data_8U11 # _entry.id 8U11 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.382 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8U11 pdb_00008u11 10.2210/pdb8u11/pdb WWPDB D_1000277040 ? ? EMDB EMD-41792 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution' EMD-41792 'associated EM volume' EMDB 'In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution' EMD-41791 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8U11 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-08-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Iglesias, S.' 1 0000-0003-0235-5510 'Feng-Hou, C.' 2 0000-0002-1820-9588 'Cingolani, G.' 3 0000-0002-9206-9640 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev J.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM JMOBAK _citation.journal_id_CSD 0070 _citation.journal_id_ISSN 1089-8638 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 435 _citation.language ? _citation.page_first 168365 _citation.page_last 168365 _citation.title 'Molecular Architecture of Salmonella Typhimurium Virus P22 Genome Ejection Machinery.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.jmb.2023.168365 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37952769 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Iglesias, S.M.' 1 ? primary 'Lokareddy, R.K.' 2 ? primary 'Yang, R.' 3 ? primary 'Li, F.' 4 ? primary 'Yeggoni, D.P.' 5 ? primary 'David Hou, C.F.' 6 ? primary 'Leroux, M.N.' 7 ? primary 'Cortines, J.R.' 8 ? primary 'Leavitt, J.C.' 9 ? primary 'Bird, M.' 10 ? primary 'Casjens, S.R.' 11 ? primary 'White, S.' 12 ? primary 'Teschke, C.M.' 13 ? primary 'Cingolani, G.' 14 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8U11 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? 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;MADNENRLESILSRFDADWTASDEARREAKNDLFFSRVSQWDDWLSQYTTLQYRGQFDVVRPVVRKLVSEMRQNPIDVLY RPKDGARPDAADVLMGMYRTDMRHNTAKIAVNIAVREQIEAGVGAWRLVTDYEDQSPTSNNQVIRREPIHSACSHVIWDS NSKLMDKSDARHCTVIHSMSQNGWEDFAEKYDLDADDIPSFQNPNDWVFPWLTQDTIQIAEFYEVVEKKETAFIYQDPVT GEPVSYFKRDIKDVIDDLADSGFIKIAERQIKRRRVYKSIITCTAVLKDKQLIAGEHIPIVPVFGEWGFVEDKEVYEGVV RLTKDGQRLRNMIMSFNADIVARTPKKKPFFWPEQIAGFEHMYDGNDDYPYYLLNRTDENSGDLPTQPLAYYENPEVPQA NAYMLEAATSAVKEVATLGVDTEAVNGGQVAFDTVNQLNMRADLETYVFQDNLATAMRRDGEIYQSIVNDIYDVPRNVTI TLEDGSEKDVQLMAEVVDLATGEKQVLNDIRGRYECYTDVGPSFQSMKQQNRAEILELLGKTPQGTPEYQLLLLQYFTLL