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EMDB EMD-41109 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1' _pdbx_database_related.db_id EMD-41109 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8T9F _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Abini-Agbomson, S.' 1 ? 'Armache, K.-J.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 83 _citation.language ? _citation.page_first 2872 _citation.page_last 2883.e7 _citation.title 'Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2023.07.020 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37595555 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Abini-Agbomson, S.' 1 ? primary 'Gretarsson, K.' 2 ? primary 'Shih, R.M.' 3 ? primary 'Hsieh, L.' 4 ? primary 'Lou, T.' 5 ? primary 'De Ioannes, P.' 6 ? primary 'Vasilyev, N.' 7 ? primary 'Lee, R.' 8 ? primary 'Wang, M.' 9 ? primary 'Simon, M.D.' 10 ? primary 'Armache, J.P.' 11 ? primary 'Nudler, E.' 12 ? primary 'Narlikar, G.' 13 ? primary 'Liu, S.' 14 ? primary 'Lu, C.' 15 ? primary 'Armache, K.J.' 16 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8T9F _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? 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MLLRHGENDFSVMYSTRKNCAQLWLGPAAFINHDCRPNCKFVSTGRDTACVKALRDIEPGEEISCYYGDGFFGENNEFCE CYTCERRGTGAFKSRVGLPAPAPVINSKYGLRETDKRLNRLKKLGDSSKNSDSQSVSSNTDADTTQEKNNASK ; ;MKWLGESKNMVVNGRRNGGKLSNDHQQNQSKLQHTGKDTLKAGKNAVERRSNRCNGNSGFEGQSRYVPSSGMSAKELCEN DDLATSLVLDPYLGFQTHKMNTSAFPSRSSRHFSKSDSFSHNNPVRFRPIKGRQEELKEVIERFKKDEHLEKAFKCLTSG EWARHYFLNKNKMQEKLFKEHVFIYLRMFATDSGFEILPCNRYSSEQNGAKIVATKEWKRNDKIELLVGCIAELSEIEEN MLLRHGENDFSVMYSTRKNCAQLWLGPAAFINHDCRPNCKFVSTGRDTACVKALRDIEPGEEISCYYGDGFFGENNEFCE CYTCERRGTGAFKSRVGLPAPAPVINSKYGLRETDKRLNRLKKLGDSSKNSDSQSVSSNTDADTTQEKNNASK ; K ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;TCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGATTCTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 3 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGAGAATCCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGA ; J ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRMVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRMVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 5 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVK RITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; ;MAGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVK RITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; G,C ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; H,D ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LYS n 1 3 TRP n 1 4 LEU n 1 5 GLY n 1 6 GLU n 1 7 SER n 1 8 LYS n 1 9 ASN n 1 10 MET n 1 11 VAL n 1 12 VAL n 1 13 ASN n 1 14 GLY n 1 15 ARG n 1 16 ARG n 1 17 ASN n 1 18 GLY n 1 19 GLY n 1 20 LYS n 1 21 LEU n 1 22 SER n 1 23 ASN n 1 24 ASP n 1 25 HIS n 1 26 GLN n 1 27 GLN n 1 28 ASN n 1 29 GLN n 1 30 SER n 1 31 LYS n 1 32 LEU n 1 33 GLN n 1 34 HIS n 1 35 THR n 1 36 GLY n 1 37 LYS n 1 38 ASP n 1 39 THR n 1 40 LEU n 1 41 LYS n 1 42 ALA n 1 43 GLY n 1 44 LYS n 1 45 ASN n 1 46 ALA n 1 47 VAL n 1 48 GLU n 1 49 ARG n 1 50 ARG n 1 51 SER n 1 52 ASN n 1 53 ARG n 1 54 CYS n 1 55 ASN n 1 56 GLY