11, H2BFR, HIST1H2BJ' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 180 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 797 human ? 'CREBBP, CBP' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 PDB 8HAM 8HAM ? 2 ? 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 2 5 PDB 8HAM 8HAM ? 5 ? 1 6 UNP CBP_HUMAN Q92793 ? 6 ;IFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKNPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDVWLMFNN AWLYNRKTSRVYKFCSKLAEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKYEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDAAYYSYQNRYHFCEKCFTE IQGENVTLGDDPSQPQTTISKDQFEKKKNDTLDPEPFVDCKECGRKMHQICVLHYDIIWPSGFVCDNCLKKTGRPRKENK FSAKRLQTTRLGNHLEDRVNKFLRRQNHPEAGEVFVRVVASSDKTVEVKPGMKSRFVDSGEMSESFPYRTKALFAFEEID GVDVCFFGMHVQEYGSDCPPPNTRRVYISYLDSIHFFRPRCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYVTGHIWACPPSEGDDYI FHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAFAERIIHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEER KKEESTAASETTEGSQGDSKNAKKKNNKKTNKNKSSISRANKKKPSMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIHLHAGPVI NTLPPIVDPDPLLSCDLMDGRDAFLTLARDKHWEFSSLRRSKWSTLCMLVELHTQGQDRFVYTCNECKHHVETRWHCTVC EDYDLCINCYNTKSHAHKMVKWGLGLDDEGSSQGEPQSKSPQESRRLSIQRCIQSLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQ HTKGCKRKTNGGCPVCKQLIALCCYHAKHCQENKCPVPFCLNIKHKLRQQQIQHRLQQAQLMRRRMATMN ; 1084 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8HAM A 1 ? 135 ? 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UNP Q92793 ? ? 'expression tag' 1078 2 11 8HAM SER K 3 ? UNP Q92793 ? ? 'expression tag' 1079 3 11 8HAM GLY K 4 ? UNP Q92793 ? ? 'expression tag' 1080 4 11 8HAM SER K 5 ? UNP Q92793 ? ? 'expression tag' 1081 5 11 8HAM SER K 6 ? UNP Q92793 ? ? 'expression tag' 1082 6 11 8HAM GLY K 7 ? UNP Q92793 ? ? 'expression tag' 1083 7 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ALY 'L-peptide linking' n 'N(6)-ACETYLLYSINE' ? 'C8 H16 N2 O3' 188.224 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 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'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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