DGKGVEMMRDYANKQLIQMGVKKPETPEEQQWLVEAQQAKQGQQDPAMVQAQGVLLQGQAELAKAQNQTLSLQIDAAKVE AQNQLNAARIAEIFNNMDLSKQSEFREFLKTVASFQQDRSEDARANAELLLKGDEQTHKQRMDIANILQSQRQNQPSGSV AETPQ ; ;MADNENRLESILSRFDADWTASDEARREAKNDLFFSRVSQWDDWLSQYTTLQYRGQFDVVRPVVRKLVSEMRQNPIDVLY RPKDGARPDAADVLMGMYRTDMRHNTAKIAVNIAVREQIEAGVGAWRLVTDYEDQSPTSNNQVIRREPIHSACSHVIWDS NSKLMDKSDARHCTVIHSMSQNGWEDFAEKYDLDADDIPSFQNPNDWVFPWLTQDTIQIAEFYEVVEKKETAFIYQDPVT 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;MALNEGQIVTLAVDEIIETISAITPMAQKAKKYTPPAASMQRSSNTIWMPVEQESPTQEGWDLTDKATGLLELNVAVNMG EPDNDFFQLRADDLRDETAYRRRIQSAARKLANNVELKVANMAAEMGSLVITSPDAIGTNTADAWNFVADAEEIMFSREL NRDMGTSYFFNPQDYKKAGYDLTKRDIFGRIPEEAYRDGTIQRQVAGFDDVLRSPKLPVLTKSTATGITVSGAQSFKPVA WQLDNDGNKVNVDNRFATVTLSATTGMKRGDKISFAGVKFLGQMAKNVLAQDATFSVVRVVDGTHVEITPKPVALDDVSL SPEQRAYANVNTSLADAMAVNILNVKDARTNVFWADDAIRIVSQPIPANHELFAGMKTTSFSIPDVGLNGIFATQGDIST LSGLCRIALWYGVNATRPEAIGVGLPGQTA ; ;MALNEGQIVTLAVDEIIETISAITPMAQKAKKYTPPAASMQRSSNTIWMPVEQESPTQEGWDLTDKATGLLELNVAVNMG EPDNDFFQLRADDLRDETAYRRRIQSAARKLANNVELKVANMAAEMGSLVITSPDAIGTNTADAWNFVADAEEIMFSREL NRDMGTSYFFNPQDYKKAGYDLTKRDIFGRIPEEAYRDGTIQRQVAGFDDVLRSPKLPVLTKSTATGITVSGAQSFKPVA WQLDNDGNKVNVDNRFATVTLSATTGMKRGDKISFAGVKFLGQMAKNVLAQDATFSVVRVVDGTHVEITPKPVALDDVSL SPEQRAYANVNTSLADAMAVNILNVKDARTNVFWADDAIRIVSQPIPANHELFAGMKTTSFSIPDVGLNGIFATQGDIST LSGLCRIALWYGVNATRPEAIGVGLPGQTA ; E,C,A,G,I,D,B,F,H,J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id 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O TYR l 223 AS5 3 4 N PHE IA 233 ? N PHE l 233 O SER IA 245 ? O SER l 245 AS6 1 2 N ILE IA 157 ? N ILE l 157 O THR IA 174 ? O THR l 174 AS6 2 3 N CYS IA 173 ? N CYS l 173 O TYR IA 223 ? O TYR l 223 AS6 3 4 N ALA IA 232 ? N ALA l 232 O ARG IA 269 ? O ARG l 269 AS6 4 5 N ILE IA 280 ? N ILE l 280 O LEU IA 287 ? O LEU l 287 AS7 1 2 N GLY IA 308 ? N GLY l 308 O VAL IA 315 ? O VAL l 315 AS8 1 2 N PHE IA 351 ? N PHE l 351 O TYR MA 372 ? O TYR k 372 AS9 1 2 N ARG IA 476 ? N ARG l 476 O ALA IA 494 ? O ALA l 494 AT1 1 2 N ASP IA 498 ? N ASP l 498 O VAL IA 506 ? O VAL l 506 AT2 1 2 N ARG KA 81 ? N ARG f 81 O TYR KA 517 ? O TYR f 517 AT3 1 2 O ARG KA 145 ? O ARG f 145 N VAL KA 129 ? N VAL f 129 AT3 2 3 N GLY KA 124 ? N GLY f 124 O VAL KA 303 ? O VAL f 303 AT4 1 2 N ILE KA 157 ? N ILE f 157 O THR KA 174 ? O THR f 174 AT4 2 3 N CYS KA 173 ? N CYS f 173 O TYR KA 223 ? O TYR f 223 AT4 3 4 N PHE KA 233 ? N PHE f 233 O SER KA 245 ? O SER f 245 AT5 1 2 N ILE KA 157 ? N ILE f 157 O THR KA 174 ? 