data_8SIY # _entry.id 8SIY # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.381 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8SIY pdb_00008siy 10.2210/pdb8siy/pdb WWPDB D_1000273797 ? ? EMDB EMD-40522 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 8SIU unspecified EMDB 'Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome' EMD-40522 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8SIY _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-04-17 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Bleichert, F.' 1 0000-0003-0014-770X 'Ekundayo, B.E.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Embo J.' _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.journal_id_ISSN 1460-2075 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 42 _citation.language ? _citation.page_first e114654 _citation.page_last e114654 _citation.title 'A dual role for the chromatin reader ORCA/LRWD1 in targeting the origin recognition complex to chromatin.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.15252/embj.2023114654 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37551430 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sahu, S.' 1 ? primary 'Ekundayo, B.E.' 2 0000-0002-0928-4682 primary 'Kumar, A.' 3 0000-0003-4993-8852 primary 'Bleichert, F.' 4 0000-0003-0014-770X # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8SIY _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8SIY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1' 71651.547 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H4' 11323.350 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2A' 13962.241 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H2B' 13524.752 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Widom 601 DNA' 46998.945 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Widom 601 DNA' 47457.234 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Origin recognition complex subunit 2' 11570.101 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Origin recognition complex-associated protein' 2 'Histone H3' 4 'Histone H2A type 1' 5 H2B1.1 # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;SNAMAPLTPQLLLQRGRPKTDRLGKIQSLNLSGLELLSEHLDPNLLGRLKKLKELDLSNNLLETLPANLGLSHLRILRCT NNQLGDVTTLHQFPELEELSLEGNPFLTVSDNLKVSFLLPKLRKVNGKDTASTCSQVESLDRELTNRVTALWQKFIATVN PEEEANKVQADFMRSAVRDVRYGPESLFEFTQWRVRMIAEELVASGGAQAHEANASVEHPQAAVGSKLRARKVTKRPDDD EISLPPTKRVRASPPAQTEDSPMDAAGGQAALHLEPLHFLQCHSRNNSPKDLETQLWACAFEPAREEGHSGATSQTVATC GGEAVCVIDCQTGLVLHKYKVPGEEFFSVAWTALTVATQAGHKKRWNMLAAAGLRGMVRLLHVRAGFCCSVIRAHKKAIA TLCFSPTHETHLFTASYDKRIILWDIGVPNHDYKFQASQLLTLNCSSVPLRLCPVATCPDSFLLAGCEGGCGCWDVRLDQ PQKQRVCEVNFVFSGDSEVSGQRVDGLAFVNEDVVASKGSGQGTIYLWSWSQTWASRGSQSVLPVVILAQLQWSPTSLAY FSLSTCPDKNLVLCGDEEGSVWIYDVEHLLKQPPPLETTLQPPTQILKWPQPVALGQPVTKTMVNTVVANAAFTYLTALT DSNIVSIWKTC ; ;SNAMAPLTPQLLLQRGRPKTDRLGKIQSLNLSGLELLSEHLDPNLLGRLKKLKELDLSNNLLETLPANLGLSHLRILRCT NNQLGDVTTLHQFPELEELSLEGNPFLTVSDNLKVSFLLPKLRKVNGKDTASTCSQVESLDRELTNRVTALWQKFIATVN PEEEANKVQADFMRSAVRDVRYGPESLFEFTQWRVRMIAEELVASGGAQAHEANASVEHPQAAVGSKLRARKVTKRPDDD EISLPPTKRVRASPPAQTEDSPMDAAGGQAALHLEPLHFLQCHSRNNSPKDLETQLWACAFEPAREEGHSGATSQTVATC GGEAVCVIDCQTGLVLHKYKVPGEEFFSVAWTALTVATQAGHKKRWNMLAAAGLRGMVRLLHVRAGFCCSVIRAHKKAIA TLCFSPTHETHLFTASYDKRIILWDIGVPNHDYKFQASQLLTLNCSSVPLRLCPVATCPDSFLLAGCEGGCGCWDVRLDQ PQKQRVCEVNFVFSGDSEVSGQRVDGLAFVNEDVVASKGSGQGTIYLWSWSQTWASRGSQSVLPVVILAQLQWSPTSLAY FSLSTCPDKNLVLCGDEEGSVWIYDVEHLLKQPPPLETTLQPPTQILKWPQPVALGQPVTKTMVNTVVANAAFTYLTALT DSNIVSIWKTC ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; C,G ? 