n 1 57 ASN n 1 58 SER n 1 59 GLY n 1 60 PHE n 1 61 GLU n 1 62 GLY n 1 63 GLN n 1 64 SER n 1 65 ARG n 1 66 TYR n 1 67 VAL n 1 68 PRO n 1 69 SER n 1 70 SER n 1 71 GLY n 1 72 MET n 1 73 SER n 1 74 ALA n 1 75 LYS n 1 76 GLU n 1 77 LEU n 1 78 CYS n 1 79 GLU n 1 80 ASN n 1 81 ASP n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ALA n 1 85 THR n 1 86 SER n 1 87 LEU n 1 88 VAL n 1 89 LEU n 1 90 ASP n 1 91 PRO n 1 92 TYR n 1 93 LEU n 1 94 GLY n 1 95 PHE n 1 96 GLN n 1 97 THR n 1 98 HIS n 1 99 LYS n 1 100 MET n 1 101 ASN n 1 102 THR n 1 103 SER n 1 104 ALA n 1 105 PHE n 1 106 PRO n 1 107 SER n 1 108 ARG n 1 109 SER n 1 110 SER n 1 111 ARG n 1 112 HIS n 1 113 PHE n 1 114 SER n 1 115 LYS n 1 116 SER n 1 117 ASP n 1 118 SER n 1 119 PHE n 1 120 SER n 1 121 HIS n 1 122 ASN n 1 123 ASN n 1 124 PRO n 1 125 VAL n 1 126 ARG n 1 127 PHE n 1 128 ARG n 1 129 PRO n 1 130 ILE n 1 131 LYS n 1 132 GLY n 1 133 ARG n 1 134 GLN n 1 135 GLU n 1 136 GLU n 1 137 LEU n 1 138 LYS n 1 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ASP n 1 223 LYS n 1 224 ILE n 1 225 GLU n 1 226 LEU n 1 227 LEU n 1 228 VAL n 1 229 GLY n 1 230 CYS n 1 231 ILE n 1 232 ALA n 1 233 GLU n 1 234 LEU n 1 235 SER n 1 236 GLU n 1 237 ILE n 1 238 GLU n 1 239 GLU n 1 240 ASN n 1 241 MET n 1 242 LEU n 1 243 LEU n 1 244 ARG n 1 245 HIS n 1 246 GLY n 1 247 GLU n 1 248 ASN n 1 249 ASP n 1 250 PHE n 1 251 SER n 1 252 VAL n 1 253 MET n 1 254 TYR n 1 255 SER n 1 256 THR n 1 257 ARG n 1 258 LYS n 1 259 ASN n 1 260 CYS n 1 261 ALA n 1 262 GLN n 1 263 LEU n 1 264 TRP n 1 265 LEU n 1 266 GLY n 1 267 PRO n 1 268 ALA n 1 269 ALA n 1 270 PHE n 1 271 ILE n 1 272 ASN n 1 273 HIS n 1 274 ASP n 1 275 CYS n 1 276 ARG n 1 277 PRO n 1 278 ASN n 1 279 CYS n 1 280 LYS n 1 281 PHE n 1 282 VAL n 1 283 SER n 1 284 THR n 1 285 GLY n 1 286 ARG n 1 287 ASP n 1 288 THR n 1 289 ALA n 1 290 CYS n 1 291 VAL n 1 292 LYS n 1 293 ALA n 1 294 LEU n 1 295 ARG n 1 296 ASP n 1 297 ILE n 1 298 GLU n 1 299 PRO n 1 300 GLY n 1 301 GLU n 1 302 GLU n 1 303 ILE n 1 304 SER n 1 305 CYS 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'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; 866768 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 2 1 sample 1 146 ? ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; 866768 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 146 ? ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; 866768 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP KMT5B_HUMAN Q4FZB7 Q4FZB7-2 1 ;MKWLGESKNMVVNGRRNGGKLSNDHQQNQSKLQHTGKDTLKAGKNAVERRSNRCNGNSGFEGQSRYVPSSGMSAKELCEN DDLATSLVLDPYLGFQTHKMNTSAFPSRSSRHFSKSDSFSHNNPVRFRPIKGRQEELKEVIERFKKDEHLEKAFKCLTSG EWARHYFLNKNKMQEKLFKEHVFIYLRMFATDSGFEILPCNRYSSEQNGAKIVATKEWKRNDKIELLVGCIAELSEIEEN MLLRHGENDFSVMYSTRKNCAQLWLGPAAFINHDCRPNCKFVSTGRDTACVKALRDIEPGEEISCYYGDGFFGENNEFCE CYTCERRGTGAFKSRVGLPAPAPVINSKYGLRETDKRLNRLKKLGDSSKNSDSQSVSSNTDADTTQEKNNASK ; 1 2 PDB 8T9F 8T9F ? 2 ? 1 3 PDB 8T9F 8T9F ? 3 ? 1 4 UNP A0A8J1LTD2_XENLA A0A8J1LTD2 ? 4 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 14 5 UNP H32_XENLA P84233 ? 5 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 6 UNP H2AZ_HUMAN P0C0S5 ? 