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? 61.59 68.38 66 1 LEU 4 454 ? ? 60.25 65.86 67 1 LEU 5 37 ? ? -164.59 110.01 68 1 ASN 5 38 ? ? 54.99 14.92 69 1 SER 5 40 ? ? 60.27 60.97 70 1 GLU 5 182 ? ? 70.98 -10.41 71 1 SER 5 183 ? ? -97.15 49.27 72 1 GLN 5 184 ? ? -171.81 142.35 73 1 ASP 5 186 ? ? 179.00 174.88 74 1 CYS 5 239 ? ? -93.90 37.06 75 1 PHE 5 243 ? ? -94.07 -64.77 76 1 GLU 5 287 ? ? 68.54 -6.54 77 1 SER 5 300 ? ? 66.01 -2.17 78 1 ASP 5 342 ? ? 60.20 65.53 79 1 ALA 5 358 ? ? -93.97 52.65 80 1 ILE 5 418 ? ? -121.88 -62.46 81 1 ARG 5 437 ? ? 61.24 68.78 82 1 ARG 5 448 ? ? -121.19 -54.62 83 1 LYS 6 10 ? ? -164.22 119.97 84 1 ARG 6 52 ? ? -120.13 -54.25 85 1 GLU 6 182 ? ? 68.34 -5.16 86 1 TRP 6 194 ? ? -84.43 -70.54 87 1 ARG 6 195 ? ? -122.18 -57.96 88 1 SER 6 204 ? ? 75.53 -5.88 89 1 PHE 6 243 ? ? -95.54 -65.87 90 1 GLU 6 287 ? ? 74.06 -8.18 91 1 SER 6 300 ? ? 59.30 9.47 92 1 ARG 6 448 ? ? -121.41 -54.53 93 1 LEU 6 454 ? ? 61.23 65.65 94 1 ASN 7 68 ? ? -77.77 -167.77 95 1 TYR 7 75 ? ? -103.28 -62.84 96 1 ASN 7 76 ? ? -97.96 49.95 97 1 TYR 7 109 ? ? -172.21 148.22 98 1 ASN 8 7 ? ? -141.28 22.57 99 1 ARG 8 14 ? ? 58.87 75.91 100 1 ASN 9 28 ? ? 49.70 28.21 101 1 ASN 10 68 ? ? -79.43 -167.78 102 1 TYR 10 75 ? ? -101.23 -65.75 103 1 ASN 10 76 ? ? -100.20 51.94 104 1 LYS 10 121 ? ? -93.83 -60.06 105 1 ARG 11 14 ? ? 58.57 74.48 106 1 ASN 12 53 ? ? -68.41 -179.52 107 1 HIS 12 58 ? ? 60.05 67.14 108 1 TYR 13 75 ? ? -101.70 -65.55 109 1 ASN 13 76 ? ? -99.94 51.26 110 1 ARG 14 14 ? ? 53.29 74.90 111 1 ASN 16 68 ? ? -76.71 -169.49 112 1 TYR 16 75 ? ? -102.03 -65.25 113 1 ASN 16 76 ? ? -99.10 51.07 114 1 ARG 17 14 ? ? 53.91 77.09 115 1 LYS 17 121 ? ? -94.89 -62.49 116 1 LEU 18 107 ? ? -161.81 102.84 117 1 ASN 19 68 ? ? -78.97 -166.85 118 1 TYR 19 75 ? ? -102.91 -64.13 119 1 ASN 19 76 ? ? -98.55 52.12 120 1 ARG 20 14 ? ? 57.78 75.30 121 1 THR 20 84 ? ? -161.90 -168.24 122 1 HIS 21 58 ? ? 63.76 67.27 123 1 ASN 22 68 ? ? -78.84 -167.06 124 1 TYR 22 75 ? ? -101.58 -64.19 125 1 ASN 22 76 ? ? -97.87 49.84 126 1 TYR 22 109 ? ? -171.77 148.29 127 1 ARG 23 14 ? ? 57.40 75.05 128 1 TYR 23 75 ? ? -90.73 -60.65 129 1 THR 23 84 ? ? -162.54 -169.56 130 1 ASN 24 105 ? ? -160.50 118.26 131 1 SER a 22 ? ? -98.46 37.06 132 1 VAL a 38 ? ? -104.69 -62.35 133 1 ASN a 161 ? ? -92.05 52.80 134 1 PRO a 210 ? ? -69.31 52.23 135 1 ASP a 289 ? ? -92.08 -64.66 136 1 LYS a 290 ? ? -142.92 46.49 137 1 VAL a 310 ? ? -95.73 -65.64 138 1 ALA a 416 ? ? -91.94 53.00 139 1 THR a 558 ? ? -90.16 32.08 140 1 PRO y 129 ? ? -65.93 -177.43 141 1 ALA y 141 ? ? 