3 'polypeptide(L)' no yes ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHR(ML3)VLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; D,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; E,I ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; F,J ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT ; K ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGAT ; L ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SNAMSTLRLKEAKVPSVQFVGDDDVLSHILDREGGTKLKKEKVQLLVNPQKVIKKAECELEKSDLEVLEDQNYVEVLGRN IQESLGNGSAVDGRNKVYSFQHR ; ;SNAMSTLRLKEAKVPSVQFVGDDDVLSHILDREGGTKLKKEKVQLLVNPQKVIKKAECELEKSDLEVLEDQNYVEVLGRN IQESLGNGSAVDGRNKVYSFQHR ; B ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 ASN n 1 3 ALA n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 PRO n 1 7 LEU n 1 8 THR n 1 9 PRO n 1 10 GLN n 1 11 LEU 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GLU n 1 103 GLY n 1 104 ASN n 1 105 PRO n 1 106 PHE n 1 107 LEU n 1 108 THR n 1 109 VAL n 1 110 SER n 1 111 ASP n 1 112 ASN n 1 113 LEU n 1 114 LYS n 1 115 VAL n 1 116 SER n 1 117 PHE n 1 118 LEU n 1 119 LEU n 1 120 PRO n 1 121 LYS n 1 122 LEU n 1 123 ARG n 1 124 LYS n 1 125 VAL n 1 126 ASN n 1 127 GLY n 1 128 LYS n 1 129 ASP n 1 130 THR n 1 131 ALA n 1 132 SER n 1 133 THR n 1 134 CYS n 1 135 SER n 1 136 GLN n 1 137 VAL n 1 138 GLU n 1 139 SER n 1 140 LEU n 1 141 ASP n 1 142 ARG n 1 143 GLU n 1 144 LEU n 1 145 THR n 1 146 ASN n 1 147 ARG n 1 148 VAL n 1 149 THR n 1 150 ALA n 1 151 LEU n 1 152 TRP n 1 153 GLN n 1 154 LYS n 1 155 PHE n 1 156 ILE n 1 157 ALA n 1 158 THR n 1 159 VAL n 1 160 ASN n 1 161 PRO n 1 162 GLU n 1 163 GLU n 1 164 GLU n 1 165 ALA n 1 166 ASN n 1 167 LYS n 1 168 VAL n 1 169 GLN n 1 170 ALA n 1 171 ASP n 1 172 PHE n 1 173 MET n 1 174 ARG n 1 175 SER n 1 176 ALA n 1 177 VAL n 1 178 ARG n 1 179 ASP n 1 180 VAL n 1 181 ARG n 1 182 TYR n 1 183 GLY n 1 184 PRO n 1 185 GLU n 1 186 SER n 1 187 LEU n 1 188 PHE n 1 189 GLU n 1 190 PHE n 1 191 THR n 1 192 GLN n 1 193 TRP n 1 194 ARG n 1 195 VAL n 1 196 ARG n 1 197 MET n 1 198 ILE n 1 199 ALA n 1 200 GLU n 1 201 GLU n 1 202 LEU n 1 203 VAL n 1 204 ALA n 1 205 SER n 1 206 GLY n 1 207 GLY n 1 208 ALA n 1 209 GLN n 1 210 ALA n 1 211 HIS n 1 212 GLU n 1 213 ALA n 1 214 ASN n 1 215 ALA n 1 216 SER n 1 217 VAL n 1 218 GLU n 1 219 HIS n 1 220 PRO n 1 221 GLN n 1 222 ALA n 1 223 ALA n 1 224 VAL n 1 225 GLY n 1 226 SER n 1 227 LYS n 1 228 LEU n 1 229 ARG n 1 230 ALA n 1 231 ARG n 1 232 LYS n 1 233 VAL n 1 234 THR n 1 235 LYS n 1 236 ARG n 1 237 PRO n 1 238 ASP n 1 239 ASP n 1 240 ASP n 1 241 GLU n 1 242 ILE n 1 243 SER n 1 244 LEU n 1 245 PRO n 1 246 PRO n 1 247 THR n 1 248 LYS n 1 249 ARG n 1 250 VAL n 1 251 ARG n 1 252 ALA n 1 253 SER n 1 254 PRO n 1 255 PRO n 1 256 ALA n 1 257 GLN n 1 258 THR n 1 259 GLU n 1 260 ASP n 1 261 SER n 1 262 PRO n 1 263 MET n 1 264 ASP n 1 265 ALA n 1 266 ALA n 1 267 GLY n 1 268 GLY n 1 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'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A140UHX1_RAT A0A140UHX1 ? 1 ;MAPLTPQLLLQRGRPKTDRLGKIQSLNLSGLELLSEHLDPNLLGRLKKLKELDLSNNLLETLPANLGLSHLRILRCTNNQ LGDVTTLHQFPELEELSLEGNPFLTVSDNLKVSFLLPKLRKVNGKDTASTCSQVESLDRELTNRVTALWQKFIATVNPEE EANKVQADFMRSAVRDVRYGPESLFEFTQWRVRMIAEELVASGGAQAHEANASVEHPQAAVGSKLRARKVTKRPDDDEIS LPPTKRVRASPPAQTEDSPMDAAGGQAALHLEPLHFLQCHSRNNSPKDLETQLWACAFEPAREEGHSGATSQTVATCGGE AVCVIDCQTGLVLHKYKVPGEEFFSVAWTALTVATQAGHKKRWNMLAAAGLRGMVRLLHVRAGFCCSVIRAHKKAIATLC FSPTHETHLFTASYDKRIILWDIGVPNHDYKFQASQLLTLNCSSVPLRLCPVATCPDSFLLAGCEGGCGCWDVRLDQPQK QRVCEVNFVFSGDSEVSGQRVDGLAFVNEDVVASKGSGQGTIYLWSWSQTWASRGSQSVLPVVILAQLQWSPTSLAYFSL STCPDKNLVLCGDEEGSVWIYDVEHLLKQPPPLETTLQPPTQILKWPQPVALGQPVTKTMVNTVVANAAFTYLTALTDSN IVSIWKTC ; 1 2 UNP H32_XENLA P84233 ? 2 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 3 UNP A0A8J1LTD2_XENLA A0A8J1LTD2 ? 3 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 15 4 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 4 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 5 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 5 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 6 PDB 8SIY 8SIY ? 6 ? 1 7 PDB 8SIY 8SIY ? 7 ? 1 8 UNP ORC2_RAT Q75PQ8 ? 8 ;MSTLRLKEAKVPSVQFVGDDDVLSHILDREGGTKLKKEKVQLLVNPQKVIKKAECELEKSDLEVLEDQNYVEVLGRNIQE SLGNGSAVDGRNKVYSFQHR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8SIY A 4 ? 651 ? 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J . n J 6 1 DA 1 -76 ? ? ? 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