6 ;MAGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVK RITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; 1 7 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 7 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8T9F K 1 ? 393 ? 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'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAM non-polymer . S-ADENOSYLMETHIONINE ? 'C15 H22 N6 O5 S' 398.437 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8T9F _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8T9F _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 13868 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.551 ? 19752 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 25.371 ? 5577 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 2237 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1660 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8T9F _struct.title 'Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8T9F _struct_keywords.text 'Chromatin, Histone H4 modification, Methyltransferase, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 4 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? 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J 146 ? I 3 ? J 145 ? 1 B DC 2 1_555 C DG 145 1_555 B DG 3 1_555 C DC 144 1_555 0.197 -0.344 3.510 -0.199 3.627 21.264 -2.466 -0.612 3.402 9.737 0.535 21.568 2 II_DC3DG4:DC144DG145_JJ I 3 ? J 145 ? I 4 ? J 144 ? 1 B DG 3 1_555 C DC 144 1_555 B DA 4 1_555 C DT 143 1_555 -0.420 -1.159 3.488 -2.465 3.123 39.877 -2.069 0.315 3.411 4.564 3.604 40.067 3 II_DG4DA5:DT143DC144_JJ I 4 ? J 144 ? I 5 ? J 143 ? 1 B DA 4 1_555 C DT 143 1_555 B DG 5 1_555 C DC 142 1_555 -1.159 -0.956 3.386 -3.267 3.968 30.116 -2.630 1.529 3.339 7.566 6.230 30.541 4 II_DA5DG6:DC142DT143_JJ I 5 ? J 143 ? I 6 ? J 142 ? 1 B DG 5 1_555 C DC 142 1_555 B DA 6 1_555 C DT 141 1_555 0.979 -0.074 3.866 7.605 29.414 29.633 -3.830 -0.397 2.868 45.229 -11.693 42.194 5 II_DG6DA7:DT141DC142_JJ I 6 ? J 142 ? I 7 ? J 141 ? 1 B DA 6 1_555 C DT 141 1_555 B DA 7 1_555 C DT 140 1_555 -1.469 2.627 2.950 -8.221 5.183 46.546 2.851 1.173 3.405 6.476 10.272 47.494 6 II_DA7DA8:DT140DT141_JJ I 7 ? J 141 ? I 8 ? J 140 ? 1 B DA 7 1_555 C DT 140 1_555 B DT 8 1_555 C DA 139 1_555 0.093 1.755 3.765 -5.911 1.780 31.645 2.792 -1.393 3.776 3.225 10.713 32.226 7 II_DA8DT9:DA139DT140_JJ I 8 ? J 140 ? I 9 ? J 139 ? 1 B DT 8 1_555 C DA 139 1_555 B DC 9 1_555 C DG 138 1_555 -1.197 1.176 3.797 -13.579 2.044 38.523 1.409 -0.131 4.033 2.985 19.830 40.810 8 II_DT9DC10:DG138DA139_JJ I 9 ? J 139 ? I 10 ? J 138 ? 1 B DC 9 1_555 C DG 138 1_555 B DC 10 1_555 C DG 137 1_555 1.341 -0.167 3.235 -4.337 14.621 36.667 -1.893 -2.467 2.802 22.104 6.556 39.611 9 II_DC10DC11:DG137DG138_JJ I 10 ? J 138 ? I 11 ? J 137 ? 1 B DC 10 1_555 C DG 137 1_555 B DC 11 1_555 C DG 136 1_555 0.186 -1.284 3.161 -1.096 12.728 30.686 -4.155 -0.489 2.442 22.848 1.967 33.180 10 II_DC11DC12:DG136DG137_JJ I 11 ? J 137 ? I 12 ? J 136 ? 1 B DC 11 1_555 C DG 136 1_555 B DG 12 1_555 C DC 135 1_555 1.801 0.008 3.209 4.619 16.247 33.542 -2.169 -2.186 3.104 26.191 -7.446 37.445 11 II_DC12DG13:DC135DG136_JJ I 12 ? J 136 ? I 13 ? 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