74.98 -74.57 142 1 TRP y 146 ? ? -143.47 15.98 143 1 VAL b 38 ? ? -106.91 -62.99 144 1 ASN b 161 ? ? -91.34 52.32 145 1 ASP b 289 ? ? -93.69 -63.18 146 1 LYS b 290 ? ? -142.36 46.29 147 1 VAL b 310 ? ? -94.32 -66.88 148 1 ASP b 312 ? ? 48.84 24.96 149 1 PRO b 353 ? ? -59.06 -6.75 150 1 ALA b 416 ? ? -90.69 51.40 151 1 SER m 21 ? ? 76.90 -170.90 152 1 ARG m 131 ? ? -94.73 51.15 153 1 ARG c 37 ? ? -132.95 -31.81 154 1 VAL c 38 ? ? -108.65 -62.72 155 1 GLN c 47 ? ? -82.56 46.36 156 1 TYR c 48 ? ? -141.19 -24.13 157 1 THR c 50 ? ? 53.84 -167.96 158 1 LEU c 51 ? ? -121.91 -58.57 159 1 GLN c 52 ? ? 62.41 154.46 160 1 SER c 139 ? ? -170.72 143.22 161 1 ASN c 161 ? ? -93.10 57.89 162 1 ASN c 203 ? ? -162.38 67.80 163 1 GLN c 214 ? ? 70.53 131.04 164 1 VAL c 239 ? ? -96.57 -62.66 165 1 THR c 240 ? ? -171.93 141.98 166 1 LYS c 290 ? ? -142.17 48.31 167 1 VAL c 310 ? ? -103.01 -65.36 168 1 ASP c 312 ? ? 47.54 23.61 169 1 ALA c 416 ? ? -91.94 53.97 170 1 THR c 446 ? ? -99.48 35.49 171 1 THR c 558 ? ? -94.41 35.39 172 1 LEU c 560 ? ? -75.00 -160.31 173 1 ASN n 138 ? ? -90.43 59.11 174 1 SER d 22 ? ? -98.23 36.26 175 1 VAL d 38 ? ? -98.21 -61.31 176 1 GLN d 47 ? ? 72.13 -8.71 177 1 PHE d 57 ? ? -100.33 76.12 178 1 THR d 240 ? ? -170.82 148.53 179 1 ASP d 289 ? ? -91.71 -64.60 180 1 LYS d 290 ? ? -143.71 46.61 181 1 ALA d 416 ? ? -92.62 51.96 182 1 ALA o 141 ? ? -80.68 49.06 183 1 ASN o 142 ? ? 179.87 159.23 184 1 LEU o 143 ? ? 70.47 -10.03 185 1 ARG e 37 ? ? -136.56 -33.70 186 1 VAL e 38 ? ? -103.68 -63.87 187 1 TYR e 48 ? ? -140.11 44.75 188 1 THR e 50 ? ? 68.02 130.39 189 1 ASP e 206 ? ? 45.73 -121.14 190 1 PHE e 209 ? ? 56.58 71.63 191 1 THR e 240 ? ? -170.11 144.68 192 1 GLU e 268 ? ? -161.11 116.82 193 1 LYS e 290 ? ? -141.59 46.80 194 1 VAL e 310 ? ? -99.35 -65.47 195 1 ALA e 416 ? ? -90.93 50.26 196 1 MET e 579 ? ? -68.16 3.39 197 1 TYR p 95 ? ? -98.42 32.98 198 1 SER l 22 ? ? -103.23 40.70 199 1 VAL l 38 ? ? -97.14 -63.93 200 1 TRP l 44 ? ? -131.00 -37.82 201 1 SER l 139 ? ? -173.89 148.80 202 1 ASN l 161 ? ? -90.34 54.11 203 1 PHE l 209 ? ? 60.04 75.94 204 1 LEU l 212 ? ? 64.94 -128.35 205 1 LYS l 290 ? ? -142.47 46.07 206 1 VAL l 310 ? ? -94.35 -66.49 207 1 ASP l 312 ? ? 49.52 25.36 208 1 ALA l 416 ? ? -91.31 51.35 209 1 THR l 558 ? ? -94.60 36.33 210 1 SER f 22 ? ? -94.94 34.44 211 1 ASP f 42 ? ? -79.60 -162.02 212 1 SER f 139 ? ? -172.12 148.36 213 1 ASP f 289 ? ? -90.60 -65.44 214 1 LYS f 290 ? ? -143.56 47.11 215 1 VAL f 310 ? ? -101.09 -64.23 216 1 ARG f 343 ? ? -100.24 76.50 217 1 ALA f 416 ? ? -91.83 52.40 218 1 LEU r 143 ? ? -39.05 -34.53 219 1 GLU r 145 ? ? 36.56 177.34 220 1 SER k 22 ? ? -96.61 36.98 221 1 VAL k 38 ? ? -109.89 -64.98 222 1 PHE k 209 ? ? 68.89 -138.87 223 1 TRP k 211 ? ? 50.80 -136.19 224 1 GLN k 214 ? ? 61.54 -95.48 225 1 ILE k 217 ? ? 63.50 79.14 226 1 ASP k 289 ? ? -93.08 -64.08 227 1 LYS k 290 ? ? -142.10 46.83 228 1 ALA k 416 ? ? -92.04 52.36 229 1 THR k 558 ? ? -91.05 34.45 230 1 VAL i 38 ? ? -106.88 -61.93 231 1 SER i 139 ? ? -170.83 142.14 232 1 ASN i 161 ? ? -95.89 58.80 233 1 LEU i 212 ? ? 61.44 -67.06 234 1 LYS i 290 ? ? -144.34 45.83 235 1 GLU i 503 ? ? 69.40 -2.51 236 1 THR i 558 ? ? -94.04 33.79 237 1 VAL j 38 ? ? -99.98 -63.30 238 1 ASN j 161 ? ? -96.21 59.01 239 1 SER j 180 ? ? -68.19 -178.90 240 1 ASP j 192 ? ? 60.52 61.64 241 1 PHE j 209 ? ? 52.12 76.75 242 1 ILE j 266 ? ? -104.26 -60.28 243 1 LYS j 290 ? ? -143.46 46.65 244 1 VAL j 310 ? ? -90.94 -65.21 245 1 SER u 139 ? ? 60.30 -94.66 246 1 GLU u 145 ? ? 72.75 37.60 247 1 VAL h 38 ? ? -108.96 -64.23 248 1 TRP h 41 ? ? -97.58 58.88 249 1 TYR h 48 ? ? 71.65 173.82 250 1 SER h 139 ? ? -170.12 141.06 251 1 ASN h 161 ? ? -91.75 52.41 252 1 PHE h 209 ? ? 47.01 -105.38 253 1 ILE h 266 ? ? -100.63 -60.19 254 1 ASP h 289 ? ? -91.05 -64.20 255 1 LYS h 290 ? ? -143.76 47.59 256 1 VAL h 310 ? ? -105.26 -66.28 257 1 ALA h 416 ? ? -91.24 50.51 258 1 GLU h 503 ? ? 67.13 -0.18 259 1 VAL g 38 ? ? -105.71 -64.25 260 1 SER g 139 ? ? -170.28 143.03 261 1 PHE g 201 ? ? 46.86 -126.21 262 1 PRO g 210 ? ? -85.89 45.28 263 1 LEU g 212 ? ? 62.91 -71.75 264 1 THR g 213 ? ? 47.22 -117.04 265 1 GLN g 214 ? ? 57.83 -0.06 266 1 THR g 240 ? ? -170.33 142.36 267 1 ILE g 266 ? ? -105.23 -62.87 268 1 LYS g 290 ? ? -141.54 45.91 269 1 VAL g 310 ? ? -94.34 -63.97 270 1 ALA g 416 ? ? -92.53 51.76 271 1 SER x 139 ? ? 61.55 -65.73 272 1 TRP x 146 ? ? -101.22 75.47 273 1 SER E 44 ? ? -97.01 40.63 274 1 GLU E 97 ? ? 72.18 -9.01 275 1 ASN E 140 ? ? 61.46 161.13 276 1 ARG E 185 ? ? -58.12 0.07 277 1 ARG E 190 ? 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